genome.fa.s4507.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004507.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009942_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1776135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  5  of  8  ( 904 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800973--801000	14	2.0	14	100	0	56	14	21	28	35	1.92
800983--801053	20	3.8	20	77	21	82	12	16	22	47	1.80
800973--801053	34	2.4	34	91	0	135	13	17	24	44	1.85
801001--801034	14	2.4	14	90	0	50	11	17	23	47	1.81
801017--801060	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
801394--801435	22	1.9	22	95	0	75	23	14	35	26	1.93
801548--801585	20	2.0	20	84	5	51	44	13	13	28	1.81
801611--801660	20	2.5	19	78	12	55	30	14	22	34	1.93
807989--808023	3	11.7	3	87	0	52	34	2	31	31	1.73
813409--813442	9	3.8	9	88	0	50	23	0	8	67	1.18
813409--813439	12	2.6	12	89	0	53	22	0	9	67	1.19
814750--814854	30	3.5	30	76	7	97	20	13	4	61	1.49
816997--817059	31	2.1	30	85	11	85	33	14	7	44	1.74
817306--817351	21	2.2	21	84	7	58	32	8	2	56	1.42
817345--817414	26	2.8	25	85	8	81	47	2	0	50	1.16
818816--818866	22	2.2	22	82	6	57	54	1	3	39	1.30
823044--823104	18	3.6	17	78	10	63	49	0	0	50	1.00
824065--824169	26	4.0	26	88	0	165	16	26	36	20	1.94
824478--824510	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
826803--826838	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
827004--827042	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
850037--850077	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850148--850648	128	3.9	128	96	0	896	22	24	20	31	1.98
850904--850933	14	2.1	14	93	0	51	30	6	10	53	1.60
851049--851148	33	3.0	34	83	2	139	39	3	4	54	1.35
851671--851740	21	3.3	20	90	5	95	18	27	35	18	1.94
851744--851791	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
853500--853575	29	2.4	29	80	10	80	60	1	0	38	1.05
853503--853575	32	2.4	31	79	6	87	60	1	0	38	1.06
860391--860475	30	2.8	30	96	0	161	42	11	7	38	1.69
861079--861131	26	2.0	26	96	0	97	41	16	7	33	1.77
866673--866719	23	2.1	23	84	4	60	59	10	12	17	1.60
868181--868232	15	3.5	15	86	0	77	9	15	65	9	1.47
868609--868641	16	2.0	17	88	5	50	66	3	3	27	1.21
876460--876553	20	4.7	20	69	5	73	42	14	14	27	1.86
876528--877104	197	3.0	197	84	7	640	39	12	16	32	1.85
876738--877192	177	2.6	177	85	3	607	40	11	15	32	1.83
877698--877754	26	2.2	26	79	14	66	47	8	8	35	1.66
878322--878390	24	2.9	24	82	4	95	52	15	13	18	1.75
883094--883168	24	3.1	24	84	0	105	50	18	12	18	1.77
883094--883178	24	3.5	24	82	3	100	49	17	14	18	1.80
887969--888005	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
895235--895281	21	2.2	21	92	0	76	14	4	10	70	1.31
895307--895346	21	1.9	21	89	0	62	47	2	12	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896456--896688	84	2.7	87	80	8	269	34	15	23	26	1.94
896456--896748	43	6.8	42	79	6	246	36	16	21	25	1.94
898775--898886	29	3.8	31	76	15	103	23	18	15	42	1.88
898915--899367	130	3.4	133	78	9	453	26	32	17	24	1.97
900102--900225	31	3.9	32	76	8	119	30	19	19	30	1.96
901478--901513	3	11.7	3	94	5	63	66	0	33	0	0.92
902156--902194	20	1.9	21	84	5	53	43	23	10	23	1.84
903446--903479	16	2.1	17	88	5	52	26	11	8	52	1.67
903556--903597	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
906311--906345	15	2.3	15	90	0	52	17	11	31	40	1.85
909076--909146	32	2.2	32	100	0	142	33	14	7	45	1.71
929092--929195	37	2.8	37	78	5	113	37	13	17	31	1.88
929681--929718	20	1.9	20	88	0	58	26	5	2	65	1.27
929663--929748	37	2.3	35	80	11	91	24	5	1	68	1.18
931043--931070	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
932961--933004	18	2.4	18	88	7	63	79	6	13	0	0.92
932959--933017	19	3.3	18	83	6	75	79	6	11	1	0.99
933619--933695	22	3.5	22	81	13	104	40	24	10	24	1.86
934655--936010	106	12.9	106	92	2	2164	34	24	18	23	1.96
935463--935618	43	3.4	43	68	26	124	34	25	18	21	1.96
936709--936812	36	2.8	36	82	2	127	39	13	16	30	1.87
937311--937348	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947542--947581	20	2.1	19	90	4	62	35	7	32	25	1.84
947736--947808	35	2.0	37	84	10	98	54	2	0	42	1.14
954002--954033	16	2.0	16	100	0	64	56	18	0	25	1.42
964324--964711	187	2.1	182	90	5	604	43	3	6	46	1.46
964795--964857	27	2.2	28	83	13	76	33	19	19	28	1.96
967082--967198	23	5.0	23	74	2	99	39	21	15	23	1.91
972342--972429	32	2.8	32	82	0	95	34	18	13	34	1.90
978403--978442	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
986905--986975	31	2.4	31	85	4	92	16	14	16	52	1.76
991832--991961	65	2.0	65	100	0	260	23	30	27	18	1.97
995053--995181	3	43.7	3	85	3	163	68	2	0	29	1.02
995053--995181	65	2.0	65	98	0	249	68	2	0	29	1.02
995349--996012	76	8.9	75	97	1	1221	35	22	19	21	1.96
995349--996012	151	4.4	151	97	1	1241	35	22	19	21	1.96
999456--999716	82	3.2	82	93	2	434	34	21	14	28	1.94
1004528--1004581	27	2.0	27	88	0	81	40	16	14	27	1.88
1006389--1006453	24	2.7	23	80	4	76	63	1	1	33	1.13
1008941--1009043	3	34.7	3	86	1	127	67	1	0	30	1.01
1015452--1015499	18	2.7	18	80	9	62	54	4	0	41	1.20
1019609--1019669	24	2.5	24	94	0	104	19	27	14	37	1.91
1019664--1019714	12	4.2	12	73	9	50	41	27	1	29	1.67
1019706--1019773	30	2.4	29	92	7	113	23	39	7	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1021262--1021336	34	2.2	34	83	4	89	50	16	12	21	1.76
1023726--1023761	14	2.4	16	81	18	58	69	0	0	30	0.89
1027053--1027228	97	1.8	97	93	0	307	26	24	21	28	1.99
1027339--1027445	53	2.0	53	100	0	214	39	28	7	25	1.82
1035558--1035604	22	2.1	23	96	4	87	34	0	4	61	1.15
1035937--1035980	21	2.2	20	83	4	52	56	0	4	38	1.20
1045069--1045135	30	2.2	30	89	0	98	38	1	7	52	1.39
1045589--1045649	22	2.8	22	87	5	88	27	14	0	57	1.38
1046543--1046568	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1048039--1048153	34	3.4	34	67	11	99	26	6	5	62	1.40
1049128--1049178	3	17.3	3	95	4	95	66	0	0	33	0.92
1053577--1053617	21	2.0	21	95	0	73	17	26	19	36	1.94
1062328--1062399	35	2.1	35	100	0	144	22	19	18	40	1.92
1063325--1063369	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
1063398--1063442	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
1065132--1065177	21	2.2	21	84	0	56	32	28	23	15	1.95
1065204--1065248	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
1066549--1066674	31	4.1	31	77	10	123	26	17	20	34	1.95
1066633--1066729	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
1066660--1066732	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
1070155--1070200	21	2.2	21	88	0	65	30	28	26	15	1.96
1070227--1070271	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1071560--1071685	32	4.1	30	79	11	139	26	18	21	34	1.96
1071562--1071688	60	2.1	62	84	10	172	26	19	20	33	1.97
1071644--1071740	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
1071671--1071743	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
1073065--1073282	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
1073299--1073381	23	3.6	23	88	0	121	20	26	26	26	1.99
1076671--1076715	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
1077022--1077056	18	2.0	17	88	5	52	31	5	14	48	1.67
1078511--1078585	23	3.3	23	94	0	123	22	28	25	24	2.00
1078501--1078601	23	4.3	23	83	3	69	24	22	21	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8