genome.fa.s5788.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005788.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013565_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403709

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 262 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17116--17208	23	4.0	23	87	0	114	55	18	11	13	1.68
27794--27832	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
37622--37670	17	2.9	16	88	8	55	26	16	6	51	1.68
37632--37670	17	2.3	17	95	0	69	25	15	7	51	1.70
38418--38462	22	2.0	22	95	0	81	22	17	26	33	1.96
41290--41336	16	2.8	17	77	6	51	40	0	0	59	0.97
45299--45335	9	3.8	10	86	13	51	13	18	0	67	1.23
48968--49059	38	2.4	37	79	13	98	42	10	19	27	1.84
49238--49342	38	2.8	38	82	1	122	41	11	20	25	1.86
49254--49342	37	2.4	38	82	1	108	44	12	17	24	1.83
53610--53675	27	2.4	27	100	0	132	36	16	16	30	1.91
54197--54233	17	2.2	17	86	13	51	54	0	8	37	1.30
54252--54284	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
54962--55093	41	3.1	40	67	19	97	29	18	17	34	1.94
54904--55148	86	2.9	83	85	5	314	30	17	17	33	1.94
58484--58768	43	6.6	43	79	4	245	25	23	18	32	1.97
59264--59314	17	2.8	19	75	18	56	33	11	11	43	1.78
59619--59710	48	1.9	47	84	2	121	25	15	25	34	1.94
61972--62031	29	2.1	29	87	0	84	23	0	21	55	1.44
62017--62059	19	2.2	20	80	12	54	30	2	13	53	1.53
63881--63923	22	2.0	22	90	0	68	13	13	23	48	1.79
63901--63938	15	2.4	16	82	4	51	10	13	31	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70942--71015	36	2.1	36	87	5	105	45	1	5	47	1.34
71392--71453	27	2.2	28	83	11	74	45	1	1	51	1.20
71527--71566	11	3.5	11	80	6	53	42	0	7	50	1.30
71537--71606	32	2.2	32	82	10	81	52	1	2	42	1.24
71525--71600	22	3.4	22	83	7	64	48	1	3	46	1.29
71561--71610	22	2.2	23	79	13	59	54	2	0	44	1.11
75570--75614	22	2.1	22	95	4	83	53	13	0	33	1.40
75575--75623	22	2.2	22	89	7	73	57	14	0	28	1.38
75593--75701	32	3.7	31	75	23	119	52	12	0	34	1.40
75629--75676	22	2.1	22	84	3	60	56	12	0	31	1.37
75575--75978	134	3.1	130	86	5	538	51	12	0	34	1.44
75728--75834	32	3.7	32	71	23	108	51	10	1	36	1.47
75750--75793	22	2.0	22	82	8	54	54	2	0	43	1.12
75817--75924	22	4.8	22	82	13	148	52	14	0	32	1.42
75562--76215	188	3.6	180	86	9	832	52	12	0	34	1.43
75886--75933	22	2.4	19	78	18	53	52	14	0	33	1.42
75904--76096	32	6.7	32	73	24	203	52	11	0	35	1.42
75936--75978	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
75990--76032	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
75992--76040	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
76035--76087	14	3.5	14	72	18	52	56	7	0	35	1.28
75562--76055	54	9.4	54	79	12	444	52	11	0	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76076--76166	22	4.0	22	78	10	110	52	16	0	30	1.44
76044--76266	54	4.2	54	83	10	291	51	12	0	35	1.44
75833--76326	242	2.1	237	90	4	769	51	10	0	37	1.41
76181--76229	22	2.2	22	82	7	55	53	12	0	34	1.39
76129--76296	54	3.1	55	88	3	227	50	8	0	40	1.38
75904--76246	140	2.5	134	84	7	361	52	12	0	34	1.42
76252--76341	15	6.0	15	98	0	162	48	0	0	51	1.00
75561--76220	364	1.8	358	88	6	972	51	12	0	35	1.43
77700--77728	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
81115--81198	34	2.5	33	81	12	91	61	14	2	21	1.43
81111--81187	34	2.2	34	84	11	95	61	16	1	20	1.42
81390--81414	12	2.1	12	100	0	50	8	24	24	44	1.80
83457--83530	28	2.7	29	78	19	86	64	1	0	33	1.02
83470--83502	16	1.9	17	88	11	50	60	3	0	36	1.12
83464--83505	17	2.6	16	78	17	50	64	2	0	33	1.07
83497--83529	17	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
87470--87503	2	17.0	2	87	0	50	44	5	0	50	1.26
89263--89378	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
89366--89518	20	7.7	20	88	3	75	33	27	19	18	1.96
89366--89517	40	3.8	40	88	1	135	33	27	19	19	1.96
89366--89518	60	2.6	59	86	3	207	33	27	19	18	1.96
89894--89964	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90044--90149	19	5.6	20	71	20	93	47	17	21	13	1.82
90044--90116	21	3.5	21	76	10	87	47	16	20	15	1.82
90104--90155	14	3.4	14	72	23	50	44	21	25	9	1.82
90097--90176	33	2.4	33	91	4	126	47	22	21	8	1.78
90177--90263	39	2.4	37	85	12	112	11	24	18	45	1.82
90200--90253	19	2.8	20	85	5	74	12	25	18	42	1.86
90200--90261	20	3.2	20	81	4	90	12	24	16	46	1.81
91937--92218	93	3.1	93	97	1	523	22	12	19	46	1.83
92284--92340	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
92298--92389	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
92266--92389	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
92315--92373	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
92385--92524	19	7.6	19	80	8	146	10	19	25	45	1.81
94353--94388	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
94479--94566	19	4.8	19	79	14	114	48	15	21	13	1.80
94479--94585	53	2.0	52	96	1	196	46	16	23	13	1.82
94575--94834	19	14.7	19	77	18	276	14	21	17	46	1.84
94581--94866	105	2.7	108	88	7	396	13	20	18	46	1.83
94631--94834	72	2.8	71	87	6	270	14	21	17	47	1.83
94599--94866	33	7.8	33	75	15	222	13	21	18	46	1.83
96766--97188	225	1.9	228	95	4	768	27	21	11	39	1.88
98066--98276	19	11.8	19	76	17	220	45	16	22	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98088--98252	33	4.8	33	73	17	140	46	16	23	13	1.83
98037--98270	52	4.5	53	93	2	395	47	17	21	14	1.83
98285--98372	19	4.8	19	72	14	87	15	19	14	50	1.79
98285--98331	20	2.4	20	92	3	78	14	19	17	48	1.81
98266--98372	53	2.0	52	90	1	169	14	21	15	47	1.82
98462--98497	14	2.6	14	95	4	65	41	22	0	36	1.54
100356--100457	19	5.4	19	82	6	102	45	26	18	9	1.81
100356--100494	34	3.8	36	79	9	131	46	25	18	10	1.80
100371--100494	53	2.3	55	83	9	148	47	24	19	8	1.77
100371--100489	19	6.6	18	79	10	109	48	24	18	8	1.75
100466--100546	40	2.0	41	97	2	155	32	22	20	24	1.98
100546--100604	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
100530--100637	33	3.3	33	94	0	180	7	18	26	47	1.75
100530--100621	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
100579--100635	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
100700--100991	92	3.2	92	94	4	515	46	20	12	20	1.82
102719--102839	19	6.8	19	72	19	118	46	19	23	10	1.81
102766--102822	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
102719--102839	33	3.5	33	92	6	179	46	19	23	10	1.81
102851--102896	14	3.3	14	90	0	74	6	23	21	47	1.74
102878--102954	21	3.7	21	81	6	102	14	19	16	49	1.80
103034--103103	32	2.2	33	92	2	115	48	17	22	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103482--103613	20	6.6	20	91	1	203	19	19	28	31	1.97
103704--103756	19	2.8	19	100	0	106	9	16	22	50	1.74
107556--107614	28	2.1	28	87	6	84	57	8	10	23	1.59
115100--115158	29	2.0	29	100	0	118	27	27	13	32	1.94
122458--122490	15	2.2	15	94	0	57	45	0	0	54	0.99
124102--124270	90	1.9	91	81	10	213	33	14	12	39	1.84
126309--126346	16	2.4	15	87	12	58	31	31	13	23	1.93
126317--126349	16	2.1	16	100	0	66	33	30	12	24	1.91
127896--127954	29	2.0	29	100	0	118	38	13	20	27	1.90
131728--131755	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3