genome.fa.s5679.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005679.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013278_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141915

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5547--5608	27	2.4	25	82	12	65	37	1	1	59	1.17
5548--5610	8	8.0	8	73	20	53	38	1	1	58	1.17
6626--6701	29	2.5	31	83	8	95	35	11	0	52	1.38
8660--8687	10	2.8	10	100	0	56	42	17	21	17	1.89
12271--12335	9	7.1	9	83	13	71	81	0	16	1	0.77
12271--12335	8	7.9	8	78	11	69	81	0	16	1	0.77
12272--12334	12	5.2	12	74	11	56	80	0	17	1	0.78
15366--15421	19	2.9	19	85	12	71	41	1	0	57	1.09
15365--15427	30	2.1	30	82	11	76	39	1	0	58	1.07
15365--15427	8	8.0	8	78	10	60	39	1	0	58	1.07
16611--16685	29	2.5	29	82	8	80	33	12	0	54	1.37
17498--17549	25	2.1	25	96	0	95	32	26	19	21	1.97
18190--18234	23	2.0	23	87	8	67	33	8	20	37	1.83
18543--18575	17	1.9	17	100	0	66	57	0	24	18	1.40
20505--20554	6	8.0	6	77	20	50	16	4	2	78	1.00
20517--20555	20	2.0	20	94	0	69	15	7	0	76	0.99
20514--20556	11	4.1	11	79	11	54	13	6	0	79	0.93
21344--21383	19	2.1	19	100	0	80	32	20	15	32	1.93
22452--22496	16	2.8	16	100	0	90	26	13	0	60	1.34
23106--23130	11	2.3	11	100	0	50	56	8	12	24	1.62
27573--27604	7	4.6	7	100	0	64	62	0	25	12	1.30
27572--27611	14	2.8	15	88	11	66	65	0	22	12	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27572--27618	7	6.7	7	88	7	51	68	0	21	10	1.20
27572--27618	21	2.2	21	81	7	60	68	0	21	10	1.20
28291--28325	6	5.5	6	90	10	52	80	0	20	0	0.72
28284--28323	11	3.9	11	84	15	59	77	0	22	0	0.77
28865--29088	44	5.1	44	88	1	306	29	22	15	32	1.95
31716--31756	20	2.0	20	100	0	82	31	19	9	39	1.84
35300--35539	73	3.4	70	80	6	252	44	12	11	30	1.79
36742--36766	12	2.1	12	100	0	50	24	32	36	8	1.84
37060--37093	15	2.2	15	89	5	50	70	11	0	17	1.16
37064--37093	15	2.1	14	93	6	51	70	13	0	16	1.18
37685--37812	29	4.2	29	81	11	125	57	1	3	37	1.27
38162--38198	16	2.3	16	90	0	56	32	18	16	32	1.93
49450--49592	3	48.0	3	90	1	225	34	1	0	64	1.02
58671--58751	1	81.0	1	75	0	63	86	0	13	0	0.57
58668--58749	29	3.1	26	75	14	78	85	0	14	0	0.60
58667--58751	31	2.7	30	85	7	107	84	0	15	0	0.62
58668--58752	9	9.3	9	77	12	75	84	0	15	0	0.62
59911--60518	52	11.7	52	95	1	1031	23	14	21	41	1.90
61147--61716	119	4.9	119	91	3	901	37	13	20	28	1.90
61964--62103	3	47.0	3	89	1	219	34	1	0	64	1.03
67147--67180	6	5.7	6	90	10	52	0	14	0	85	0.60
67148--67180	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71355--71405	12	4.1	12	74	18	50	68	7	7	15	1.37
73017--73055	20	2.0	20	94	0	69	35	20	10	33	1.86
73023--73060	10	3.8	10	80	13	51	34	18	10	36	1.85
76696--76742	22	2.1	22	96	0	85	21	8	40	29	1.83
80535--80705	85	2.0	85	97	0	324	26	23	18	31	1.97
83938--83962	13	1.9	13	100	0	50	8	60	32	0	1.26
84673--84743	27	2.8	25	91	8	108	59	0	0	40	0.98
84673--84743	25	2.9	24	87	10	99	59	0	0	40	0.98
84684--84731	3	16.0	3	87	8	71	62	0	0	37	0.95
84937--85077	47	3.3	47	64	25	137	36	21	20	21	1.96
84872--85878	76	13.2	76	96	1	1816	35	21	21	21	1.96
84872--88002	228	14.1	228	83	10	2588	35	21	21	21	1.96
85826--85937	30	3.8	29	94	4	181	36	24	17	21	1.95
85674--89941	182	23.1	182	64	19	983	35	22	21	21	1.96
85674--86331	106	6.2	105	74	13	643	35	22	20	21	1.96
85750--86149	135	3.0	136	94	3	700	36	22	20	21	1.96
85961--86074	61	1.9	60	92	1	192	37	22	18	21	1.94
85961--86063	30	3.4	30	94	4	181	37	23	17	21	1.94
86021--86225	75	2.7	76	95	2	367	36	21	20	21	1.96
86173--86255	31	2.8	30	90	5	132	37	24	16	21	1.94
86202--86935	76	9.7	76	95	1	1289	35	21	21	21	1.96
86202--86935	151	4.8	152	95	1	1307	35	21	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86883--86966	31	2.8	31	92	3	136	36	23	16	22	1.94
86807--87042	107	2.2	107	95	1	422	36	22	19	22	1.95
86732--87118	183	2.1	183	95	1	690	35	22	20	21	1.96
86912--87651	76	9.7	76	96	0	1354	34	22	21	21	1.97
87599--87713	31	3.8	31	95	2	198	37	23	16	22	1.94
87599--87838	62	4.2	60	70	20	235	36	22	18	22	1.95
87737--87850	31	3.8	31	93	3	180	36	22	18	21	1.95
87523--87926	137	2.9	138	95	1	724	36	22	20	21	1.96
87796--88002	76	2.7	76	96	1	369	36	21	20	21	1.95
87447--88109	107	6.2	107	75	12	675	35	22	20	21	1.96
87950--88033	31	2.8	31	92	3	136	36	23	16	22	1.94
87979--89017	76	13.7	76	96	0	1897	35	21	21	21	1.96
87979--92196	228	18.9	228	84	9	3618	35	21	21	21	1.96
88966--89077	30	3.8	30	91	5	183	37	24	16	21	1.94
88890--89153	135	1.9	136	93	3	462	35	23	19	21	1.96
89025--89760	76	9.7	76	95	0	1307	35	21	21	21	1.96
89708--89791	31	2.8	31	92	3	136	36	23	16	22	1.94
89632--89866	107	2.2	106	94	2	411	36	22	19	22	1.95
89737--90474	76	9.7	76	96	0	1336	34	22	21	21	1.97
90422--90536	31	3.8	31	96	2	207	37	23	17	21	1.94
90422--90662	62	4.2	60	71	20	253	36	22	18	21	1.95
90346--90750	138	2.9	138	97	0	742	36	21	20	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90560--90674	31	3.8	31	94	2	189	37	22	18	21	1.94
90620--90826	76	2.7	76	96	1	369	36	21	20	21	1.95
90774--90856	31	2.8	30	90	5	132	37	24	16	21	1.94
90589--91388	182	4.3	183	73	15	765	35	22	21	21	1.96
90803--91844	76	13.7	76	97	0	1924	35	21	21	21	1.96
91792--91906	31	3.8	31	96	2	207	37	23	17	21	1.94
91792--92032	62	4.2	60	71	20	253	36	22	18	21	1.95
91640--92303	107	6.2	107	75	11	673	35	22	20	21	1.96
91716--92120	138	2.9	138	97	0	751	36	22	20	21	1.95
91930--92044	31	3.8	31	94	2	189	37	22	18	21	1.94
91990--92196	76	2.7	76	96	1	369	36	21	20	21	1.95
92144--92227	31	2.8	31	92	3	136	36	23	16	22	1.94
92173--92911	76	9.7	76	96	0	1325	35	21	20	21	1.96
91959--92379	183	2.3	179	95	1	518	35	22	20	21	1.96
92859--92942	31	2.8	31	92	3	136	36	23	16	22	1.94
92707--93094	183	2.1	183	96	0	708	35	22	20	21	1.96
92783--93018	107	2.2	107	96	1	431	36	22	19	21	1.95
92564--93246	335	2.0	335	97	0	1285	35	21	21	21	1.96
92479--93323	411	2.1	412	96	0	1552	35	21	21	21	1.96
92888--93497	229	2.7	228	96	0	1103	34	21	21	22	1.97
92888--93497	76	8.0	76	96	0	1103	34	21	21	22	1.97
96867--97070	81	2.5	82	95	1	365	38	21	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101847--101887	21	2.0	21	95	0	73	60	12	9	17	1.57
105400--105424	13	1.9	13	100	0	50	8	60	32	0	1.26
106133--106203	27	2.8	25	91	8	108	59	0	0	40	0.98
106133--106203	25	2.9	24	87	10	99	59	0	0	40	0.98
106144--106191	3	16.0	3	87	8	71	62	0	0	37	0.95
110460--110526	8	7.8	9	69	14	52	32	1	2	62	1.19
110460--110526	27	2.6	25	78	4	71	32	1	2	62	1.19
113966--114045	41	2.0	41	87	0	115	33	16	18	31	1.93
119524--119590	33	2.2	31	81	10	75	35	10	5	47	1.62
120372--120421	19	2.7	18	82	14	57	22	2	4	72	1.12

Tables:   1   2