genome.fa.s5728.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005728.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  971753

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--352	2	177.5	2	96	2	656	0	50	0	49	1.00
7239--7276	16	2.4	16	95	0	67	44	23	10	21	1.83
11031--11142	56	2.0	56	91	0	179	28	16	32	22	1.96
19779--19986	15	13.5	15	88	7	283	48	0	1	50	1.09
19989--20031	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
19927--20646	32	23.7	32	71	20	342	35	0	11	53	1.38
19966--20758	54	14.4	54	73	16	632	34	0	11	53	1.38
20034--20112	18	4.4	18	66	23	58	36	0	10	53	1.35
20065--20283	80	2.6	82	88	8	302	34	0	11	53	1.38
20177--20219	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
20208--20293	14	5.6	14	70	20	64	34	0	8	56	1.29
20321--20437	26	4.5	26	69	18	80	29	0	16	53	1.43
20431--20483	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
20445--20501	18	3.4	18	72	18	68	35	0	10	54	1.35
20011--20758	220	3.4	217	79	11	665	34	0	12	53	1.38
20486--20528	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
20540--20582	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
20571--20624	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
20585--20641	18	3.4	17	70	20	57	33	0	10	56	1.34
20706--20748	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34
21591--21640	22	2.3	22	92	0	82	28	48	10	14	1.75
23177--23255	20	3.7	20	73	18	77	41	8	26	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23166--23583	46	9.3	46	83	7	538	45	11	21	22	1.82
30796--30843	25	1.9	25	91	0	78	29	12	25	33	1.92
30796--30851	25	2.4	24	85	8	71	28	12	23	35	1.91
32262--32320	23	2.6	23	78	7	66	28	23	27	20	1.99
32713--32773	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
32766--32802	17	2.1	18	85	14	51	35	16	2	45	1.61
33636--33676	6	6.7	6	97	2	73	17	19	17	46	1.85
34243--34291	22	2.2	22	96	0	89	40	14	4	40	1.64
34255--34301	22	2.2	21	85	7	60	44	14	2	38	1.58
37517--37585	23	3.0	23	80	0	93	30	24	27	17	1.97
38056--38082	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
40151--40193	15	2.9	14	78	21	52	27	2	0	69	1.00
43574--43610	18	2.0	18	89	5	56	75	0	8	16	1.02
44774--44844	30	2.4	30	100	0	142	46	8	8	36	1.65
47732--47809	25	3.2	25	87	1	77	23	38	12	25	1.90
48090--48130	21	2.0	21	85	0	55	56	0	0	43	0.99
49248--49289	20	2.2	19	87	8	59	26	16	4	52	1.63
52243--52314	35	2.1	35	92	5	119	44	25	0	30	1.54
52248--52330	35	2.4	35	85	0	112	43	30	1	25	1.62
52493--52784	146	2.0	146	91	2	469	36	6	9	47	1.61
53285--53365	35	2.3	35	82	6	101	34	1	22	41	1.62
57872--57952	31	2.6	31	98	0	153	23	13	17	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57972--58002	14	2.2	14	94	0	53	58	25	12	3	1.50
57959--58026	24	2.9	23	81	12	84	58	19	11	10	1.61
58289--58340	24	2.1	26	85	7	72	55	17	11	15	1.68
61221--61261	22	2.0	22	85	9	59	56	0	0	43	0.99
64350--64793	223	2.0	219	81	7	523	47	15	16	20	1.83
73894--73918	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
78439--78500	16	4.1	16	75	17	53	77	8	14	0	0.98
78448--78518	29	2.4	30	81	13	76	77	7	14	1	1.04
79293--79344	22	2.4	21	90	9	86	38	28	13	19	1.89
80307--80563	36	7.3	36	78	9	253	26	19	12	40	1.88
80263--80611	138	2.5	138	82	1	380	27	21	11	39	1.88
80565--80698	68	2.0	68	89	1	207	33	21	8	36	1.83
81037--82343	106	12.4	106	93	1	2121	34	24	17	23	1.96
81037--82292	528	2.4	528	95	1	2212	35	24	17	22	1.95
91133--91167	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
104523--104665	77	1.9	77	85	2	198	34	8	9	48	1.65
105385--105423	17	2.3	17	86	8	53	33	5	0	61	1.18
105854--105921	31	2.2	31	89	0	100	17	25	26	30	1.97
107901--108091	32	5.9	32	87	4	260	32	19	17	29	1.95
110707--110763	30	1.9	30	88	0	87	28	19	28	24	1.98
111012--111045	16	2.0	18	88	11	54	58	5	0	35	1.22
111337--111417	20	4.1	20	82	9	94	41	25	9	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113418--113457	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
113376--113507	66	2.1	64	84	8	173	29	0	16	53	1.49
114022--114062	11	3.2	13	74	19	50	43	21	7	26	1.79
114023--114072	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
114174--114223	20	2.5	20	87	6	75	12	22	22	44	1.85
114509--114544	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
116733--116824	24	3.8	25	81	8	102	38	16	17	28	1.91
117249--117341	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
117249--117341	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
117268--117402	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
117330--117424	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
117919--117956	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
119277--119321	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
119803--119869	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
119858--119915	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
119842--119932	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
119803--119937	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
119949--120006	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
119944--120022	32	2.4	33	95	2	142	8	20	25	45	1.79
121910--121945	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
122062--122129	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
122148--122205	20	2.9	20	89	0	89	17	20	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122572--122607	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
122705--122772	19	3.8	19	75	14	74	50	16	19	14	1.79
122791--122848	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
121660--123036	643	2.1	650	95	2	2491	32	12	19	35	1.89
126461--126515	14	3.6	14	73	21	56	49	20	20	10	1.78
126443--126601	33	4.8	33	89	6	241	44	18	21	15	1.86
126602--126644	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
126785--126821	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
128184--128250	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
128184--128306	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
130307--130471	19	9.1	19	76	15	152	43	21	23	12	1.86
130307--130471	33	4.6	36	81	11	153	43	21	23	12	1.86
131046--131098	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
131107--131160	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
131047--131181	61	2.2	61	82	2	164	22	19	24	33	1.97
131149--131200	21	2.5	21	84	3	70	17	23	19	40	1.91
137754--137813	29	2.1	30	87	6	88	40	0	3	56	1.16
138981--139011	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
139118--139176	29	2.0	30	93	3	102	59	13	5	22	1.54
140065--140139	30	2.5	30	82	2	87	42	1	17	38	1.58
141319--141358	13	3.1	13	85	10	55	45	7	0	47	1.31
142678--142721	21	2.1	21	83	8	54	15	15	0	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143081--143114	17	2.0	17	88	0	50	20	8	5	64	1.43
154308--155293	105	9.4	105	96	0	1756	33	24	18	23	1.97
155553--155594	13	3.2	13	83	9	59	45	2	0	52	1.13
155556--155594	20	2.0	20	89	0	60	43	2	0	53	1.14
156906--156949	21	2.1	21	83	8	54	15	15	0	68	1.22
159534--159600	3	23.3	3	85	14	97	29	0	0	70	0.88
159721--159759	20	2.0	20	89	0	60	35	33	23	7	1.83
161943--162058	21	5.5	21	83	4	135	22	22	25	29	1.99
162444--162558	60	1.9	60	82	7	144	36	7	14	40	1.75
163202--163234	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6