genome.fa.s6423.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006423.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015498_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  772901

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 463 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163802--163854	23	2.3	23	96	0	97	13	15	30	41	1.85
164804--164857	23	2.4	23	78	9	58	48	1	0	50	1.11
164819--164876	21	2.9	21	82	7	59	43	1	1	53	1.21
164969--165024	8	7.2	8	75	13	55	57	0	0	42	0.99
164965--165037	23	3.1	23	82	5	76	54	0	0	45	0.99
164993--165040	23	2.1	23	92	0	78	56	0	0	43	0.99
165124--165183	22	2.7	22	78	2	57	50	0	3	46	1.18
165114--165208	50	1.9	50	82	8	122	46	0	2	51	1.12
167322--167350	11	2.6	11	100	0	58	0	62	24	13	1.32
168827--168854	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
170244--170326	32	2.7	30	81	9	112	25	2	24	48	1.63
170893--170924	16	2.0	16	100	0	64	31	25	0	43	1.55
171860--171890	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
178894--178935	13	3.4	13	74	12	52	42	9	14	33	1.78
178894--178943	24	2.1	24	100	0	100	44	8	16	32	1.76
180614--180869	35	7.2	39	74	17	152	48	3	5	42	1.43
180658--180873	35	6.3	34	73	19	173	49	3	4	43	1.39
180699--180759	28	2.2	27	85	2	77	50	3	6	39	1.45
180646--180832	101	1.9	101	89	4	297	48	3	5	42	1.45
180750--180869	36	3.4	36	79	9	129	50	4	3	41	1.38
180906--180956	21	2.8	18	76	21	52	19	1	5	72	1.15
182198--182265	29	2.3	31	80	14	81	11	5	5	76	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182184--182233	14	3.6	14	74	15	50	10	8	4	78	1.09
182188--182265	29	2.7	29	80	13	74	10	7	6	75	1.18
182199--182321	14	8.8	13	68	18	70	17	4	3	74	1.12
182313--182350	16	2.2	18	86	9	53	13	15	2	68	1.32
185107--185289	94	1.9	95	86	5	264	33	15	16	33	1.91
186062--186421	110	3.3	108	86	4	482	34	21	18	25	1.96
186549--187607	84	12.9	84	74	7	860	31	23	19	25	1.98
186577--187031	165	2.8	164	90	2	697	31	23	19	26	1.98
186737--187604	247	3.5	247	80	7	823	31	22	20	25	1.98
186991--187608	329	1.9	325	85	4	857	32	22	19	25	1.98
188291--188420	32	4.3	31	81	17	159	48	3	5	43	1.41
188296--188433	59	2.4	56	84	14	192	45	3	5	44	1.45
188390--188442	24	2.3	22	87	9	79	47	3	3	45	1.39
188431--188480	13	3.9	14	80	15	54	54	0	0	46	1.00
189821--189869	14	3.3	15	76	21	50	12	6	4	77	1.09
189818--189883	27	2.4	27	78	19	66	12	4	7	75	1.16
189904--189932	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
190766--190802	19	1.9	19	88	0	56	43	10	2	43	1.53
191323--191386	22	3.0	22	93	2	103	32	34	12	20	1.90
192495--192578	37	2.4	34	80	6	87	65	2	3	28	1.22
200720--200794	38	2.0	38	100	0	150	40	20	10	29	1.86
204586--204629	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205912--206003	40	2.3	40	86	1	141	20	21	17	40	1.92
211779--211828	18	2.8	18	93	0	82	22	12	40	26	1.88
212282--212405	56	2.3	50	78	16	149	34	24	16	25	1.95
216234--216351	21	5.8	20	74	6	76	38	24	17	18	1.92
216299--216491	20	9.6	20	83	4	228	35	25	20	18	1.95
216873--216943	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
217022--217099	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
217023--217098	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
217083--217139	14	3.7	14	70	20	51	43	22	22	10	1.84
217075--217155	33	2.5	33	93	0	135	46	22	20	9	1.80
217151--217248	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
217173--217262	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
217156--217270	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
218968--219341	93	4.1	93	98	1	718	21	12	19	46	1.83
218968--219341	185	2.0	184	97	1	714	21	12	19	46	1.83
219389--219498	19	6.3	19	73	20	105	45	30	16	8	1.76
219406--219498	33	2.8	32	95	4	168	46	30	17	6	1.73
219494--219612	19	6.8	19	75	18	123	10	20	22	47	1.80
219516--219572	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
219499--219591	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
219563--219619	19	2.9	19	87	7	80	10	17	24	47	1.79
221542--221577	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221684--221780	19	5.4	19	85	12	150	46	17	21	14	1.84
221684--221794	52	2.1	52	96	0	204	45	18	22	14	1.85
221773--221800	14	2.0	14	100	0	56	35	21	28	14	1.92
221798--221991	19	11.2	19	74	21	203	14	21	18	46	1.84
221798--221963	52	3.2	52	97	0	314	14	22	16	46	1.83
221798--222005	33	6.1	33	76	14	226	13	21	18	46	1.84
224480--224526	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
225208--225417	20	10.5	20	84	5	228	19	18	25	36	1.94
225404--225486	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
230261--230323	2	34.5	2	82	17	84	50	0	0	49	1.00
230254--230318	15	4.1	15	94	6	103	52	0	0	47	1.00
231421--231489	23	3.0	23	84	0	75	30	24	24	20	1.99
238314--238383	23	3.0	23	82	2	68	30	22	25	21	1.99
238330--238383	23	2.3	23	87	0	81	27	24	27	20	1.99
238428--238457	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
241992--242040	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
242949--243135	31	6.0	31	92	1	304	19	17	23	39	1.93
244246--244335	19	4.8	19	83	8	121	23	26	16	33	1.96
244291--244349	18	3.2	18	72	13	66	25	18	18	37	1.94
244246--244349	37	2.8	37	89	4	147	24	24	17	34	1.96
245850--245894	21	2.1	21	100	0	90	44	4	20	31	1.71
246076--246145	28	2.4	30	76	7	81	44	7	17	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255751--255790	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
259490--259608	61	2.0	61	94	3	213	45	7	11	35	1.69
263230--263288	21	2.8	21	73	14	59	22	25	27	25	2.00
269711--269763	20	2.6	21	84	3	63	22	33	15	28	1.94
273230--273264	16	2.2	16	89	0	52	28	0	25	45	1.54
282580--282723	65	2.2	65	88	2	209	23	23	18	34	1.96
284584--284613	14	2.1	14	93	0	51	60	16	13	10	1.59
284598--284663	23	2.8	23	84	6	71	59	12	12	16	1.62
284682--284730	23	2.1	23	84	0	62	57	18	10	14	1.65
285022--285095	40	1.9	37	86	8	103	36	10	9	43	1.72
293235--293320	24	3.6	24	77	3	84	48	15	11	24	1.77
295941--295973	17	2.0	17	88	5	50	60	21	12	6	1.53
297169--297214	23	2.0	23	86	0	65	28	17	41	13	1.86
298595--298629	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
302209--302248	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
303432--303482	14	3.8	13	80	10	50	60	0	0	39	0.97
314663--314699	16	2.3	16	95	0	65	8	16	5	70	1.30
320556--320605	20	2.5	20	93	0	82	46	24	14	16	1.83
320639--320728	20	4.6	21	81	9	79	26	23	11	38	1.88
320632--320731	38	2.6	38	81	12	132	26	22	10	42	1.84
321636--321682	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
321641--321687	24	1.9	24	91	4	76	25	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321869--321897	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
323937--324007	21	3.4	20	86	7	97	23	12	39	23	1.89
324000--324049	21	2.4	21	86	0	64	38	16	26	20	1.92
323933--324034	42	2.4	42	77	3	107	27	14	36	21	1.93
324014--324057	21	2.1	21	95	0	79	31	13	31	22	1.93
324371--324454	21	4.0	20	75	9	78	39	35	7	17	1.78
324346--324454	42	2.6	41	80	8	121	36	36	10	16	1.82
325401--325507	44	2.4	44	90	6	162	32	23	6	37	1.81
327920--327953	16	2.2	16	89	5	52	44	8	11	35	1.72
333493--333569	22	3.5	22	90	0	118	19	18	45	16	1.86

Tables:   1   2   3   4