genome.fa.s5836.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013680_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  991970

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152079--152128	21	2.4	21	93	0	82	22	24	28	26	1.99
152302--152352	17	3.1	17	75	5	52	37	9	11	41	1.75
152300--152355	15	3.6	15	74	9	58	33	12	12	41	1.81
152446--152477	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
152606--152662	26	2.2	27	81	6	64	59	7	1	31	1.34
156861--156903	13	3.0	14	78	18	52	34	2	9	53	1.46
157619--157673	24	2.3	24	100	0	110	34	23	18	23	1.96
161229--161292	20	3.5	19	68	27	57	15	34	26	23	1.95
163140--163201	32	1.9	32	90	0	97	20	17	40	20	1.92
164673--164740	27	2.4	29	78	7	79	63	4	0	32	1.14
164674--164711	15	2.4	16	82	4	51	65	0	0	34	0.93
165466--165521	22	2.5	23	85	5	71	39	1	1	57	1.20
165856--165885	6	5.0	6	91	0	51	50	16	13	20	1.78
170765--170800	18	2.0	18	94	0	63	41	25	5	27	1.77
171867--171930	8	7.9	8	73	22	53	68	3	0	28	1.04
171867--171929	17	3.9	16	79	12	67	69	3	0	26	1.03
171867--171932	9	8.0	9	73	23	56	68	3	0	28	1.05
171868--171960	26	3.8	25	75	10	86	66	3	0	30	1.07
171868--171963	50	2.0	48	82	12	115	66	3	0	30	1.07
172525--172580	21	2.7	21	83	2	60	25	3	7	64	1.35
182995--183026	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
183279--183318	14	2.9	14	85	3	55	2	12	27	57	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184478--184836	149	2.4	149	95	0	639	27	11	18	42	1.85
189859--189915	27	2.0	27	83	12	71	33	0	10	56	1.34
199819--199847	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
199914--200126	110	1.9	111	93	0	365	36	7	9	46	1.66
201606--201645	18	2.2	18	95	0	71	27	30	20	22	1.98
205773--205895	49	2.5	51	86	7	164	28	21	22	27	1.99
213377--213488	59	1.9	59	85	7	156	33	10	17	38	1.85
214535--214667	42	3.2	42	85	1	178	18	12	17	52	1.74
214864--214895	15	2.1	16	94	5	57	53	0	0	46	1.00
214890--214923	17	1.9	18	94	5	61	41	5	0	52	1.25
215027--215079	27	1.9	28	81	11	65	47	0	3	49	1.19
215105--215157	23	2.3	23	80	3	72	60	0	0	39	0.97
215495--215549	21	2.6	21	77	8	58	34	21	20	23	1.97
215537--215765	20	11.4	20	82	5	239	37	25	17	19	1.94
216458--216504	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
216679--216703	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
218996--219229	72	3.3	71	81	8	284	46	17	22	14	1.83
218982--219248	53	5.1	52	88	8	400	46	17	22	13	1.83
218963--219248	72	4.0	69	78	14	273	46	17	22	13	1.84
218996--219248	19	14.2	19	78	17	303	46	16	22	14	1.83
218982--219251	105	2.6	105	90	7	399	46	17	22	13	1.83
219250--219326	34	2.3	33	97	2	145	12	24	18	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219266--219334	19	3.8	19	76	20	85	13	23	15	47	1.80
219425--219461	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
221385--221537	19	8.6	19	73	15	130	45	22	20	11	1.83
221459--221515	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
221403--221532	33	3.8	33	90	4	188	46	22	21	10	1.81
221549--221607	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
221533--221656	33	3.7	33	90	1	176	8	16	27	46	1.77
221533--221624	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
221754--222067	93	3.4	93	97	1	596	45	18	14	21	1.85
223752--223816	21	3.1	21	80	4	87	47	13	26	12	1.78
223801--223857	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
223793--223874	33	2.5	33	100	0	164	47	19	23	9	1.79
223891--223947	14	3.7	14	70	20	51	8	22	22	45	1.80
223875--223954	33	2.4	33	93	0	133	8	20	22	48	1.76
223935--224008	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
224088--224158	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
224538--224729	20	9.6	20	86	4	253	19	19	27	34	1.96
224723--224793	21	3.4	20	75	13	54	25	18	22	33	1.96
225101--225141	14	2.8	15	77	7	57	31	17	7	43	1.76
225089--225127	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79
236203--236238	15	2.5	14	86	8	54	80	0	19	0	0.71
244716--244840	31	4.0	31	92	2	198	36	23	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245642--245686	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
248835--248959	31	4.0	31	91	2	189	36	23	19	20	1.95
249763--249807	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
250583--250623	21	2.0	21	95	0	73	24	29	21	24	1.99
251406--251530	31	4.0	31	81	0	142	40	18	17	24	1.91
259189--259248	29	2.1	29	100	0	120	13	31	36	18	1.89
259270--259306	18	2.1	18	100	0	74	37	24	21	16	1.93
259288--259379	44	2.1	44	100	0	184	27	14	42	16	1.86
259353--259483	16	8.2	16	75	11	117	22	7	54	16	1.67
259343--259477	33	4.2	32	83	11	177	22	8	51	17	1.72
259351--259478	15	8.1	15	76	14	123	21	7	53	17	1.69
259338--259468	64	2.0	65	94	2	228	23	9	50	16	1.74
259343--259505	48	3.3	48	77	15	163	22	8	52	17	1.71
259578--259641	32	2.0	32	100	0	128	21	25	21	31	1.98
259951--259999	21	2.3	21	82	3	62	32	0	16	51	1.45
259969--260035	28	2.4	28	82	9	91	34	0	10	55	1.34
260838--260896	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
263106--263269	43	3.9	43	74	15	187	18	34	24	22	1.96
263166--263297	41	3.2	41	66	19	119	16	31	28	23	1.96
263123--263300	84	2.1	84	97	0	338	17	32	27	22	1.97
263276--263353	35	2.2	35	100	0	156	19	20	33	26	1.96
263364--263445	29	2.8	29	100	0	164	18	28	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266835--266865	13	2.4	13	100	0	62	45	0	0	54	0.99
267945--268206	106	2.5	106	87	1	364	33	22	18	25	1.96
268331--268567	102	2.3	102	82	3	273	26	19	13	40	1.89
268480--268598	36	3.3	35	86	8	150	21	21	15	42	1.88
268495--268603	36	3.0	36	90	4	166	21	21	15	42	1.89
268748--269571	84	10.0	82	79	5	757	30	23	19	25	1.98
268748--269570	165	5.0	164	84	2	921	30	23	19	26	1.98
268835--269520	329	2.1	329	86	2	948	30	24	19	25	1.98
270877--270922	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
272636--272792	64	2.5	64	80	11	157	27	21	17	33	1.96
274606--274672	25	2.6	24	83	9	80	20	8	1	68	1.25
276421--276470	25	2.0	25	84	11	66	22	20	8	50	1.74
277651--277709	12	5.1	12	80	19	72	81	1	15	1	0.86
277651--277698	22	2.2	22	96	3	89	81	0	16	2	0.79
277671--277710	13	3.0	14	79	20	50	80	2	12	5	0.98
277782--277919	69	2.0	69	95	0	249	38	21	14	25	1.91
278846--278964	32	3.8	32	85	4	143	31	15	18	35	1.92
279626--279887	106	2.5	106	89	0	389	34	22	17	25	1.96
280012--280248	102	2.3	102	82	3	273	26	19	13	40	1.89
280161--280279	36	3.3	35	86	8	150	21	21	15	42	1.88
280176--280284	36	3.0	36	90	4	166	21	21	15	42	1.89
280429--281252	84	10.0	82	79	5	759	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280429--281252	165	5.0	164	84	2	923	30	23	19	26	1.98
280520--281201	329	2.1	329	86	2	949	30	24	19	25	1.98
282563--282608	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
282722--282790	25	2.8	25	95	0	129	27	24	28	18	1.98
284360--284516	64	2.5	64	80	11	157	27	21	17	33	1.96
286326--286382	25	2.2	26	82	14	66	21	10	3	64	1.39
286344--286413	32	2.2	32	80	12	81	21	4	2	71	1.16
287341--287396	26	2.2	26	100	0	112	58	10	7	23	1.56
287577--287623	20	2.3	20	88	0	76	34	23	19	23	1.97
287617--287704	20	4.3	20	82	7	106	39	26	15	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6