genome.fa.s6028.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006028.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  182679

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4062--4122	30	2.0	30	100	0	122	16	16	26	40	1.89
4129--4172	17	2.6	17	85	3	54	20	45	22	11	1.83
6643--6752	24	4.7	24	81	10	120	25	15	20	38	1.92
6693--6762	24	2.9	24	85	4	79	22	15	20	41	1.90
6868--6962	43	2.2	43	92	3	165	16	10	36	35	1.84
8182--8344	83	2.0	81	93	2	281	48	12	7	31	1.68
8769--8810	17	2.4	18	76	15	52	26	4	9	59	1.48
9037--9070	18	1.9	18	88	5	52	32	2	8	55	1.45
9550--9593	16	2.8	17	75	25	51	38	0	4	56	1.20
11987--12023	19	1.9	19	88	0	56	43	5	8	43	1.57
14489--14560	26	2.8	26	83	6	92	47	9	9	33	1.69
15059--15099	21	1.9	22	90	5	66	78	4	0	17	0.93
15196--15222	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15737--15776	19	2.1	19	100	0	80	50	30	0	20	1.49
16572--16703	60	2.2	60	81	6	142	40	13	11	34	1.81
16987--17012	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
17152--17179	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
18459--18492	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
22971--23028	29	2.0	29	89	0	89	15	36	25	22	1.94
23071--23151	14	5.4	14	80	16	90	23	40	29	6	1.79
23067--23171	48	2.2	47	91	1	165	23	37	30	8	1.85
23099--23132	10	3.4	10	84	15	52	23	38	29	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23133--23217	33	2.6	33	86	3	109	27	27	37	8	1.85
23277--23318	21	2.0	21	100	0	84	14	23	14	47	1.80
23327--23441	29	4.0	29	100	0	230	20	31	34	13	1.91
23779--23805	14	1.9	14	100	0	54	22	37	33	7	1.82
23779--23809	14	2.2	14	94	0	53	22	38	29	9	1.86
24539--24569	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24617--24663	25	1.9	24	82	4	58	48	2	8	40	1.45
28165--28248	29	2.9	29	83	0	96	13	29	39	17	1.88
37920--37954	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
38573--38660	29	3.1	29	75	13	69	53	3	0	43	1.17
42380--42872	55	9.1	55	79	10	346	31	22	15	30	1.95
42380--43225	102	8.0	108	85	7	554	29	24	15	30	1.96
42637--43240	51	11.7	51	93	2	933	27	26	15	29	1.96
44594--44675	18	4.7	18	74	18	66	6	15	2	75	1.10
49548--49617	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
49900--49941	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
50140--50230	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
55287--55430	45	3.1	44	83	9	164	38	19	12	29	1.88
55286--55431	46	3.2	44	82	7	166	38	19	12	29	1.89
75386--75458	23	3.2	23	90	0	110	39	20	4	35	1.72
75872--75944	23	3.2	23	94	0	119	39	21	4	34	1.73
75255--76842	486	3.3	487	93	3	2693	41	11	6	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76349--76421	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
77081--77105	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
78009--78047	20	2.0	20	84	0	51	35	7	0	56	1.28
82149--82175	13	2.1	13	100	0	54	7	7	14	70	1.32
87716--87740	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88378--88439	20	3.0	20	73	2	61	46	1	1	50	1.20
89283--89772	228	2.1	228	95	1	876	44	7	8	39	1.63
89842--90259	181	2.3	182	88	1	606	43	14	16	26	1.86
92481--92524	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
92560--92623	33	1.9	33	90	0	101	29	0	46	23	1.52
94413--94461	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
94580--95743	198	5.9	198	97	1	2210	36	15	17	30	1.91
97203--97294	6	15.3	6	81	0	76	38	7	33	20	1.81
97206--97282	36	2.1	36	92	0	127	36	9	33	20	1.85
97218--97298	9	9.0	9	77	0	81	37	6	33	23	1.80
97206--97294	12	7.4	12	87	0	97	37	7	33	21	1.82
98490--98523	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
98891--98963	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
99322--99385	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
99322--99394	23	3.2	23	82	7	85	35	4	20	39	1.72
98688--99736	429	2.4	430	96	1	1926	41	7	11	39	1.69
102551--102615	25	2.6	25	80	0	85	36	9	12	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102908--102944	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
102900--102946	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
103213--103299	39	2.2	39	93	0	147	49	20	12	17	1.79
103720--103792	23	3.2	23	84	0	92	34	4	20	41	1.72
103720--103817	46	2.1	45	81	7	108	34	5	17	42	1.71
104150--104222	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
103518--106303	431	6.5	431	96	1	5080	41	7	12	39	1.71
104581--104653	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
105012--105084	23	3.2	23	92	0	110	34	4	23	38	1.74
105449--105515	23	2.9	23	93	0	116	32	5	22	38	1.78
105880--105952	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
113612--113650	20	2.0	20	89	0	60	23	23	15	38	1.92
114778--114910	60	2.2	60	80	10	139	45	3	18	33	1.64
118082--118111	15	1.9	16	93	6	53	36	0	10	53	1.35
120736--120777	22	1.9	22	95	0	75	38	2	14	45	1.58
120793--120848	22	2.5	22	97	0	103	33	0	12	53	1.39
120793--120875	22	3.3	26	72	17	68	30	0	15	54	1.42
120758--121345	102	5.7	101	75	17	448	34	0	13	52	1.42
120708--121340	80	7.8	79	74	18	495	34	0	12	52	1.42
120895--120937	22	2.0	22	95	0	77	41	0	9	48	1.35
120923--120952	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
120902--120981	37	2.2	37	93	0	133	41	0	6	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120708--121260	150	3.4	151	83	14	591	34	0	12	52	1.42
121041--121153	22	5.0	22	82	8	145	33	0	14	52	1.42
120938--121355	182	2.2	189	90	6	647	33	0	13	52	1.40
121133--121243	32	3.7	32	75	18	137	33	0	13	53	1.40
120708--121260	252	2.3	248	83	9	717	34	0	12	52	1.42
121159--121286	26	4.8	25	70	21	91	30	0	16	53	1.44
121303--121345	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
121370--121428	31	1.9	31	89	6	93	42	8	6	42	1.61
124218--124259	12	3.4	12	83	3	57	28	0	2	69	1.01
128271--128319	19	2.6	19	87	9	66	28	18	28	24	1.98
128291--128499	64	3.2	64	78	8	183	27	14	24	33	1.94
128398--128447	19	2.7	18	77	22	59	28	16	32	24	1.96
128461--128500	21	1.9	21	89	0	62	22	12	30	35	1.91
131014--131093	24	3.5	23	75	17	87	26	23	27	22	2.00
131013--131113	44	2.3	44	80	11	109	24	21	28	24	1.99
136877--136925	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
136877--137056	64	2.8	62	80	8	186	27	15	27	30	1.96
137003--137054	19	2.8	19	80	8	63	25	13	34	26	1.93
137067--137106	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
139727--139848	61	2.0	63	82	9	153	15	26	27	30	1.96
141781--141808	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
141795--141950	33	4.7	33	91	0	258	26	14	18	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141732--141950	99	2.1	105	87	5	315	26	14	18	40	1.88
156461--156570	55	2.0	55	100	0	220	29	29	10	30	1.91
163255--163294	19	2.0	20	86	13	57	35	5	7	52	1.51
163260--163301	19	2.2	19	83	8	50	33	7	7	52	1.56
167223--167296	37	2.0	37	97	0	139	43	6	10	39	1.66
168125--168175	14	3.7	14	73	2	50	68	3	1	25	1.17
174570--174618	21	2.3	22	79	13	57	34	16	10	38	1.82
176482--176532	20	2.5	20	100	0	102	37	17	21	23	1.94
176521--176588	20	3.4	20	91	0	109	26	27	20	25	1.99
176501--176588	40	2.2	40	81	4	97	29	25	20	25	1.99

Tables:   1   2