genome.fa.s5546.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005546.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1755203

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13574--13623	19	2.6	19	100	0	100	30	22	22	26	1.99
17258--17387	22	5.9	22	95	0	233	23	26	26	23	2.00
17591--17634	19	2.3	19	84	7	54	50	13	4	31	1.62
24110--24269	64	2.5	62	79	6	167	31	18	24	25	1.98
24238--24334	20	4.7	20	81	10	97	28	22	22	25	1.99
25382--25460	31	2.6	30	80	6	86	29	18	21	30	1.97
25443--25515	30	2.4	30	95	0	128	24	20	24	30	1.99
30340--30371	9	3.4	9	95	4	55	0	0	9	90	0.45
30340--30371	10	3.3	10	91	8	57	0	0	9	90	0.45
31676--31724	21	2.3	21	96	0	89	36	10	16	36	1.82
33882--33940	21	2.8	21	86	0	73	25	15	23	35	1.94
33914--33957	21	2.1	21	82	0	52	31	15	20	31	1.94
36677--36725	25	1.9	26	87	4	73	32	10	20	36	1.86
36861--36890	15	2.0	15	93	0	51	43	13	13	30	1.82
42267--42295	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
43707--43754	19	2.5	19	93	0	87	22	27	25	25	2.00
45423--45456	16	2.1	17	88	5	52	35	0	20	44	1.52
49324--49377	23	2.5	22	84	6	65	42	14	11	31	1.81
55643--55676	17	2.0	17	94	0	59	76	2	20	0	0.92
55699--55746	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
56461--56498	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
62038--62076	10	3.7	10	80	12	51	33	2	15	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66553--66701	74	2.0	74	97	0	280	24	19	14	41	1.88
66632--66735	52	2.0	52	98	0	199	20	24	15	40	1.90
73261--73300	13	3.0	13	82	7	53	37	2	0	60	1.11
75467--75512	19	2.4	19	85	7	58	30	10	4	54	1.55
75737--75774	20	1.9	20	88	0	58	10	13	2	73	1.19
77666--77695	13	2.4	12	94	5	51	46	16	0	36	1.47
79702--79755	23	2.4	23	75	6	58	22	24	25	27	2.00
85553--85591	19	2.1	19	95	0	69	28	20	30	20	1.98
85562--85603	19	2.2	19	86	0	57	30	21	30	16	1.95
85597--85800	65	3.2	63	77	12	218	28	17	23	30	1.97
87013--87117	54	1.9	54	90	0	165	38	17	12	32	1.87
91599--91646	20	2.5	20	83	6	64	33	29	8	29	1.86
94691--94746	26	2.2	26	86	0	76	50	7	16	26	1.70
101755--101881	67	1.9	67	96	0	236	29	25	17	28	1.97
106958--107214	123	2.1	123	82	13	307	24	6	24	43	1.78
107155--107221	28	2.4	28	79	0	89	16	5	31	46	1.71
107742--107790	16	2.9	17	81	6	55	32	24	4	38	1.74
110603--110977	161	2.3	162	92	1	619	32	12	17	38	1.86
110603--110977	54	7.0	54	92	0	592	32	12	17	38	1.86
110603--111022	215	2.0	214	87	1	617	33	11	17	37	1.86
113529--113576	23	2.1	23	88	7	71	39	12	14	33	1.84
115784--115894	29	3.8	29	93	0	186	21	9	23	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115789--115918	29	4.5	29	86	3	84	25	8	22	43	1.81
115789--115918	58	2.2	58	86	2	172	25	8	22	43	1.81
123640--123675	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
123985--124314	116	2.9	115	83	5	355	28	23	13	34	1.93
124549--124694	44	3.3	44	73	8	125	32	15	15	36	1.88
124512--124694	90	2.1	89	81	3	208	33	14	15	36	1.88
126261--126306	24	1.9	24	86	0	65	52	15	8	23	1.70
126296--126329	12	2.8	12	90	0	50	50	20	17	11	1.77
132298--132368	22	3.2	22	78	7	65	81	4	11	2	0.93
132327--132358	14	2.3	14	94	0	55	81	6	9	3	0.97
132297--132357	24	2.6	22	80	12	59	78	6	13	1	1.01
133837--133935	36	2.8	36	89	3	148	23	22	13	41	1.88
133954--134038	36	2.4	35	84	5	100	23	21	16	38	1.92
133872--134051	100	1.8	97	90	3	288	28	20	13	37	1.91
134014--134087	36	2.0	37	94	2	132	35	20	14	29	1.93
133837--134183	135	2.6	137	86	8	466	29	21	13	36	1.91
134141--134297	63	2.4	65	92	2	273	31	20	12	36	1.89
135057--135508	105	4.3	106	89	3	614	32	26	19	21	1.97
135057--135507	209	2.1	209	87	4	633	32	26	19	21	1.97
136056--136186	32	3.8	34	82	11	144	41	14	13	29	1.84
136588--136687	42	2.4	43	77	11	100	34	6	2	58	1.34
138046--138087	16	2.5	17	84	3	50	26	28	33	11	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148308--148344	18	2.1	18	89	0	56	29	16	21	32	1.95
150629--150715	23	3.5	23	68	27	61	29	2	0	67	1.03
150632--150716	17	4.9	16	72	17	64	29	2	0	68	1.02
150643--150698	29	1.9	29	85	7	78	28	3	0	67	1.07
150723--150780	25	2.3	25	100	0	116	43	36	5	15	1.69
151723--151923	108	1.9	108	85	4	280	20	16	16	45	1.85
152762--153152	131	3.0	131	87	1	570	34	10	14	39	1.81
164658--164969	138	2.3	135	81	6	346	30	18	17	33	1.94
165215--165263	11	4.6	11	80	10	57	24	2	0	73	0.94
165333--165385	22	2.3	23	87	6	72	43	37	13	5	1.67
166259--166462	109	1.9	110	86	3	295	19	12	17	50	1.76
167521--167869	131	2.7	131	86	3	472	35	11	14	38	1.83
169387--169426	20	1.9	21	85	10	55	35	2	25	37	1.69
169592--169631	21	1.9	21	89	0	62	27	17	17	37	1.92
172979--173039	7	8.4	7	76	7	59	34	3	26	36	1.73
172982--173038	15	3.9	14	81	6	51	35	3	24	36	1.73
172979--173036	29	2.0	29	82	3	71	34	3	25	36	1.73
173197--173248	21	2.5	21	77	0	59	25	9	25	40	1.85
173989--174022	16	2.1	17	88	5	52	38	2	17	41	1.65
180327--180354	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
182067--182150	30	2.8	30	85	10	109	28	30	27	13	1.94
182067--182165	31	3.2	31	86	2	137	28	32	27	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187015--187190	31	5.7	31	69	18	109	31	28	24	15	1.95
187915--187950	14	2.6	14	100	0	72	38	25	16	19	1.92
187915--187959	14	3.4	14	90	6	58	44	22	15	17	1.86
188421--188460	19	2.1	19	100	0	80	50	15	20	15	1.79
189075--189399	160	2.0	160	98	0	632	29	16	13	39	1.88
190959--191025	32	2.2	32	83	5	84	1	16	8	73	1.16
191808--192249	134	3.3	134	83	0	542	28	16	21	33	1.95
193505--193583	8	9.4	9	72	23	66	1	20	0	78	0.82
193506--193580	13	5.9	13	73	17	77	1	21	0	77	0.85
193497--193581	27	3.2	25	78	17	91	1	21	0	77	0.83
193512--193575	17	3.8	17	80	15	80	1	21	0	76	0.87
193492--193604	40	2.8	40	81	12	110	4	17	0	77	0.92
193492--193606	7	16.4	7	72	14	69	4	18	0	77	0.93
193510--193604	37	2.5	39	80	12	94	4	16	0	78	0.89
204841--204905	2	34.0	2	90	9	109	50	0	0	49	1.00
207217--207318	38	2.7	38	96	0	186	25	11	18	44	1.84
209299--209363	34	1.9	34	87	0	94	38	9	24	27	1.86
209253--209607	79	4.6	79	88	2	515	36	11	23	28	1.90
209333--209711	45	9.2	43	71	18	236	35	11	22	29	1.90
209562--209649	44	2.0	45	84	2	115	38	12	21	27	1.89
212211--212514	134	2.3	135	79	3	346	29	16	20	32	1.95
213064--213118	20	2.8	20	88	0	83	23	23	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213089--214141	233	4.5	233	83	3	1283	33	16	17	32	1.92
223743--223777	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
229627--230524	81	11.1	81	90	1	1293	31	21	11	35	1.89
230819--230946	54	2.3	55	86	4	170	27	19	21	31	1.98
231274--231330	20	2.7	22	84	7	75	28	21	14	36	1.92
231369--231421	20	2.7	20	80	11	63	24	32	13	30	1.93
233006--233062	30	1.9	30	88	0	87	35	22	21	21	1.96
233355--233483	59	2.2	59	82	0	150	28	24	17	28	1.98
241742--241985	49	5.0	49	87	2	328	37	13	20	28	1.91
246268--246374	55	1.9	55	86	3	153	31	16	18	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8