genome.fa.s5728.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005728.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  971753

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753009--753104	18	5.1	18	73	20	72	76	0	4	19	0.95
753017--753098	4	19.8	4	72	23	55	74	0	4	20	1.00
754161--754238	3	26.0	3	72	10	52	60	2	2	34	1.24
754468--754652	84	2.2	84	85	0	244	23	20	25	30	1.99
754689--754840	37	4.2	37	78	6	150	37	11	19	30	1.88
754686--754795	36	3.0	36	81	2	130	36	12	19	31	1.89
754686--754830	73	2.0	74	82	6	179	37	12	19	31	1.89
754781--754861	37	2.3	36	82	6	94	38	11	20	29	1.88
754848--754925	36	2.2	36	93	6	133	35	12	21	29	1.91
754726--754952	120	1.9	121	83	7	300	37	12	21	29	1.90
759313--759371	4	14.8	4	77	13	59	74	0	5	20	1.00
759287--759377	16	5.8	15	73	25	73	73	1	6	18	1.11
759278--759375	28	3.3	28	72	18	81	73	1	6	19	1.10
759278--759377	45	2.2	45	83	15	127	74	1	6	19	1.09
759313--759407	39	2.4	39	83	11	106	72	3	3	21	1.12
760435--760515	3	27.0	3	73	9	58	60	2	2	34	1.23
760759--760930	84	2.0	84	79	0	182	24	17	26	31	1.97
760967--761203	37	6.2	37	72	16	164	38	12	20	28	1.88
761119--761203	36	2.3	35	88	9	118	37	11	22	28	1.89
763361--763447	23	3.8	23	79	8	88	25	22	28	22	1.99
763463--763783	103	3.1	103	95	0	588	36	23	13	25	1.92
764264--764303	21	2.0	20	85	5	53	10	32	32	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764330--764372	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
770418--770470	23	2.3	23	93	0	88	28	26	26	18	1.98
770486--770806	103	3.1	103	94	1	572	37	24	13	25	1.91
771287--771327	20	2.0	20	90	0	64	9	34	31	24	1.88
771352--771394	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
774902--774978	4	18.8	4	75	18	61	76	1	3	18	1.01
774896--774984	36	2.4	37	83	12	110	77	1	3	17	0.97
774893--774984	16	5.2	19	71	22	76	77	1	3	18	0.97
774894--775005	31	3.6	30	76	14	88	75	3	2	17	1.06
776060--776119	3	19.7	3	79	3	57	60	3	3	33	1.30
776043--776125	21	3.8	21	76	16	62	61	2	2	33	1.22
780152--780221	21	3.4	21	75	11	81	35	25	17	21	1.95
780152--780241	41	2.2	41	91	0	144	33	24	17	24	1.96
780395--780441	22	2.1	22	92	0	76	21	40	14	23	1.90
780788--780914	20	6.7	19	74	13	66	15	15	21	47	1.83
780836--780884	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
780852--780907	20	2.8	20	91	0	85	10	16	23	50	1.76
780871--780914	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
782817--782915	33	2.9	34	81	3	110	46	19	19	15	1.84
782882--782919	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
782915--782954	19	2.1	19	85	0	53	10	17	27	45	1.80
782924--782959	19	1.9	19	88	5	56	5	16	25	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782997--783045	20	2.5	20	82	0	62	16	16	26	40	1.89
783031--783073	20	2.2	20	100	0	86	13	9	23	53	1.69
783561--783642	42	2.0	42	90	0	128	21	40	15	21	1.91
783554--783652	21	4.7	21	75	3	92	23	35	18	23	1.96
785152--785209	20	2.9	20	89	0	89	44	24	20	10	1.82
785248--785398	20	7.8	20	78	8	125	25	19	21	34	1.96
785208--785390	74	2.5	74	84	3	226	22	18	21	36	1.95
785248--785398	40	3.9	39	78	10	168	25	19	21	34	1.96
785369--785651	140	2.0	140	97	0	539	43	15	13	27	1.83
785709--785743	18	1.9	18	94	0	61	20	2	22	54	1.58
787780--787816	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
788006--788059	24	2.2	24	90	6	83	40	20	16	22	1.91
788006--788073	24	2.8	24	81	0	64	38	20	16	25	1.92
788880--789089	20	10.4	20	72	10	167	24	16	26	32	1.96
788895--789089	41	4.8	41	89	1	268	24	16	25	33	1.96
789104--789149	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
789115--789151	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
789235--789300	31	2.1	31	86	5	89	43	3	3	50	1.33
792687--792783	45	2.2	45	92	0	158	43	6	5	45	1.51
798386--798483	20	4.8	20	74	3	70	36	22	18	22	1.95
798470--798643	20	8.6	20	79	5	118	34	25	20	20	1.96
798450--798644	40	4.9	39	80	3	183	35	24	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798450--798643	60	3.2	60	83	0	244	35	24	20	19	1.95
799025--799095	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
799177--799249	20	3.7	20	79	5	85	43	19	24	12	1.85
799187--799278	33	2.6	33	86	10	121	44	20	23	10	1.83
799187--799291	19	5.7	19	75	13	85	45	21	21	10	1.82
799309--799365	14	3.7	14	75	20	60	8	24	24	42	1.83
799292--799373	33	2.5	33	93	0	146	9	21	20	47	1.79
799287--799351	19	3.7	18	72	19	57	10	21	23	44	1.83
799918--799953	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
800060--800161	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
800168--800391	33	6.5	33	86	9	233	14	21	17	46	1.83
800193--800476	19	16.3	19	79	17	339	13	20	18	47	1.82
800193--800410	71	3.1	71	84	12	329	14	21	17	47	1.82
800242--800476	33	6.8	33	78	13	217	13	20	18	46	1.83
800223--800476	52	4.8	51	88	8	332	13	20	18	46	1.83
802755--802779	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
802954--803000	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
803683--803892	20	10.5	20	84	2	206	20	17	24	37	1.93
803742--804013	60	4.5	57	76	9	161	20	18	26	35	1.95
803859--803956	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
803859--804015	41	3.9	41	70	14	110	18	17	25	38	1.93
805867--805924	29	2.0	29	100	0	116	31	24	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806211--806302	44	2.1	42	79	16	100	45	0	1	53	1.07
807418--807457	17	2.4	17	87	8	55	67	0	2	30	1.04
807433--807483	17	3.0	17	80	11	52	58	0	0	41	0.98
807439--807487	24	2.0	25	88	4	73	53	0	0	46	1.00
807451--807484	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
807446--807496	25	2.1	24	82	10	59	52	0	0	47	1.00
810529--810623	27	3.6	27	95	2	167	41	16	12	29	1.86
814328--814422	27	3.6	27	92	2	149	42	15	11	30	1.83
822499--822531	16	2.1	16	100	0	66	18	6	30	45	1.73
823301--823432	64	2.1	64	91	2	212	37	10	18	32	1.86
824664--824768	31	3.5	30	79	5	97	45	2	5	45	1.41
825324--825396	29	2.5	29	73	18	71	46	6	19	27	1.75
829253--829286	2	17.0	2	87	0	50	50	0	5	44	1.26
835598--835681	31	2.7	31	84	1	105	59	9	16	14	1.60
835748--835796	15	3.3	15	70	0	53	28	32	0	38	1.57
839826--839880	12	4.7	12	76	17	53	74	1	23	0	0.91
839832--839874	15	2.9	15	92	0	68	74	0	25	0	0.82
840897--840937	14	2.7	16	81	11	59	31	7	9	51	1.62
854330--854365	19	1.9	18	88	5	54	61	5	19	13	1.52
857139--857321	56	3.3	55	82	4	206	31	15	12	40	1.84
857160--857329	56	3.0	56	83	0	214	31	17	12	39	1.86
858308--858351	23	1.9	23	85	0	61	56	13	18	11	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859060--859097	19	2.1	18	85	14	51	34	5	7	52	1.53
860341--860386	19	2.3	20	85	7	67	69	6	0	23	1.11
861636--861719	42	2.0	42	90	4	136	32	14	13	40	1.84
871920--872137	29	7.3	29	75	18	153	36	7	0	55	1.35
871919--872072	59	2.7	59	82	5	181	36	7	1	55	1.36
872087--872165	30	2.6	30	81	4	77	40	8	3	46	1.53
872279--872400	30	4.1	29	72	16	97	54	1	6	37	1.37
872279--872400	60	2.1	59	82	4	147	54	1	6	37	1.37
878760--878794	18	1.9	18	88	0	52	22	14	20	42	1.88
886092--886122	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6