genome.fa.s6526.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006526.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00015905_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  502317

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 352 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141944--142089	60	2.4	60	81	5	152	62	9	10	17	1.53
142004--142177	30	6.0	31	73	16	138	64	10	9	15	1.49
142004--142090	31	2.9	30	85	1	111	66	9	8	16	1.42
142065--142112	23	2.1	23	88	0	69	66	12	4	16	1.39
142943--142982	15	2.7	15	88	3	55	5	25	0	70	1.08
143700--143793	3	32.0	3	95	4	174	65	0	0	34	0.93
147903--147957	28	2.0	28	85	7	76	25	14	21	38	1.92
148092--148205	60	1.9	60	89	7	178	38	12	14	35	1.83
148095--148219	60	2.1	60	85	5	164	36	12	15	35	1.85
148239--148278	18	2.4	16	84	12	53	47	0	2	50	1.14
149600--149633	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
149987--150023	3	12.3	3	88	0	56	70	0	29	0	0.88
149987--150019	12	2.8	12	100	0	66	72	0	27	0	0.85
152084--152118	18	1.9	18	94	0	61	51	25	5	17	1.67
152404--152453	20	2.5	20	93	0	82	44	24	18	14	1.86
152463--152512	20	2.5	20	100	0	100	18	18	24	40	1.91
152608--152657	25	2.0	25	92	0	82	26	8	24	42	1.82
153036--153088	24	2.2	24	86	0	70	35	1	13	49	1.53
153392--153480	39	2.3	39	94	0	160	47	19	14	19	1.83
153693--153750	20	2.9	20	92	0	89	39	20	20	18	1.92
153833--153972	66	2.2	60	85	7	172	51	16	0	31	1.50
155343--155441	21	4.7	21	77	5	101	22	19	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155585--155626	12	3.5	12	83	0	57	66	2	2	28	1.16
155793--155832	21	2.0	20	85	5	53	42	35	7	15	1.75
157660--157691	13	2.5	13	100	0	64	78	15	6	0	0.95
157664--157697	13	2.8	12	91	8	52	76	14	8	0	1.01
158056--158120	20	3.2	20	74	21	64	21	16	21	40	1.92
158144--158197	20	2.7	20	75	11	65	27	14	29	27	1.95
162553--162579	14	1.9	14	100	0	54	14	40	7	37	1.74
171696--171744	23	2.1	23	92	0	80	38	20	8	32	1.82
176469--176499	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
176498--176532	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
176724--177263	134	4.0	136	82	2	588	26	17	28	27	1.97
177261--177560	36	8.8	35	65	19	125	39	16	18	26	1.91
177329--177560	37	6.7	37	66	17	147	38	17	18	25	1.92
177267--177516	67	3.7	67	88	3	344	38	15	19	26	1.91
177267--177516	133	1.9	133	85	2	349	38	15	19	26	1.91
177878--177984	35	2.9	36	84	6	128	37	10	19	32	1.86
179193--179239	24	1.9	25	83	12	62	72	0	2	25	0.96
179832--179987	85	1.8	85	87	5	235	56	12	1	29	1.47
187294--187339	8	5.8	8	78	17	51	76	0	4	19	0.96
187904--187934	14	2.2	14	94	0	53	67	0	22	9	1.19
190205--190237	13	2.5	13	95	0	57	18	33	9	39	1.82
192438--192462	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195898--195940	16	2.7	16	81	0	59	39	2	37	20	1.66
196137--196186	19	2.7	19	81	3	66	36	4	2	58	1.29
202000--202691	183	3.7	183	85	6	915	43	12	16	27	1.83
202307--202331	11	2.3	11	100	0	50	44	12	0	44	1.41
203873--203905	17	1.9	17	88	11	50	15	45	24	15	1.84
203895--203931	7	5.4	7	87	6	58	16	27	29	27	1.97
203895--203932	20	1.9	20	100	0	76	15	26	28	28	1.96
204771--204894	63	2.0	63	81	9	146	17	27	29	25	1.98
206715--206770	24	2.4	23	80	8	69	41	3	7	48	1.48
208929--208975	19	2.5	19	92	0	76	29	2	10	57	1.44
209325--210587	199	6.3	199	94	0	2202	41	15	14	27	1.87
212168--212277	6	18.3	6	93	0	148	37	0	30	31	1.64
212168--212277	9	12.2	9	88	0	148	37	0	30	31	1.64
213677--215835	399	5.4	399	91	2	3427	43	13	14	27	1.84
213677--215835	201	10.8	200	91	2	3443	43	13	14	27	1.84
214435--214472	20	1.9	19	89	5	58	44	2	15	36	1.61
218860--218904	23	2.0	23	90	0	72	37	20	6	35	1.79
218853--218901	23	2.1	23	88	0	71	32	20	6	40	1.77
219018--219095	31	2.5	31	91	0	120	34	29	14	21	1.93
220647--220719	37	2.0	36	84	10	96	53	1	0	45	1.09
223531--223582	3	18.0	3	88	7	81	30	1	0	67	1.02
225695--225752	20	2.6	22	84	10	66	32	18	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226149--226203	20	2.7	20	80	13	58	50	0	14	34	1.43
226753--226801	25	1.9	26	95	4	91	42	0	10	46	1.37
227349--227416	23	3.0	23	82	0	91	20	25	25	29	1.99
231625--231673	25	1.9	26	95	4	91	42	0	10	46	1.37
232217--232279	23	2.7	23	87	0	99	15	26	26	30	1.96
237553--237777	2	113.0	2	78	11	212	45	6	1	45	1.40
237508--237730	111	2.0	111	93	0	383	44	8	4	42	1.54
242005--242069	28	2.3	28	97	0	121	35	10	4	49	1.58
250891--250915	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
253096--253154	3	19.0	3	79	6	64	61	0	3	35	1.13
253095--253162	22	3.2	21	84	10	77	58	0	4	36	1.18
253096--253153	19	2.8	21	82	10	75	60	0	3	36	1.14
253291--255023	259	6.7	259	87	3	2341	34	16	16	32	1.91
254023--254129	42	2.6	40	71	11	99	30	20	19	28	1.97
253294--255028	774	2.2	772	88	3	2531	34	16	16	32	1.91
254803--254903	42	2.4	41	79	9	116	30	20	23	24	1.99
268030--268107	23	3.3	23	81	1	93	32	23	20	24	1.98
268114--268430	103	3.1	103	97	0	580	36	23	13	26	1.92
269302--269342	19	2.2	19	95	0	73	17	29	21	31	1.96
273547--273624	23	3.3	23	74	1	75	32	23	19	25	1.98
273631--273952	103	3.1	103	93	0	554	37	23	12	26	1.91
282587--282646	3	19.3	3	79	6	66	61	0	3	35	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282608--282663	25	2.2	25	90	0	67	58	0	1	39	1.08
282587--282643	22	2.6	21	86	5	78	61	0	3	35	1.13
283291--283315	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
284085--284126	20	2.1	20	95	0	75	45	21	14	19	1.85
283967--284278	160	2.0	157	89	1	480	43	16	13	25	1.85
286270--286324	24	2.4	23	80	11	69	43	0	7	49	1.30
286999--287037	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
288578--288647	20	3.5	20	94	1	115	30	1	12	55	1.46
289149--289192	20	2.2	20	95	0	79	27	15	18	38	1.91
289179--289983	199	4.0	200	91	0	1274	37	15	16	30	1.90
289179--289983	399	2.0	399	91	0	1324	37	15	16	30	1.90
290551--290598	19	2.5	19	96	0	87	31	6	10	52	1.60
293086--293723	198	3.2	198	88	1	875	37	14	16	31	1.89
293848--293892	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
293764--293926	87	1.9	87	96	0	299	31	15	12	40	1.84
295045--295143	28	3.6	27	73	5	81	40	25	11	23	1.87
309991--310022	10	3.2	10	95	0	55	21	21	0	56	1.43
325234--325350	58	2.0	58	93	0	198	37	16	21	24	1.93
328467--328515	10	5.2	10	80	14	68	79	0	0	20	0.73
328464--328518	3	20.7	3	80	17	52	78	0	0	21	0.76
328464--328515	18	2.8	18	86	13	79	78	0	0	21	0.74
328461--328518	17	3.5	16	82	13	73	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328461--328515	25	2.1	25	90	6	83	80	0	0	20	0.72
328464--328523	8	7.8	8	78	19	65	76	1	0	21	0.87
328655--328694	4	10.0	4	88	0	62	70	0	2	27	1.01
329898--329928	3	10.3	3	92	0	53	64	3	0	32	1.09
329903--329948	15	2.8	16	87	9	58	56	4	2	36	1.31
330011--330078	33	2.1	32	84	10	86	45	5	4	44	1.48
330038--330239	35	5.5	37	73	16	120	42	6	3	47	1.48
330012--330211	107	1.9	108	83	11	268	42	6	5	46	1.51
330122--330238	39	3.1	36	78	11	103	43	5	5	45	1.50
330924--332120	84	14.4	84	78	6	1204	24	20	24	29	1.99

Tables:   1   2   3