genome.fa.s5788.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005788.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013565_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  403709

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 262 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140193--140233	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
142389--142481	48	2.0	46	87	4	132	22	5	5	66	1.33
146994--147029	8	4.4	8	86	6	54	16	0	0	83	0.65
146984--147034	24	2.2	24	86	6	70	25	1	0	72	0.95
146992--147024	17	1.9	17	100	0	66	21	0	0	78	0.75
149256--149394	62	2.3	61	88	3	210	42	17	9	30	1.81
151287--151329	12	3.6	12	81	9	52	39	6	9	44	1.64
151573--151616	20	2.2	21	88	8	65	61	20	0	18	1.35
155049--155080	15	2.1	15	100	0	64	37	6	28	28	1.81
155193--155233	21	2.0	21	85	9	57	31	17	14	36	1.90
155610--155651	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
158361--158421	25	2.4	25	97	0	113	40	0	4	54	1.22
158876--158926	16	3.2	16	86	5	68	5	13	25	54	1.61
162419--162465	18	2.5	20	76	20	55	38	23	29	8	1.84
162428--162465	18	2.1	18	90	0	58	34	28	26	10	1.90
167611--167667	24	2.4	24	91	2	89	59	5	28	7	1.45
167836--167907	28	2.6	28	82	4	83	31	19	8	40	1.81
168112--168287	43	4.1	43	78	7	160	35	15	16	32	1.90
168172--168339	43	3.9	43	77	8	137	35	19	17	26	1.94
181391--181451	23	2.7	23	78	0	77	19	24	26	29	1.99
182701--182829	29	4.6	28	84	6	154	32	4	19	43	1.71
182701--182850	29	5.3	28	85	6	146	32	4	19	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189695--189729	17	2.1	17	100	0	70	17	42	22	17	1.88
189744--189864	29	4.1	29	81	2	134	33	3	21	42	1.69
189744--189864	59	2.1	58	85	1	161	33	3	21	42	1.69
194208--194252	18	2.5	18	100	0	90	42	17	15	24	1.88
196840--196891	23	2.3	23	93	0	86	17	25	28	28	1.97
196840--196899	23	2.6	23	89	0	75	18	23	26	31	1.97
197981--198035	21	2.6	21	100	0	110	29	9	23	38	1.85
204377--204406	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
204540--204636	25	3.9	25	70	20	60	71	3	7	18	1.23
206332--206465	36	3.9	35	81	9	159	37	11	21	29	1.89
210933--211082	7	19.6	7	66	24	56	73	1	5	20	1.10
211013--211082	24	2.9	23	78	14	70	74	1	2	21	1.03
211015--211091	24	3.1	26	71	19	67	74	2	5	18	1.13
212265--212315	13	4.1	12	80	19	52	68	0	1	29	1.00
219503--219562	31	1.9	31	96	0	111	51	15	10	23	1.72
221551--221612	27	2.3	27	100	0	124	33	0	9	56	1.32
222690--222727	13	2.9	13	88	7	51	42	0	5	52	1.24
222942--222975	13	2.5	13	90	4	50	14	2	0	82	0.79
223003--223052	21	2.3	21	80	10	57	36	8	2	54	1.42
229430--229694	43	6.1	43	76	7	241	26	19	23	31	1.98
229431--229634	85	2.4	85	86	5	261	24	19	22	34	1.96
229624--229743	44	2.7	44	80	2	134	29	16	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232924--233033	42	2.6	42	76	12	109	24	25	23	26	2.00
234411--234450	17	2.4	16	87	8	53	50	5	0	45	1.23
235437--235729	57	5.1	57	91	0	462	16	34	26	23	1.95
236603--236656	23	2.4	22	70	11	56	55	1	3	38	1.28
242330--242391	30	2.0	31	93	3	108	66	9	1	22	1.30
243397--243447	22	2.5	20	80	6	66	72	3	0	23	1.01
243397--243447	21	2.4	21	81	9	68	72	3	0	23	1.01
244160--244248	43	2.2	41	82	11	103	33	4	19	42	1.71
244350--244591	73	3.3	72	78	7	238	42	6	14	36	1.71
246801--246895	31	3.0	31	81	3	100	40	12	14	32	1.84
250001--250039	21	1.9	20	84	5	51	38	17	12	30	1.88
258863--258914	25	2.1	25	100	0	104	34	7	23	34	1.83
259838--260165	45	7.3	45	88	1	471	39	7	22	31	1.81
259838--260165	89	3.7	90	88	2	464	39	7	22	31	1.81
259838--260180	134	2.5	134	87	1	481	39	6	21	31	1.80
262856--263055	29	6.8	29	76	10	149	47	8	5	39	1.56
262856--263054	58	3.4	58	77	6	190	46	8	5	39	1.57
262855--263055	87	2.3	89	82	6	232	46	7	5	39	1.56
262891--263083	87	2.2	86	79	11	198	47	8	4	40	1.53
263008--263101	28	3.3	28	76	7	91	44	11	1	42	1.48
265723--266102	99	3.8	99	85	2	469	35	15	12	36	1.86
265723--266122	100	4.0	98	83	3	462	35	16	12	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266230--266268	20	2.0	20	84	0	51	38	5	12	43	1.65
266225--266431	84	2.5	81	85	2	279	42	7	11	38	1.70
266465--266504	20	2.1	19	86	9	55	37	5	15	42	1.68
266601--266639	20	2.0	20	90	5	62	41	10	10	38	1.73
266641--266828	76	2.5	77	84	6	224	37	16	10	36	1.82
271833--273034	174	6.9	173	78	5	1113	27	25	15	32	1.95
275155--275202	15	3.1	15	88	11	62	68	0	29	2	1.01
277932--278580	174	3.8	173	84	4	805	27	25	16	30	1.96
278470--278881	141	2.9	141	83	2	533	27	26	12	33	1.92
287063--287104	20	2.1	20	86	0	57	38	4	16	40	1.70
287932--287968	14	2.6	14	95	0	65	27	24	21	27	1.99
304361--304426	34	1.9	34	100	0	132	6	12	30	51	1.63
306609--306676	35	1.9	35	87	0	100	47	20	13	19	1.82
309181--309220	11	3.6	11	86	0	53	57	12	0	30	1.36
309294--309338	9	5.2	9	82	17	60	48	8	0	42	1.34
309280--309334	26	2.1	26	77	16	60	50	9	0	40	1.34
309288--309338	17	3.1	17	88	5	79	49	9	0	41	1.36
309296--309345	15	3.3	15	79	20	59	48	10	2	40	1.48
309294--309346	26	2.1	24	89	6	79	47	9	1	41	1.47
309352--309442	26	3.4	26	79	13	87	32	5	14	47	1.67
309361--309444	28	3.0	30	86	10	108	32	5	14	47	1.68
309432--309477	7	6.6	7	100	0	92	28	13	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309486--309526	22	1.9	21	95	5	73	31	0	17	51	1.46
309384--309556	91	1.9	95	80	9	214	31	8	13	46	1.73
309597--309667	36	2.0	35	86	2	97	32	2	22	42	1.68
315322--315433	56	2.0	56	96	0	206	33	22	18	25	1.97
318143--318183	20	2.0	20	86	9	57	39	9	7	43	1.65
318402--318451	15	3.3	15	88	0	73	30	34	14	22	1.93
322997--323138	64	2.2	64	79	8	146	32	19	23	24	1.97
323759--323818	31	1.9	31	86	6	86	23	20	21	35	1.96
323809--323880	29	2.4	30	83	2	92	16	16	30	36	1.91
324342--324687	4	86.5	4	96	0	629	27	0	22	50	1.50
327318--327455	64	2.2	63	82	3	161	33	15	23	26	1.95
328080--328144	31	2.1	31	85	5	87	21	20	23	35	1.96
328094--328156	31	2.1	31	84	3	83	20	20	26	31	1.98
328103--328198	30	3.2	30	82	2	86	16	19	29	34	1.94
328130--328201	29	2.4	30	86	2	92	16	19	30	33	1.94
328674--328792	2	59.5	2	100	0	238	0	0	49	50	1.00
333009--333073	33	2.0	33	100	0	130	18	18	20	43	1.89
333173--333217	13	3.5	13	78	0	54	37	17	17	26	1.93
333963--334009	23	2.0	25	83	8	62	34	10	8	46	1.69
338221--338292	34	2.1	34	97	0	135	51	19	22	6	1.70
356357--356429	36	2.0	37	84	5	96	50	4	0	45	1.20
370405--370438	12	3.0	12	87	12	54	44	0	55	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370955--371005	15	3.4	15	97	0	93	7	68	17	5	1.34
376156--376236	18	4.8	17	73	23	64	72	1	8	17	1.15
376134--376235	12	7.8	13	69	21	63	73	1	7	16	1.16
376174--376235	22	2.9	21	77	17	65	72	0	8	19	1.09
376429--376479	3	17.3	3	88	11	79	64	0	0	35	0.94
376490--376523	13	2.6	13	100	0	68	79	0	14	5	0.91
378383--378836	36	12.9	36	74	11	361	41	13	18	25	1.87
378418--378606	102	1.9	103	87	4	285	41	12	20	25	1.88
378386--378832	174	2.6	174	85	0	608	41	13	19	25	1.88
378555--378816	138	1.9	138	84	1	346	41	12	18	27	1.87

Tables:   1   2   3