genome.fa.s5189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005189.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011718_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1183632

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6002--6046	23	2.0	23	86	8	65	51	0	15	33	1.44
10621--10674	26	2.1	25	96	3	99	61	24	3	11	1.46
21001--21053	14	3.8	13	78	11	52	73	1	1	22	1.03
21009--21053	8	6.1	8	84	10	53	75	0	2	22	0.91
21000--21053	28	1.9	28	88	0	81	74	1	1	22	1.02
21008--21054	20	2.4	21	82	13	64	72	0	2	25	0.96
21009--21099	28	3.3	26	70	13	67	70	2	7	19	1.23
22272--22533	37	7.1	37	82	9	261	47	6	3	43	1.43
22353--22520	35	4.7	35	81	8	151	46	7	2	44	1.44
22457--22582	62	2.0	63	87	4	184	46	7	3	43	1.47
22583--22627	24	2.0	22	91	8	72	64	2	0	33	1.06
23461--23544	38	2.2	38	82	4	98	35	26	8	29	1.86
24312--24336	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
25742--28809	4	771.8	4	98	1	5877	49	25	0	24	1.51
32156--32224	29	2.4	29	97	0	129	36	7	18	37	1.79
32291--32366	31	2.5	31	80	4	82	13	14	32	39	1.85
32550--32654	38	2.9	37	84	8	128	15	12	31	40	1.84
36038--36067	13	2.4	12	94	5	51	86	13	0	0	0.57
41055--41088	17	1.9	17	88	5	50	58	2	14	23	1.50
50204--50235	12	2.7	12	95	0	55	6	0	28	65	1.16
51180--51204	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
52750--52842	31	3.1	31	66	12	84	38	17	7	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53055--53167	60	1.9	60	90	0	181	38	12	12	36	1.81
53764--53796	15	2.2	15	100	0	66	18	39	30	12	1.87
56546--56582	11	3.3	11	88	3	56	64	21	0	13	1.27
57062--57095	13	2.6	13	95	0	59	55	11	5	26	1.58
57943--57972	13	2.2	14	94	5	53	0	33	0	66	0.92
58489--58608	64	1.9	63	89	5	188	36	20	16	26	1.93
58495--58655	63	2.5	63	80	10	168	36	21	17	25	1.95
59291--59420	23	5.7	23	98	0	242	17	29	26	26	1.98
62256--62347	9	9.8	9	75	9	85	17	26	29	27	1.97
62256--62351	19	5.1	19	88	9	133	17	26	29	27	1.98
62285--62364	38	2.1	38	83	4	99	16	31	30	22	1.96
62353--62386	17	2.0	17	100	0	68	17	47	23	11	1.81
62377--62407	7	4.4	7	91	0	53	16	25	29	29	1.96
64605--64994	45	8.7	45	87	0	458	40	29	18	11	1.86
64605--64995	135	2.9	134	81	2	505	40	29	18	11	1.86
64969--65065	27	3.6	27	85	9	135	38	30	17	13	1.88
67818--67849	12	2.4	14	80	20	50	0	21	6	71	1.07
76472--76623	76	2.0	76	97	0	286	50	14	11	23	1.76
77308--77654	45	7.7	45	83	1	401	39	31	18	10	1.85
77308--77654	90	3.9	90	83	2	446	39	31	18	10	1.85
77308--77642	180	1.9	180	92	0	562	38	31	18	10	1.86
77629--77698	27	2.6	26	76	14	79	37	31	18	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78868--79057	60	3.2	60	87	1	229	51	2	12	34	1.53
78910--79076	60	2.8	60	88	7	241	55	2	6	34	1.41
79505--79556	24	2.1	26	89	7	81	15	13	17	53	1.72
79939--79969	16	1.9	16	100	0	62	9	12	19	58	1.62
87181--87941	45	16.4	45	75	11	604	38	32	18	11	1.86
87181--87929	90	8.1	90	91	4	1007	38	32	18	11	1.86
87664--87998	102	3.3	102	91	0	544	37	33	16	12	1.86
89630--89683	8	6.5	8	77	8	54	44	3	0	51	1.19
89630--89683	25	2.2	25	93	0	90	44	3	0	51	1.19
89949--89992	15	3.3	15	70	29	53	6	31	0	61	1.22
89932--89999	25	2.7	25	95	2	118	7	32	0	60	1.24
91374--91423	26	1.9	26	91	0	82	68	0	26	6	1.13
94304--94339	8	4.4	8	92	3	54	69	13	13	2	1.30
95941--95992	15	3.5	15	76	5	61	55	9	13	21	1.66
95928--96047	29	4.1	28	78	13	118	47	10	18	23	1.80
95928--96047	58	2.1	59	85	6	165	47	10	18	23	1.80
96401--96436	3	11.7	3	94	5	63	69	0	0	30	0.89
97435--97484	3	17.7	3	81	8	52	68	4	0	28	1.08
98890--98932	20	2.3	19	88	11	70	23	30	9	37	1.86
98895--98932	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
100474--100542	34	2.0	34	88	5	104	40	8	13	37	1.75
100955--100993	15	2.7	15	84	4	53	23	5	2	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101250--101305	21	2.7	20	75	8	58	25	3	0	71	1.02
101495--101520	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
105257--105306	16	3.3	15	84	15	68	80	6	14	0	0.90
105257--105306	15	3.4	14	83	10	64	80	6	14	0	0.90
105924--105974	22	2.3	22	89	0	75	35	27	11	25	1.91
106389--106424	18	2.0	18	88	0	54	19	2	33	44	1.65
107576--108569	105	9.5	105	89	1	1406	34	25	17	22	1.96
107576--108569	211	4.7	209	90	1	1422	34	25	17	22	1.96
109117--109241	34	3.8	34	73	19	120	43	9	15	32	1.79
109642--109694	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
109682--109784	45	2.3	47	80	8	115	34	4	1	58	1.31
110161--110200	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
112895--112954	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
113417--113465	18	2.6	19	78	18	57	63	0	0	36	0.95
113526--113576	12	4.4	11	80	9	57	66	1	0	31	1.03
127876--127901	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
130940--131065	64	2.0	64	92	3	209	29	4	39	26	1.76
131690--131731	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
139649--139683	17	2.1	17	89	5	54	28	14	17	40	1.88
139752--140082	51	6.6	50	82	6	348	47	14	10	27	1.77
139738--140082	102	3.4	102	82	4	430	48	14	10	27	1.76
154061--154204	59	2.4	59	80	7	141	29	19	8	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154410--154512	53	2.0	52	82	5	127	39	7	23	29	1.82
158320--158394	31	2.4	31	97	0	141	36	24	10	29	1.89
161287--161330	23	1.9	23	95	0	79	29	27	15	27	1.96
162718--162779	18	3.1	22	63	23	55	51	8	16	24	1.71
163606--164094	4	122.2	4	99	0	969	24	0	24	49	1.52
164238--164263	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
164937--165038	53	1.9	53	85	0	141	28	11	11	48	1.75
167667--167798	69	1.9	69	84	4	176	27	18	12	42	1.85
167977--168101	66	1.9	66	86	3	180	24	19	16	40	1.91
168679--168887	105	2.0	105	100	0	418	35	21	18	24	1.95
172500--172528	12	2.5	12	94	5	51	79	3	0	17	0.87
176039--176082	22	2.0	22	86	8	63	38	6	0	54	1.27
176044--176092	21	2.3	20	80	10	53	40	4	0	55	1.19
177310--177359	2	25.0	2	90	8	75	2	46	0	52	1.12
188683--188753	20	3.7	20	68	24	62	36	9	5	47	1.60
193270--193702	217	2.0	217	92	2	717	40	10	6	42	1.64
196978--197019	21	2.0	21	90	0	66	28	26	21	23	1.99
197132--197187	15	3.5	15	76	21	60	19	25	35	19	1.95
197147--197202	15	3.2	18	69	25	57	17	25	37	19	1.94
197131--197211	33	2.3	35	91	6	130	18	23	37	20	1.94
200157--200219	34	1.9	32	87	6	90	23	28	17	30	1.97
200510--200551	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200681--200737	20	2.9	20	87	7	82	15	29	33	21	1.94
203710--203748	17	2.3	17	86	8	53	61	0	2	35	1.10
205566--205609	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
211844--211873	4	7.5	4	92	0	51	46	23	3	26	1.68
211844--211886	8	5.4	8	91	0	59	41	23	9	25	1.84
211844--211886	12	3.6	12	87	0	59	41	23	9	25	1.84
219621--219660	19	2.0	20	95	4	73	5	37	5	52	1.45
228636--229047	210	2.0	200	95	4	734	28	18	13	40	1.88
229413--229461	21	2.3	21	92	0	80	26	10	44	18	1.81
229724--229790	27	2.5	27	75	4	73	20	5	40	32	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6