genome.fa.s5819.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005819.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013636_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  637054

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5708--5880	90	1.9	89	92	1	292	38	10	6	44	1.64
6983--7214	90	2.6	90	85	2	288	35	20	16	27	1.94
10163--10263	45	2.2	45	96	0	184	23	5	14	55	1.62
10484--10558	31	2.4	31	80	4	89	12	24	30	33	1.91
12043--12086	11	3.8	12	82	14	56	29	34	0	36	1.58
15481--15536	24	2.3	24	78	3	58	16	44	12	26	1.83
19519--19558	17	2.4	17	100	0	80	22	10	25	42	1.84
21044--21152	29	4.0	29	77	18	135	47	14	11	25	1.79
21084--21123	21	1.9	21	94	0	71	45	15	12	27	1.82
21055--21154	50	2.0	50	100	0	200	46	14	12	28	1.79
26722--26780	31	1.9	31	86	6	84	13	23	30	32	1.93
26768--26861	31	3.0	32	76	4	93	14	23	27	34	1.94
29815--30078	137	1.9	136	85	5	363	32	16	14	36	1.89
32242--32284	11	3.7	11	82	11	59	27	32	2	37	1.70
36908--36950	11	3.7	11	79	11	50	30	34	0	34	1.58
37789--38085	148	2.0	148	95	0	531	28	27	10	34	1.89
44952--45010	29	2.0	29	96	0	109	49	13	11	25	1.76
46734--46779	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
50640--50700	27	2.3	27	100	0	122	39	16	16	27	1.90
52426--52485	10	6.3	10	73	22	58	15	28	30	26	1.96
52425--52483	19	3.1	19	90	7	84	16	25	30	27	1.97
52482--52524	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59725--59776	5	10.0	5	83	8	68	19	53	21	5	1.65
59736--59781	22	2.1	22	95	0	83	19	45	23	10	1.82
59776--59816	7	5.9	7	91	0	55	17	19	26	36	1.94
59773--59817	14	3.2	14	83	0	63	17	22	26	33	1.96
64211--64273	30	2.1	29	94	2	108	42	17	3	36	1.65
67305--67370	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
72265--72328	22	2.8	24	77	15	73	15	0	21	62	1.32
75082--75126	18	2.5	18	100	0	90	28	26	20	24	1.99
79775--79980	42	4.8	42	83	7	190	34	22	24	18	1.96
79814--79980	42	4.0	42	88	2	221	34	23	22	19	1.96
79775--79955	84	2.1	86	86	8	246	33	22	24	19	1.97
80387--80423	11	3.5	11	78	14	51	51	2	0	45	1.15
80378--80425	20	2.4	20	100	0	96	52	4	0	43	1.20
80922--81106	29	6.3	29	88	3	201	40	23	5	29	1.78
80922--81106	58	3.2	58	88	0	253	40	23	5	29	1.78
80942--81106	87	1.9	88	88	1	251	40	24	6	29	1.79
81114--81156	13	3.3	13	93	0	77	16	23	44	16	1.86
81781--81805	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
93276--93305	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
102214--102411	108	1.8	108	90	0	315	46	12	11	28	1.77
103204--103369	90	1.9	89	93	1	287	37	10	4	46	1.60
106580--106645	23	2.8	24	95	4	118	42	6	15	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106784--106808	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
106778--106915	27	4.8	29	71	22	71	46	0	2	51	1.13
117537--117597	19	3.2	19	73	11	61	60	1	1	36	1.16
119101--119208	32	3.4	32	84	2	110	30	28	22	18	1.97
123701--123745	20	2.2	20	88	0	63	33	15	11	40	1.83
124052--124140	39	2.3	39	86	2	115	25	7	24	41	1.82
127696--127791	39	2.5	40	82	5	115	36	21	25	16	1.94
128823--128889	27	2.5	27	85	4	82	25	4	23	46	1.71
130029--130155	44	3.2	42	68	28	114	62	11	0	25	1.33
130056--130117	32	1.9	32	84	12	83	67	9	0	22	1.19
129967--130158	76	2.6	75	86	4	250	59	11	0	28	1.36
131940--131970	14	2.2	14	94	0	53	6	19	16	58	1.59
132129--132153	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
135892--135964	10	6.6	11	73	14	62	49	1	0	49	1.09
139918--140072	44	3.5	42	83	11	161	34	20	24	21	1.97
144902--144972	31	2.4	32	81	13	89	42	18	4	35	1.70
147579--147681	32	3.3	32	77	16	101	0	16	0	81	0.80
147582--147688	39	2.7	39	82	13	130	0	17	0	80	0.82
147573--147688	41	3.0	40	77	15	118	1	18	0	78	0.89
152462--152529	31	2.2	31	94	0	118	25	14	8	51	1.71
152462--152548	31	2.9	31	86	3	106	26	12	9	51	1.69
161034--161122	2	44.5	2	100	0	178	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161369--161460	3	30.7	3	97	0	175	65	1	0	33	1.00
165447--165487	20	2.0	20	100	0	82	29	26	9	34	1.88
167215--167250	15	2.5	15	91	8	58	52	0	0	47	1.00
171211--171318	39	2.8	39	94	0	189	33	23	19	24	1.97
176084--176115	14	2.2	15	94	5	57	37	15	3	43	1.63
177619--177725	28	3.8	28	83	4	117	44	13	0	41	1.49
177643--177744	29	3.6	29	86	2	134	48	11	1	38	1.51
177619--177751	57	2.3	57	83	2	169	45	14	1	38	1.54
180913--181031	29	4.1	29	92	2	195	42	11	3	42	1.58
180913--181031	57	2.1	58	91	1	195	42	11	3	42	1.58
181028--181099	29	2.5	29	83	0	90	48	15	2	33	1.59
180889--181081	86	2.2	84	78	8	185	42	13	3	40	1.62
181956--181991	17	2.0	19	89	10	58	16	11	5	66	1.40
190264--190300	13	2.8	13	87	0	56	70	0	2	27	1.01
196662--196712	18	2.8	19	80	11	54	3	15	0	80	0.86
196677--196783	6	18.0	6	73	18	82	4	14	0	79	0.94
196650--196784	29	4.5	29	79	12	132	5	14	0	79	0.95
196691--196776	32	2.9	30	79	15	90	3	15	1	80	0.91
196650--196785	43	3.1	42	75	15	114	5	14	0	79	0.94
203000--203032	16	2.0	16	94	5	57	48	0	3	48	1.17
203037--203201	36	4.6	36	73	15	153	46	9	3	41	1.51
202999--203201	111	1.8	112	82	7	261	45	7	2	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203028--203201	76	2.4	71	82	8	208	47	9	2	40	1.50
203171--203227	22	2.5	23	91	5	89	38	10	3	47	1.55
203526--203681	13	13.2	12	70	22	77	38	1	2	57	1.20
203526--203609	10	8.6	9	76	18	71	39	0	3	57	1.16
203528--203688	3	54.3	3	69	20	65	38	1	2	57	1.20
203531--203688	28	6.0	28	69	24	94	38	1	2	57	1.20
203517--203608	41	2.2	42	90	5	143	41	0	3	55	1.16
203529--203688	23	7.3	23	69	20	85	38	1	2	57	1.20
204212--204240	10	2.9	10	100	0	58	62	10	10	17	1.54
204904--204928	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
214156--214195	16	2.6	16	88	11	57	52	0	0	47	1.00
215364--215426	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
221156--221182	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
222128--222207	40	2.0	40	92	0	133	40	16	6	37	1.74
233085--233218	60	2.2	60	83	1	169	30	14	15	39	1.87
235896--235963	30	2.3	29	78	11	68	64	5	10	19	1.44
245555--245894	170	2.0	170	100	0	680	32	20	16	30	1.95
246908--246987	40	2.0	40	100	0	160	27	17	20	35	1.95
247747--247833	28	3.1	28	70	9	86	50	2	1	45	1.21
248318--248390	31	2.4	31	81	2	94	46	12	2	38	1.56
250124--250159	16	2.3	16	95	4	65	33	0	0	66	0.92
258399--258424	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263451--263490	18	2.2	18	100	0	80	27	20	32	20	1.97
265062--265322	129	2.0	129	87	1	380	32	14	20	32	1.92
269315--269371	14	4.2	14	76	17	66	17	14	14	54	1.71
269635--269702	10	6.1	10	72	21	55	8	11	22	57	1.61
277255--277295	16	2.4	18	80	12	50	12	46	7	34	1.69
277912--277978	28	2.3	29	84	2	91	26	16	32	23	1.96
285505--285639	47	2.9	47	95	0	234	35	21	5	37	1.78
285645--285687	20	2.2	20	86	0	59	58	18	4	18	1.56
285749--285877	59	2.2	59	87	0	177	27	25	18	27	1.98
288031--288078	25	2.0	24	84	15	64	47	4	4	43	1.41

Tables:   1   2   3