genome.fa.s6550.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006550.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016004_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1576944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  2  of  8  ( 954 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194262--194292	12	2.5	13	94	5	55	83	6	9	0	0.79
196955--196989	18	1.9	18	88	11	54	34	20	17	28	1.95
196919--197029	61	1.9	59	82	14	142	41	11	17	29	1.85
201269--201329	27	2.3	27	97	0	113	54	14	9	21	1.69
202731--202780	13	4.0	12	87	7	73	78	2	2	18	0.95
202731--202780	25	2.0	25	88	7	75	78	2	2	18	0.95
202818--202890	15	4.7	15	75	12	58	76	2	6	13	1.09
202830--202893	25	2.8	22	71	17	58	79	3	7	9	1.02
204116--204171	3	17.7	3	85	10	76	69	1	0	28	0.98
204112--204168	13	4.4	13	86	10	73	70	1	0	28	0.98
204116--204174	16	3.7	16	90	6	93	69	1	0	28	0.98
204116--204171	22	2.5	22	94	2	94	69	1	0	28	0.98
204188--204283	38	2.5	39	82	12	119	47	5	1	45	1.32
204243--204366	29	4.2	28	87	10	169	50	5	3	40	1.42
204330--204591	36	7.2	36	78	10	232	44	8	4	41	1.56
204265--204371	56	1.9	55	84	9	144	51	5	2	40	1.40
204302--204553	36	7.2	34	77	14	162	45	6	4	42	1.51
204362--204553	71	2.7	71	84	7	228	43	6	5	44	1.53
206861--206910	22	2.3	22	85	0	73	18	22	20	40	1.92
206909--206942	17	2.0	17	88	0	50	44	8	5	41	1.60
211737--211771	4	8.8	4	93	0	52	28	0	0	71	0.86
230744--230813	24	2.9	24	91	0	113	22	17	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230748--230828	24	3.4	24	87	0	99	23	13	18	44	1.85
235229--235306	24	3.2	24	87	0	120	24	16	19	39	1.91
235209--235306	48	2.1	47	84	5	126	24	16	17	41	1.89
237400--237442	19	2.3	18	80	4	50	51	6	6	34	1.56
238874--238943	5	13.4	5	73	19	54	62	2	0	34	1.10
238874--238943	22	3.3	20	79	15	72	62	2	0	34	1.10
238891--238940	12	3.9	12	80	12	55	66	2	0	32	1.03
238958--239211	35	7.0	36	87	4	341	43	8	2	45	1.48
238958--239211	38	6.9	37	90	2	347	43	8	2	45	1.48
238958--239245	38	7.9	36	84	9	288	44	9	2	43	1.51
248448--248991	45	12.2	45	92	1	853	31	25	6	36	1.81
248448--248988	134	4.0	134	95	0	913	31	25	6	36	1.81
248448--248992	89	6.1	89	91	1	833	31	25	6	36	1.81
249125--249237	59	1.9	58	82	13	142	33	16	12	37	1.87
249180--249664	117	4.1	117	91	1	704	30	22	10	36	1.88
249213--249671	59	7.8	58	74	5	350	30	22	10	36	1.88
253889--253926	18	2.2	18	90	4	60	78	5	10	5	1.06
256382--256425	5	8.4	5	85	14	54	59	0	0	40	0.98
256367--256424	22	2.5	22	86	13	73	60	1	0	37	1.07
256453--256787	35	9.2	34	77	13	274	43	8	4	42	1.55
256459--256747	72	4.0	70	84	8	332	43	7	4	44	1.53
256465--256787	110	3.0	108	85	4	407	43	8	4	43	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256771--256798	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
256544--256821	35	7.6	36	82	9	140	42	9	3	43	1.56
262128--262351	102	2.2	102	83	7	285	29	16	21	31	1.96
262990--263032	2	21.0	2	95	4	77	48	2	0	48	1.14
263134--263875	192	3.8	194	77	9	610	30	18	15	35	1.91
264110--264188	29	2.7	29	78	11	88	48	3	15	32	1.63
268958--268991	17	2.0	17	88	0	50	41	0	8	50	1.34
270767--270818	20	2.6	20	93	0	86	26	28	19	25	1.98
270978--271019	22	1.9	22	90	0	66	21	45	16	16	1.86
271425--271491	20	3.4	20	87	2	100	11	16	22	49	1.78
271455--271498	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
272757--272812	21	2.7	21	80	5	60	21	16	33	28	1.95
273164--273201	20	1.9	20	88	0	58	47	18	18	15	1.83
273246--273333	20	4.4	20	78	5	88	20	18	22	38	1.93
273780--273887	21	5.1	21	71	8	76	19	34	18	27	1.95
273791--273902	42	2.7	42	76	13	104	21	33	18	25	1.96
275274--275310	14	2.6	14	91	0	65	29	0	18	51	1.47
275444--275507	20	3.2	20	88	0	92	46	20	18	14	1.83
275546--275716	20	8.9	20	84	7	210	26	19	21	33	1.97
275687--275969	140	2.0	140	94	0	494	44	15	13	27	1.83
276024--276062	12	3.2	12	85	0	51	15	0	28	56	1.40
276027--276061	18	1.9	18	94	0	61	17	0	25	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278094--278130	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
278336--278387	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
279165--279214	20	2.5	20	90	0	73	32	18	24	26	1.97
279212--279348	21	6.6	21	81	9	174	21	16	26	36	1.94
279176--279369	41	4.7	41	84	5	241	22	17	26	33	1.96
279181--279348	62	2.7	60	82	9	212	22	16	26	34	1.95
279233--279408	82	2.1	82	85	4	230	22	17	24	35	1.95
281007--281049	16	2.6	16	88	3	59	51	2	0	46	1.13
281239--281280	16	2.7	15	88	7	57	64	0	2	33	1.07
281402--281445	4	10.8	4	81	13	54	72	0	0	27	0.85
281402--281455	20	2.7	21	83	13	69	70	0	0	29	0.88
288460--288531	30	2.4	30	86	2	92	37	27	16	18	1.92
289462--289603	64	2.2	63	79	7	153	26	22	17	33	1.96
292036--292142	4	26.8	4	100	0	214	50	24	0	25	1.50
292405--292476	30	2.4	30	88	2	101	31	30	20	16	1.95
292462--292526	31	2.1	31	88	0	94	36	23	18	21	1.95
299579--299651	34	2.2	33	80	7	85	56	4	0	39	1.19
299611--299945	174	1.9	173	87	7	493	42	4	8	45	1.55
300037--300086	18	2.8	18	93	3	84	24	20	24	32	1.98
301572--301761	97	2.0	93	94	4	335	40	17	17	24	1.91
306329--306412	39	2.2	40	93	6	154	40	17	7	34	1.77
310676--310701	4	6.5	4	100	0	52	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311466--311514	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
313134--313182	20	2.5	20	96	0	89	38	18	10	32	1.84
330140--330224	24	3.5	24	82	6	100	52	12	10	23	1.70
341350--341426	31	2.5	31	80	2	91	18	27	27	27	1.98
346965--347133	81	2.1	81	96	3	315	42	18	18	20	1.90
352787--352826	21	2.0	19	85	9	53	80	0	17	2	0.83
356831--356877	16	2.8	17	83	9	69	38	4	10	46	1.58
360803--360838	18	2.0	18	94	0	63	52	5	16	25	1.65
364448--364505	23	2.4	25	77	14	75	41	8	15	34	1.78
364461--364508	23	2.1	23	92	0	78	39	8	18	33	1.81
364424--364586	87	1.9	87	93	2	283	41	10	14	33	1.79
364604--365506	200	4.5	200	91	2	1406	30	16	15	38	1.89
364604--365506	401	2.3	398	90	2	1418	30	16	15	38	1.89
367992--368039	19	2.5	19	96	0	87	56	10	2	31	1.45
369685--375342	198	28.6	198	91	0	8960	31	17	14	37	1.89
375403--375428	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
376562--376598	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
377129--377173	15	3.0	15	90	0	63	15	51	13	20	1.76
377462--377518	24	2.5	24	77	13	66	49	3	1	45	1.29
378925--379417	183	2.7	182	92	3	816	26	16	13	43	1.85
382535--382567	16	2.1	16	94	0	57	45	15	3	36	1.61
383009--383033	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384503--384566	31	2.1	31	90	0	101	26	18	9	45	1.80
386060--386090	13	2.3	13	94	5	53	61	0	0	38	0.96
386060--386090	7	4.6	7	92	8	55	61	0	0	38	0.96
386163--386187	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
387463--387535	23	3.2	22	84	7	92	75	0	5	19	0.99
387482--387555	19	3.8	19	85	8	87	71	0	2	25	0.99
387475--387555	4	20.5	4	76	11	78	71	0	2	25	0.98
387632--387660	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
387696--388023	37	8.7	35	77	16	247	43	7	2	46	1.45
387668--387722	28	2.0	28	96	0	101	45	7	1	45	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8