genome.fa.s6270.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006270.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014949_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  949592

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685460--685501	21	2.0	22	95	4	77	28	19	23	28	1.98
687193--687247	20	2.9	18	74	12	56	65	0	18	16	1.27
693485--693509	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
694001--694050	23	2.2	23	85	7	66	58	14	2	26	1.47
695367--695404	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
695616--695658	13	3.4	13	80	3	52	20	23	0	55	1.43
695706--695789	19	4.4	19	80	5	80	35	16	4	42	1.69
701419--701634	112	1.9	111	87	2	317	36	19	13	30	1.90
702985--703039	24	2.3	24	77	0	65	10	12	12	63	1.52
704308--704332	13	1.9	13	100	0	50	16	48	16	20	1.82
704339--704433	49	1.9	49	97	0	181	23	21	25	30	1.99
707176--707337	42	3.8	42	85	3	200	17	20	25	35	1.95
712083--712244	42	3.8	42	87	3	209	18	21	25	34	1.96
713736--713955	29	7.6	29	80	2	201	52	15	1	30	1.53
713736--713934	58	3.4	58	81	0	236	52	15	1	31	1.52
716569--716623	22	2.5	22	80	8	60	45	7	1	45	1.41
716643--716707	25	2.5	26	85	7	80	40	9	4	46	1.57
716670--716764	37	2.5	38	81	11	106	44	7	3	45	1.47
716729--716754	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
726675--726705	12	2.6	12	94	0	53	70	3	3	22	1.16
730281--730445	90	1.8	90	94	2	296	44	7	12	35	1.70
736358--736399	21	2.0	21	90	0	66	21	19	21	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747158--747273	58	2.0	59	87	1	171	38	20	13	26	1.90
750994--751047	18	3.0	18	100	0	108	5	16	11	66	1.40
763343--763418	29	2.6	29	85	12	102	75	1	14	9	1.11
763344--763430	10	8.9	9	73	14	66	75	1	14	8	1.08
763939--764256	117	2.7	116	75	8	266	40	14	17	27	1.88
764809--764846	19	2.0	20	89	5	60	68	7	5	18	1.34
765581--765742	66	2.5	66	92	0	270	20	16	25	37	1.93
767084--767143	29	2.0	31	81	9	72	15	13	6	65	1.46
767326--767672	137	2.5	136	82	2	401	26	13	14	45	1.81
781465--781515	26	2.0	26	88	0	75	50	19	13	15	1.77
782823--782867	18	2.4	18	79	13	56	31	0	13	55	1.38
785904--785944	14	2.9	15	85	7	50	46	7	0	46	1.30
789785--790072	143	2.0	138	96	4	522	28	18	19	33	1.95
796009--796054	21	2.2	21	84	0	56	6	26	36	30	1.82
801832--802080	46	5.4	46	88	0	345	23	20	14	41	1.89
802075--802297	49	4.6	49	80	2	232	30	22	13	33	1.93
802281--802322	18	2.3	18	83	4	57	35	28	9	26	1.88
808962--809029	22	3.2	21	79	6	75	22	39	22	16	1.92
813516--813573	27	2.1	28	96	3	109	48	12	8	31	1.70
822365--822389	12	2.1	12	100	0	50	32	8	52	8	1.60
824241--825425	172	6.9	172	75	4	1009	36	11	19	31	1.88
824244--827877	516	7.1	510	75	8	1830	37	11	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825440--827916	172	14.5	172	77	4	2093	37	12	20	30	1.89
825440--835243	343	28.6	342	69	11	2887	37	11	19	30	1.88
827943--828945	173	5.8	172	75	5	840	37	10	19	31	1.86
829285--835243	172	34.9	171	75	6	4302	37	12	19	30	1.89
829288--835164	515	11.5	512	74	8	2065	37	12	19	30	1.89
829285--835243	689	8.7	687	73	8	2573	37	12	19	30	1.89
835510--836362	168	5.0	171	81	3	889	37	12	20	29	1.89
836420--837688	171	7.4	172	76	5	1056	37	12	19	30	1.89
836413--837686	343	3.7	341	81	6	1258	37	12	20	30	1.89
838012--838060	6	8.0	6	82	13	64	79	0	2	18	0.83
838012--838106	19	4.7	19	75	14	84	74	1	2	22	0.98
838013--838106	27	3.6	25	72	14	75	75	1	2	21	0.97
838013--838104	28	3.3	27	76	8	87	75	1	2	21	0.98
838011--838126	19	5.8	19	74	16	67	71	0	6	21	1.13
839095--839155	19	3.2	19	77	11	54	55	1	3	39	1.26
839128--839167	18	2.2	19	90	4	64	52	2	0	45	1.14
839941--840135	106	1.8	106	88	2	302	24	15	24	36	1.94
840184--841594	106	13.3	106	94	0	2401	23	18	24	33	1.96
839916--840399	264	1.8	264	88	0	736	23	19	23	32	1.98
845204--845254	15	3.2	16	78	10	61	70	1	1	25	1.08
845214--845257	19	2.4	18	81	7	52	68	2	2	27	1.14
845219--845286	27	2.5	26	75	11	66	70	1	2	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845222--845327	19	5.2	20	74	14	76	69	0	6	22	1.17
845266--845326	20	3.2	19	71	19	56	70	0	9	19	1.15
846310--846349	18	2.2	18	86	4	53	55	2	0	42	1.13
846389--846837	172	2.6	173	81	2	492	37	10	20	31	1.87
846977--847525	171	3.2	171	78	5	518	36	12	21	29	1.90
847581--852518	172	28.4	172	72	9	2435	37	12	20	30	1.89
847999--848302	155	1.9	155	83	2	392	35	14	21	28	1.93
848146--849304	173	6.7	170	78	5	1074	37	13	20	27	1.91
848146--849306	174	6.7	173	76	7	617	37	13	20	27	1.91
849379--852518	171	18.1	171	74	8	2106	37	11	20	30	1.89
849883--849966	43	2.0	43	97	0	159	39	8	13	39	1.74
849708--850124	215	1.9	215	84	2	552	39	12	17	31	1.87
849923--852518	171	15.2	170	77	6	2158	36	11	20	30	1.89
849923--854944	515	9.6	512	70	11	2348	36	11	20	30	1.89
852421--852609	94	2.0	96	87	4	276	43	4	18	33	1.71
852283--852783	266	1.9	267	83	2	657	38	10	20	30	1.86
852105--852954	440	1.9	441	82	4	1043	37	11	20	30	1.88
852528--854905	342	6.9	340	77	6	1730	36	12	20	30	1.89
852517--854965	172	14.3	171	77	4	1968	37	12	20	30	1.89
852528--854968	687	3.6	684	78	6	1825	37	12	20	30	1.89
855294--855734	171	2.6	170	84	3	528	39	12	20	27	1.88
855294--855784	172	2.9	172	82	4	566	37	13	20	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863795--863824	10	2.9	10	95	5	51	86	0	10	3	0.67
874727--875317	171	3.5	166	77	9	488	38	11	20	29	1.88
875389--881139	343	16.7	343	70	12	1813	37	11	19	30	1.88
875389--878762	171	19.5	171	70	11	1457	37	12	19	30	1.89
877079--878762	172	9.8	171	75	6	1207	38	11	19	30	1.88
878103--878149	23	2.1	22	84	4	58	61	2	10	25	1.39
878955--879608	171	3.8	166	77	7	544	38	11	19	30	1.87
878167--879426	665	1.9	664	79	5	1436	37	11	20	30	1.88
879982--880340	171	2.1	171	84	4	465	36	10	19	34	1.85
880355--880396	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
880404--881187	173	4.6	172	79	3	711	36	12	20	30	1.90
880385--881187	345	2.3	343	80	4	821	36	12	19	31	1.89
881252--881961	170	4.1	169	77	5	629	37	13	20	29	1.90
881538--882358	438	1.9	437	80	5	962	36	11	20	31	1.89
881961--883059	171	6.4	171	77	5	996	37	10	20	32	1.86
883083--883182	36	2.7	36	85	3	119	43	12	15	30	1.82
883732--883794	24	2.6	23	78	14	65	25	11	0	63	1.27
883733--883849	15	7.5	15	66	23	55	25	5	1	66	1.24
883814--883892	11	7.5	10	72	18	54	20	5	1	73	1.09
884005--884059	21	2.5	21	85	11	67	29	3	0	67	1.08
883989--884063	23	3.4	21	78	15	73	30	4	0	65	1.11
884301--884358	29	2.0	30	82	3	73	27	10	0	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
888820--888900	28	2.8	29	79	5	85	77	7	13	1	1.03
890281--891478	106	11.3	106	92	0	1876	33	24	18	23	1.97
892208--892312	37	2.8	37	86	0	156	40	13	14	32	1.84
892866--892966	24	4.3	24	68	22	79	27	5	0	65	1.22
892925--892972	24	2.0	25	88	12	73	29	0	2	68	1.01
893236--893282	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
893581--893656	30	2.5	31	75	10	84	15	3	2	77	1.03
893693--893750	29	2.0	30	82	3	73	27	10	0	62	1.28
894074--894839	172	4.5	170	76	6	633	36	11	20	31	1.89
894188--895501	660	2.0	656	79	4	1410	36	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5