genome.fa.s6439.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006439.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015555_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  467271

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
591--1286	263	2.7	262	80	7	783	31	22	15	30	1.95
591--1303	132	5.4	133	78	8	683	30	23	15	30	1.95
1468--1499	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
3434--3791	129	2.8	128	80	7	390	32	9	17	40	1.82
10451--10496	22	2.1	21	84	11	58	50	0	2	47	1.13
12338--12402	32	2.1	31	82	5	78	49	0	1	49	1.10
12409--12478	21	3.3	20	67	23	54	44	1	5	48	1.35
12394--12460	23	2.9	23	72	14	66	41	1	4	52	1.31
12456--12510	26	2.2	25	87	6	76	56	0	1	41	1.10
12468--12602	38	3.2	41	73	19	118	52	0	0	45	1.11
12623--12667	23	2.0	23	86	0	63	42	4	0	53	1.21
12663--12713	23	2.2	23	82	6	59	50	1	1	45	1.24
12672--12725	23	2.4	21	84	12	63	50	0	1	48	1.11
12693--12733	15	2.8	15	78	17	50	48	0	0	51	1.00
12691--12766	40	1.9	40	81	10	93	47	1	2	48	1.24
17008--17107	31	3.2	31	67	20	82	16	13	33	38	1.86
17008--17136	62	2.1	62	91	2	206	16	12	31	39	1.85
17034--17136	31	3.3	31	70	14	95	15	11	33	38	1.84
17127--17206	33	2.5	33	91	2	135	12	10	38	38	1.77
17682--17728	18	2.7	18	90	3	69	27	29	8	34	1.87
27180--27222	21	2.0	21	86	0	59	51	13	20	13	1.76
28331--28456	60	2.1	59	82	7	148	34	23	5	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28568--28734	60	2.8	60	82	3	201	38	4	22	33	1.75
32205--32328	2	62.0	2	100	0	248	50	0	0	50	1.00
32346--32397	22	2.4	22	93	0	86	30	11	19	38	1.87
33052--33216	83	2.0	83	93	2	287	41	16	21	20	1.90
35941--35978	18	2.1	18	85	9	51	44	0	2	52	1.14
36048--36091	21	2.2	20	83	4	52	38	0	4	56	1.20
40013--40051	21	2.0	20	85	14	55	48	0	0	51	1.00
40013--40058	22	2.1	21	84	11	58	52	0	0	47	1.00
40829--40895	34	2.0	35	82	5	84	43	1	2	52	1.25
40889--40916	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
41049--41093	20	2.5	18	80	19	58	31	22	4	42	1.73
41754--41788	18	1.9	18	88	0	52	22	8	2	65	1.34
42545--42612	23	2.9	24	74	14	70	42	2	1	52	1.25
42788--42832	23	2.0	23	81	0	54	40	4	2	53	1.33
42868--42896	13	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
42869--42898	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
44020--44076	28	2.0	28	86	0	78	28	15	22	33	1.95
44212--44324	60	1.9	59	81	7	138	40	14	9	35	1.78
46110--46209	31	3.2	31	67	20	82	16	13	33	38	1.86
46110--46238	62	2.1	62	91	2	206	16	12	31	39	1.85
46136--46238	31	3.3	31	70	14	95	15	11	33	38	1.84
46229--46308	33	2.5	33	91	2	135	12	10	38	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46782--46828	18	2.7	18	90	3	69	27	29	8	34	1.87
47780--47810	12	2.6	12	100	0	62	32	25	0	41	1.56
57192--57223	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
57430--57600	60	2.8	59	78	10	152	35	20	4	39	1.73
57719--57888	60	2.8	59	80	0	187	40	5	21	31	1.77
58107--58185	2	39.5	2	100	0	158	50	49	0	0	1.00
58185--58240	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
58798--58871	30	2.5	30	75	14	73	44	8	16	31	1.76
61224--61343	38	3.2	38	80	5	109	29	15	27	27	1.96
63440--63501	23	2.7	23	82	0	70	50	16	8	25	1.72
64191--64287	29	3.4	29	70	7	99	41	20	6	31	1.77
64333--64380	17	2.9	16	82	14	62	16	20	43	18	1.88
64394--64446	9	5.3	10	80	14	65	37	30	18	13	1.89
64401--64446	11	4.5	11	82	17	55	41	28	17	13	1.86
66374--66713	170	2.0	170	98	1	664	31	21	17	29	1.96
70447--70510	24	2.7	24	77	0	65	50	15	9	25	1.74
71199--71320	28	4.3	29	70	11	83	40	22	7	30	1.81
71323--71365	12	3.3	12	84	12	50	18	25	39	16	1.91
71343--71387	17	2.8	16	90	10	65	13	20	46	20	1.83
71409--71455	9	4.9	9	85	10	58	36	29	19	14	1.92
71412--71453	10	4.2	10	82	11	59	40	26	19	14	1.89
73723--73802	9	8.9	9	86	13	96	80	0	16	3	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73716--73822	27	3.9	27	83	12	114	80	1	13	4	0.95
73734--73803	18	3.8	18	92	5	106	80	0	15	4	0.87
75050--75124	30	2.5	31	77	18	86	41	9	16	33	1.80
76893--76947	20	2.8	20	85	0	65	20	18	36	25	1.94
78688--78771	37	2.2	38	83	10	102	39	15	20	25	1.91
80026--80149	64	1.9	65	88	4	189	30	20	19	29	1.97
80026--80172	64	2.3	63	82	10	174	29	21	19	28	1.98
82932--82960	13	2.2	13	100	0	58	31	17	20	31	1.96
85703--85751	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
92343--92377	17	2.1	17	88	0	52	8	5	5	80	1.03
92518--92579	20	3.0	20	73	11	63	14	19	0	66	1.26
95848--95896	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
97757--97853	44	2.2	44	88	3	142	28	25	21	23	1.99
97772--97859	23	3.9	23	77	8	92	27	27	22	22	1.99
100474--100628	64	2.4	64	87	6	208	29	20	18	30	1.97
100633--100698	19	3.5	19	95	0	114	24	33	18	24	1.97
103635--103757	60	2.1	58	83	8	151	31	21	8	38	1.84
108897--108971	30	2.5	30	97	0	141	41	9	16	33	1.80
110646--110685	12	3.6	12	80	12	50	45	2	0	52	1.14
110672--110969	22	13.6	22	84	2	402	42	0	10	46	1.38
111741--111780	20	2.0	20	85	9	55	60	5	2	32	1.32
111829--111868	17	2.3	18	87	12	57	62	17	5	15	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113973--114119	60	2.4	59	81	6	154	31	19	17	31	1.94
116611--116686	30	2.5	30	80	4	82	39	3	15	40	1.66
117152--117206	20	2.7	20	80	2	65	20	16	20	43	1.88
120784--120821	19	2.0	20	89	5	60	50	2	7	39	1.46
122707--123103	43	9.2	43	82	5	419	26	15	24	33	1.95
123475--123588	21	5.4	21	84	0	138	3	35	17	43	1.66
123475--123617	21	6.8	21	80	3	81	2	34	18	43	1.65
123567--123625	21	2.8	21	68	14	50	0	35	18	45	1.50
132211--132304	41	2.3	42	88	1	136	40	17	17	25	1.90
132635--132755	41	2.9	41	92	1	188	32	20	13	33	1.91
134336--134606	83	3.3	81	81	5	323	33	19	16	30	1.94
134343--134472	41	3.1	41	68	9	111	32	20	19	28	1.96
134458--134595	41	3.4	39	69	10	96	36	19	12	31	1.89
134336--134606	82	3.3	83	81	4	334	33	19	16	30	1.94
135225--135288	21	2.9	22	77	9	76	56	0	25	18	1.42
135225--135287	23	2.8	23	80	7	76	55	0	25	19	1.43
135723--135783	22	2.7	22	80	10	70	21	19	8	50	1.73
136673--136730	25	2.3	25	90	0	89	55	6	10	27	1.59
137791--137846	30	1.9	30	85	3	78	41	16	5	37	1.71
139262--139313	23	2.3	23	93	0	95	36	21	9	32	1.86
144898--144937	21	1.9	21	89	0	62	27	17	17	37	1.92
146173--146203	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146572--146726	39	4.0	39	79	4	179	28	22	29	20	1.98
146572--146722	78	1.9	77	89	4	232	29	22	27	20	1.99
150539--150611	24	3.0	24	82	5	94	21	10	15	52	1.73
154194--154281	24	3.7	24	77	6	97	20	12	18	48	1.80
154180--154285	48	2.2	49	86	3	144	18	14	16	50	1.79
154460--154538	2	39.5	2	100	0	158	0	0	49	50	1.00
156731--156996	2	139.5	2	71	24	177	40	1	4	53	1.31
156729--157007	15	18.5	15	76	17	192	40	1	4	53	1.31
156770--157007	29	8.4	29	75	21	186	41	1	3	53	1.27
158197--158237	7	6.0	7	83	16	59	14	0	0	85	0.60

Tables:   1   2   3