genome.fa.s6094.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  761529

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 552 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
420--544	32	3.9	32	69	10	101	42	13	16	27	1.86
497--563	31	2.2	31	86	10	93	43	13	14	28	1.84
703--801	33	2.9	32	79	7	99	41	11	18	29	1.84
991--1067	36	2.1	35	79	11	84	35	7	16	40	1.78
1043--1251	108	2.0	107	81	9	248	42	9	15	32	1.80
4683--4723	7	6.0	7	88	11	50	46	14	14	24	1.82
6515--6557	3	14.7	3	90	4	70	65	0	2	32	1.06
10525--10579	16	3.4	16	89	0	83	20	27	16	36	1.93
12462--12537	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
12935--13179	130	1.9	129	90	2	395	36	15	12	35	1.86
12949--13210	130	2.0	126	79	6	276	39	13	12	33	1.83
14163--14275	31	3.6	29	79	18	118	51	2	3	42	1.33
14170--14216	24	1.9	25	82	4	60	53	6	2	38	1.39
14206--14244	14	2.8	14	88	7	53	48	2	5	43	1.38
14121--14383	131	2.0	133	80	8	297	47	3	4	44	1.38
14301--14347	15	2.9	17	72	15	55	53	2	4	40	1.32
14219--14340	65	1.9	64	88	5	183	47	1	5	45	1.36
14359--14411	21	2.5	21	84	0	70	49	5	5	39	1.50
14701--14789	7	12.7	7	78	0	61	23	0	28	48	1.51
14703--14776	28	2.6	28	89	0	112	27	0	22	50	1.50
14864--14909	13	3.4	13	85	11	65	36	0	8	54	1.32
14875--14909	15	2.3	15	95	0	61	40	0	8	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15107--15196	2	45.0	2	68	16	53	47	4	2	45	1.35
15155--15190	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
15408--15459	19	2.7	20	84	6	79	25	34	0	40	1.56
15527--15553	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15582--15616	13	2.5	14	86	13	54	37	5	8	48	1.58
15654--15726	2	37.5	2	72	20	57	46	1	2	49	1.24
15618--15720	49	2.1	49	82	7	120	48	2	3	44	1.36
15652--15727	24	3.1	24	77	19	77	46	1	2	50	1.24
15644--15726	19	4.3	19	72	22	66	46	1	2	49	1.22
16776--16945	45	3.8	45	88	4	236	38	7	21	32	1.81
16753--16945	89	2.2	91	84	9	265	38	7	21	32	1.81
17935--17980	20	2.3	20	96	0	83	47	13	15	23	1.80
27181--27325	36	3.9	36	88	2	164	24	20	16	38	1.92
27239--27345	36	3.0	36	94	0	187	23	19	14	42	1.89
27262--27325	21	3.3	21	63	24	59	21	20	14	43	1.87
27398--27516	33	3.6	34	87	5	172	42	17	9	31	1.81
28041--28096	24	2.5	21	81	15	76	32	39	0	28	1.57
28051--28109	24	2.5	24	94	0	100	33	42	0	23	1.55
32515--32573	13	4.8	13	74	16	54	67	3	0	28	1.06
35787--35849	2	32.0	2	96	3	119	50	0	0	49	1.00
36565--36595	6	5.2	6	100	0	62	19	16	64	0	1.29
36640--36676	13	2.8	13	91	0	56	13	48	16	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36779--36834	12	4.7	12	81	0	76	25	46	16	12	1.81
37606--37698	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
37606--37698	41	2.3	41	96	0	177	39	17	24	18	1.91
37625--37759	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
37687--37801	20	5.7	20	80	6	106	31	25	18	25	1.97
37684--37821	41	3.4	41	79	2	152	34	23	17	24	1.96
37989--38032	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
38469--38523	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
39649--39693	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
40169--40220	20	2.6	20	84	0	59	34	23	21	21	1.97
40186--40230	20	2.3	20	88	3	74	37	17	24	20	1.93
40194--40309	19	6.6	19	71	21	92	43	21	21	13	1.87
40230--40287	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
40214--40304	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
40321--40378	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
40316--40394	32	2.4	33	91	2	124	10	16	24	49	1.76
40388--40434	20	2.3	20	92	0	76	14	23	25	36	1.93
42294--42329	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
42446--42482	19	1.9	19	94	0	65	48	18	21	10	1.78
42533--42590	20	2.9	20	97	0	107	15	22	24	37	1.93
43645--43698	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
45837--45877	18	2.3	18	95	0	73	43	19	2	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46088--46213	33	3.8	33	85	6	184	42	19	23	15	1.89
46089--46220	65	2.0	66	94	1	230	40	18	22	17	1.91
46213--46255	20	2.2	20	83	4	52	13	18	23	44	1.86
46396--46432	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
49897--50056	19	8.8	19	72	18	108	45	21	21	11	1.83
49897--50056	39	4.5	34	80	10	144	45	21	21	11	1.83
49941--49967	14	1.9	14	100	0	54	40	22	29	7	1.81
49924--50056	33	3.8	33	83	7	131	43	24	21	10	1.84
50062--50098	19	1.9	19	94	0	65	2	16	24	56	1.53
50650--50763	20	5.7	20	81	6	104	24	18	24	32	1.97
50650--50766	61	1.9	61	83	0	153	23	17	23	34	1.96
50650--50784	61	2.2	61	80	2	146	22	20	23	33	1.97
50834--50874	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
51497--51656	21	7.7	20	72	15	128	21	19	23	35	1.96
51497--51649	42	3.6	42	91	0	252	20	18	24	35	1.95
52235--52279	6	8.0	6	87	7	60	0	17	53	28	1.44
55275--55342	35	1.9	35	93	0	118	32	0	23	44	1.54
58804--58855	18	2.8	18	76	2	59	44	15	1	38	1.58
58864--59013	30	5.0	30	75	10	119	35	6	3	55	1.41
59018--59328	30	10.6	30	72	9	164	50	0	8	41	1.37
59218--59287	29	2.4	28	85	4	86	50	0	5	44	1.26
59887--59940	22	2.4	23	81	3	56	35	7	1	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60007--60044	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
62874--62916	16	2.7	16	88	0	68	41	11	6	39	1.68
62942--62994	24	2.4	21	75	19	54	45	5	1	47	1.37
62953--63036	24	3.5	24	79	6	98	44	5	1	48	1.34
62958--63012	21	2.6	21	75	13	58	43	3	1	50	1.30
69568--69623	27	2.1	27	86	0	76	19	14	19	46	1.84
73645--73675	12	2.6	12	94	0	53	74	16	0	9	1.07
74812--74846	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
77053--77120	23	3.0	23	74	10	68	44	11	16	27	1.82
79397--79437	18	2.3	19	80	16	52	51	0	2	46	1.14
97898--97965	28	2.4	28	87	0	91	35	26	19	19	1.95
98379--98404	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
104313--104770	65	7.0	65	90	0	709	31	16	21	30	1.95
104967--105075	34	3.2	34	80	6	114	53	6	23	16	1.66
106043--106103	28	2.2	28	85	5	79	34	22	19	22	1.97
117020--117049	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
122371--122415	23	2.0	23	82	8	56	66	4	15	13	1.39
123469--123509	17	2.5	17	92	4	66	17	12	9	60	1.57
128643--128710	33	2.1	33	94	0	118	19	23	19	38	1.93
130239--130374	28	4.8	29	70	13	111	31	19	18	30	1.95
130210--130340	57	2.3	57	90	2	201	32	18	20	29	1.96
130210--130374	57	2.9	57	84	3	190	32	17	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130352--130415	27	2.4	27	86	2	94	40	25	18	15	1.90
140140--140187	19	2.5	19	82	0	51	56	2	14	27	1.50
140469--140517	23	2.1	23	82	14	57	36	0	40	22	1.54
144793--145195	197	2.0	197	92	0	673	30	9	15	44	1.78
146015--146236	114	1.9	114	89	1	347	30	13	23	31	1.94
160175--160227	25	2.0	26	82	13	65	49	0	1	49	1.12
160260--160352	12	7.4	12	73	17	57	49	3	0	47	1.17
160242--160299	23	2.4	23	82	5	71	50	1	0	48	1.11
160332--160365	13	2.6	13	85	0	50	44	2	0	52	1.16
160704--160756	21	2.5	20	85	11	70	47	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5