genome.fa.s4834.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004834.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  393506

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3365--3432	33	2.1	32	94	2	118	48	8	17	25	1.76
3955--3993	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
4429--4662	43	5.4	43	82	4	233	26	18	26	28	1.98
4429--4675	129	1.9	129	79	3	273	26	19	26	27	1.99
4581--4705	43	2.9	43	81	0	124	21	20	25	32	1.97
5097--5136	21	1.9	21	100	0	80	0	37	22	40	1.54
5144--5199	21	2.7	21	88	0	94	0	42	19	37	1.52
7385--7475	46	2.0	46	97	0	173	49	15	24	10	1.76
8286--8523	41	5.8	41	76	10	134	31	21	18	29	1.97
8374--8483	41	2.7	42	86	10	158	31	23	20	23	1.98
8389--8532	41	3.4	41	84	2	135	36	20	15	27	1.94
8745--9046	57	5.3	57	97	0	568	50	13	6	29	1.65
12312--12410	46	2.1	47	96	1	182	42	5	21	31	1.74
12466--12540	38	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
13097--13323	76	3.0	77	84	4	273	40	7	14	36	1.75
14002--14034	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14751--14802	9	5.4	9	76	13	50	15	19	32	32	1.93
14769--14816	19	2.5	19	86	0	51	20	20	33	25	1.97
14824--14878	13	4.3	13	93	2	94	18	43	23	14	1.87
14818--14878	26	2.3	26	94	5	106	18	42	22	16	1.89
14880--15029	29	5.2	29	80	8	155	30	3	20	46	1.67
14966--15029	30	2.2	29	82	2	74	34	1	18	45	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17468--17510	20	2.1	21	86	4	61	41	2	6	48	1.43
19883--20002	35	3.4	35	82	2	159	23	20	19	36	1.95
19883--20026	71	2.0	71	86	0	198	22	22	15	38	1.92
20008--20055	24	2.0	25	91	4	80	12	35	0	52	1.40
26238--26307	35	2.0	35	94	0	122	20	8	27	44	1.80
40371--40396	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
43966--44024	21	2.8	21	80	10	66	49	6	10	33	1.63
46365--46421	23	2.5	23	88	0	87	31	19	19	29	1.96
59053--59145	47	1.9	49	86	4	136	44	15	25	15	1.85
59138--59175	8	4.8	8	84	9	51	73	0	23	2	0.95
59887--60662	105	7.4	105	93	1	1250	33	25	17	23	1.96
59887--60662	314	2.5	315	92	1	1268	33	25	17	23	1.96
62290--62352	2	32.0	2	93	3	110	47	0	1	50	1.10
62363--62438	39	2.0	38	82	12	95	21	10	1	67	1.28
62422--62690	139	2.0	137	89	4	420	25	11	4	58	1.51
63740--63774	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
71434--76679	4	1332.5	4	95	3	9493	49	0	24	25	1.50
77437--77482	24	1.9	24	86	8	67	47	2	2	47	1.26
78414--78458	21	2.1	21	95	0	81	17	31	24	26	1.97
79289--79325	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
79480--79510	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
82409--82453	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84612--84652	20	2.0	20	100	0	82	65	9	19	4	1.40
84614--84659	20	2.3	20	92	0	74	65	10	19	4	1.41
89688--89715	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
93753--93876	51	2.5	50	86	1	167	14	33	33	18	1.91
93999--94039	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
94060--94088	14	2.1	14	93	6	51	20	6	6	65	1.40
94163--94378	105	2.0	108	86	7	305	37	8	7	45	1.64
95004--95077	25	3.0	24	68	20	62	25	6	4	63	1.37
98634--98741	50	2.2	48	87	11	150	25	23	25	25	2.00
98765--98877	52	2.2	50	84	3	136	19	32	31	15	1.93
102153--102648	248	2.0	248	99	0	974	30	18	10	40	1.84
117833--117859	11	2.5	11	100	0	54	11	0	7	81	0.87
119194--119252	19	3.0	19	78	7	64	30	1	5	62	1.26
121963--122003	18	2.3	18	91	4	66	31	34	17	17	1.93
136035--136094	22	2.7	22	81	2	57	36	20	16	26	1.93
136410--136466	28	2.0	27	80	12	62	50	0	19	29	1.47
141664--141706	23	2.0	22	86	9	61	30	9	9	51	1.65
142073--142106	14	2.5	14	95	4	61	35	14	8	41	1.77
143944--143994	26	2.0	25	85	11	68	29	3	7	58	1.44
146055--146113	31	1.9	31	86	3	84	23	15	30	30	1.95
146845--147258	210	2.0	207	95	4	753	30	21	13	35	1.91
164872--164904	15	2.2	15	94	0	57	30	33	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165444--165491	19	2.5	19	100	0	96	27	29	12	31	1.93
174836--174953	31	3.8	31	80	7	114	20	21	29	28	1.98
177148--177190	21	2.0	21	100	0	86	32	4	30	32	1.78
177148--177203	21	2.7	21	91	0	67	33	7	25	33	1.83
178765--178797	8	4.1	8	100	0	66	63	0	36	0	0.95
193915--193991	31	2.5	31	91	0	118	48	7	12	31	1.70
194250--194278	13	2.1	14	93	6	51	44	0	3	51	1.18
194660--194700	21	1.9	21	90	5	64	51	7	0	41	1.30
195012--195052	21	2.0	21	90	0	64	36	12	2	48	1.54
201200--201241	17	2.5	17	92	0	66	33	4	0	61	1.17
202089--202122	17	1.9	18	94	5	61	61	0	0	38	0.96
204430--204465	18	1.9	19	88	5	56	25	5	2	66	1.27
207344--207381	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
207932--208265	57	5.8	58	92	2	530	35	19	12	32	1.89
207932--208265	115	2.9	116	91	3	530	35	19	12	32	1.89
208597--208645	22	2.3	21	86	6	64	26	30	16	26	1.97
208690--208745	22	2.7	21	75	8	60	28	26	14	30	1.95
208597--208817	95	2.3	95	89	1	336	24	27	15	32	1.96
212277--212354	18	3.9	18	75	23	75	17	20	29	32	1.96
212251--212354	44	2.4	44	93	0	172	19	18	27	34	1.95
218719--218755	18	2.1	18	100	0	74	16	24	0	59	1.37
221725--221771	23	2.0	24	95	4	87	8	38	8	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223759--223787	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
243984--244024	20	2.0	20	86	9	57	60	2	4	31	1.30
244500--244547	25	1.9	25	87	8	71	39	6	22	31	1.79
248701--248779	37	2.3	35	78	10	90	36	2	17	43	1.63
253177--253259	37	2.2	37	87	4	114	34	4	18	42	1.71
273946--274056	30	3.7	30	72	14	95	54	13	12	19	1.71
276025--276067	20	2.2	20	95	0	77	37	4	25	32	1.77
277173--277531	93	3.8	93	86	3	456	40	14	8	37	1.76
277158--277531	186	2.0	186	86	4	522	40	14	8	36	1.76
277562--277624	26	2.4	26	86	2	81	39	17	7	34	1.79
277345--277693	161	2.2	162	84	3	438	41	16	7	34	1.77
277504--277728	95	2.4	95	90	0	335	40	16	8	34	1.78
280644--280702	24	2.5	24	94	0	100	44	20	16	18	1.87
287928--287976	21	2.3	22	82	6	57	22	44	20	12	1.84
292631--292690	23	2.6	22	87	10	84	28	20	26	25	1.99
294831--294924	28	3.4	28	78	13	95	45	11	15	26	1.81
294851--294909	25	2.2	27	85	8	77	50	10	11	27	1.71
296700--296741	15	2.9	15	85	3	59	2	11	7	78	1.04
301170--301227	31	1.9	30	85	3	80	34	8	13	43	1.75
304302--304429	33	3.9	33	81	4	150	33	21	24	21	1.97
304304--304429	66	1.9	66	85	3	173	33	20	24	21	1.97
305624--305935	153	2.0	153	94	0	552	37	16	18	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314398--314433	13	2.8	13	88	12	56	55	0	2	41	1.14
318288--318344	30	1.9	30	92	0	96	40	3	21	35	1.70
319846--319935	37	2.4	37	84	0	117	42	14	11	32	1.81
320414--320506	22	4.3	21	74	17	84	34	3	1	61	1.19
320414--320504	19	4.6	19	71	17	69	34	3	1	61	1.19
320647--320726	27	2.8	29	75	17	80	25	1	6	67	1.21
320706--320756	18	2.6	19	79	11	59	29	3	3	62	1.31
320798--320827	4	7.2	4	92	7	51	23	3	0	73	0.98
320858--320883	8	3.2	8	100	0	52	11	11	0	76	1.01
325254--325309	9	6.9	9	82	17	52	78	7	14	0	0.95

Tables:   1   2