genome.fa.s6235.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006235.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014862_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  996025

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619295--619623	14	24.2	14	70	14	160	51	5	3	39	1.43
619330--619637	8	41.2	8	68	23	66	50	5	3	40	1.42
619322--619579	37	6.8	37	85	10	351	50	6	3	39	1.46
619370--619477	22	4.9	23	82	12	122	52	8	2	36	1.46
622773--622824	18	2.9	18	97	2	97	25	34	17	23	1.96
623077--623276	110	1.8	110	96	2	375	28	28	25	18	1.98
623304--623396	39	2.4	39	87	5	118	47	23	15	13	1.81
623320--623396	39	2.0	40	94	2	138	48	23	12	15	1.80
627218--627254	17	2.2	17	100	0	74	32	10	16	40	1.83
631308--631357	19	2.6	19	96	0	91	32	32	12	24	1.91
639531--639751	48	4.6	47	85	0	253	34	26	15	23	1.94
639533--639749	96	2.3	96	87	0	317	34	27	15	23	1.94
642929--642986	25	2.5	21	73	21	53	51	6	5	36	1.51
648373--648513	58	2.4	59	81	3	158	31	19	16	32	1.94
650544--650611	31	2.2	32	86	2	93	42	10	4	42	1.58
651722--651773	26	2.0	26	96	0	95	38	17	3	40	1.68
654679--654712	13	2.6	13	95	0	59	2	38	26	32	1.71
669448--669489	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
675691--675794	36	2.8	34	77	17	100	71	2	9	16	1.25
675734--675767	14	2.4	14	85	0	50	70	0	11	17	1.16
675714--675833	49	2.4	50	76	14	124	71	1	7	19	1.18
675842--675905	16	4.0	16	75	15	60	75	4	6	14	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675904--675940	13	2.8	13	87	4	56	64	0	0	35	0.94
676004--676032	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
677105--677143	20	2.0	20	85	10	53	53	7	5	33	1.51
677268--677452	75	2.5	72	84	5	230	42	6	5	45	1.54
677252--677478	36	6.3	35	79	9	183	42	6	5	46	1.51
688644--688691	20	2.3	21	92	7	80	54	0	4	41	1.20
688874--688916	20	2.3	19	88	11	70	23	30	9	37	1.86
688879--688916	20	1.9	20	100	0	76	23	28	10	36	1.88
691056--691145	23	3.9	23	91	0	135	28	25	27	17	1.98
691638--691674	16	2.3	17	86	13	60	29	16	0	54	1.43
692662--692723	23	2.9	20	81	11	70	24	27	19	29	1.98
701270--701878	55	11.1	54	78	10	521	25	25	18	31	1.97
702258--702446	36	5.2	36	86	2	229	21	19	22	36	1.95
703168--703471	124	2.4	124	89	1	439	23	27	17	32	1.96
704370--704445	40	1.9	39	89	2	116	27	17	17	38	1.91
713887--713923	14	2.6	14	95	0	65	29	5	8	56	1.51
714521--714551	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
716418--716570	65	2.4	65	84	3	184	28	20	18	32	1.96
721663--721802	64	2.2	63	80	9	151	33	17	20	27	1.96
721790--721846	20	2.6	22	78	16	64	35	21	19	24	1.96
721810--721847	20	1.9	20	94	0	67	36	21	18	23	1.95
722482--722611	30	4.3	30	93	1	188	24	16	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724881--724954	23	3.3	22	81	14	98	25	21	21	31	1.98
724855--724959	44	2.4	44	83	12	135	26	21	20	30	1.98
727001--727331	166	2.0	163	95	4	603	32	15	11	40	1.83
727752--727902	64	2.4	65	84	6	195	29	21	19	29	1.98
735401--735438	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
735453--735501	27	1.9	26	84	12	66	55	0	6	38	1.25
735486--735579	31	2.8	32	73	20	86	50	0	2	47	1.13
738072--738112	21	2.0	21	85	4	57	43	0	39	17	1.49
741185--741225	21	2.0	21	85	4	57	43	0	39	17	1.49
744628--744668	17	2.4	17	88	8	57	43	0	0	56	0.99
744623--744668	20	2.3	20	88	7	67	45	0	0	54	0.99
744628--744676	9	5.7	9	80	9	57	40	0	2	57	1.10
748465--748610	21	6.9	21	88	2	204	46	19	17	15	1.84
750462--750558	31	3.1	31	81	1	113	41	2	10	46	1.49
757355--757420	18	3.7	18	100	0	132	46	4	0	48	1.22
759618--760242	91	6.9	91	90	2	902	23	21	16	37	1.94
760664--760733	30	2.3	30	90	0	104	31	12	24	31	1.93
760623--760842	96	2.3	97	79	7	241	35	12	18	32	1.89
760668--760966	124	2.4	125	87	3	406	36	14	19	30	1.91
760947--761230	36	7.9	36	77	11	233	37	14	19	27	1.91
760919--761140	66	3.3	64	81	8	185	37	13	20	27	1.91
761065--761126	21	3.2	21	65	25	64	41	12	19	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765242--765299	29	1.9	29	86	6	80	55	10	17	17	1.69
766049--766096	18	2.7	18	100	0	96	47	4	0	47	1.21
766750--766882	15	8.5	15	81	11	151	46	0	2	50	1.19
766862--766959	32	3.4	32	72	26	117	37	0	9	53	1.33
766862--767573	54	13.1	54	69	18	246	34	0	12	52	1.39
766930--766977	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
766984--767034	14	3.1	17	72	18	54	35	0	9	54	1.33
766986--767233	32	8.7	32	74	24	232	35	0	10	53	1.36
767073--767115	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
766987--767493	108	4.6	110	81	10	576	35	0	11	53	1.38
767260--767476	32	7.7	32	74	23	195	35	0	11	52	1.39
767293--767412	22	4.9	23	76	18	118	36	0	12	50	1.40
767348--767412	22	3.0	22	95	0	121	36	0	12	50	1.40
767113--767659	243	2.3	236	90	4	864	34	0	13	52	1.41
767478--767622	26	5.6	25	67	21	86	31	0	17	51	1.46
767536--767649	22	5.0	22	72	14	95	35	0	15	49	1.45
767674--767732	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
768802--768861	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
769864--769926	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
770384--770562	75	2.4	75	83	0	241	41	11	15	32	1.82
770541--770608	23	3.0	23	82	4	66	35	16	13	35	1.87
770748--770806	23	2.6	23	88	0	91	35	16	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770391--770855	194	2.4	195	84	3	598	40	12	13	33	1.83
771090--771125	17	2.1	17	100	0	72	47	11	5	36	1.63
771332--771826	108	4.5	108	76	8	442	35	12	12	38	1.82
771456--771913	226	2.0	226	85	2	625	34	13	12	39	1.83
772251--772310	21	2.9	21	77	20	63	41	3	0	55	1.16
772253--772303	22	2.4	21	78	15	61	39	1	0	58	1.09
775090--775145	30	2.0	29	86	10	80	48	5	17	28	1.69
775832--775874	18	2.4	18	88	0	68	23	16	30	30	1.96
780280--780335	30	2.0	29	86	10	80	48	5	17	28	1.69
794562--794606	24	2.0	22	83	16	56	37	15	6	40	1.74
796774--797138	53	6.9	53	86	3	477	32	19	26	21	1.97
805570--805864	146	2.0	147	95	0	538	34	9	14	40	1.80
807189--807263	22	3.5	21	70	15	64	25	20	22	32	1.98
807183--807246	20	3.2	19	71	16	65	25	21	23	29	1.99
807183--807265	42	2.0	42	95	0	148	25	20	24	30	1.99
807304--807328	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
807077--807348	135	2.0	135	93	0	463	29	18	22	28	1.98
807328--807456	22	6.0	21	68	15	86	28	15	20	35	1.93
807350--807523	42	4.2	42	81	7	187	28	16	19	36	1.93
807945--808309	53	6.9	53	86	3	477	32	19	27	21	1.97
807944--808327	159	2.4	159	86	2	549	31	19	27	22	1.97
819104--819146	3	15.3	3	86	13	65	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819111--819144	11	3.1	11	100	0	68	35	0	0	64	0.94
819104--819146	14	3.1	14	93	6	70	37	0	0	62	0.95
819516--820173	146	4.5	146	95	0	1118	32	20	26	20	1.97
822307--822349	3	15.3	3	86	13	65	37	0	0	62	0.95
822314--822347	11	3.1	11	100	0	68	35	0	0	64	0.94
822307--822349	14	3.1	14	93	6	70	37	0	0	62	0.95
822461--822568	52	2.1	52	92	0	180	28	16	25	28	1.97
822838--822877	3	14.3	3	85	15	59	37	0	0	62	0.95
822845--822877	11	3.0	11	100	0	66	36	0	0	63	0.95
822838--822877	14	2.9	14	92	7	64	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5