genome.fa.s5836.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013680_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  991970

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632942--632998	20	2.8	21	86	5	73	54	1	0	43	1.10
632951--633014	20	3.0	20	77	11	58	56	1	1	40	1.18
632996--633047	23	2.3	23	100	0	104	50	0	7	42	1.31
633200--633357	17	9.4	17	94	1	264	36	19	11	32	1.88
646166--646210	14	3.2	14	87	0	63	24	11	24	40	1.87
646229--646255	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
647019--647288	145	1.9	145	87	1	398	45	19	9	25	1.80
648180--648342	87	1.9	87	93	0	281	42	8	14	34	1.76
651855--652101	120	2.1	120	94	0	431	37	15	14	32	1.88
651691--652284	303	2.0	303	97	0	1116	34	16	14	34	1.90
651975--652928	183	5.2	183	96	0	1716	33	16	14	35	1.90
651975--652928	365	2.6	366	95	1	1716	33	16	14	35	1.90
654137--654181	3	15.0	3	80	0	54	24	33	4	37	1.76
654141--654198	18	3.2	18	90	0	80	20	32	6	39	1.79
654141--654198	6	9.7	6	86	0	62	20	32	6	39	1.79
655800--656169	179	2.1	179	96	0	677	30	20	15	34	1.93
656232--656279	20	2.3	21	92	3	80	45	20	14	18	1.85
656362--656835	182	2.6	181	91	2	736	26	16	14	42	1.86
657246--657288	6	7.5	6	84	10	54	48	2	0	48	1.14
658118--658149	16	2.0	16	93	0	55	0	53	12	34	1.39
658292--658323	14	2.3	14	100	0	64	43	6	15	34	1.72
659877--659906	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659699--660714	503	2.0	512	93	4	1734	43	11	7	38	1.69
667740--667790	23	2.2	23	96	0	93	23	15	9	50	1.73
680386--680419	17	2.1	16	88	5	50	26	0	5	67	1.13
681798--681867	30	2.3	30	82	4	79	32	10	8	48	1.67
681816--681875	30	2.0	31	83	3	77	33	10	10	46	1.71
682452--682495	8	5.4	8	94	5	79	77	0	11	11	1.00
682452--682495	17	2.6	17	96	3	81	77	0	11	11	1.00
682706--682798	28	3.1	30	75	16	95	35	3	16	45	1.63
686434--686476	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
686436--686484	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
686456--686742	32	10.4	32	67	30	189	52	12	0	34	1.39
686439--686588	80	1.9	80	98	0	291	52	14	0	32	1.42
686519--686742	54	4.1	54	92	4	353	53	11	0	35	1.38
686568--686610	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
686570--686618	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
686622--686664	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
686624--686672	22	2.2	22	85	3	62	57	12	0	30	1.36
686651--686736	27	3.1	27	68	21	79	53	11	0	34	1.37
686722--686807	14	5.5	15	75	22	79	53	2	0	44	1.13
686725--686843	50	2.4	48	77	19	118	51	3	0	45	1.18
693350--693391	16	2.8	15	75	10	50	30	4	4	59	1.39
694537--694569	12	2.8	12	95	4	59	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701092--701160	20	3.4	19	77	15	66	23	24	21	30	1.99
701132--701275	64	2.3	63	79	7	155	25	18	22	34	1.96
701265--701312	21	2.3	21	100	0	96	25	18	22	33	1.97
705353--705425	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
705411--705475	31	2.1	31	85	0	85	33	23	18	24	1.96
710911--710950	21	1.9	21	94	0	71	32	22	22	22	1.98
711877--711952	30	2.5	30	82	6	91	43	2	11	42	1.55
711877--711953	29	2.6	30	80	12	86	42	2	11	42	1.55
712190--712262	34	2.2	33	87	7	103	27	1	8	63	1.31
712200--712274	34	2.2	35	88	4	109	26	2	6	64	1.32
713475--713652	43	4.2	42	78	8	162	28	15	23	33	1.94
714755--714809	22	2.5	22	90	0	83	41	23	3	30	1.72
714806--714851	21	2.1	22	92	4	76	41	15	10	32	1.82
716905--717051	41	3.6	41	85	2	190	29	19	17	34	1.94
716893--717051	82	2.0	81	84	3	212	30	19	16	33	1.94
717079--717215	42	3.3	42	75	10	145	25	20	18	35	1.95
718886--718949	22	3.1	21	82	17	89	29	28	20	21	1.98
718886--718944	18	3.1	18	90	9	82	28	30	20	20	1.97
723037--723105	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
723046--723105	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
723185--723283	21	4.8	20	78	10	101	23	34	19	23	1.97
723303--723376	20	3.7	20	94	0	121	16	28	21	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726593--726661	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
726602--726661	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
726741--726839	21	4.8	20	81	10	119	22	35	20	22	1.96
726772--726839	13	4.9	14	73	18	54	22	33	20	23	1.97
726825--726906	34	2.4	34	93	0	137	35	25	17	21	1.95
726894--726967	20	3.7	20	82	7	87	20	25	24	29	1.99
729859--729899	21	2.0	21	95	0	73	21	24	26	26	2.00
730531--730577	22	2.1	22	92	0	76	29	23	19	27	1.98
734389--734599	59	3.6	59	88	3	309	38	9	20	30	1.86
734389--734701	118	2.7	118	83	4	373	38	11	20	29	1.87
734389--734660	59	4.6	59	82	4	307	38	10	21	29	1.87
734683--734815	60	2.2	60	93	0	221	31	13	25	29	1.94
734965--735181	44	4.9	44	90	0	344	40	7	19	33	1.79
748352--748415	12	5.9	11	75	20	64	43	0	0	56	0.99
748350--748398	18	2.7	18	93	6	82	40	0	0	59	0.98
748350--748415	21	3.1	21	87	12	100	42	0	0	57	0.98
748350--748403	3	18.0	3	84	0	72	40	0	0	59	0.98
749818--749859	16	2.6	16	85	14	52	35	0	0	64	0.94
749856--749889	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
749899--749924	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
750011--750079	33	2.1	33	81	10	79	40	0	1	57	1.07
750684--750726	11	3.8	11	81	6	59	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753049--753089	7	5.9	7	83	11	57	14	17	9	58	1.62
757292--757505	114	1.9	114	92	0	356	34	15	19	29	1.93
760088--760140	22	2.4	22	93	0	97	33	11	13	41	1.80
760660--760986	167	2.0	167	91	3	541	34	14	12	39	1.83
760990--761169	75	2.4	75	95	0	324	23	19	21	36	1.95
761325--761377	15	3.5	15	84	5	72	41	0	0	58	0.98
761328--761377	12	3.8	13	80	14	59	42	0	0	58	0.98
761324--761365	3	14.0	3	89	0	66	38	0	0	61	0.96
762781--762813	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
762819--762852	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
762866--762911	2	23.0	2	86	0	65	52	0	0	47	1.00
763006--763068	33	2.0	33	84	6	85	41	0	1	57	1.08
763762--763792	16	1.9	16	100	0	62	51	25	9	12	1.70
763775--763880	48	2.2	49	94	3	187	42	25	18	13	1.87
763871--763948	34	2.3	33	80	10	86	24	21	21	32	1.98
763897--763947	11	4.5	11	74	13	50	21	23	23	31	1.98
763874--763948	23	3.3	23	85	5	91	24	21	22	32	1.98
766085--766147	11	5.9	11	71	14	60	38	1	1	58	1.17
767707--767747	18	2.3	19	83	12	59	34	0	2	63	1.08
770106--770186	35	2.3	32	77	20	83	25	8	9	55	1.61
779861--779922	31	2.0	32	84	15	85	66	4	17	11	1.40
785515--785588	32	2.3	32	92	0	121	27	21	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787688--787758	15	4.6	16	75	18	60	32	1	1	64	1.11
787696--787759	15	4.1	16	73	16	62	29	1	1	67	1.09
788164--788205	21	2.0	21	86	9	59	42	30	0	26	1.55
788461--788510	18	2.7	18	78	6	55	34	0	10	56	1.33
797181--797229	25	1.9	26	91	4	82	59	0	4	36	1.17
797200--797247	20	2.5	18	77	12	51	64	0	2	33	1.05
797585--797637	21	2.5	21	81	6	63	22	26	18	32	1.97
797627--797720	20	4.7	20	86	2	143	38	20	21	20	1.94
797613--797720	41	2.7	40	86	4	144	37	20	20	22	1.95
798295--798339	19	2.3	20	88	3	65	46	26	17	8	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6