genome.fa.s6423.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006423.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015498_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  772901

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3749--3790	21	2.0	22	86	13	61	54	0	2	42	1.13
5440--5493	26	2.1	26	96	0	99	27	14	22	35	1.93
17629--17676	2	26.0	2	84	16	68	50	0	0	50	1.00
17724--18059	39	9.3	37	73	16	192	45	4	7	42	1.52
17749--18071	36	9.1	36	71	16	169	45	4	7	42	1.51
17767--18169	34	11.6	34	73	16	276	45	3	6	43	1.49
17738--18169	70	6.2	69	75	14	273	45	3	6	43	1.49
18015--18170	35	4.5	35	76	14	128	46	3	6	44	1.45
23583--23612	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
23804--23857	28	2.0	27	82	10	65	51	9	5	33	1.57
33068--33104	12	3.0	12	92	4	56	37	32	0	29	1.58
33989--34022	15	2.2	16	90	10	54	76	8	0	14	1.01
35705--35763	31	1.9	31	96	0	109	20	27	8	44	1.80
37327--37378	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
37367--37480	20	5.7	20	79	6	113	32	24	17	25	1.97
37364--37480	61	1.9	61	85	0	162	34	23	17	24	1.96
38038--38079	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
38075--38221	20	8.1	19	71	18	98	12	22	22	42	1.86
38109--38196	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
40220--40342	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
40276--40342	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
41700--41735	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41914--42064	19	8.7	19	63	21	71	15	21	20	42	1.89
41918--42044	33	3.9	32	86	8	184	14	22	19	43	1.88
41911--42043	66	2.0	66	95	0	239	16	21	19	42	1.89
44528--44581	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
45636--45673	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
47720--47786	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
47834--47891	14	3.9	14	77	16	62	10	13	24	51	1.72
47817--47907	32	2.8	33	89	3	148	12	16	21	49	1.78
47892--47946	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
49152--49194	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
49174--49309	67	2.1	65	86	5	184	27	23	30	18	1.98
49964--50008	22	2.0	22	100	0	90	20	26	26	26	1.99
49964--50016	22	2.4	22	93	0	79	20	24	24	30	1.99
56021--56063	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
56021--56187	64	2.6	63	83	10	185	29	25	26	18	1.98
56153--56189	19	1.9	19	88	0	56	24	35	29	10	1.89
56821--56865	22	2.0	22	100	0	90	20	26	26	26	1.99
56821--56873	22	2.4	22	93	0	79	20	24	24	30	1.99
58776--58818	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
59096--59139	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
59327--59399	20	3.7	20	92	0	119	26	19	28	26	1.98
59306--59442	41	3.4	41	77	2	141	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59433--59522	41	2.2	40	95	0	126	20	24	15	40	1.91
59435--59505	21	3.4	21	78	3	90	18	23	15	42	1.88
59449--59522	20	3.7	20	78	3	76	20	22	16	40	1.91
60502--60617	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
60605--60798	20	9.6	20	79	8	94	35	27	18	18	1.94
60605--60798	40	4.8	40	82	3	228	35	27	18	18	1.94
60605--60797	60	3.2	60	82	3	235	35	27	18	18	1.95
61174--61244	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
61324--61429	21	5.6	20	73	18	93	46	18	21	13	1.83
61384--61440	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
61378--61456	33	2.4	33	93	2	133	46	22	21	8	1.79
61452--61534	18	5.1	18	68	26	67	10	24	20	44	1.83
61473--61528	14	3.7	14	73	17	58	8	25	23	42	1.82
61457--61577	32	3.5	33	84	14	147	10	24	19	45	1.82
61513--61577	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
61512--61575	20	3.2	20	82	4	92	12	25	15	46	1.81
63260--63477	93	2.4	92	98	0	418	22	14	18	44	1.85
63607--63665	19	3.4	19	77	22	83	47	30	15	6	1.71
63575--63665	33	2.7	33	91	1	137	46	28	16	8	1.77
63591--63649	14	3.9	14	74	20	55	47	27	18	6	1.74
63661--63833	19	9.6	19	76	12	159	10	20	23	45	1.81
63683--63739	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63661--63833	33	4.8	38	80	8	168	10	20	23	45	1.81
65759--65793	13	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
65884--65971	19	4.8	19	79	14	114	47	14	22	14	1.81
65884--65990	53	2.0	52	96	1	196	45	15	24	14	1.83
65980--66221	19	13.7	19	76	18	247	14	22	17	45	1.85
65986--66221	52	4.5	53	95	2	413	14	22	17	46	1.84
66057--66235	33	5.2	33	74	15	175	12	22	18	46	1.83
68517--68541	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
68716--68762	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
69454--69682	20	11.4	20	83	1	217	20	17	24	37	1.94
69650--69747	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
69650--69748	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
77626--77673	19	2.6	19	87	9	64	70	6	4	18	1.25
77695--77739	10	4.8	10	76	15	51	35	2	0	62	1.08
79923--79953	16	1.9	16	93	0	53	80	3	9	6	0.99
79930--80025	15	6.0	15	70	14	59	75	2	2	20	1.02
80465--80564	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
81089--81142	21	2.7	19	78	13	56	27	7	0	64	1.20
81108--81142	16	2.1	18	89	10	56	28	5	0	65	1.15
84988--85059	20	3.5	21	77	17	71	79	6	12	1	0.99
85667--85717	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
86584--86693	37	3.0	37	89	2	159	26	22	12	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86708--86788	37	2.2	36	82	2	90	24	19	14	40	1.90
86720--86790	37	1.9	37	88	0	106	23	21	12	42	1.87
86602--86993	102	3.9	102	94	0	660	29	20	12	38	1.89
86806--86892	37	2.4	37	86	5	115	25	21	13	39	1.90
86602--87060	204	2.2	203	89	1	675	29	20	12	37	1.90
86907--86993	36	2.4	36	88	0	120	26	20	12	40	1.88
86935--87109	67	2.6	67	86	4	228	30	20	11	37	1.88
87227--87322	36	2.6	36	86	4	122	26	18	15	39	1.91
87281--87438	67	2.4	67	85	5	196	33	22	7	36	1.82
87272--87438	65	2.5	65	83	4	192	31	22	7	38	1.82
88059--88834	105	7.3	105	83	5	803	32	25	19	22	1.97
89294--89393	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
89925--89959	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
100898--100922	6	4.2	6	100	0	50	16	16	36	32	1.90
101221--101273	21	2.4	22	84	6	63	50	0	1	47	1.12
105456--105480	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
107666--108094	55	7.9	55	87	3	580	26	27	15	29	1.96
109016--109069	8	6.5	8	87	10	56	11	7	0	81	0.87
120673--120697	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
129900--130032	70	1.9	70	95	0	239	51	18	17	12	1.75
134170--134199	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
141569--141598	10	2.8	11	90	10	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141953--141998	23	2.0	23	83	8	58	39	6	8	45	1.61
142079--142151	26	2.9	25	76	11	69	41	1	13	43	1.53
142096--142127	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
142213--142266	24	2.2	24	83	6	65	50	3	5	40	1.44
142226--142272	24	2.0	24	91	0	76	46	4	2	46	1.34
142811--142883	7	10.6	7	94	2	130	43	42	0	13	1.44
147210--147323	56	2.0	56	100	0	228	27	10	21	41	1.85
161478--161542	33	2.0	33	90	0	103	18	10	29	41	1.84
162342--162386	16	2.8	16	82	0	63	20	11	20	48	1.79
162321--162419	32	3.1	32	79	2	101	17	13	20	49	1.79

Tables:   1   2   3   4