genome.fa.s6439.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006439.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015555_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  467271

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 298 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158199--158237	14	2.9	13	92	7	69	12	0	0	87	0.55
160003--160029	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
165295--165343	21	2.3	21	75	6	55	40	10	24	24	1.86
165364--165402	20	2.0	20	90	5	62	46	17	12	23	1.83
166630--166662	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
169358--169490	40	3.2	40	71	9	115	36	18	17	28	1.93
172459--172539	36	2.3	36	93	2	137	43	24	0	32	1.55
172459--172555	35	2.7	36	88	1	115	41	26	1	30	1.63
173353--173432	35	2.3	35	93	4	135	32	1	25	41	1.63
177963--177990	12	2.3	12	100	0	56	46	0	7	46	1.30
183191--183276	29	3.0	29	78	0	91	43	9	20	26	1.82
185617--185662	24	1.9	24	81	0	56	2	30	4	63	1.26
185725--185774	21	2.4	21	86	0	64	0	30	4	66	1.10
185632--185866	129	1.8	129	81	7	298	6	29	2	60	1.37
185870--185912	15	2.6	16	85	10	52	2	44	0	53	1.13
185925--186082	81	2.0	81	81	5	185	4	32	2	60	1.30
186006--186076	27	2.6	27	78	13	65	2	32	1	63	1.18
186013--186258	90	2.8	89	74	11	261	6	34	2	56	1.39
187588--187912	80	4.1	80	94	0	544	41	23	11	23	1.87
187588--187912	159	2.0	159	92	0	524	41	23	11	23	1.87
189801--189880	35	2.3	35	97	2	153	30	2	10	57	1.45
190137--190180	8	5.5	8	100	0	88	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190219--190282	17	3.7	18	75	6	69	45	0	3	51	1.17
192291--192361	13	5.1	13	82	14	88	52	5	9	32	1.58
192261--192376	43	2.7	42	72	22	132	55	6	11	27	1.58
203771--203870	31	3.3	31	87	2	139	39	11	18	32	1.85
205469--205500	16	2.0	16	100	0	64	18	18	18	43	1.88
209071--209103	16	2.1	16	100	0	66	36	39	0	24	1.56
210120--210374	80	3.2	79	89	2	375	42	21	10	25	1.84
211216--211311	37	2.7	36	73	13	83	34	5	9	51	1.57
211226--211312	37	2.4	36	77	11	97	37	5	8	48	1.57
212389--212444	17	3.2	17	80	9	69	44	0	3	51	1.18
214500--214595	28	3.2	28	78	10	77	66	2	3	28	1.18
214500--214579	28	2.8	29	77	11	85	68	1	2	27	1.10
214514--214714	113	1.8	111	83	12	270	57	1	5	34	1.33
217695--217787	30	3.1	30	90	1	141	37	11	18	32	1.87
217695--217782	31	2.9	31	91	1	142	36	11	19	32	1.87
217705--217803	31	3.2	30	82	5	92	36	10	17	36	1.83
218567--218614	22	2.2	22	96	0	87	29	20	25	25	1.99
225255--225315	20	2.9	20	85	7	59	27	32	22	16	1.96
225298--225337	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
226973--227014	17	2.5	17	88	0	66	59	21	9	9	1.57
231810--231863	10	5.6	10	82	6	58	53	0	1	44	1.11
231819--231863	13	3.5	13	84	0	63	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232504--232528	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
233235--233299	31	2.1	31	85	0	85	40	4	10	44	1.60
233278--233336	31	1.9	31	86	3	84	40	3	8	47	1.51
240497--240551	27	2.0	27	100	0	110	29	36	16	18	1.92
244241--244308	36	1.9	34	82	11	84	41	1	1	55	1.18
244361--244419	11	5.5	11	75	11	52	20	3	5	71	1.20
252122--252221	31	3.3	30	88	2	146	38	12	19	31	1.88
253007--253072	22	3.0	22	86	0	96	30	27	18	24	1.98
253343--253388	20	2.3	20	96	0	83	58	21	10	8	1.58
255276--255459	88	2.1	85	93	3	314	41	10	8	39	1.70
255693--255722	15	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
258090--258130	10	4.2	10	87	3	57	53	0	2	43	1.13
258099--258140	13	3.2	13	82	0	57	52	0	0	47	1.00
258780--258818	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
259527--259588	31	2.0	31	83	0	79	40	4	11	43	1.62
259570--259627	30	1.9	30	89	0	89	39	5	8	46	1.57
264668--264723	6	9.3	6	98	0	76	33	0	23	42	1.54
264668--264723	18	3.1	18	92	0	85	33	0	23	42	1.54
264695--264733	18	2.2	18	90	0	60	35	2	30	30	1.71
270699--270738	21	1.9	21	94	0	71	25	27	20	27	1.99
274175--274214	21	1.9	21	89	0	62	25	25	20	30	1.99
280061--280111	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280124--280163	21	1.9	21	89	0	62	25	15	27	32	1.95
281915--281965	20	2.7	20	81	6	61	54	3	5	35	1.43
286103--286926	52	15.7	51	82	6	938	23	25	19	31	1.98
286122--286926	260	3.1	260	92	3	1255	23	25	19	31	1.98
288158--288271	10	11.6	9	76	15	86	3	17	0	78	0.88
288196--288270	19	3.9	20	86	10	104	0	18	0	81	0.69
288199--288279	10	8.3	10	85	9	114	0	18	0	81	0.69
288167--288279	21	5.9	18	74	22	81	2	18	0	78	0.86
288199--288270	9	7.7	9	82	14	92	0	18	0	81	0.68
288158--288286	19	6.6	19	70	14	77	3	17	0	79	0.88
289556--289647	31	3.0	31	90	4	143	33	5	16	44	1.70
289711--289777	19	3.5	19	91	0	98	40	10	13	35	1.79
289883--289924	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
289953--289992	20	1.9	21	85	10	55	37	35	10	17	1.83
290207--290276	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
303057--303107	21	2.5	21	81	12	61	37	7	1	52	1.42
305008--305056	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
305135--305173	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
309807--309863	23	2.5	23	97	0	105	22	14	28	35	1.93
310271--310342	38	1.9	38	97	2	137	12	11	36	40	1.79
313929--313968	14	2.9	14	88	0	62	22	32	35	10	1.87
314007--314081	29	2.6	29	97	0	141	22	28	34	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316201--316246	22	2.1	23	84	8	60	52	0	8	39	1.33
317479--317525	24	2.0	24	83	8	60	2	27	2	68	1.13
317558--317609	21	2.5	20	76	11	52	1	40	1	55	1.22
317654--317748	12	7.9	12	68	17	54	4	28	3	64	1.28
317708--317753	21	2.1	22	88	4	67	2	28	4	65	1.23
317693--317749	16	3.5	17	77	15	66	3	28	1	66	1.18
317678--317748	33	2.2	33	89	0	106	2	28	4	64	1.26
317835--317877	15	2.7	15	85	10	50	2	44	0	53	1.13
317852--317946	42	2.4	40	81	16	101	4	36	0	58	1.17
317805--318042	90	2.7	89	76	9	216	3	34	2	59	1.27
317980--318050	27	2.6	27	78	13	65	2	32	1	63	1.18
319403--319717	80	4.0	80	93	1	508	40	22	12	24	1.88
320562--320594	12	2.9	12	91	8	52	24	0	0	75	0.80
321735--321798	17	3.7	18	75	6	69	45	0	3	51	1.17
321739--321805	35	1.9	35	87	6	100	44	0	2	52	1.16
323525--323579	27	2.0	27	93	6	94	69	0	3	27	1.05
323569--323811	2	123.5	2	82	9	259	52	0	2	44	1.19
325176--325230	27	2.0	27	100	0	110	29	36	16	18	1.92
330915--331014	31	3.3	30	88	2	146	38	12	19	31	1.88
331794--331859	22	3.0	22	86	0	96	30	27	18	24	1.98
334036--334219	88	2.1	85	93	3	314	41	10	8	39	1.70
337518--337565	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339394--339445	13	4.1	13	80	5	61	50	0	1	48	1.12
339407--339447	16	2.6	16	92	0	64	53	0	2	43	1.13
340101--340137	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
349083--349119	6	6.2	6	96	0	56	35	0	27	37	1.57
349083--349133	18	2.8	18	81	3	57	37	1	23	37	1.66
351127--351170	21	2.1	21	100	0	88	27	15	34	22	1.95
356414--356453	21	1.9	21	89	0	62	27	22	17	32	1.96
366007--366045	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
366070--366109	21	1.9	21	89	0	62	25	15	27	32	1.95
367883--367935	24	2.2	24	100	0	106	35	16	20	26	1.94

Tables:   1   2   3