genome.fa.s499.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000499.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000951_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  585273

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--5599	814	6.9	816	92	2	9317	30	19	14	35	1.92
4920--6277	678	2.0	678	94	0	2403	30	18	14	37	1.90
5594--9055	816	4.2	817	96	0	6396	31	18	14	34	1.92
9580--22418	816	15.8	816	95	0	22878	30	19	15	35	1.92
21760--23096	678	2.0	678	96	0	2458	30	18	14	36	1.91
23233--24589	678	2.0	677	94	0	2374	30	18	14	36	1.90
23906--30140	816	7.7	816	95	0	11106	30	19	14	35	1.92
33379--36648	816	4.0	816	93	0	5691	30	19	14	35	1.92
38529--50000	816	14.1	816	94	0	19642	30	19	14	35	1.92
49999--55123	816	6.3	815	92	0	8107	31	18	14	35	1.91
54397--55812	722	2.0	723	93	0	2406	28	19	14	36	1.91
59013--64195	816	6.4	816	91	1	8220	31	18	14	35	1.91
66746--71067	815	5.3	816	93	1	6892	31	18	14	35	1.92
75468--79366	814	4.8	816	93	0	6640	35	14	18	30	1.92
79502--79543	22	1.9	22	85	0	57	40	0	19	40	1.51
80672--80786	35	3.3	35	80	6	117	26	33	4	34	1.77
81160--81197	12	3.2	12	82	17	53	84	0	15	0	0.63
81400--81459	17	3.6	17	77	8	52	15	18	0	66	1.25
85621--91421	816	7.1	816	92	2	8781	36	14	18	31	1.91
92293--92426	13	11.1	12	70	23	70	30	2	35	31	1.73
92294--92448	23	6.5	24	70	23	87	29	3	35	31	1.74
92275--92450	36	4.9	36	94	0	300	30	3	35	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95842--95870	15	2.0	15	93	6	51	0	20	0	79	0.74
96333--96469	13	11.5	11	72	25	102	29	2	35	32	1.73
96339--96469	23	5.5	24	70	24	82	29	3	35	32	1.73
96316--96490	71	2.5	72	95	1	309	29	3	35	32	1.74
96316--96490	36	4.9	36	94	2	300	29	3	35	32	1.74
99201--99242	11	3.8	11	87	0	57	42	7	19	30	1.78
100855--100896	11	3.8	11	93	0	66	42	7	21	28	1.79
97940--105123	816	8.7	816	87	4	10184	35	14	17	31	1.91
107738--107822	11	7.2	11	72	22	66	31	36	3	28	1.74
107735--107839	36	2.9	36	95	1	185	30	36	4	28	1.78
108959--109010	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
110291--110332	11	3.8	11	93	0	66	42	7	21	28	1.79
111881--111922	11	3.8	11	93	0	66	42	7	21	28	1.79
131870--135494	816	4.4	817	89	2	5639	35	14	17	32	1.91
135483--135527	11	4.1	11	100	0	90	55	0	26	17	1.42
135484--135529	6	8.2	6	86	13	71	54	0	28	17	1.43
138338--138379	6	7.2	6	79	15	52	83	2	14	0	0.75
142918--142943	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
145640--162897	677	24.9	688	81	7	18895	29	21	11	37	1.88
150137--150590	241	1.9	241	90	0	721	30	27	5	37	1.79
162351--162394	22	2.0	22	100	0	88	45	4	9	40	1.56
164531--165851	678	1.9	677	90	1	2076	30	21	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169526--169577	24	2.2	24	89	0	77	11	15	15	57	1.65
173727--173765	20	2.0	20	89	0	60	33	7	7	51	1.59
182515--183070	278	2.0	278	93	0	943	25	24	15	35	1.94
187412--187454	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
193890--193933	6	7.2	6	80	14	54	4	18	0	77	0.94
193890--193933	11	3.6	12	85	11	54	4	18	0	77	0.94
194314--194428	35	3.3	35	81	6	142	34	2	35	26	1.71
195515--195559	24	1.9	23	86	13	65	53	4	11	31	1.56
196664--196698	13	2.6	14	86	9	54	17	28	0	54	1.43
195739--204272	689	12.4	689	89	1	12683	29	20	11	38	1.88
221976--227610	691	8.2	690	94	1	9429	30	20	11	37	1.88
227921--230736	691	4.1	689	90	1	4381	30	20	11	37	1.88
229945--229971	14	1.9	14	100	0	54	40	14	0	44	1.46
237004--241644	689	6.7	689	90	1	7122	30	20	11	37	1.88
241801--241851	19	2.7	19	85	14	70	60	1	15	21	1.44
242784--242827	6	7.2	6	79	5	52	77	2	18	2	0.98
243016--243073	16	3.5	16	78	4	62	15	17	0	67	1.24
243021--243088	32	2.1	33	81	8	77	14	20	0	64	1.28
248361--253698	689	7.8	689	89	1	8131	37	11	20	30	1.88
253187--254285	588	1.9	579	95	0	1822	37	10	20	31	1.86
255389--259115	689	5.4	689	88	1	5539	37	11	21	30	1.88
258526--259705	598	2.0	598	93	0	2031	38	10	20	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262821--263487	348	1.9	348	96	0	1226	38	7	25	28	1.82
263166--265999	689	4.1	688	88	2	4121	37	10	20	30	1.88
265986--271879	689	8.6	688	89	2	8483	37	11	20	30	1.88
270950--272833	954	2.0	955	93	0	3272	38	11	19	30	1.87
271905--275238	689	4.9	688	90	2	5071	37	11	21	30	1.88
274649--275829	598	2.0	598	89	2	1838	37	9	21	31	1.86
275247--279268	689	5.9	688	90	2	6232	37	11	21	30	1.88
278681--279857	596	2.0	596	89	3	1798	37	10	21	31	1.86
279277--283974	678	6.9	688	88	2	6935	37	11	21	30	1.88
283385--284565	598	2.0	598	89	2	1838	37	9	21	31	1.86
283983--302112	689	26.2	688	75	12	13298	37	11	20	30	1.88
291766--302112	670	15.4	688	86	6	14042	37	11	20	30	1.88
301995--302222	114	2.0	116	97	2	433	45	12	17	25	1.83
303511--308432	687	7.2	688	91	2	7463	36	11	21	30	1.89
308430--310125	688	2.5	687	91	1	2661	36	10	22	30	1.88
315187--315211	6	4.2	6	100	0	50	20	16	64	0	1.30
315256--315304	12	4.0	12	83	2	62	24	46	16	12	1.81
317002--317059	29	2.0	29	96	0	107	17	5	15	62	1.50
320136--321290	575	2.0	576	92	1	1906	36	11	22	30	1.89
320712--323409	688	3.9	688	90	1	4022	37	11	20	29	1.88
323428--342156	689	27.3	688	89	1	27282	37	11	20	30	1.88
331252--331308	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332628--332684	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
333313--333369	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
334689--334745	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
336065--336121	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
340192--340248	23	2.5	23	77	22	59	50	1	29	17	1.56
343687--347251	688	5.2	686	93	0	5700	37	11	20	31	1.87
346709--347821	570	2.0	568	89	0	1733	38	10	22	29	1.87
347277--354145	688	10.0	689	90	1	10672	37	10	21	30	1.88
353599--354748	603	1.9	603	91	0	1888	35	12	20	30	1.91
354202--356024	687	2.7	669	84	4	2255	37	11	20	30	1.89
356356--356435	35	2.2	36	93	2	135	27	3	38	30	1.74
362177--362234	29	2.0	29	96	0	107	62	15	5	17	1.50
363896--363935	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
363955--364003	24	2.0	25	88	4	73	12	18	48	20	1.79
363955--364003	12	4.0	12	86	2	62	12	18	48	20	1.79
365143--365168	9	2.9	9	100	0	52	69	23	7	0	1.14
365162--365215	28	1.9	28	88	7	83	79	3	16	0	0.87
365174--365215	6	7.2	6	84	10	52	80	2	16	0	0.81
369136--370829	688	2.5	690	91	1	2679	30	22	10	36	1.88
370253--371404	574	2.0	573	92	1	1916	29	21	11	38	1.88
370826--376916	689	8.9	687	89	2	9005	30	21	11	37	1.88
376914--378509	678	2.3	681	87	4	2236	31	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
377888--379134	629	2.0	629	89	1	1930	31	21	10	36	1.87
378517--385359	689	10.0	688	87	2	9731	30	20	10	37	1.87
385368--389126	674	5.7	670	83	9	4429	30	21	10	37	1.87
385368--399966	689	20.9	688	72	14	8837	30	20	11	37	1.88
399525--400410	447	2.0	446	87	2	1294	30	18	13	37	1.90
403978--404042	22	3.0	22	93	0	112	10	23	46	20	1.81
404012--404071	19	3.3	19	86	4	70	18	26	40	15	1.90
404037--404077	19	2.2	19	100	0	82	24	31	34	9	1.88
404039--404087	9	5.3	9	85	4	62	26	28	30	14	1.95
412254--413967	677	2.5	681	89	1	2609	30	21	10	37	1.88

Tables:   1   2