genome.fa.s6526.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015905_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  502317

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1290--1329	19	2.0	20	90	4	64	35	7	17	40	1.78
4178--4215	19	2.0	20	89	5	60	42	7	13	36	1.73
13550--13608	22	2.7	22	86	0	82	27	27	20	25	1.99
14064--14130	33	2.0	33	85	0	89	29	16	28	25	1.97
14778--14814	15	2.5	15	80	20	51	32	8	29	29	1.86
15124--15186	32	2.0	32	84	6	83	52	23	4	19	1.65
15368--15449	41	2.0	41	97	0	155	32	17	7	42	1.76
16299--16559	127	2.1	126	80	7	298	38	20	8	32	1.83
20344--20416	36	2.0	37	86	5	105	47	4	1	46	1.30
21974--22013	17	2.4	16	84	12	53	52	0	2	45	1.14
22031--22068	16	2.4	16	82	4	51	63	0	5	31	1.17
22236--22317	11	7.3	11	70	20	53	59	2	3	34	1.28
22734--22833	35	2.8	36	84	6	121	30	17	15	38	1.90
23288--24264	109	9.4	104	77	9	804	21	20	24	33	1.97
23293--24264	98	9.3	104	78	8	838	21	20	24	32	1.98
23297--24264	203	4.7	203	82	6	1046	21	20	24	32	1.97
24718--24898	65	2.8	65	93	0	308	36	12	20	30	1.89
24783--25138	102	3.5	102	92	0	595	36	12	20	30	1.90
24848--25156	37	8.9	37	68	19	207	36	13	21	28	1.91
25052--25156	36	2.9	36	92	1	165	38	13	23	24	1.91
26016--26066	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
26674--26731	21	2.8	20	78	14	64	1	12	6	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32023--32084	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
32023--32092	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
33592--33701	37	3.0	37	89	2	159	26	23	12	37	1.91
33610--33965	102	3.5	102	92	0	595	30	20	12	36	1.90
33828--33900	37	2.0	37	91	0	119	26	20	13	39	1.90
33850--34030	65	2.8	65	93	0	308	30	20	12	36	1.89
33748--34065	167	1.9	169	91	2	525	30	20	12	36	1.89
33594--34065	204	2.3	194	79	13	552	29	20	13	36	1.90
34138--34209	37	1.9	37	82	0	90	26	22	11	40	1.87
34492--35451	203	4.6	204	82	6	1011	32	24	20	21	1.97
34479--35460	109	9.4	105	78	6	898	33	24	20	21	1.97
35915--36014	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
36458--36539	11	7.3	11	70	20	53	34	3	2	59	1.28
36710--36743	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
36724--36774	21	2.4	22	80	3	59	27	3	1	66	1.20
38417--38575	83	1.9	82	87	5	230	47	16	10	25	1.78
38999--39028	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
40774--40816	3	13.7	3	85	9	59	34	2	0	62	1.08
40774--40816	13	3.4	12	84	9	59	34	2	0	62	1.08
40776--40814	10	4.0	10	86	6	62	38	2	0	58	1.12
42404--42437	18	1.9	18	94	5	61	17	5	5	70	1.28
55284--55503	47	4.7	46	67	15	128	27	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55188--55628	141	3.2	141	90	4	641	27	28	18	25	1.98
55846--55888	3	13.7	3	85	9	59	34	2	0	62	1.08
55846--55888	13	3.4	12	84	9	59	34	2	0	62	1.08
55848--55886	10	4.0	10	86	6	62	38	2	0	58	1.12
57477--57510	18	1.9	18	94	5	61	17	5	5	70	1.28
61163--61295	29	4.6	29	77	16	127	39	4	2	54	1.33
61207--61297	25	3.4	25	85	11	119	38	5	1	54	1.31
61163--61372	93	2.3	90	81	12	218	38	5	1	53	1.36
61275--61460	31	5.7	31	72	14	119	38	5	1	54	1.32
62149--62190	12	3.4	12	81	15	50	57	0	0	42	0.99
62149--62190	13	3.4	13	80	12	52	57	0	0	42	0.99
62169--62218	22	2.3	23	80	16	61	68	0	2	30	1.01
62176--62242	29	2.4	27	82	9	89	67	0	1	31	1.00
62304--62345	14	2.9	14	80	16	50	59	0	2	38	1.10
62302--62345	21	2.2	20	83	4	52	59	0	2	38	1.10
62788--62839	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
62825--62902	41	1.9	41	89	0	120	38	23	15	23	1.92
62828--62921	20	4.7	20	80	7	91	32	25	17	24	1.96
63436--63502	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
63498--63629	19	7.1	19	77	11	130	12	21	21	45	1.84
63503--63579	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
65630--65713	42	2.0	42	88	0	123	20	39	17	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67108--67143	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
67323--67449	19	7.5	19	64	24	77	14	22	19	44	1.86
67327--67449	33	3.8	32	86	8	176	14	21	19	43	1.87
67320--67449	66	2.0	66	95	0	233	16	21	19	43	1.88
70911--70968	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
70992--71082	14	5.8	14	77	22	92	10	20	18	49	1.78
70987--71137	33	4.4	33	95	4	257	13	21	17	47	1.81
71006--71137	52	2.5	54	82	17	188	13	20	17	48	1.81
70987--71145	19	9.2	19	81	17	204	13	22	17	47	1.82
73126--73242	32	3.4	35	85	8	118	46	24	17	11	1.82
73180--73237	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
73164--73242	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
73126--73253	19	7.3	18	71	19	92	46	25	16	11	1.81
73249--73344	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
73271--73328	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
73254--73344	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
73331--73372	20	2.1	20	90	0	66	16	21	21	40	1.91
73317--73382	19	3.4	19	81	4	78	15	21	24	39	1.91
73855--73894	18	2.2	18	86	0	53	12	12	47	27	1.77
75427--75470	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
75658--75729	20	3.6	20	96	0	126	25	19	29	26	1.99
75638--75774	40	3.4	41	81	7	136	24	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75658--75771	20	5.7	20	84	6	113	24	17	26	31	1.97
75638--75792	41	3.8	41	77	4	127	23	18	24	32	1.97
76935--76971	19	2.0	18	89	5	56	45	0	8	45	1.32
77570--77632	11	5.9	11	75	14	69	57	0	1	41	1.08
77751--77827	21	3.7	21	75	3	66	44	28	2	24	1.67
77749--77827	28	2.8	28	78	0	86	43	30	2	24	1.67
78399--78547	74	2.0	74	98	0	289	39	10	2	48	1.48
78423--78543	37	3.3	37	68	9	120	42	8	1	47	1.43
89198--89258	23	2.8	23	75	7	65	22	34	24	18	1.96
89239--89278	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
92411--92471	23	2.7	23	89	2	88	24	24	27	22	2.00
93037--93087	21	2.4	21	96	0	93	41	21	3	33	1.72
100353--100578	125	1.8	125	81	4	285	30	13	21	34	1.91
100353--100582	126	1.8	125	81	4	284	30	13	21	34	1.92
106870--106923	20	2.7	20	94	0	99	20	20	24	35	1.96
109580--109632	21	2.5	21	93	0	97	20	22	22	33	1.97
109784--109879	20	4.6	20	74	18	70	27	20	17	34	1.95
109826--109879	21	2.7	19	83	16	65	27	16	22	33	1.95
110607--110637	16	1.9	16	100	0	62	38	51	9	0	1.35
110607--110640	10	3.4	10	91	0	50	41	50	8	0	1.34
112042--112101	2	30.0	2	76	6	59	45	0	5	50	1.23
117440--117576	71	1.9	71	90	0	220	40	16	19	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117445--117608	71	2.3	71	86	3	215	43	15	18	21	1.87
119728--119821	31	3.1	31	87	4	120	63	9	6	20	1.46
119735--119829	30	3.1	30	86	4	111	61	10	8	20	1.54
120965--121011	18	2.6	18	89	0	67	8	14	46	29	1.74
121242--121294	3	17.7	3	76	7	54	58	0	0	41	0.98
131668--131715	12	4.2	12	78	10	57	0	2	10	87	0.62
131661--131707	22	2.1	22	100	0	94	0	4	12	82	0.80
132566--132611	22	2.2	20	85	11	58	47	17	4	30	1.67
134690--134718	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
138097--138135	18	2.1	18	85	9	51	30	0	7	61	1.24

Tables:   1   2   3