genome.fa.s5454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005454.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012493_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  374245

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568--774	87	2.4	88	85	5	260	25	18	29	26	1.98
1845--1878	15	2.3	15	90	5	52	11	11	0	76	1.02
15400--15457	3	20.0	3	76	13	59	67	1	3	27	1.17
15881--15925	20	2.3	20	96	3	83	48	22	8	20	1.76
17943--17983	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
25492--25593	33	3.3	30	76	14	84	59	0	0	40	0.97
25516--25569	17	3.2	18	71	15	60	59	0	0	40	0.98
25516--25593	33	2.4	33	82	6	97	58	0	0	41	0.98
26338--26392	21	2.6	21	94	0	92	18	21	29	30	1.97
26337--26424	21	4.3	21	79	5	81	22	22	23	30	1.99
26508--26532	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
27266--27504	42	5.7	42	92	1	392	37	24	18	19	1.94
27500--27552	21	2.5	21	90	0	79	16	18	32	32	1.94
30238--30568	165	2.0	167	86	3	470	25	18	33	22	1.96
34154--34222	29	2.4	29	92	2	113	28	27	11	31	1.92
41634--41899	21	13.5	21	68	16	176	21	20	23	34	1.97
41659--41810	40	3.8	40	93	2	268	20	19	25	34	1.96
41659--41810	82	1.9	80	94	2	268	20	19	25	34	1.96
41802--41892	35	2.6	35	98	0	173	24	19	20	35	1.96
41640--41930	21	14.8	19	71	15	157	22	19	22	35	1.96
43200--43244	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
44539--44666	31	4.1	31	78	9	143	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44625--44721	30	3.2	30	88	1	113	22	20	24	31	1.98
44652--44724	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
48152--48195	21	2.1	21	83	8	54	29	27	25	18	1.98
48225--48269	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
49573--49699	31	4.0	32	78	8	134	27	18	18	34	1.95
49658--49754	30	3.2	30	86	1	113	22	19	24	32	1.97
49685--49757	30	2.4	30	93	0	119	24	19	24	31	1.98
53774--53836	20	2.9	21	79	9	65	15	23	34	25	1.95
57633--57672	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
66864--66913	12	4.2	12	75	14	50	42	2	0	56	1.11
66868--66896	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
69127--69152	13	2.0	13	100	0	52	23	7	46	23	1.78
87507--87538	15	2.1	15	94	0	55	28	18	0	53	1.45
89518--89557	21	1.9	21	85	10	55	32	27	15	25	1.95
92503--92553	21	2.5	20	78	9	57	41	9	1	47	1.48
92708--92783	3	25.3	3	91	0	125	3	31	0	64	1.12
93501--93561	30	2.0	30	87	0	86	39	16	19	24	1.92
94320--94870	207	2.7	204	88	1	771	29	14	26	29	1.95
95128--95499	177	2.1	173	84	4	471	35	19	17	26	1.94
95986--96056	30	2.4	30	90	0	106	26	29	21	22	1.99
95999--96063	30	2.2	30	85	0	85	29	29	18	23	1.98
96047--96411	177	2.1	177	83	2	455	34	23	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96931--97140	42	5.0	42	87	2	314	15	31	14	38	1.88
96931--97140	84	2.5	84	92	0	348	15	31	14	38	1.88
97098--97502	225	1.8	225	89	2	634	29	22	13	34	1.92
99132--99231	33	3.0	33	95	0	173	47	20	14	19	1.83
99971--100011	20	2.0	21	85	4	57	56	4	14	24	1.58
99385--101254	394	4.7	398	86	4	2186	31	19	16	32	1.95
100365--100405	20	2.0	21	85	4	57	56	4	14	24	1.58
100995--101478	260	1.9	258	82	6	611	31	19	18	30	1.96
102573--102608	16	2.3	16	90	4	56	55	0	0	44	0.99
104387--104432	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
111709--111789	28	2.9	28	90	3	128	29	3	64	2	1.24
117485--117531	13	3.6	13	97	0	85	6	57	8	27	1.53
118141--118205	23	2.8	23	86	6	87	64	18	6	10	1.45
118525--118620	40	2.4	39	79	13	113	37	16	12	33	1.86
123361--123407	21	2.2	21	88	0	76	19	25	17	38	1.92
123410--123500	20	4.6	20	97	0	164	40	24	19	15	1.90
123491--123533	20	2.2	20	91	0	68	32	27	18	20	1.96
124374--124427	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
126799--126952	34	4.4	34	77	15	125	41	22	21	14	1.89
126818--126886	20	3.4	21	86	7	99	36	24	21	17	1.95
126883--126952	33	2.1	34	94	2	124	48	18	21	11	1.79
126990--127043	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126968--127063	33	2.9	34	90	3	149	12	23	19	43	1.85
127169--127205	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
128927--129194	103	2.6	102	91	4	429	36	23	12	26	1.91
135968--136008	21	2.0	21	85	4	57	39	17	14	29	1.89
135893--136213	103	3.1	103	94	0	543	38	23	12	26	1.90
138494--138592	20	4.9	20	96	0	171	38	21	20	20	1.94
138618--138713	40	2.6	37	85	11	117	17	17	19	44	1.87
138639--138815	20	9.5	20	76	16	150	18	18	20	42	1.89
139342--139390	18	2.7	18	96	0	89	10	12	48	28	1.73
140719--140773	20	2.8	20	85	0	74	49	21	16	12	1.79
141158--141223	22	3.0	22	88	4	98	21	13	39	25	1.90
141430--141472	20	2.2	20	100	0	86	20	20	20	37	1.95
142083--142135	3	17.0	3	84	7	70	37	0	0	62	0.96
142083--142142	12	4.8	13	85	4	63	40	0	0	60	0.97
142157--142196	21	1.9	21	85	10	55	30	20	25	25	1.99
144203--144264	33	1.9	33	83	6	83	40	0	1	58	1.08
144875--144917	11	3.8	11	81	6	59	32	0	2	65	1.06
154206--154260	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
154939--155654	76	9.5	75	95	1	1209	24	19	21	34	1.96
154939--155654	151	4.7	151	94	1	1222	24	19	21	34	1.96
155597--155697	45	2.2	45	92	0	166	21	19	21	36	1.95
155832--155922	3	30.0	3	85	6	121	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157969--158030	33	1.9	33	83	6	83	40	0	1	58	1.08
164100--164152	16	3.4	15	71	19	54	62	0	7	30	1.23
164100--164172	32	2.3	32	100	0	146	60	0	8	31	1.26
164118--164170	16	3.3	16	70	19	56	60	0	9	30	1.28
164115--164174	17	3.6	17	72	17	63	61	0	8	30	1.25
164778--164863	23	3.7	23	70	3	64	29	15	13	41	1.85
167208--167238	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
168217--168261	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
168229--168543	149	2.1	149	92	2	535	34	21	17	26	1.95
169257--169291	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
169783--169907	64	1.9	66	88	6	193	28	20	16	35	1.94
169783--169925	64	2.2	64	85	8	184	27	21	16	34	1.95
171769--171825	18	3.1	18	72	20	55	66	1	8	22	1.29
172063--172136	39	2.0	36	85	12	98	39	13	17	29	1.88
176677--176783	29	3.6	30	81	12	121	37	8	12	42	1.73
181486--181549	30	2.2	30	83	8	78	48	4	0	46	1.23
181961--182075	29	4.0	29	76	10	110	20	37	27	14	1.92
181963--182074	58	1.9	58	83	3	145	19	38	28	13	1.90
188618--188679	30	2.1	30	100	0	124	61	16	6	16	1.54
189849--189885	15	2.5	15	95	0	65	5	13	67	13	1.39
192603--192654	26	2.0	26	100	0	104	46	3	11	38	1.59
192791--192834	21	2.0	22	86	8	63	31	15	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193665--193713	25	2.0	25	91	0	80	42	26	8	22	1.81
193743--193787	22	2.0	22	95	0	81	24	33	22	20	1.97
194301--194364	21	3.0	21	86	4	92	26	23	25	25	2.00
200601--200643	22	2.0	22	95	0	77	23	32	23	20	1.98
201159--201222	21	3.0	21	88	4	101	26	23	26	23	2.00
201687--201724	20	1.9	20	88	0	58	15	26	34	23	1.95
206136--206185	9	5.8	9	80	15	61	70	6	2	22	1.20
207907--207952	18	2.7	18	78	18	53	21	2	2	73	1.04
211495--211534	21	1.9	21	85	10	55	57	2	7	32	1.40
212684--212816	67	2.0	67	90	0	212	25	13	21	39	1.90

Tables:   1   2