genome.fa.s5349.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005349.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012136_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1796274

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797--825	14	2.1	14	93	6	51	0	17	0	82	0.66
4596--4659	10	6.6	10	74	13	62	18	25	31	25	1.98
4596--4659	19	3.3	19	91	2	92	18	25	31	25	1.98
4676--4731	17	3.3	17	92	0	94	16	42	25	16	1.87
4721--4751	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
11105--11141	17	2.2	17	95	0	65	43	5	5	45	1.49
24665--24712	18	2.7	17	87	6	60	33	25	2	39	1.67
25523--25582	25	2.4	25	100	0	120	31	21	3	43	1.69
29509--29546	18	2.1	19	90	5	60	15	18	44	21	1.86
36642--36707	30	2.2	30	84	10	82	30	16	7	45	1.75
38272--38384	60	1.9	60	84	0	154	27	17	21	33	1.96
38273--38397	60	2.1	60	80	3	135	28	18	19	34	1.95
38585--38705	60	2.0	60	81	9	140	38	12	16	32	1.86
42758--42788	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
45202--45244	10	4.0	10	77	16	50	58	20	11	9	1.61
45163--45262	24	4.2	24	76	12	107	57	18	14	11	1.65
51899--51941	23	1.9	23	85	4	61	23	27	6	41	1.80
54656--54688	2	16.5	2	93	0	57	0	51	0	48	1.00
62113--62182	30	2.3	30	85	4	88	38	4	12	44	1.63
66711--66752	3	14.0	3	94	0	57	33	7	0	59	1.25
70712--70754	17	2.5	17	84	3	59	51	0	0	48	1.00
74151--74180	15	1.9	16	93	6	53	26	0	6	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74654--75097	224	2.0	226	92	2	752	45	7	7	39	1.61
75161--75206	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
75336--75378	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
77606--77670	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
79591--80400	183	4.4	183	96	0	1503	36	14	16	33	1.89
82837--82890	23	2.3	23	93	0	90	37	5	16	40	1.72
83322--83358	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
83314--83360	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
83615--83701	39	2.2	39	89	0	138	47	19	14	18	1.83
84122--84194	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
84555--84627	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
83909--85000	435	2.5	434	95	2	1893	41	7	12	38	1.71
90797--90834	19	2.0	19	89	0	58	34	5	13	47	1.65
91396--91429	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
94105--94225	60	2.0	60	80	6	138	37	11	17	33	1.86
104310--104365	14	4.1	14	78	21	66	16	14	16	53	1.73
104311--104366	24	2.2	26	90	9	98	17	12	16	53	1.73
104623--104681	13	4.7	13	71	23	54	5	10	25	59	1.50
104974--105025	3	17.3	3	100	0	104	34	0	0	65	0.93
105099--105144	3	15.3	3	95	0	83	36	0	0	63	0.95
106557--106599	10	4.0	10	77	16	50	58	20	11	9	1.61
106518--106617	24	4.2	24	76	12	107	59	17	14	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106787--106864	24	3.2	24	83	0	84	55	14	12	17	1.70
110998--111040	23	1.9	23	85	4	61	23	27	6	41	1.80
117839--118728	448	2.0	445	92	2	1235	25	19	16	38	1.92
118918--118956	20	2.0	20	100	0	78	30	10	12	46	1.75
127561--127685	31	4.0	31	88	2	180	36	22	20	20	1.96
127960--128006	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
128638--128682	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
136484--136537	10	5.1	10	78	12	63	11	7	20	61	1.53
136473--136538	23	3.0	23	80	12	77	9	6	22	62	1.47
136605--136635	16	1.9	16	93	0	53	12	12	16	58	1.64
137090--137124	17	2.1	17	100	0	70	34	5	28	31	1.81
146596--146653	16	3.6	16	88	0	71	43	3	17	36	1.66
147643--147676	16	2.1	16	94	0	59	32	14	20	32	1.93
148986--149026	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
152607--152665	31	1.9	31	96	0	109	35	13	28	22	1.92
159440--159474	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
164017--164070	3	18.3	3	96	3	101	35	0	0	64	0.94
164139--164193	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
164289--164348	3	19.7	3	96	3	111	33	0	0	66	0.92
164595--164660	10	5.9	10	74	22	60	7	12	21	59	1.57
164595--164658	24	2.7	23	90	2	101	6	12	21	59	1.55
165032--165086	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165181--165214	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
165276--165308	15	2.2	16	89	10	52	51	6	0	42	1.26
165280--165311	15	2.1	15	100	0	64	53	6	0	40	1.26
166678--166720	14	3.1	14	83	3	52	62	18	6	11	1.50
166899--166978	24	3.6	20	84	12	61	60	18	10	11	1.58
166889--166978	34	2.6	34	87	3	119	60	17	10	12	1.59
166913--167000	24	3.7	24	95	0	149	57	14	11	15	1.64
166919--166997	14	6.2	14	72	21	84	56	15	12	15	1.67
172504--172597	2	47.5	2	95	2	172	0	50	0	50	1.00
175730--175851	27	4.6	27	95	2	212	28	13	15	42	1.84
179570--179664	27	3.6	27	94	2	167	29	12	15	42	1.84
181294--181329	17	2.1	17	100	0	72	11	16	0	72	1.12
182040--182121	41	2.0	41	100	0	164	24	24	21	29	1.99
185130--185368	121	2.0	122	94	0	417	30	26	15	27	1.96
186840--186914	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
186844--186908	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
187659--187714	14	4.3	14	76	17	66	53	23	12	10	1.69
187639--187713	24	3.1	24	86	3	98	56	20	10	13	1.66
188892--188919	6	4.7	6	100	0	56	46	0	35	17	1.49
200105--200190	37	2.3	37	89	0	145	11	11	39	37	1.78
204994--205055	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
205475--205714	121	2.0	122	94	0	419	30	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215778--215852	36	2.1	36	100	0	150	44	12	16	28	1.83
216217--216281	21	3.1	21	68	4	69	30	26	21	21	1.98
216149--216303	41	3.6	41	90	6	211	27	21	21	29	1.99
216238--216364	61	2.1	61	96	0	236	26	20	21	31	1.98
216195--216405	102	2.1	102	92	0	350	27	20	20	30	1.98
216299--216466	41	4.1	41	88	0	264	30	20	20	27	1.98
216141--216446	143	2.1	147	88	4	458	27	21	20	30	1.98
216545--216569	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
223848--223926	37	2.1	37	92	0	131	12	11	37	37	1.80
223579--224189	305	2.0	300	93	5	1034	24	13	24	38	1.91
228768--228829	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
229252--229491	121	2.0	122	94	0	419	30	26	15	27	1.96
239403--239557	41	3.6	41	91	6	220	27	21	21	29	1.99
239492--239618	61	2.1	61	96	0	236	25	22	21	31	1.98
239449--239659	102	2.1	102	92	0	350	27	21	20	30	1.98
239553--239720	41	4.1	41	90	0	264	29	22	20	27	1.98
239395--239700	143	2.1	147	90	4	476	26	22	20	30	1.98
239464--239714	20	12.2	21	64	9	97	28	22	20	28	1.98
239799--239829	6	5.2	6	100	0	62	35	48	16	0	1.46
243991--244076	37	2.3	37	89	0	145	11	11	39	37	1.78
243724--244336	304	2.0	296	90	7	964	24	13	24	38	1.91
248916--248977	31	2.2	28	83	13	74	29	29	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249393--249632	121	2.0	122	94	0	419	30	26	15	27	1.96
260417--260515	51	1.9	51	97	0	189	27	23	17	32	1.96
264566--264720	41	3.6	41	91	6	220	27	21	21	29	1.99
264655--264781	61	2.1	61	98	0	245	25	22	22	30	1.99
264612--264822	102	2.1	102	93	0	359	27	21	20	30	1.98
264716--264883	41	4.1	41	91	0	273	29	22	21	27	1.99
264675--264802	61	2.1	61	86	4	177	28	21	21	27	1.99
264558--264863	143	2.1	147	90	4	485	26	22	21	29	1.99
264627--264877	20	12.2	21	65	9	106	28	22	20	28	1.99
264962--264992	6	5.2	6	100	0	62	35	48	16	0	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8