genome.fa.s5150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005150.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011605_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  126880

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 137 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3874--3944	31	2.3	30	88	4	106	29	15	16	38	1.90
3878--3958	31	2.6	31	81	9	87	29	16	17	37	1.91
4150--4209	24	2.5	24	88	2	93	38	8	6	46	1.60
6107--6151	23	2.0	23	86	4	65	42	0	20	37	1.52
6665--6722	21	2.6	23	89	5	84	13	24	31	31	1.94
7004--7030	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
11021--11198	56	3.1	56	81	9	200	41	2	19	37	1.66
12159--12192	14	2.4	14	85	5	50	35	23	0	41	1.55
13800--13859	24	2.5	24	86	2	86	26	21	18	33	1.96
18750--18784	15	2.2	16	90	5	54	34	25	20	20	1.96
22182--22403	58	3.9	59	79	9	235	41	4	17	36	1.69
22180--22390	115	1.8	116	84	5	293	41	4	17	36	1.69
22483--22554	23	3.1	23	76	7	74	22	13	27	36	1.92
22483--22597	24	4.9	24	78	9	71	23	17	23	35	1.95
22542--22604	24	2.7	24	82	2	83	25	23	20	30	1.99
24335--24407	32	2.3	32	83	4	85	35	16	15	32	1.90
25366--25496	20	6.6	20	97	0	226	27	22	13	35	1.92
26184--26216	13	2.6	13	85	4	50	69	0	27	3	1.03
28795--28908	48	2.4	48	81	7	126	41	8	18	31	1.81
43010--43110	50	2.0	50	96	1	186	43	5	5	44	1.53
44814--44856	19	2.3	19	81	18	54	20	2	0	76	0.89
44926--44985	30	2.0	30	83	6	77	25	5	3	66	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45515--45627	32	3.5	32	85	3	138	30	12	19	37	1.89
46205--46467	106	2.7	95	81	11	330	34	25	19	20	1.96
46268--46515	106	2.3	106	89	0	361	32	23	20	22	1.98
46882--47071	37	5.4	37	70	16	107	28	18	13	39	1.89
46773--46945	87	2.0	88	90	2	278	32	19	12	35	1.89
46860--47098	102	2.3	103	91	0	381	32	17	12	36	1.88
46998--47071	38	1.9	38	94	0	130	27	18	13	40	1.88
47172--47206	15	2.3	15	95	0	61	22	20	14	42	1.88
47136--47247	51	2.2	52	88	1	172	27	20	13	38	1.90
47271--47386	36	3.2	35	82	8	142	28	19	12	39	1.88
47465--47622	84	1.9	85	90	1	255	32	23	18	25	1.97
48548--48632	26	3.3	26	79	6	77	23	4	3	68	1.25
48574--48761	30	6.8	27	71	21	85	30	2	2	64	1.16
48653--48713	2	31.5	2	84	12	74	42	1	0	55	1.09
48665--48733	34	2.1	34	86	5	97	34	2	0	62	1.10
48690--48763	8	8.5	8	75	18	51	27	1	1	70	1.04
48705--48824	47	2.5	47	77	18	124	20	6	1	71	1.17
48574--48790	28	7.8	28	67	21	93	28	3	1	66	1.17
48831--48882	26	2.0	27	88	11	81	23	3	0	73	1.00
51867--51967	50	2.0	50	96	1	186	43	5	5	44	1.53
53678--53774	12	8.1	12	72	17	67	18	5	1	75	1.05
53676--53749	21	3.3	21	72	20	53	14	5	1	78	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53690--53789	23	4.2	23	71	16	60	17	7	2	74	1.14
53685--53778	37	2.6	37	74	16	90	18	5	1	75	1.05
54385--54464	32	2.5	32	85	8	117	30	11	17	41	1.84
55065--55327	106	2.7	95	81	11	339	35	25	19	19	1.95
55128--55375	106	2.3	106	88	0	352	32	24	20	22	1.98
55776--55930	37	4.4	37	64	19	107	29	18	12	40	1.87
55633--55805	87	2.0	87	93	0	292	31	20	13	34	1.91
55720--55957	102	2.3	102	90	0	377	31	18	13	37	1.89
56032--56065	15	2.3	15	89	0	50	23	17	20	38	1.93
55997--56101	51	2.0	51	92	1	174	26	20	16	36	1.94
56130--56234	36	2.9	35	80	8	129	26	20	11	41	1.86
57428--57491	26	2.5	26	77	10	69	28	1	3	67	1.15
57448--57577	39	3.4	38	76	17	126	30	2	1	65	1.14
57522--57681	47	3.4	48	78	13	136	21	6	1	71	1.15
57520--57639	56	2.2	54	82	5	134	23	3	0	72	1.05
57676--57727	26	2.0	27	88	11	81	23	3	0	73	1.00
60712--60810	49	2.0	49	92	5	166	43	6	6	44	1.53
62520--62672	12	12.3	12	68	21	68	18	6	1	73	1.15
62532--62631	23	4.2	23	71	16	60	17	7	2	74	1.14
62527--62620	37	2.6	37	74	16	90	18	5	1	75	1.05
63228--63307	32	2.5	32	85	8	117	30	11	17	41	1.84
63908--64169	105	2.7	95	82	10	346	35	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63971--64217	105	2.3	106	88	0	352	32	24	20	22	1.98
64584--64669	36	2.4	36	84	0	100	23	20	16	39	1.92
64475--64646	87	2.0	87	93	1	292	31	20	13	34	1.91
64562--64798	101	2.3	102	89	0	368	30	18	13	37	1.89
64699--64771	37	2.0	37	91	0	119	24	19	13	42	1.87
64873--64906	15	2.3	15	89	0	50	23	17	20	38	1.93
64838--64942	51	2.0	51	92	1	174	26	20	16	36	1.94
64971--65075	36	2.9	35	80	8	129	26	20	11	41	1.86
66262--66329	26	2.5	27	81	11	77	26	2	2	67	1.19
66282--66412	33	3.8	33	75	16	117	30	2	1	65	1.14
66340--66441	49	2.1	49	80	7	109	29	1	0	67	1.08
66364--66528	49	3.3	49	79	13	146	20	6	1	72	1.13
69542--69642	50	2.0	50	96	1	186	43	5	5	44	1.53
70411--70437	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
70351--70418	25	2.8	25	76	10	63	25	7	4	63	1.39
70451--70514	32	2.1	32	85	5	87	31	3	0	65	1.08
70451--70551	8	12.1	8	68	25	50	27	2	0	68	1.11
70502--70644	45	2.9	48	77	17	127	18	7	2	71	1.20
71214--71325	32	3.5	31	83	7	127	31	12	18	37	1.88
71899--72160	93	2.7	95	81	11	330	35	25	19	19	1.95
71962--72219	106	2.4	105	86	0	345	34	24	19	21	1.96
72466--72637	86	2.0	87	91	1	283	33	19	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72574--72762	37	5.4	37	69	14	130	28	17	13	40	1.88
72552--72789	102	2.3	102	90	0	377	32	18	12	36	1.88
72829--72930	51	2.0	52	94	1	179	25	23	14	36	1.93
72962--73077	36	3.2	36	81	6	144	28	20	12	38	1.88
74332--74380	2	24.5	2	91	0	53	38	0	0	61	0.96
74372--74426	20	2.5	22	77	22	62	25	1	1	70	1.06
74372--74459	46	2.0	44	82	13	108	21	4	1	72	1.09
77527--77627	50	2.0	50	96	1	186	43	5	5	44	1.53
78396--78497	40	2.6	37	83	13	132	32	2	0	63	1.16
78436--78512	36	2.1	36	88	4	111	29	2	0	67	1.04
78381--78525	44	3.2	48	75	19	136	28	2	1	66	1.13
78396--78519	40	3.1	40	81	15	116	30	3	0	65	1.14
79183--79284	32	3.2	32	85	0	141	30	12	20	36	1.90
79183--79302	64	1.9	64	80	3	143	30	13	20	35	1.91
79880--80202	106	3.0	106	88	0	457	33	23	20	22	1.97
80569--80757	37	5.4	37	68	16	132	28	19	13	39	1.89
80460--80632	87	2.0	87	91	0	283	32	19	12	34	1.90
80547--80784	102	2.3	102	91	0	377	32	18	12	36	1.88
80858--80892	15	2.3	15	95	0	61	20	22	20	37	1.95
80822--80928	51	2.1	52	94	1	189	24	20	15	39	1.92
80957--81072	36	3.2	36	80	8	137	28	19	11	40	1.86
81057--81144	39	2.4	35	87	9	115	43	20	6	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82236--82313	23	3.3	23	73	16	59	23	3	3	69	1.22
82324--82431	32	3.5	30	78	17	100	31	1	0	65	1.09
82331--82433	15	7.3	15	74	12	69	31	1	0	66	1.09
82295--82403	37	3.0	37	75	19	97	33	2	0	63	1.15
82324--82551	4	55.8	4	69	20	57	25	5	0	69	1.12
82353--82465	51	2.2	50	83	9	131	23	3	0	71	1.07
85536--85636	50	2.0	50	96	1	186	43	5	5	44	1.53
86339--86366	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
91927--92773	182	4.6	182	86	2	1092	42	12	16	27	1.84
91927--92773	366	2.3	364	86	2	1191	42	12	16	27	1.84

Tables:   1   2