genome.fa.s6094.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761529

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165899--168573	6	447.2	6	97	2	5116	50	33	0	16	1.46
171597--171629	17	1.9	17	88	11	50	75	0	0	24	0.80
183012--183414	43	9.3	43	72	10	234	47	6	21	24	1.74
183042--183363	133	2.5	127	77	8	312	45	7	22	24	1.77
183460--183534	29	2.6	29	97	0	141	49	13	18	18	1.79
185620--185733	40	2.8	40	73	6	104	24	16	32	26	1.96
185697--186098	93	4.5	87	69	16	223	22	18	34	24	1.96
185790--185998	40	4.9	40	68	16	132	23	19	34	22	1.96
185659--186095	133	3.3	132	93	0	730	22	18	34	24	1.96
185902--186098	43	4.5	43	69	17	154	20	18	35	25	1.95
186836--187056	120	1.8	120	81	7	279	42	11	15	30	1.83
187391--187449	31	1.9	31	96	3	111	44	11	13	30	1.80
187487--187624	36	3.8	36	85	3	181	35	13	17	34	1.88
187563--187912	104	3.3	103	80	10	406	40	11	16	32	1.83
187563--187903	107	3.3	102	79	12	397	39	11	16	32	1.84
190133--190173	20	2.0	20	100	0	82	36	14	19	29	1.92
194204--194247	3	15.0	3	81	13	56	61	2	2	34	1.21
194323--194430	43	2.5	42	77	5	119	56	4	15	23	1.58
194475--194536	29	2.1	29	96	0	115	50	14	19	16	1.79
199110--199352	41	6.2	41	70	14	120	29	19	19	31	1.97
199174--199240	21	3.2	21	80	4	82	14	20	20	43	1.88
199170--199230	20	3.0	20	78	4	77	14	21	22	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199242--199331	20	4.4	21	83	5	123	40	18	20	21	1.92
199242--199354	20	5.6	21	78	7	108	38	19	19	23	1.94
199870--199920	20	2.6	20	84	3	77	43	21	21	13	1.87
199950--200029	20	4.1	19	84	6	106	12	23	18	45	1.84
201300--201344	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
202039--202256	103	2.1	103	94	0	391	25	12	23	37	1.91
202263--202382	47	2.6	47	94	1	206	23	22	23	30	1.99
202263--202387	23	5.3	23	76	2	124	24	21	23	31	1.98
204483--204858	94	4.1	93	94	2	607	21	11	18	47	1.81
204951--205012	20	3.2	20	86	4	99	50	17	22	9	1.75
204975--205058	33	2.5	33	86	0	132	48	25	19	7	1.73
205067--205166	33	2.8	36	80	13	116	12	21	18	49	1.79
205066--205166	19	5.5	19	75	13	95	11	20	18	48	1.80
205636--205705	21	3.3	21	68	5	61	24	35	20	20	1.96
205587--205705	42	2.8	42	82	5	116	23	36	17	22	1.95
207056--207091	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
207198--207244	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
207273--207399	33	3.8	33	94	0	218	12	23	18	45	1.83
207308--207419	19	6.4	19	70	20	91	13	22	19	44	1.85
207294--207381	14	5.6	14	67	23	50	11	23	19	45	1.83
207372--207426	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
210866--210980	41	2.8	41	88	1	160	20	20	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210868--210980	20	5.6	20	78	3	118	19	20	19	40	1.91
210970--211022	21	2.5	21	84	0	70	33	18	26	20	1.96
211993--212024	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
212003--212050	22	2.2	22	81	7	53	60	0	0	39	0.97
212166--212206	17	2.3	19	79	8	50	31	2	12	53	1.51
213206--213250	18	2.5	19	75	17	51	28	2	2	66	1.15
215021--215049	15	1.9	15	100	0	58	20	27	24	27	1.99
219510--219576	30	2.2	31	86	7	93	29	7	8	53	1.59
219664--219723	25	2.5	23	80	17	68	55	3	3	38	1.33
219678--219737	22	2.6	21	82	17	75	50	1	6	41	1.39
219704--219770	28	2.4	29	80	9	77	47	0	7	44	1.31
220494--220536	12	3.6	12	93	0	68	30	0	6	62	1.21
220491--220527	3	12.3	3	94	0	65	32	0	2	64	1.07
220905--221132	80	3.0	77	86	11	353	39	14	10	35	1.80
220976--221127	70	2.2	71	95	1	270	40	13	10	35	1.80
221388--221475	3	29.3	3	97	0	167	0	32	1	65	1.00
221056--221412	131	2.6	135	88	7	521	31	17	12	39	1.86
221117--221740	331	1.9	321	90	5	1000	25	20	11	43	1.84
221713--221740	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
221448--221879	131	3.2	136	87	10	645	28	19	11	40	1.86
221852--221927	3	25.3	3	94	0	134	0	31	1	67	0.99
221715--222062	188	1.9	187	95	0	624	24	21	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222078--222111	16	2.1	16	100	0	68	23	26	11	38	1.89
222158--222196	3	13.0	3	88	0	60	0	33	0	66	0.92
221056--222053	452	2.2	454	92	4	1388	27	19	11	41	1.85
224223--224295	2	39.0	2	84	13	93	56	0	0	43	0.99
232732--232782	14	3.6	14	73	19	52	15	23	15	45	1.85
233808--233837	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
234096--234157	23	2.7	21	73	26	54	77	1	14	6	1.04
234114--234251	9	13.7	9	66	22	53	75	2	19	2	1.04
234101--234163	31	1.9	33	84	15	87	76	1	15	6	1.07
234098--234251	17	8.8	17	71	19	79	75	1	18	3	1.05
234139--234250	22	4.9	23	72	20	83	75	1	20	2	1.02
236742--236934	55	3.6	54	77	11	193	35	10	13	40	1.79
236936--237090	54	2.9	54	88	1	215	31	10	18	39	1.85
237440--237629	104	1.8	103	88	5	294	35	16	11	36	1.85
237557--237753	36	5.4	36	67	8	128	31	18	11	38	1.86
237534--237813	73	3.8	72	86	4	355	32	18	10	38	1.84
237534--237808	147	1.9	149	86	4	396	33	18	10	37	1.85
238083--238733	273	2.4	272	86	2	856	34	18	20	25	1.96
238083--238763	139	4.9	138	82	6	724	34	18	20	26	1.96
240101--240149	22	2.2	22	88	0	71	20	6	16	57	1.60
243866--243898	17	1.9	17	88	11	50	45	21	12	21	1.84
244066--244123	3	19.3	3	100	0	116	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244260--244332	3	24.3	3	100	0	146	67	0	32	0	0.91
244738--244801	30	2.1	30	82	0	74	53	9	0	37	1.34
247358--247397	21	1.9	21	89	0	62	7	27	5	60	1.45
266198--266230	17	1.9	17	93	0	57	42	18	3	36	1.66
270674--270738	28	2.3	28	94	0	121	38	1	12	47	1.50
271942--271994	21	2.5	21	87	0	79	33	24	13	28	1.93
272019--272070	20	2.6	20	93	0	86	30	32	19	17	1.95
277899--277955	23	2.5	23	94	0	105	26	19	17	36	1.94
278377--278421	20	2.3	20	81	7	58	15	0	15	68	1.21
280190--280229	12	3.1	13	85	10	55	50	7	0	42	1.30
280723--280779	21	2.7	21	97	0	105	21	29	22	26	1.99
284070--284333	126	2.1	126	87	2	377	36	22	12	28	1.91
284313--284356	23	1.9	23	90	0	70	50	18	6	25	1.71
283923--284543	275	2.3	272	85	1	850	36	22	12	28	1.90
286049--286292	89	2.8	88	85	4	321	24	16	20	38	1.93
290707--291068	157	2.3	157	80	2	377	29	12	25	32	1.92
294320--294356	18	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
314166--314205	19	2.1	19	100	0	80	47	22	10	20	1.79
314842--314876	17	2.1	17	89	10	54	45	0	0	54	0.99
314839--314876	9	4.3	9	81	18	53	44	0	0	55	0.99
316051--316090	21	1.9	21	85	10	55	45	0	2	52	1.14
316230--316260	6	5.2	6	92	0	53	19	51	12	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328332--328376	3	14.0	3	86	9	54	35	0	2	62	1.08
328329--328374	10	4.3	10	81	13	56	36	0	2	60	1.09
329076--329136	24	2.7	23	75	14	63	70	3	19	6	1.24
333415--333470	19	2.8	20	83	5	78	39	25	16	19	1.91
333313--333483	20	8.6	20	71	15	95	32	24	14	28	1.95
334230--334263	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
334388--334465	24	3.2	24	92	0	129	20	19	20	39	1.92
334640--334679	3	13.3	3	83	0	53	67	0	32	0	0.91
334640--334678	15	2.6	15	95	0	69	69	0	30	0	0.89
336944--337023	5	14.8	5	75	14	70	7	21	51	20	1.71

Tables:   1   2   3   4   5