genome.fa.s5836.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005836.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013680_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  991970

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  6  of  6  ( 705 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798335--798427	19	5.1	19	76	15	106	11	23	20	44	1.85
798335--798427	33	2.6	33	85	10	114	11	23	20	44	1.85
800115--800454	94	3.9	84	84	9	325	23	12	18	45	1.83
800177--800478	94	3.2	93	93	0	496	20	11	19	48	1.80
800571--800632	20	3.2	20	88	4	99	51	16	20	11	1.74
800569--800661	19	5.1	19	76	15	97	48	18	21	11	1.80
800667--800759	20	4.8	19	86	4	96	9	18	22	49	1.76
800668--800783	19	5.9	19	81	5	115	11	18	20	50	1.77
800668--800759	39	2.3	40	83	5	116	9	18	21	50	1.76
800693--800783	39	2.3	40	86	1	121	13	18	19	48	1.81
802786--802862	19	4.3	19	76	17	85	46	20	22	10	1.80
802810--802872	19	3.3	19	88	4	92	44	23	17	14	1.85
802907--802979	33	2.2	33	100	0	146	12	23	19	45	1.84
802872--802961	47	1.9	47	93	0	153	10	25	18	45	1.81
802921--802999	19	4.4	19	75	16	78	13	22	20	43	1.87
802888--802961	14	4.9	14	76	15	76	9	27	18	44	1.81
802952--803006	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
805516--805569	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
806432--806598	20	8.3	20	81	7	162	32	19	22	26	1.97
806431--806617	61	3.1	59	76	9	139	32	19	22	26	1.97
810279--810319	14	2.7	16	78	21	52	63	0	0	36	0.95
812489--812523	17	2.0	18	88	5	54	28	8	2	60	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815681--815715	18	2.0	18	88	5	54	20	2	2	74	1.08
816468--816518	26	1.9	27	92	4	86	47	5	21	25	1.73
816832--816883	18	2.8	19	77	11	54	40	0	13	46	1.43
817542--817579	20	1.9	20	94	0	67	10	10	18	60	1.57
819029--819068	21	1.9	21	89	0	62	30	12	22	35	1.91
826998--827043	18	2.6	17	86	3	65	36	6	30	26	1.82
834081--834125	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
835134--835181	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
835826--835887	13	5.4	13	64	28	50	19	27	25	27	1.99
835822--835887	22	3.0	22	97	0	123	19	27	27	25	1.99
839030--839074	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
840087--840150	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
840802--840845	22	2.0	22	86	0	61	20	25	27	27	1.99
843579--843638	30	2.0	30	100	0	120	36	30	10	23	1.87
846597--846633	18	2.1	18	100	0	74	16	10	10	62	1.55
846964--846994	16	1.9	16	100	0	62	6	9	19	64	1.45
848273--848362	38	2.4	38	81	3	112	46	0	0	53	1.00
854345--854379	18	1.9	18	88	11	54	22	2	28	45	1.67
858833--859013	79	2.3	79	88	0	254	28	23	11	35	1.90
859270--859433	75	2.2	76	79	6	181	27	23	18	30	1.98
860470--860625	64	2.5	63	92	6	262	31	17	21	29	1.96
863174--863237	24	2.9	21	76	17	67	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863135--863237	45	2.3	44	83	11	122	26	21	23	29	1.99
869128--869165	20	1.9	20	94	0	67	28	21	23	26	1.99
869579--869612	3	11.3	3	87	12	52	64	0	35	0	0.94
877440--877514	29	2.5	30	80	8	100	50	13	14	21	1.77
877605--877638	11	3.1	11	86	0	50	35	14	0	50	1.44
878552--878649	27	3.6	27	97	0	178	28	6	11	54	1.60
879021--879059	2	19.5	2	100	0	78	48	0	51	0	1.00
889488--889600	60	1.9	59	85	5	156	38	15	11	34	1.83
890101--890126	7	3.7	7	100	0	52	11	0	42	46	1.40
892811--892855	22	1.9	24	86	13	67	53	4	0	42	1.21
897107--897134	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
898060--898137	26	3.0	27	80	12	85	46	0	1	52	1.08
898128--898177	23	2.1	24	92	3	84	44	0	0	56	0.99
898036--898193	64	2.5	65	90	6	252	41	0	1	56	1.10
898036--898211	64	2.7	61	87	7	192	41	0	1	56	1.14
898202--898247	18	2.5	19	75	17	51	39	0	0	60	0.97
898187--898237	18	2.9	18	78	16	54	41	1	0	56	1.10
898696--898756	31	2.0	31	86	0	86	47	6	4	40	1.51
899673--899701	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
902924--902962	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
905278--905327	22	2.3	20	83	10	55	36	12	8	44	1.71
906269--906316	17	2.8	17	87	0	60	31	41	20	6	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907933--907962	13	2.3	13	100	0	60	20	0	0	80	0.72
907916--907965	23	2.1	24	89	10	77	30	2	0	68	1.01
907927--907975	23	2.2	22	81	3	53	30	0	0	69	0.89
908116--908435	145	2.2	146	85	3	423	45	5	20	28	1.74
909627--909674	22	2.2	22	84	0	60	16	18	25	39	1.91
909633--909675	22	2.0	22	90	0	68	16	16	25	41	1.88
911308--911372	19	3.4	19	82	0	76	20	10	15	53	1.71
916393--916436	21	2.1	21	86	0	61	36	27	13	22	1.92
919011--919056	22	2.1	22	95	0	83	47	0	10	41	1.38
925927--925951	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
927978--928201	64	3.5	64	82	4	231	32	21	19	26	1.97
928508--928542	12	2.9	12	100	0	70	34	0	25	40	1.56
928561--928631	29	2.5	29	97	2	135	43	16	21	18	1.88
928716--928763	15	3.2	15	87	0	78	16	18	33	31	1.94
934826--935043	64	3.4	64	80	3	208	33	19	18	27	1.96
935519--935581	15	4.2	15	93	0	108	14	22	33	30	1.93
935519--935581	30	2.1	30	100	0	126	14	22	33	30	1.93
945906--945977	30	2.4	30	97	0	135	26	13	22	37	1.92
947137--947177	21	2.0	21	90	0	64	17	19	24	39	1.92
947269--947324	15	3.6	15	83	9	76	44	12	12	30	1.79
947272--947322	17	3.1	17	83	11	70	45	11	9	33	1.74
947366--947468	33	3.2	32	89	5	154	44	14	7	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947463--947504	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
949889--949928	20	2.0	20	90	0	62	45	20	15	20	1.86
950550--950595	13	3.4	14	77	16	53	26	0	0	73	0.83
950555--950595	21	2.0	21	90	9	66	26	0	0	73	0.84
953982--954063	32	2.6	32	84	5	96	48	7	4	39	1.52
961901--961929	12	2.3	13	94	5	51	27	10	0	62	1.28
962188--962229	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
962258--962287	11	2.7	11	94	0	51	73	0	0	26	0.84
965376--966410	138	7.5	137	88	1	1527	22	20	22	34	1.97
966556--966605	23	2.2	23	82	7	57	48	0	20	32	1.50
966835--966900	34	1.9	34	90	6	107	34	3	9	53	1.48
969232--969327	30	3.3	30	73	11	83	60	0	0	39	0.97
974688--974774	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
977056--977096	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
987735--987789	23	2.4	23	90	0	83	36	5	20	38	1.75
988670--988737	23	3.0	23	86	0	100	19	27	27	25	1.98
988768--988800	17	2.0	17	88	5	50	33	30	6	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6

The End!