genome.fa.s5467.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005467.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012524_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  580209

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1870--1917	24	2.0	25	83	4	62	43	22	10	22	1.84
3507--3551	14	3.2	14	96	0	81	66	0	0	33	0.92
5430--5461	16	1.9	17	93	6	57	28	28	25	18	1.98
7010--7075	18	3.8	17	76	13	55	78	3	3	15	0.99
7050--7116	35	1.9	35	90	6	109	74	4	10	10	1.20
7149--7200	12	4.6	12	83	11	56	73	0	7	19	1.07
7172--7217	7	5.8	8	80	19	60	76	0	0	23	0.79
7172--7235	20	3.1	21	82	8	78	71	0	4	23	1.04
7257--7299	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
7888--7952	17	3.7	17	71	6	58	58	6	1	33	1.32
8213--8953	200	3.7	199	85	2	914	28	19	18	33	1.96
9018--9380	86	4.3	86	89	1	498	19	21	25	33	1.97
11502--11605	52	2.0	52	96	0	190	31	26	9	31	1.89
15538--15790	82	3.1	82	87	3	334	22	18	21	36	1.95
15657--15932	142	1.9	142	87	0	399	25	17	20	36	1.94
15799--16026	82	2.8	82	87	2	316	27	16	21	35	1.94
15586--16015	224	1.9	224	87	0	628	25	16	21	36	1.94
30746--30788	21	2.1	20	91	4	68	58	2	2	37	1.24
34218--34632	205	2.0	204	92	1	688	39	8	14	37	1.76
34833--34892	25	2.4	25	88	0	84	58	1	3	36	1.25
35186--35285	38	2.6	38	91	0	137	27	10	26	37	1.88
35414--35481	20	3.5	20	78	6	77	47	1	1	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35444--35497	27	1.9	27	82	14	65	42	1	1	53	1.22
37268--37316	17	2.9	18	88	8	68	53	0	0	46	1.00
37272--37316	2	24.0	2	82	13	60	51	0	0	48	1.00
37730--38133	95	4.3	95	89	2	589	25	19	14	40	1.90
37970--38123	49	3.2	49	64	17	133	22	18	16	42	1.89
37730--38133	189	2.1	191	90	0	632	25	19	14	40	1.90
39350--39430	43	1.9	42	89	2	126	24	22	19	33	1.97
56833--56875	13	3.2	13	77	6	50	53	0	2	44	1.13
61069--61217	56	2.7	56	87	2	201	36	16	17	28	1.92
61084--61241	56	2.8	55	84	5	185	36	17	16	29	1.92
67335--67386	21	2.5	21	100	0	104	38	17	11	32	1.85
67829--68004	56	3.1	56	85	8	243	34	17	21	27	1.95
74536--74692	56	2.8	56	87	5	221	33	17	19	29	1.95
74536--74716	56	3.2	55	83	9	172	33	18	18	29	1.95
75915--76051	54	2.5	54	90	0	211	29	16	21	32	1.95
91551--91589	19	2.1	19	95	0	69	12	33	5	48	1.63
97179--97244	32	2.1	32	100	0	132	34	15	24	25	1.94
97445--97501	28	2.0	29	90	10	91	73	0	17	8	1.07
98743--99214	134	3.6	133	84	3	564	34	20	14	30	1.93
98743--99221	133	3.6	133	84	3	558	34	20	14	30	1.93
100298--100478	64	2.8	63	83	3	218	27	17	26	29	1.97
100426--100476	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100319--100478	65	2.5	65	86	3	216	27	16	26	30	1.97
100320--100527	65	3.2	64	79	14	196	27	16	25	30	1.97
107032--107071	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
108955--109135	64	2.8	63	83	3	218	27	17	26	29	1.97
109083--109133	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
108976--109135	65	2.5	65	86	3	216	27	16	26	30	1.97
109146--109184	20	2.0	20	94	0	69	23	15	28	33	1.95
108977--109184	65	3.2	65	81	12	214	27	16	25	31	1.96
109352--109391	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
110779--110803	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
111296--111623	132	2.5	129	81	4	356	32	11	17	38	1.86
112471--112552	39	2.1	39	95	0	146	24	10	32	31	1.90
113554--113605	22	2.4	22	96	0	95	34	5	19	40	1.75
114920--114971	19	2.7	20	74	14	54	50	5	0	44	1.26
115919--115945	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
116203--116524	21	15.1	23	69	18	161	40	1	5	52	1.33
116397--116444	15	2.8	18	75	21	57	41	2	4	52	1.32
116434--116523	15	6.0	15	77	16	73	33	1	4	61	1.23
116211--116600	14	25.9	15	71	20	180	39	2	5	53	1.36
116282--116602	99	3.2	98	76	15	304	39	2	4	54	1.32
116203--116585	2	204.5	2	66	24	160	39	1	5	53	1.34
116529--116612	34	2.6	33	82	14	88	36	3	1	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116279--116604	97	3.3	97	74	18	262	39	2	4	53	1.32
117643--117697	28	2.0	27	82	3	65	20	1	5	72	1.13
117740--117775	19	1.9	18	94	5	63	33	5	0	61	1.19
119216--119256	20	2.0	22	90	9	68	14	14	17	53	1.73
121492--121665	38	4.7	37	80	8	167	35	15	10	38	1.83
121492--121669	75	2.4	72	87	4	250	34	15	11	39	1.83
121615--121723	54	2.0	54	90	0	173	28	18	15	37	1.91
121531--121799	129	2.1	130	82	4	339	31	17	13	37	1.89
121828--121892	22	3.2	22	62	28	52	36	15	16	30	1.90
121669--122257	39	15.5	39	76	6	487	31	15	14	38	1.88
129337--129375	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
129447--129476	13	2.3	13	94	0	51	43	6	20	30	1.77
129703--129905	59	3.4	58	84	3	246	28	26	14	30	1.95
131243--131284	7	6.0	7	81	10	50	80	0	2	16	0.81
131727--131782	7	8.0	7	74	21	55	14	1	3	80	0.93
131707--131757	23	2.2	23	82	6	59	13	3	3	78	1.03
131714--131781	14	5.0	14	72	15	54	13	1	2	82	0.86
131717--131760	23	2.0	22	90	4	70	11	2	2	84	0.81
142379--142463	24	3.6	23	78	12	84	30	25	21	22	1.98
142425--142491	23	3.0	23	71	2	55	34	23	16	25	1.95
143143--143194	21	2.5	20	87	9	70	32	26	11	28	1.91
149358--149423	24	2.8	24	79	6	73	30	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149543--149599	30	1.9	30	85	7	80	47	19	5	28	1.71
153059--153190	2	66.5	2	70	23	84	42	0	8	48	1.38
153059--153190	7	19.4	7	72	19	61	42	0	8	48	1.38
153059--153190	17	7.5	18	73	21	86	42	0	8	48	1.38
153111--153191	5	15.8	5	78	16	60	44	0	4	50	1.23
155557--155604	20	2.3	20	75	3	51	56	4	8	31	1.48
161682--161817	64	2.1	65	83	4	168	27	22	18	31	1.97
162558--162727	14	12.7	13	69	24	63	41	2	4	51	1.38
162550--162618	28	2.7	26	82	10	81	40	1	5	52	1.34
162571--162893	30	10.9	29	72	20	158	38	2	3	55	1.30
162719--162875	3	52.3	3	69	24	93	35	1	2	60	1.18
162527--162868	101	3.3	99	77	16	263	38	2	4	55	1.31
162649--162875	23	9.9	23	71	21	126	37	2	2	57	1.25
162533--162874	33	10.2	32	67	25	85	38	2	3	55	1.30
163280--163491	65	3.3	65	79	11	213	29	24	18	27	1.98
169877--169928	21	2.5	21	81	3	52	7	46	13	32	1.72
170937--171098	65	2.5	65	86	6	213	29	24	17	28	1.97
171068--171116	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
173716--173929	105	2.1	105	93	1	369	40	4	7	47	1.52
173756--173964	104	2.0	105	86	6	293	44	2	6	45	1.44
185715--185764	25	2.0	25	100	0	100	16	36	20	28	1.93
188290--188683	42	9.5	42	82	2	429	28	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188304--188667	123	2.9	124	83	0	433	29	19	18	32	1.96
191589--191635	18	2.7	18	81	12	55	51	0	0	48	1.00
192882--192928	18	2.7	18	93	3	78	31	8	31	27	1.87
192918--192999	44	1.9	41	97	0	128	25	15	23	35	1.94
193468--193559	38	2.4	38	85	3	132	40	39	9	10	1.73
195147--195198	20	2.7	18	80	16	59	36	17	28	17	1.92
197679--197703	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
199692--199797	44	2.4	45	82	6	128	32	17	18	31	1.95
205153--205305	65	2.4	64	78	3	164	30	15	22	32	1.95
205663--205722	30	2.0	30	93	0	102	31	5	18	45	1.71

Tables:   1   2   3