genome.fa.s5546.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005546.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00012840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1755203

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750347--750654	154	2.0	155	96	3	577	31	22	17	27	1.97
755178--755231	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
756286--756323	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
756308--756350	17	2.8	16	83	13	54	44	20	23	11	1.84
756317--756350	17	2.1	17	94	5	61	47	17	23	11	1.81
756488--756524	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
758169--758235	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
758224--758281	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
758208--758286	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
758315--758372	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
758298--758388	32	2.8	33	93	3	157	13	18	20	47	1.82
758373--758427	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
758909--758953	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
760271--760313	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
760862--760939	41	1.9	41	83	0	102	23	16	20	39	1.92
760822--760936	20	5.7	20	79	2	95	26	18	23	32	1.97
760925--761017	20	4.5	21	75	4	91	17	23	18	40	1.90
760925--761017	41	2.3	41	96	0	141	17	23	18	40	1.90
764044--764095	18	2.8	19	80	11	63	75	0	19	5	1.01
766017--766255	78	3.1	78	87	1	334	33	23	16	26	1.96
770756--770812	26	2.2	26	90	0	87	33	24	15	26	1.95
774140--774266	59	2.1	60	80	7	134	35	11	18	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781112--781158	19	2.4	19	89	10	69	57	0	0	42	0.98
781034--781175	23	6.1	23	69	20	89	54	2	0	42	1.17
781042--781189	26	6.3	24	70	21	91	51	2	0	45	1.20
786386--786647	55	4.8	55	89	0	400	34	17	12	35	1.88
791561--791620	20	2.8	22	78	9	63	18	23	30	28	1.98
793318--793364	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
793774--793825	19	2.6	21	90	6	81	46	5	11	36	1.64
794722--794781	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
797478--797524	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
797934--797985	19	2.6	21	90	6	81	46	5	11	36	1.64
798893--798952	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
805539--805585	19	2.5	20	83	16	57	46	0	2	51	1.13
806707--806801	22	4.2	22	66	12	75	37	1	10	50	1.44
806564--806756	15	12.5	15	86	8	244	48	0	2	49	1.12
806736--807412	54	12.1	54	77	13	653	33	0	13	52	1.43
806759--806803	22	2.1	22	95	4	83	33	2	13	51	1.53
806781--807615	32	26.7	32	71	22	482	33	0	13	52	1.44
806877--806919	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
806962--807192	80	2.9	80	98	0	444	30	0	16	52	1.47
807066--807113	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
807155--807197	22	2.0	22	95	0	77	32	2	13	51	1.54
807209--807251	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806736--807712	300	3.2	300	92	4	1543	33	0	13	52	1.44
807181--807492	80	3.8	79	91	4	464	32	0	13	52	1.47
807455--807497	22	2.0	22	90	0	68	34	2	11	51	1.51
807263--807727	54	8.6	54	70	18	324	33	0	13	52	1.43
807509--807551	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
807675--807717	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
806813--807283	198	2.2	213	79	16	268	33	0	14	52	1.43
810984--811020	2	18.5	2	88	0	56	51	2	2	43	1.30
811663--811733	25	2.6	27	76	13	74	61	1	11	25	1.37
813382--813791	64	6.5	63	87	6	532	20	18	26	33	1.96
813425--813791	125	2.9	126	88	5	546	20	19	26	33	1.96
813696--813928	102	2.2	107	82	7	271	21	18	26	34	1.96
814658--814780	37	3.4	36	76	12	128	41	13	20	25	1.88
814765--814816	27	1.9	27	84	7	70	32	11	17	38	1.85
816368--816454	17	5.7	15	76	14	54	1	11	6	80	0.95
816368--816447	35	2.3	33	81	12	90	1	11	6	81	0.93
816391--816449	14	3.8	16	80	15	70	0	10	5	84	0.76
816367--816454	21	4.1	20	77	16	79	1	12	6	79	0.98
820891--820971	27	3.0	27	74	7	83	60	1	11	27	1.38
822247--822283	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
822535--822570	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
822948--823017	35	2.0	35	100	0	140	28	20	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823499--824267	106	7.4	106	85	5	1021	23	18	22	34	1.97
824730--824771	20	2.1	20	100	0	84	40	21	23	14	1.90
835586--835610	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
836255--836328	35	2.1	35	94	0	130	29	18	10	40	1.85
837030--837110	23	3.3	23	72	6	63	41	3	1	53	1.27
837270--837331	21	3.1	19	74	17	52	58	1	1	38	1.18
837805--837863	12	5.0	12	77	2	57	27	13	15	44	1.84
837806--837863	24	2.5	24	85	2	82	25	13	15	44	1.83
838898--838983	29	2.9	30	87	3	122	62	10	10	16	1.53
839866--839921	26	2.2	26	100	0	112	17	35	10	35	1.85
840505--840541	18	2.1	18	94	0	65	48	29	2	18	1.62
840525--840580	28	2.0	28	82	6	69	57	32	1	8	1.40
852475--852514	17	2.3	18	95	4	73	45	17	12	25	1.83
852992--853092	20	5.1	20	88	7	143	23	15	20	39	1.91
853164--853254	36	2.5	35	92	5	155	35	15	20	28	1.93
853282--853362	20	4.1	20	83	12	96	24	16	20	38	1.92
853282--853362	40	2.0	40	90	4	128	24	16	20	38	1.92
853029--853570	294	1.9	282	88	9	804	29	16	19	34	1.94
853454--853548	36	2.7	35	86	4	145	33	15	22	28	1.95
853558--853708	75	2.0	75	89	1	232	35	15	19	29	1.92
853692--853788	42	2.3	42	94	0	167	39	15	19	25	1.91
854051--854079	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854044--854079	17	2.1	18	94	5	65	36	0	0	63	0.94
856672--856792	64	1.9	63	86	1	170	36	19	17	26	1.94
857457--857517	23	2.7	23	89	0	95	21	27	24	26	1.99
858039--858331	148	2.0	145	95	4	527	30	22	17	30	1.96
858923--859032	7	14.9	7	74	13	71	76	0	19	4	0.96
858937--859024	17	5.1	17	74	18	67	77	0	19	3	0.91
858923--859032	23	4.5	24	75	13	84	76	0	19	4	0.96
860912--861069	57	2.8	56	88	4	217	30	12	16	40	1.86
861326--861419	42	2.3	42	84	1	127	26	20	24	28	1.99
861015--861762	261	2.9	262	89	1	1119	27	18	19	33	1.96
862376--862602	114	2.0	113	98	0	436	37	8	17	37	1.80
866534--866575	19	2.2	19	100	0	84	0	19	9	71	1.13
867382--867440	12	5.0	12	81	6	68	42	15	16	25	1.88
867884--868005	26	4.5	28	74	10	110	48	1	0	49	1.16
867921--867976	22	2.6	22	75	11	62	53	0	0	46	1.00
867972--868025	21	2.5	22	80	14	60	42	1	1	53	1.22
868210--868258	24	2.0	24	84	0	62	10	16	24	48	1.76
868220--868251	14	2.3	14	94	0	55	6	15	25	53	1.65
868221--868271	24	2.1	24	85	7	68	11	11	21	54	1.68
868888--868983	11	8.6	11	85	6	131	29	21	25	23	1.99
869134--869205	27	2.7	27	89	2	110	22	27	26	23	1.99
869232--869286	16	3.4	16	92	0	83	10	10	20	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869612--869682	36	2.0	35	84	10	92	49	2	1	46	1.25
869748--869828	19	4.3	18	73	13	74	49	1	0	49	1.08
869729--869819	19	4.5	20	73	15	64	48	1	1	49	1.15
870433--870479	15	3.1	15	90	0	76	12	68	12	6	1.39
871659--871708	19	2.8	18	91	8	77	40	10	26	24	1.86
872869--872894	12	2.2	12	100	0	52	30	15	15	38	1.88
872613--873169	283	2.0	283	98	0	1087	25	20	24	29	1.99
874307--874344	17	2.2	17	90	0	58	36	10	18	34	1.85
877117--877192	29	2.6	29	78	11	84	32	1	28	36	1.66
878469--878509	20	2.0	20	86	9	57	68	0	2	29	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8