genome.fa.s6235.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006235.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014862_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  996025

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206704--206743	20	2.0	20	85	0	53	35	17	7	40	1.78
207710--207791	41	1.9	40	83	11	101	50	3	2	43	1.33
208276--208461	87	2.1	87	93	2	311	43	9	12	34	1.74
208463--209140	197	3.4	197	88	3	918	31	15	13	39	1.86
209240--209284	16	2.9	16	80	12	58	55	0	0	44	0.99
209266--209338	14	5.3	14	69	8	51	47	1	1	49	1.18
209266--209334	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
209353--209421	24	2.9	25	77	14	74	43	1	2	52	1.25
210142--210194	24	2.2	25	80	12	67	39	0	5	54	1.24
210449--210498	23	2.2	23	88	0	73	32	18	10	40	1.83
210526--210576	23	2.2	23	89	0	75	33	17	9	39	1.83
210610--210729	23	5.2	23	85	4	161	35	19	7	37	1.80
210434--210657	87	2.6	86	90	2	353	32	15	10	42	1.80
210711--210866	64	2.4	64	93	0	258	32	12	10	44	1.78
210830--210891	23	2.7	23	89	0	88	35	20	4	38	1.74
212632--212670	18	2.1	17	86	13	51	56	2	0	41	1.13
219147--219204	23	2.7	21	77	15	64	27	15	18	37	1.92
219686--219724	13	2.9	13	88	3	51	38	10	7	43	1.67
221120--221149	15	2.1	15	93	6	53	20	0	23	56	1.42
221467--221500	12	2.7	13	86	9	52	44	8	5	41	1.60
222360--222403	19	2.3	19	92	0	70	15	11	29	43	1.82
223049--223092	18	2.5	17	85	14	54	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223154--223192	16	2.4	17	87	12	55	38	7	0	53	1.30
228713--228762	23	2.2	23	88	0	73	40	8	20	32	1.81
228791--228849	23	2.6	23	91	0	82	42	8	16	32	1.79
228676--228925	87	2.9	87	95	0	446	42	12	14	31	1.83
231886--233626	200	8.8	200	83	8	2255	27	14	13	44	1.83
232956--233301	172	2.0	172	93	2	597	27	13	13	46	1.80
233127--233626	201	2.5	201	93	2	846	27	14	14	44	1.83
236212--236269	15	3.7	15	86	6	71	25	0	50	24	1.50
236647--237511	199	4.3	199	93	0	1471	27	14	15	41	1.87
237857--237906	19	2.6	19	93	0	82	58	10	2	30	1.42
239378--239416	18	2.2	18	85	0	51	5	35	0	58	1.20
241377--241426	19	2.6	20	87	9	77	38	18	0	44	1.50
242170--242194	11	2.3	11	100	0	50	44	0	12	44	1.41
241812--242379	194	3.0	193	83	8	668	29	14	12	43	1.82
242722--242883	65	2.5	64	83	6	184	30	24	17	27	1.97
250937--250983	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
251471--251654	65	2.9	64	79	8	196	29	22	19	27	1.98
251508--251654	64	2.3	63	79	10	165	29	23	21	26	1.99
256551--256584	4	8.8	4	87	6	52	73	2	0	23	0.97
257817--257872	21	2.7	20	79	20	69	55	0	5	39	1.23
260038--260078	21	1.9	22	85	5	57	39	9	21	29	1.86
269215--269242	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269548--270365	405	2.0	406	98	0	1584	34	16	12	36	1.86
273134--273212	18	4.5	18	77	4	81	43	12	10	34	1.76
273136--273212	35	2.2	35	81	4	84	44	11	10	33	1.75
274028--274072	20	2.2	20	92	0	72	35	20	11	33	1.88
274315--275117	59	13.8	59	90	1	1036	31	20	13	35	1.91
275486--275532	19	2.5	19	82	3	51	21	17	19	42	1.89
277986--278049	23	2.8	22	72	6	56	32	21	26	18	1.97
278789--278868	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
287301--287515	58	3.7	58	89	0	304	33	18	12	36	1.87
287248--287530	58	4.9	58	83	6	303	32	19	12	35	1.89
287450--287614	82	2.0	82	87	0	240	28	20	15	35	1.93
287418--287671	141	1.8	140	91	0	418	30	19	13	36	1.91
287358--287732	200	1.9	198	88	3	574	30	19	13	36	1.90
287532--288013	59	8.2	59	93	0	784	29	20	12	38	1.89
290333--290387	28	2.0	28	83	16	71	50	10	7	30	1.64
293495--293546	17	3.4	17	70	25	60	36	3	17	42	1.67
293478--293662	29	6.3	29	81	10	189	35	2	18	44	1.62
293477--293639	87	1.9	87	84	5	222	35	2	19	42	1.64
301063--301247	29	6.4	29	77	8	162	34	4	18	42	1.71
301064--301231	58	2.9	58	82	7	193	34	4	18	42	1.71
301061--301240	87	2.1	88	84	6	233	35	5	18	40	1.73
303567--303626	20	2.9	21	90	7	95	30	25	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303660--303704	22	2.0	22	86	4	63	28	31	26	13	1.94
304513--304668	31	5.0	31	94	1	251	21	18	22	37	1.94
308379--308438	20	2.9	21	90	7	95	30	25	26	18	1.98
308472--308515	22	2.0	22	86	0	61	29	29	27	13	1.94
309306--309447	31	4.6	31	97	0	257	19	19	22	38	1.93
309942--309984	21	2.0	21	82	8	52	32	4	13	48	1.63
310619--310698	23	3.4	24	77	3	83	35	25	17	22	1.95
310796--310978	57	3.3	55	77	5	163	36	18	4	41	1.70
314074--314318	131	1.9	127	83	3	319	34	12	19	34	1.89
317069--317113	20	2.2	20	96	0	81	35	13	24	26	1.92
318409--318442	16	2.1	16	88	0	50	58	2	8	29	1.43
328701--328743	20	2.2	20	95	0	77	30	34	16	18	1.93
328749--328910	66	2.5	64	88	6	229	32	19	18	29	1.96
331003--331045	16	2.7	16	83	16	54	18	25	32	23	1.97
333868--333915	20	2.4	20	85	0	60	29	20	16	33	1.95
333647--334025	119	3.2	119	91	1	600	31	16	17	34	1.92
335902--335953	3	18.7	3	79	15	58	38	1	0	59	1.08
335901--335951	8	6.2	8	80	10	59	39	1	0	58	1.09
335902--335953	11	4.5	11	81	13	68	38	1	0	59	1.08
336615--336659	17	2.7	17	96	3	83	6	6	46	40	1.56
336700--336743	22	2.0	22	81	0	52	34	20	29	15	1.94
337178--337247	29	2.4	30	84	13	85	37	8	1	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354083--354191	42	2.6	42	92	2	184	22	11	14	51	1.75
354379--354523	31	4.8	31	72	17	92	48	0	0	49	1.10
354387--354430	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
354395--354506	54	2.1	52	80	9	129	49	0	0	49	1.13
354468--354546	28	2.7	28	77	16	72	48	0	0	51	1.00
354504--354556	20	2.7	20	78	16	65	49	0	0	50	1.00
354507--354549	22	2.0	20	86	8	59	46	0	0	53	1.00
354551--354595	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
354701--354763	21	3.3	19	71	22	60	50	0	3	46	1.17
354886--354918	14	2.4	14	90	5	50	33	18	12	36	1.88
354928--355022	15	6.4	15	85	2	102	35	15	8	40	1.78
354928--355028	30	3.4	30	83	1	132	34	14	7	42	1.75
356419--356453	17	2.1	17	88	0	52	71	5	22	0	1.07
358044--358107	23	2.7	23	80	2	74	45	15	17	21	1.85
363007--363067	31	2.0	31	86	0	86	44	21	13	21	1.86
365901--365947	14	3.4	14	85	5	60	46	27	4	21	1.69
365894--365984	34	2.7	34	81	3	94	48	28	2	20	1.62
365926--365984	20	2.9	21	82	14	86	47	32	0	20	1.50
366054--366091	14	2.6	14	87	4	58	42	0	5	52	1.24
367485--367628	60	2.4	60	86	0	198	30	18	17	34	1.94
371454--371561	51	2.1	51	89	0	162	48	5	2	43	1.41
372496--372542	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372303--372630	163	2.0	163	88	1	487	42	14	17	26	1.87
372676--372722	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
372685--372727	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
374940--375004	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
375035--375100	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
376890--376938	19	2.6	19	93	0	80	30	2	12	55	1.48
377051--377882	200	4.2	200	94	1	1458	34	15	18	31	1.92
377051--378366	399	3.3	398	91	5	2188	35	14	18	31	1.91
377690--378060	178	2.1	180	92	2	613	33	14	18	33	1.91
377870--378366	201	2.5	200	92	2	820	35	14	17	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5