genome.fa.s4578.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004578.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010204_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1248949

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177254--177299	22	2.0	25	87	12	71	58	0	0	41	0.98
179807--181926	233	9.0	233	81	6	2149	32	16	17	34	1.92
180828--180946	42	2.8	42	92	0	193	24	24	21	30	1.99
180595--181172	275	2.1	276	88	1	856	32	17	16	32	1.93
181110--181221	41	2.7	42	75	14	108	23	22	20	33	1.97
180130--181641	742	2.0	740	86	2	2075	31	16	17	34	1.92
181564--181671	42	2.6	42	77	4	112	29	18	20	31	1.96
182168--182206	15	2.6	15	87	0	51	38	5	0	56	1.22
184237--184474	131	1.8	131	85	0	332	34	10	13	41	1.79
193255--193314	21	3.0	21	73	14	72	26	28	28	16	1.97
196815--196906	21	4.7	20	91	4	120	29	31	23	15	1.95
200460--200514	28	2.0	28	100	0	110	40	20	7	32	1.80
205847--205883	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
205997--206092	40	2.3	44	84	10	121	32	1	8	58	1.35
205999--206097	19	5.1	19	75	16	96	33	1	8	57	1.35
205964--206127	22	7.8	19	71	24	84	34	1	8	55	1.41
205969--206191	106	2.1	105	81	9	249	34	3	8	53	1.47
211782--211828	20	2.4	19	89	10	76	55	8	19	17	1.67
211569--212042	181	2.6	182	89	2	684	42	13	16	26	1.86
211954--212001	20	2.4	20	82	6	53	58	8	12	20	1.60
212365--213020	183	3.6	183	95	1	1154	34	14	16	34	1.89
215475--215539	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215886--215949	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
216367--216430	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
215539--216833	480	2.7	481	97	0	2466	41	7	10	40	1.68
217268--217327	20	2.9	21	90	5	95	30	11	8	50	1.68
217319--217393	32	2.4	31	80	6	87	38	9	5	46	1.59
217425--217461	14	2.5	15	84	16	51	40	0	2	56	1.13
219465--219499	16	2.1	17	89	5	54	28	0	0	71	0.86
222774--222812	17	2.4	16	82	4	51	33	5	17	43	1.72
224183--225031	451	1.9	452	88	1	1274	25	26	21	26	2.00
236068--236136	37	1.9	37	82	11	90	40	14	14	30	1.86
238131--238164	14	2.4	14	95	0	59	29	14	26	29	1.95
238428--238497	20	3.3	21	70	16	63	44	2	4	48	1.37
238459--238633	90	2.0	89	88	3	262	46	5	8	39	1.57
239791--239839	17	2.8	17	84	9	64	28	26	8	36	1.85
240326--240368	6	7.0	6	81	5	50	55	0	0	44	0.99
240306--240355	17	2.8	18	84	3	57	58	0	0	42	0.98
240324--240419	31	3.0	31	80	6	77	60	0	0	39	0.97
240367--240419	13	3.2	17	72	27	51	66	0	0	33	0.92
240333--240403	13	5.7	13	77	14	69	61	0	0	38	0.96
240390--240430	20	2.1	19	86	13	57	63	2	0	34	1.08
240782--240826	19	2.4	19	81	3	56	31	0	2	66	1.04
240875--240928	21	2.6	20	83	13	65	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240877--240933	29	2.0	29	82	6	71	36	1	1	59	1.18
241449--241562	35	3.2	36	90	4	171	31	6	18	43	1.74
241994--242027	16	2.1	17	88	5	52	35	0	20	44	1.52
246037--246097	21	3.2	21	63	29	55	31	6	21	40	1.78
246031--246145	35	3.3	35	89	3	169	29	6	20	43	1.76
248014--248070	30	1.9	30	89	7	89	22	22	0	54	1.45
247985--248166	89	2.1	87	80	11	194	23	19	3	53	1.60
248270--248342	29	2.6	28	76	8	76	26	12	6	54	1.62
249749--249796	20	2.4	20	89	0	69	39	18	12	29	1.88
252443--252492	20	2.5	21	87	9	77	36	8	24	32	1.84
252532--252577	20	2.3	20	88	0	65	32	15	17	34	1.91
260232--260267	18	1.9	19	88	5	56	36	0	2	61	1.11
261391--261744	169	2.1	169	81	4	410	33	16	19	30	1.94
261660--261829	87	2.0	87	81	4	200	30	19	18	31	1.96
261531--262002	256	1.8	256	82	2	599	32	16	19	31	1.95
265266--265291	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
265292--265351	30	2.0	30	83	0	75	40	10	6	43	1.64
275636--275990	43	8.3	43	81	5	306	27	17	21	32	1.96
275636--275990	86	4.1	86	83	3	374	27	17	21	32	1.96
275646--275975	127	2.6	128	82	2	376	26	16	23	33	1.95
281619--281836	103	2.1	103	99	0	427	27	13	22	36	1.92
281846--281920	23	3.3	23	83	3	91	24	21	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286666--286822	64	2.5	64	84	6	185	34	20	18	26	1.96
287562--287775	101	2.1	102	95	1	385	25	14	24	36	1.93
287792--287857	23	2.9	23	86	8	82	22	24	25	27	2.00
288797--289198	42	9.6	42	83	1	475	27	21	15	35	1.94
289791--289863	24	3.0	23	76	7	67	46	16	12	24	1.81
289824--289892	24	2.9	24	73	2	68	43	17	13	26	1.85
290565--290616	18	2.9	18	94	0	95	17	15	48	19	1.82
290624--290675	10	5.3	10	84	11	72	34	26	23	15	1.94
296816--296864	24	2.0	24	88	0	71	44	18	12	24	1.84
297560--297601	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
297580--297633	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
297564--297600	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
299914--300156	42	5.9	41	72	10	165	32	20	16	30	1.94
299880--300105	41	5.5	41	71	9	158	32	20	16	30	1.95
299913--300133	82	2.7	83	85	2	284	31	21	15	31	1.95
300329--300369	21	2.0	21	100	0	82	39	14	0	46	1.45
304043--304086	23	1.9	23	95	0	79	45	0	9	45	1.35
305135--305211	31	2.5	31	97	0	145	15	12	25	45	1.82
305228--305258	14	2.2	14	94	0	53	58	16	16	9	1.63
305261--305340	10	7.4	10	72	18	54	58	16	10	15	1.62
305270--305310	13	3.4	13	74	19	52	60	19	9	9	1.55
305222--305325	23	4.4	23	80	10	104	58	16	12	12	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305239--305303	33	1.9	34	87	3	96	56	18	13	10	1.65
305577--305678	40	2.5	41	79	14	111	40	15	11	32	1.84
307817--307890	15	5.0	15	91	3	114	51	2	0	45	1.15
307876--307931	22	2.5	22	97	0	103	39	0	10	50	1.37
307910--308017	32	3.7	31	73	24	126	36	0	11	52	1.37
307943--307985	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
308044--308647	32	19.7	32	72	20	449	34	0	13	52	1.42
307911--308615	166	4.3	166	81	12	765	34	0	13	52	1.42
308109--308151	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
308275--308317	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
308415--308529	22	5.0	22	79	11	106	32	0	15	52	1.43
308247--308664	140	3.1	134	82	13	427	34	0	13	52	1.43
308586--308665	18	4.4	18	68	22	60	32	0	15	52	1.43
308618--308691	22	3.2	22	67	20	60	27	0	17	55	1.42
308707--308749	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34
307861--308183	54	5.8	54	82	14	399	36	0	11	52	1.38
308774--308832	31	1.9	31	89	0	91	44	10	5	40	1.60
318082--318122	21	1.9	22	85	5	57	41	2	17	39	1.62
319726--319788	17	3.6	18	76	8	58	34	6	12	46	1.68
320525--320557	15	2.2	15	94	0	57	12	15	63	9	1.51
321640--321972	35	9.7	34	68	20	115	44	4	9	41	1.57
321743--321802	25	2.4	25	94	0	102	50	5	10	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321674--321863	96	2.0	96	85	6	260	44	5	10	40	1.60
321782--321972	35	5.4	35	77	13	178	43	4	9	41	1.59
321769--321972	73	2.9	69	80	10	182	44	4	9	41	1.59
321979--322016	17	2.2	17	90	9	60	26	2	0	71	1.00
323512--323541	13	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
328815--329023	35	5.8	35	78	12	176	43	4	10	42	1.58
330782--330816	17	2.0	18	88	5	54	48	5	2	42	1.41
330748--330838	47	1.9	47	88	0	137	39	5	10	43	1.63
334247--334295	20	2.4	21	93	6	91	30	8	8	53	1.60
336743--336792	24	2.1	23	82	10	57	30	0	6	64	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7