genome.fa.s6550.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006550.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016004_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1576944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3762--3800	13	3.1	12	82	10	51	17	17	17	46	1.85
3762--3800	6	6.2	6	85	8	51	17	17	17	46	1.85
5013--5061	13	3.8	13	81	8	55	75	2	16	6	1.09
5691--5775	32	2.7	32	92	0	134	50	28	5	15	1.67
6137--6350	32	6.6	32	91	1	347	29	14	24	31	1.95
6137--6350	65	3.3	64	90	1	347	29	14	24	31	1.95
6137--6361	97	2.3	97	92	0	378	29	14	23	32	1.94
6472--6596	34	3.7	34	87	0	169	30	20	12	36	1.90
6901--7020	36	3.3	36	85	0	168	24	23	15	37	1.93
7070--7248	43	4.2	43	90	0	277	28	12	30	29	1.93
7070--7260	86	2.2	86	93	0	328	29	13	28	28	1.94
7342--7834	90	5.5	90	95	0	853	24	19	22	34	1.97
8016--8075	24	2.6	23	75	17	61	36	1	3	58	1.25
9630--9670	18	2.4	17	88	8	57	36	2	4	56	1.34
10063--10124	24	2.6	24	86	0	88	12	11	22	53	1.71
11642--11706	16	4.1	16	87	0	103	7	12	23	56	1.61
11776--11807	16	2.0	16	100	0	64	6	12	25	56	1.59
12840--12879	18	2.2	19	86	4	55	45	5	5	45	1.47
16481--16523	19	2.3	19	95	0	77	16	23	27	32	1.96
16482--16523	9	4.4	10	85	8	61	14	23	28	33	1.94
16517--16603	18	5.4	16	73	26	78	17	44	22	14	1.85
16528--16602	31	2.4	31	100	0	150	16	48	22	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16528--16591	13	4.5	13	82	17	83	15	48	23	12	1.79
16610--16676	29	2.3	29	86	0	89	25	7	26	40	1.82
23729--23784	19	2.9	19	85	12	78	16	21	28	33	1.95
23729--23777	10	4.8	11	83	16	70	16	20	26	36	1.93
23730--23784	9	5.6	10	83	12	78	14	21	29	34	1.93
23787--23819	13	2.5	13	100	0	66	15	48	24	12	1.78
23838--23902	29	2.2	29	86	0	85	26	7	27	38	1.83
31860--31909	18	2.8	18	84	0	64	48	0	16	36	1.46
31860--31911	9	5.8	9	75	8	52	48	0	15	36	1.45
45138--45298	81	2.0	81	82	4	200	32	4	32	30	1.77
51617--51858	71	3.4	71	81	11	253	42	4	4	48	1.44
51449--51825	37	10.1	36	80	13	385	42	5	5	46	1.50
51728--51861	34	3.9	34	72	11	110	42	3	4	49	1.41
51465--51858	71	5.4	71	79	14	244	43	4	5	46	1.47
57878--57906	14	2.0	15	93	6	51	48	31	6	13	1.69
57895--58221	80	4.0	81	84	2	381	35	22	18	23	1.95
59975--60044	31	2.3	30	83	9	88	27	18	18	35	1.94
59993--60063	30	2.3	31	87	2	99	29	18	21	30	1.97
64380--64435	3	18.7	3	78	14	62	37	1	0	60	1.07
72623--72833	51	4.1	51	83	7	275	37	17	21	23	1.94
72634--72832	103	1.9	103	93	1	346	37	18	20	24	1.94
74427--74470	20	2.2	20	91	0	70	25	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74502--74550	20	2.5	20	82	0	53	30	24	12	32	1.92
74421--74576	75	2.1	75	92	0	258	30	17	19	32	1.96
74621--74694	20	3.7	20	98	0	139	24	20	20	35	1.96
74621--74715	40	2.4	40	89	0	136	27	21	18	32	1.97
74502--74809	159	1.9	159	90	0	490	32	17	17	32	1.93
74661--74962	119	2.5	119	85	3	419	32	16	18	32	1.93
75093--75154	3	20.7	3	84	12	83	37	0	0	62	0.95
75863--75900	17	2.2	17	100	0	76	26	21	21	31	1.98
77901--77972	30	2.4	31	83	4	101	27	15	22	34	1.94
78148--78176	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
78794--79756	80	11.9	80	86	2	1298	33	24	19	23	1.97
80149--80562	37	11.5	36	79	11	433	45	3	5	44	1.44
80380--80489	32	3.3	32	77	18	109	44	3	4	47	1.41
80380--80562	69	2.7	67	82	9	194	45	2	4	46	1.39
80468--80569	31	3.2	30	75	21	84	47	0	4	47	1.30
80543--80615	36	2.0	36	89	0	110	38	0	4	57	1.18
81813--81903	5	18.8	5	75	17	52	15	6	2	75	1.10
82017--82114	24	4.1	22	76	21	76	14	11	1	73	1.15
82075--82114	19	2.2	19	95	4	73	12	10	0	77	0.99
82129--82164	18	1.9	19	94	5	65	19	11	0	69	1.18
82241--82269	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
84308--84386	31	2.5	31	87	0	113	41	12	20	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98920--98968	24	2.0	24	92	7	82	44	2	4	48	1.33
100561--100652	38	2.5	37	87	7	141	38	38	10	13	1.79
100616--101229	217	2.8	219	86	7	812	38	27	11	22	1.89
101045--101132	37	2.4	38	88	7	137	37	38	12	11	1.79
102458--102495	18	2.1	18	100	0	76	23	21	23	31	1.98
110564--110604	21	2.0	21	95	0	73	53	21	4	19	1.63
111159--111236	30	2.6	28	72	20	70	44	8	15	30	1.77
113222--113279	30	1.9	30	92	0	98	34	15	22	27	1.94
113280--113359	26	3.1	26	85	0	115	22	11	30	36	1.89
116880--116913	16	2.1	16	100	0	68	20	41	11	26	1.87
120818--120894	26	3.0	26	84	0	100	22	15	31	31	1.95
129492--129861	41	9.0	40	79	9	336	32	16	21	29	1.95
129926--130008	27	3.4	23	76	15	78	46	16	14	21	1.83
130003--130047	23	2.0	23	86	0	63	40	17	17	24	1.91
132453--132485	17	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
135818--135890	3	24.0	3	71	18	53	28	1	2	67	1.13
137195--137426	62	3.9	60	78	11	210	18	15	9	56	1.66
137230--137339	30	3.6	30	72	9	89	20	16	8	55	1.66
137352--137432	30	2.8	28	74	10	81	17	16	9	56	1.65
143410--143769	128	2.8	124	82	10	387	26	17	14	41	1.88
143401--143806	65	6.4	63	81	7	391	26	16	14	41	1.88
144351--144401	3	17.0	3	80	8	59	31	0	3	64	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145816--145979	61	2.7	60	78	12	151	17	13	9	59	1.60
145718--145973	29	8.5	30	69	14	143	17	14	10	57	1.65
152989--153387	198	2.0	200	99	0	784	34	13	18	33	1.90
154566--154607	19	2.1	21	86	8	61	16	0	28	54	1.42
155150--155215	33	2.0	33	100	0	132	27	15	12	45	1.81
155660--155733	2	37.5	2	94	2	132	50	0	0	50	1.00
155975--156005	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
157487--157520	17	1.9	17	88	5	50	20	17	17	44	1.87
159728--159790	11	5.9	11	71	14	51	58	1	1	38	1.17
160020--160105	7	12.3	7	74	17	54	52	30	0	17	1.45
160017--160105	14	6.5	13	80	7	88	50	31	0	17	1.47
160017--160105	27	3.2	27	82	6	99	50	31	0	17	1.47
160028--160107	20	3.9	20	79	9	81	51	31	0	17	1.46
162419--162481	22	2.8	22	87	2	81	33	17	25	23	1.96
165340--165405	8	9.4	8	75	18	51	60	0	1	37	1.06
165414--165454	11	3.7	11	93	0	64	39	0	0	60	0.96
165414--165579	22	7.1	22	77	12	72	41	4	1	52	1.31
165442--165645	14	15.2	14	70	13	110	42	5	2	48	1.42
165424--165510	24	3.8	21	78	14	75	40	3	2	54	1.30
165493--165593	36	2.8	35	84	10	116	44	5	1	47	1.38
165510--165579	22	3.2	22	93	4	115	45	5	1	47	1.35
166659--166706	24	2.0	24	88	8	71	45	6	0	47	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166863--167011	7	21.7	7	72	9	83	50	28	0	20	1.53
166864--166998	21	6.6	20	77	13	96	51	28	0	19	1.52
172561--172592	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
172849--172891	23	1.9	23	85	4	61	32	9	4	53	1.53
174117--174167	20	2.5	21	87	6	70	37	21	5	35	1.78
177608--177670	26	2.4	26	94	0	108	44	22	14	19	1.86
182872--182934	26	2.4	26	94	0	108	44	22	14	19	1.86
186874--187382	172	3.0	173	80	4	500	40	12	13	33	1.82
187372--187405	15	2.3	15	90	10	52	67	2	2	26	1.19
193722--193780	3	20.0	3	76	10	59	27	3	1	67	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8