genome.fa.s5349.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005349.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012136_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1796274

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775213--775263	26	1.9	27	88	4	77	19	13	5	60	1.53
777198--777237	16	2.5	16	87	0	62	47	27	2	22	1.64
777625--777938	105	3.0	104	82	5	373	31	17	10	40	1.84
778096--778196	28	3.6	29	76	12	102	31	15	9	42	1.80
778111--778197	30	3.0	28	79	12	88	31	14	11	42	1.82
778444--778507	30	2.1	30	91	0	101	32	18	12	35	1.89
778469--778545	38	2.0	39	87	2	111	40	18	12	28	1.87
778694--778775	28	2.8	30	80	17	109	25	14	13	46	1.81
778678--778782	28	3.6	29	77	11	88	23	16	15	44	1.85
778565--779012	224	2.0	224	98	0	869	24	19	15	40	1.90
778918--778999	28	2.8	31	77	20	104	24	15	13	46	1.82
778902--779015	29	3.9	29	77	10	88	23	18	14	42	1.87
779073--779252	94	1.9	93	82	3	227	25	31	17	26	1.97
781722--781752	10	3.1	10	100	0	62	29	32	0	38	1.57
781801--781834	17	1.9	18	94	5	61	29	8	2	58	1.43
783893--783942	3	16.7	3	82	0	55	36	28	32	4	1.76
783896--783946	24	2.1	24	92	0	84	35	27	31	5	1.81
790181--790224	17	2.6	17	92	3	72	29	4	18	47	1.68
791177--791207	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
794543--794643	3	34.0	3	72	15	68	72	1	0	24	1.02
794537--794781	9	26.6	9	70	25	108	73	1	3	20	1.07
794557--794756	25	7.9	25	72	20	107	73	2	3	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794534--794781	33	7.2	34	70	20	119	73	1	3	20	1.07
794537--794779	92	2.6	88	74	15	217	73	1	3	20	1.07
794646--794694	22	2.2	21	82	13	55	69	2	8	20	1.24
796357--798140	84	21.5	84	82	3	1908	24	19	25	30	1.98
799326--799505	88	2.0	88	86	0	252	31	18	16	33	1.93
801922--801958	19	1.9	19	89	10	58	72	0	18	8	1.08
802986--803082	34	3.0	30	73	19	79	73	2	1	23	1.01
803010--803186	9	19.4	9	67	23	61	73	2	3	20	1.09
803006--803227	17	13.1	16	69	20	100	74	1	4	19	1.08
803119--803180	15	4.1	15	84	10	81	75	0	3	20	0.94
803128--803162	3	11.7	3	87	0	52	74	0	0	25	0.82
803112--803226	6	17.7	6	71	21	56	78	0	5	16	0.93
807944--807972	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
808711--808761	19	2.5	20	79	17	61	33	0	1	64	1.05
808713--808761	20	2.4	21	86	10	75	32	0	2	65	1.04
810475--810559	3	28.3	3	100	0	170	65	0	0	34	0.93
811306--811351	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
816032--816084	27	2.0	27	92	0	88	24	5	15	54	1.62
817805--817917	45	2.4	48	82	11	153	30	13	20	36	1.91
825673--826075	200	2.0	202	99	0	792	29	18	23	28	1.98
827298--827343	24	1.9	24	81	0	56	23	13	23	39	1.90
827578--827678	50	2.0	50	100	0	202	26	17	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827786--827934	8	19.4	7	66	21	59	75	0	16	7	1.07
827775--827934	17	9.2	18	69	21	67	74	0	16	8	1.09
827800--827857	18	3.4	17	81	11	66	74	1	17	6	1.12
827783--827852	18	4.1	18	74	18	60	72	1	17	8	1.16
827794--827934	48	2.9	48	75	16	130	74	0	17	7	1.09
827776--827934	40	3.9	39	71	22	107	74	0	16	8	1.10
829128--829225	37	2.6	37	85	3	117	39	20	17	22	1.92
829172--829245	37	2.0	38	91	2	123	39	17	20	22	1.92
829248--829353	51	2.1	51	90	0	167	30	15	26	28	1.96
829321--829557	56	4.3	55	81	5	223	27	16	26	29	1.96
829261--829671	55	7.6	54	79	5	307	29	16	24	29	1.96
831217--831270	27	2.0	27	96	0	99	24	7	16	51	1.69
833950--834011	32	1.9	32	90	0	97	16	17	9	56	1.66
835848--835931	12	6.8	12	73	20	66	72	8	13	5	1.26
836970--837033	32	2.0	32	87	0	92	26	14	28	31	1.95
837439--837680	131	1.8	131	82	3	308	25	27	17	29	1.97
837957--838003	3	15.7	3	82	8	60	40	0	0	59	0.97
851004--851030	10	2.7	10	100	0	54	7	51	0	40	1.30
851790--851906	30	3.9	30	75	7	87	23	10	5	59	1.52
852759--852820	24	2.6	24	75	10	63	43	8	6	41	1.60
854778--854847	24	2.9	24	78	0	77	45	17	11	25	1.81
855541--855722	29	6.4	29	78	3	163	41	23	7	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855551--855716	84	2.0	85	90	3	264	41	21	7	30	1.80
855730--855781	18	2.9	18	91	0	86	15	21	46	17	1.84
862036--862080	23	2.0	23	86	0	63	46	17	13	22	1.83
862079--862124	24	1.9	24	86	0	65	41	17	10	30	1.84
862080--862137	24	2.4	24	76	0	62	48	15	10	25	1.77
862825--862891	29	2.3	29	89	0	98	41	23	5	28	1.78
862825--862979	29	5.4	28	71	5	94	40	22	7	30	1.81
862987--863021	18	1.9	18	94	0	61	14	22	45	17	1.84
863025--863060	11	3.6	10	89	10	56	33	30	22	13	1.93
864098--864128	16	1.9	16	93	0	53	58	22	6	12	1.58
865062--865097	16	2.2	16	90	0	54	44	19	0	36	1.51
865195--865389	96	2.0	97	87	5	279	40	13	12	33	1.82
867694--867766	29	2.5	30	86	2	112	36	15	31	16	1.90
867788--867819	12	2.6	12	95	5	55	18	46	21	12	1.82
867843--867926	15	5.6	15	67	13	57	51	0	0	48	1.00
869657--869707	26	2.0	26	84	7	68	37	9	1	50	1.47
869901--869937	19	2.0	20	89	10	60	75	8	0	16	1.02
872326--872373	24	2.0	25	84	12	64	41	2	0	56	1.11
874758--874788	15	2.1	15	100	0	62	61	0	12	25	1.32
877976--878009	17	2.1	17	88	5	52	35	14	5	44	1.70
878549--878634	23	3.7	23	87	0	127	29	25	23	22	1.99
882821--883014	3	60.7	3	73	12	93	56	5	3	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882821--882890	26	2.7	26	80	2	79	58	5	4	31	1.41
882871--882977	10	11.0	10	75	16	82	54	0	1	42	1.17
882821--883014	13	14.6	13	70	9	70	56	5	3	34	1.38
886180--886232	22	2.4	22	96	0	97	24	20	33	20	1.97
886861--886927	33	2.0	33	97	0	125	29	28	16	25	1.97
892448--892473	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
895327--895401	12	6.9	11	70	21	52	52	0	1	46	1.09
899609--899642	17	1.9	18	88	5	52	35	17	8	38	1.81
899803--899974	59	3.0	58	85	5	224	31	18	11	38	1.87
906928--907058	59	2.2	59	93	2	219	31	19	12	35	1.90
906957--907182	126	1.8	125	80	4	276	31	20	11	36	1.88
917238--917266	13	2.2	13	100	0	58	20	13	24	41	1.89
920164--920222	29	2.0	29	100	0	118	30	13	16	38	1.88
924681--924744	3	21.7	3	81	9	69	64	3	3	29	1.24
924929--925363	134	3.2	133	80	6	427	30	15	20	33	1.93
930548--930576	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
930647--930697	21	2.5	19	81	9	57	33	9	23	33	1.88
931336--931372	15	2.5	15	95	0	65	45	8	18	27	1.77
931512--931582	23	3.1	22	84	8	81	21	21	23	33	1.97
934547--934580	17	2.1	17	88	5	52	29	14	11	44	1.81
935164--935287	23	5.4	23	84	5	162	29	25	20	24	1.99
935144--935288	46	3.2	46	80	9	165	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935933--935978	18	2.6	18	79	6	58	32	28	6	32	1.83
937580--937636	29	2.0	28	82	3	69	31	7	19	42	1.78
938347--938474	59	2.2	59	84	0	157	28	17	25	28	1.98
944640--944760	23	5.3	23	76	5	122	28	26	19	25	1.99
949150--949196	20	2.3	20	78	7	51	76	2	8	12	1.09
949240--949274	13	2.9	12	88	12	54	77	5	2	14	1.07
962403--962437	13	2.9	12	88	12	54	77	5	2	14	1.07
962588--962613	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
963916--963981	29	2.3	29	78	5	71	42	9	15	33	1.78
964098--964201	23	4.5	24	84	7	142	20	20	25	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8