genome.fa.s4578.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004578.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010204_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1248949

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764294--765228	278	3.4	276	86	2	1270	30	11	14	44	1.80
772514--772553	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
773820--773938	3	39.0	3	81	3	139	41	0	0	58	0.98
775058--775098	22	1.9	21	85	5	55	29	2	2	65	1.18
775117--775184	12	5.8	12	73	13	52	30	7	1	60	1.33
783116--783288	75	2.3	75	83	2	213	30	15	23	30	1.95
784161--784314	54	2.9	54	88	1	211	36	11	23	28	1.90
784640--784715	22	3.6	21	91	7	118	34	15	13	36	1.87
784640--784706	20	3.2	20	95	4	116	32	16	13	37	1.88
785393--785866	45	10.6	45	88	1	623	25	21	19	33	1.97
785393--785866	89	5.3	89	86	2	628	25	21	19	33	1.97
785393--785866	134	3.5	134	89	0	698	25	21	19	33	1.97
785672--785834	20	7.2	24	63	23	75	26	22	17	33	1.96
786155--786196	3	14.0	3	89	0	66	38	0	0	61	0.96
787599--787640	18	2.4	19	80	15	54	38	0	0	61	0.96
787667--787900	102	2.3	102	83	5	251	32	23	15	27	1.95
793082--793120	21	1.9	20	84	5	51	28	15	17	38	1.91
803965--804013	9	5.3	9	82	4	53	14	24	30	30	1.94
804008--804036	14	2.1	14	100	0	58	20	51	20	6	1.70
811166--811203	19	2.0	19	94	0	67	15	23	31	28	1.96
811147--811205	9	6.3	9	76	7	55	16	27	27	28	1.97
818356--818404	9	5.3	9	78	4	53	14	26	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818356--818402	19	2.5	19	79	3	60	14	23	29	31	1.95
818399--818427	14	2.1	14	100	0	58	20	51	20	6	1.70
820401--820430	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
829226--829281	22	2.5	22	100	0	112	23	23	23	30	1.99
831575--831610	15	2.3	17	86	13	51	55	5	5	33	1.46
834755--834788	4	8.5	4	100	0	68	26	0	50	23	1.50
838068--838470	196	2.1	198	79	5	444	35	16	23	25	1.95
839880--839904	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
841226--841644	105	4.0	104	84	9	521	22	14	17	46	1.84
841226--841640	215	2.0	207	88	5	616	22	13	17	46	1.83
841226--841607	110	3.5	111	86	7	509	22	14	17	46	1.83
842877--843075	97	2.0	98	95	2	355	28	24	12	34	1.91
844812--844851	21	1.9	21	89	0	62	37	5	12	45	1.64
846105--846147	18	2.3	18	84	8	50	60	4	0	34	1.17
848804--848844	12	3.5	12	83	3	57	17	9	0	73	1.09
849036--849356	160	2.0	161	99	0	635	23	37	16	23	1.94
851570--851798	113	2.0	113	94	0	404	29	14	20	35	1.92
856315--856378	29	2.2	29	100	0	128	45	17	4	32	1.69
857154--857221	34	2.0	35	82	8	86	45	19	13	22	1.84
857284--857348	30	2.2	30	94	0	112	35	4	24	35	1.76
862336--862374	20	2.0	20	85	10	53	61	15	5	17	1.51
866234--866465	119	2.0	118	90	2	367	46	15	12	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868928--869105	39	4.6	39	85	0	241	30	24	30	15	1.95
869168--869215	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
869554--869622	3	23.0	3	96	0	129	65	1	0	33	1.02
878975--879074	52	1.9	53	89	2	157	27	11	24	38	1.88
882718--884382	226	7.4	226	86	1	2196	37	13	16	32	1.88
882718--884353	108	14.5	114	67	12	654	37	13	16	32	1.88
882718--884382	451	3.7	452	87	1	2295	37	13	16	32	1.88
888560--888659	6	16.7	6	81	8	96	51	8	10	31	1.64
888561--888625	24	2.7	24	95	4	114	50	9	7	32	1.63
888560--888659	30	3.3	29	86	5	146	51	8	10	31	1.64
888585--888659	36	2.1	36	90	9	118	52	6	9	32	1.60
888979--889008	15	2.0	15	93	0	51	50	13	6	30	1.67
889961--889998	18	2.1	18	85	9	51	76	0	5	18	0.97
890128--890176	25	2.0	25	84	8	64	59	0	4	36	1.17
890153--890229	23	3.5	21	72	20	61	67	1	3	27	1.16
892665--892750	37	2.4	37	90	2	129	39	13	22	24	1.90
892599--892792	102	1.9	102	92	0	325	34	11	22	31	1.89
892770--892804	15	2.3	15	90	0	52	40	20	20	20	1.92
894266--894403	69	2.0	69	92	0	231	25	14	22	37	1.92
894475--894525	26	2.0	25	88	3	75	3	15	3	76	1.08
894476--894538	13	5.0	13	76	19	62	1	15	4	77	1.01
897576--897622	17	2.7	17	81	12	60	72	0	12	14	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897729--897783	16	3.1	18	71	12	51	72	0	3	23	1.00
897723--897782	31	1.9	31	83	6	77	73	0	3	23	0.98
897795--897854	17	3.2	17	70	20	57	63	1	5	30	1.25
897878--897937	2	30.5	2	81	9	70	50	3	3	43	1.35
897890--897960	14	4.9	14	78	16	65	57	0	2	39	1.13
897902--897952	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
897880--897960	16	5.2	15	81	8	74	55	2	2	39	1.26
897937--897998	20	3.1	19	76	17	63	69	0	4	25	1.08
898532--898594	18	3.5	18	93	4	101	33	1	38	26	1.66
899940--899988	19	2.7	18	84	6	62	46	16	0	36	1.47
903288--903322	15	2.3	15	95	0	61	22	11	40	25	1.88
903776--903836	8	7.6	8	74	18	56	75	0	1	22	0.89
903776--903833	9	7.0	9	75	13	54	75	0	1	22	0.89
903800--903839	20	2.1	19	85	4	53	70	0	0	30	0.88
904437--904510	21	3.7	21	67	17	59	43	0	1	55	1.08
906653--906719	30	2.2	31	81	7	84	13	26	23	35	1.92
911212--911240	12	2.4	12	100	0	58	44	0	6	48	1.29
911897--911933	19	1.9	19	100	0	74	24	5	10	59	1.52
912546--913002	230	2.0	224	85	6	618	37	19	7	36	1.79
915129--915186	22	2.6	22	77	0	62	12	15	1	70	1.24
915125--915206	15	5.5	15	71	8	60	9	14	1	74	1.13
921501--921688	95	2.0	96	88	5	283	33	17	21	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922135--922494	45	8.0	45	88	1	510	39	9	20	30	1.84
928792--928947	65	2.4	65	87	3	217	29	21	17	32	1.96
937511--937666	65	2.4	65	87	3	208	30	21	15	32	1.94
943430--943784	45	7.8	45	88	3	482	41	9	19	29	1.83
943425--943760	136	2.5	134	91	1	510	41	9	19	29	1.82
944680--945207	55	9.6	55	84	2	686	35	19	10	33	1.87
944679--945207	110	4.8	109	89	1	799	35	19	11	33	1.87
944679--945207	218	2.4	219	90	0	817	35	19	11	33	1.87
945616--945665	20	2.5	20	83	6	66	18	28	18	36	1.94
950258--950787	55	9.6	55	85	1	713	35	19	10	34	1.87
950257--950787	110	4.8	110	92	0	864	35	19	10	34	1.87
951133--951179	22	2.3	21	89	10	71	29	14	17	38	1.89
966507--966561	22	2.5	22	96	0	101	38	16	14	30	1.89
974201--974276	1	76.0	1	81	0	89	90	0	6	2	0.52
974158--974274	27	4.1	29	80	18	99	83	3	10	2	0.85
974190--974276	39	2.2	39	89	4	131	88	0	9	2	0.60
974201--974276	32	2.4	32	86	2	109	90	0	6	2	0.52
977337--977511	74	2.4	74	81	4	192	33	17	20	28	1.96
978845--978899	22	2.5	22	82	5	67	36	12	12	38	1.82
979332--979932	113	5.4	112	84	3	710	37	13	19	29	1.91
979338--979932	224	2.7	224	85	4	754	37	14	19	29	1.91
985251--985287	16	2.3	16	95	0	65	10	10	18	59	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
985352--985384	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
987807--987843	17	2.2	17	95	0	65	43	5	2	48	1.40
991069--991112	23	2.0	23	86	4	63	54	6	2	36	1.40
992169--992275	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
992202--992280	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
995568--995605	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
996500--996550	21	2.5	20	75	9	59	50	3	0	45	1.20
997787--997835	19	2.5	19	86	3	71	32	26	14	26	1.94
997849--997942	20	4.6	19	75	10	62	28	22	21	27	1.99
997951--998097	20	7.3	20	87	7	217	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7