genome.fa.s5320.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005320.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012040_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  539900

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 263 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--603	222	2.7	223	94	5	1059	29	21	12	36	1.91
1--603	110	5.5	113	93	6	1051	29	21	12	36	1.91
1339--1789	162	2.8	163	94	3	791	38	22	13	26	1.90
1339--1789	82	5.5	82	91	5	727	38	22	13	26	1.90
2903--2945	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
2903--2949	10	4.8	10	94	5	87	0	10	0	89	0.49
14218--14248	14	2.2	14	100	0	62	48	0	0	51	1.00
15675--15741	3	22.7	3	93	3	118	65	0	1	32	1.02
19008--19053	20	2.3	20	96	0	83	17	19	34	28	1.94
19784--19820	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22157--22185	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
33321--33373	21	2.5	21	81	0	70	20	22	18	37	1.94
33363--33415	20	2.7	20	96	0	97	37	22	20	18	1.94
33586--33649	22	2.9	22	90	0	101	25	40	14	20	1.89
33986--34055	20	3.5	20	86	1	97	11	14	22	51	1.74
34019--34062	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
35925--36061	20	7.5	20	74	21	95	42	22	18	16	1.89
35948--36028	33	2.4	33	79	2	90	46	23	18	11	1.81
35928--36093	87	1.9	87	92	0	278	43	21	19	15	1.88
36108--36314	20	10.6	20	84	8	237	21	19	21	37	1.95
36128--36270	76	1.9	74	86	2	205	20	19	21	37	1.94
36090--36290	96	2.1	96	91	1	325	20	20	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36776--36877	21	5.0	20	71	11	82	20	37	19	22	1.95
38260--38295	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
38436--38514	33	2.4	33	86	2	104	13	24	21	40	1.90
38486--38574	20	4.4	20	92	2	144	17	22	25	33	1.96
41017--41068	24	2.2	24	82	0	59	36	17	19	26	1.94
41208--41251	19	2.3	19	96	0	79	29	6	25	38	1.81
41915--41957	20	2.2	20	91	0	68	20	18	27	32	1.96
41948--42060	20	5.7	20	97	0	208	19	19	21	39	1.92
42057--42101	20	2.2	21	88	4	65	37	17	26	17	1.93
42508--42606	45	2.2	45	82	15	116	74	0	12	13	1.07
42534--42789	15	17.9	13	67	24	67	75	1	6	16	1.11
42595--42717	56	2.2	54	80	11	133	73	4	3	19	1.14
42708--42750	19	2.2	20	87	8	61	76	2	6	13	1.08
42479--42789	9	32.1	9	64	18	58	74	1	7	15	1.12
42640--42781	4	35.8	4	70	24	54	74	2	5	17	1.11
43274--43328	25	2.2	25	84	9	69	40	9	0	50	1.34
44143--44167	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
45447--45499	23	2.2	24	90	6	90	35	20	20	22	1.96
45728--45766	20	2.0	20	94	0	69	46	0	5	48	1.24
46310--46362	20	2.7	20	90	0	88	26	24	11	37	1.89
47637--47663	11	2.5	11	100	0	54	29	11	14	44	1.80
49431--49546	46	2.5	46	88	0	178	26	23	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49838--50063	55	4.1	56	87	3	314	35	18	9	36	1.83
49843--50060	112	2.0	110	88	3	330	35	17	9	37	1.83
54272--54402	46	2.8	46	84	2	156	26	18	9	45	1.81
54704--55248	164	3.3	165	87	5	751	35	18	9	35	1.84
54704--55246	55	9.8	56	86	4	694	36	18	9	35	1.83
60156--60454	59	5.1	59	88	1	440	27	22	12	37	1.90
60201--60297	32	3.2	32	62	24	82	25	21	14	38	1.92
60156--60454	117	2.6	118	88	2	433	27	22	12	37	1.90
66877--66920	17	3.0	14	79	20	54	59	0	15	25	1.37
66885--66925	17	2.4	17	100	0	82	58	0	17	24	1.38
70092--70158	15	3.6	18	76	21	59	31	17	23	26	1.97
74196--74261	11	5.6	12	77	15	66	42	0	0	57	0.98
74192--74261	18	3.7	18	90	5	104	42	0	0	57	0.99
74196--74250	3	18.3	3	82	14	69	40	0	0	60	0.97
75580--75650	15	4.6	15	69	19	56	28	5	1	64	1.24
76550--76605	30	2.0	29	82	10	71	32	5	1	60	1.29
78961--79044	36	2.3	36	80	8	91	19	17	9	53	1.70
81561--81616	27	2.0	28	96	3	105	69	10	16	3	1.30
81603--81668	7	8.9	7	73	18	53	80	1	16	1	0.87
81604--81675	20	3.3	20	72	23	65	81	2	13	1	0.86
85980--86135	54	2.9	54	92	0	249	37	15	23	23	1.93
86500--86556	22	2.6	23	91	8	91	35	12	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87231--87756	76	6.9	76	95	1	948	23	19	22	34	1.97
87925--87996	20	3.7	19	85	9	101	43	0	0	56	0.99
87937--87996	13	4.6	13	73	21	54	43	0	0	56	0.99
87929--87985	3	19.3	3	79	16	66	40	0	0	59	0.97
89284--89355	15	4.7	15	73	14	58	27	5	2	63	1.30
96471--96603	46	2.9	46	94	2	232	27	28	22	21	1.99
96515--96550	18	2.0	18	100	0	72	22	27	22	27	1.99
96561--96596	18	2.0	18	94	0	63	22	30	22	25	1.99
97078--97127	25	2.0	25	96	0	91	22	22	12	44	1.85
100512--100644	46	2.9	46	94	0	230	28	30	19	21	1.97
100556--100591	18	2.0	18	94	0	63	22	33	19	25	1.97
101117--101166	25	2.0	25	96	0	91	22	22	12	44	1.85
111456--111756	59	5.1	59	89	0	467	27	22	12	36	1.91
118683--118710	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
122588--122886	113	2.6	114	82	5	336	39	17	13	28	1.88
122571--122905	114	2.9	113	81	6	356	40	18	14	27	1.89
125744--126706	2	476.0	2	62	23	177	46	6	3	44	1.46
125762--125806	13	4.1	11	78	21	58	35	0	11	53	1.37
125805--125944	11	13.8	11	67	14	70	49	4	0	46	1.21
125977--126055	29	2.9	27	73	15	72	48	5	2	44	1.38
125995--126706	27	25.5	28	67	21	147	46	6	3	43	1.46
126186--126220	13	2.7	13	95	0	61	57	8	0	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126383--126433	9	5.4	9	88	9	75	47	9	0	43	1.36
126389--126422	13	2.5	13	90	4	50	47	11	0	41	1.40
126548--126704	59	2.6	59	83	8	176	48	5	2	43	1.40
127556--127594	19	2.1	19	90	0	60	15	25	38	20	1.92
127649--127715	29	2.3	29	97	0	125	13	25	34	26	1.93
146725--146758	14	2.4	14	95	0	59	58	8	5	26	1.51
146754--146809	29	2.0	28	85	3	76	46	0	0	53	1.00
148145--148186	21	2.0	21	85	0	57	33	11	23	30	1.91
148759--148791	6	5.8	6	96	3	52	0	27	54	18	1.44
148856--148921	19	3.3	19	72	12	69	40	21	19	18	1.91
148849--148942	41	2.3	41	96	0	170	39	22	18	20	1.92
148871--148989	22	5.7	22	67	15	76	36	25	19	19	1.95
148865--148997	41	3.2	42	85	8	168	37	23	20	18	1.94
148934--148997	21	3.2	19	72	10	65	35	26	20	17	1.94
148953--149045	21	4.6	21	72	8	93	30	25	18	25	1.98
148931--149024	39	2.4	39	91	5	145	32	26	19	21	1.97
149941--149972	15	2.1	15	94	5	55	56	25	12	6	1.59
150036--150110	10	7.7	10	71	21	61	56	20	12	12	1.67
150040--150104	16	4.1	16	87	0	103	56	20	12	10	1.65
151102--151149	10	4.4	10	78	19	51	54	22	12	10	1.68
151089--151143	24	2.3	25	87	9	87	60	16	10	12	1.60
151109--151164	14	4.3	14	80	17	66	51	23	14	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151102--151163	24	2.6	24	92	0	97	53	22	12	11	1.71
156238--156285	21	2.4	19	80	16	53	37	2	4	56	1.30
156241--156281	22	2.0	21	85	9	57	39	2	4	53	1.35
158087--158166	26	3.0	26	82	7	97	41	12	22	23	1.88
158091--158175	28	3.1	28	88	3	111	43	12	22	21	1.86
166357--166391	18	2.0	18	94	5	63	65	0	0	34	0.93
168118--168191	3	24.0	3	89	5	112	64	1	0	33	1.02
168314--169141	258	3.2	257	82	4	1015	34	16	15	33	1.90
180501--180541	18	2.3	18	87	8	57	36	2	0	60	1.10
180501--180564	19	3.4	18	81	10	58	32	3	1	62	1.20

Tables:   1   2   3