genome.fa.s6565.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006565.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016066_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1014065

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3--139	56	2.6	55	87	7	196	27	14	28	29	1.95
804--846	17	2.5	17	100	0	86	16	48	23	11	1.78
4194--4240	24	1.9	25	95	4	87	29	38	0	31	1.58
6894--6929	2	19.5	2	83	16	51	50	0	0	50	1.00
7143--7300	55	2.9	54	86	6	205	24	23	20	31	1.98
7207--7795	55	10.7	55	86	4	735	27	25	15	31	1.96
7294--7795	166	3.0	164	90	2	758	28	26	14	31	1.95
7207--7795	111	5.4	110	85	3	744	27	25	15	31	1.96
12358--12385	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
24234--24280	20	2.3	20	100	0	94	29	19	21	29	1.97
25905--25980	32	2.4	33	80	12	95	53	10	0	35	1.35
29074--29237	74	2.2	76	86	6	228	28	27	20	23	1.99
33162--33278	8	13.8	8	73	17	51	76	0	14	9	1.03
33176--33244	25	2.8	25	82	8	79	75	0	13	11	1.05
33168--33230	32	1.9	34	90	6	103	76	0	9	14	1.02
33208--33269	18	3.4	17	75	20	54	74	0	20	4	1.00
33820--33844	12	2.1	12	100	0	50	16	16	12	56	1.68
34623--35371	55	13.6	54	82	7	582	31	17	20	30	1.96
34625--34711	28	3.1	28	62	21	65	29	16	19	34	1.93
34734--35371	165	3.9	163	81	5	649	32	18	19	29	1.96
36023--36047	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
36332--36366	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38503--38551	22	2.2	22	88	0	71	36	26	20	16	1.93
38510--38567	22	2.6	22	88	0	80	34	24	22	18	1.96
40213--40270	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
40258--40394	64	2.2	63	81	6	152	24	23	18	33	1.97
44173--44223	23	2.2	23	92	0	84	50	7	21	19	1.72
46682--46721	20	2.0	20	90	4	64	20	5	5	70	1.26
46799--46848	25	2.0	26	84	4	66	38	2	0	60	1.09
49128--49210	32	2.6	32	90	0	130	21	12	12	54	1.69
50048--50074	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
51861--52371	55	9.3	55	81	4	548	38	18	17	25	1.92
51861--52365	165	3.1	164	82	4	606	38	18	17	25	1.92
58615--58653	11	3.2	12	86	13	53	84	0	7	7	0.77
58609--58653	14	3.1	14	87	3	54	84	0	8	6	0.78
61286--61466	42	4.3	42	85	0	227	24	21	21	32	1.98
61542--61938	111	3.6	110	90	2	600	30	24	16	28	1.96
61876--62003	45	2.8	47	82	12	158	32	19	19	28	1.96
61770--62096	156	2.1	160	91	2	527	29	21	17	31	1.96
61654--62160	269	1.9	268	89	3	795	29	22	17	30	1.97
61963--62176	113	1.9	112	88	6	326	29	19	18	32	1.96
62318--62380	3	21.3	3	96	3	119	31	0	0	68	0.90
62981--63091	55	2.0	55	91	6	181	36	18	16	27	1.92
63396--63438	22	2.0	22	100	0	86	39	13	18	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63396--63451	22	2.5	22	88	5	69	46	10	17	25	1.80
67838--67903	33	2.0	34	85	8	91	39	12	16	31	1.85
70087--70115	10	2.9	10	100	0	58	58	0	31	10	1.31
74509--74580	20	3.6	20	92	3	110	33	16	30	19	1.94
74976--75194	109	2.0	111	89	3	336	35	13	18	31	1.90
74976--75197	55	4.0	55	87	3	315	35	13	19	31	1.91
75415--75712	68	4.4	68	94	0	497	30	14	24	30	1.95
75415--76067	136	4.8	136	83	9	775	32	14	23	30	1.94
75523--75900	188	2.0	189	92	2	636	30	15	25	28	1.95
75712--75986	68	4.1	68	89	2	403	32	14	22	30	1.94
75455--75953	256	1.9	257	92	1	831	30	14	24	30	1.95
75712--75993	135	2.1	135	87	2	406	32	14	23	30	1.94
75949--76237	81	3.6	80	89	2	402	38	12	22	26	1.90
75963--76277	162	1.9	162	83	6	406	37	12	22	27	1.90
78589--79046	229	2.0	229	84	2	589	20	13	21	44	1.85
84018--84150	58	2.3	58	80	3	151	34	11	21	33	1.89
84018--84272	116	2.2	116	82	3	289	35	11	21	31	1.89
84216--84328	59	1.9	59	81	3	138	34	11	19	34	1.88
84914--84956	22	2.0	22	95	0	77	18	25	16	39	1.91
86903--86936	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
94163--94204	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
94811--95110	123	2.4	123	78	8	338	26	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99914--99957	20	2.2	20	84	8	54	70	0	15	13	1.17
100464--100539	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
106865--106913	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
125480--125519	20	2.0	20	95	0	71	37	20	10	32	1.85
136130--136210	32	2.5	32	89	2	126	39	38	11	11	1.76
136547--136611	18	3.7	18	93	2	105	32	7	27	32	1.85
137166--137239	38	2.0	38	91	2	123	39	35	10	14	1.82
151554--151586	6	5.5	6	96	0	57	33	30	33	3	1.73
156966--157025	19	2.9	20	85	12	77	58	0	1	40	1.08
156990--157033	12	3.8	12	78	6	54	56	0	2	40	1.11
156967--157032	23	3.1	21	79	16	75	54	0	3	42	1.15
157108--157132	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
161591--161637	20	2.3	20	88	0	67	34	14	8	42	1.77
164120--164144	9	2.8	9	100	0	50	20	12	24	44	1.85
164306--164653	152	2.3	152	82	3	416	30	17	6	45	1.74
165738--165812	29	2.5	30	82	4	89	48	8	13	30	1.71
168290--168324	18	1.9	18	94	0	61	57	0	14	28	1.38
173017--173169	77	2.0	79	82	10	190	41	5	8	44	1.57
182092--182411	54	5.9	54	81	1	363	31	16	18	32	1.94
182098--182416	108	3.0	107	87	4	419	31	17	17	32	1.93
186556--187009	232	2.0	232	90	0	728	30	12	17	39	1.86
186913--187230	54	5.9	53	84	6	383	31	17	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204527--204575	19	2.5	19	80	3	53	65	0	14	20	1.27
210515--210549	19	1.9	17	88	11	52	80	8	0	11	0.92
210928--210961	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
213843--213951	3	36.7	3	88	1	166	33	0	0	66	0.99
214414--214446	6	5.5	6	100	0	66	51	15	33	0	1.43
215359--215407	24	2.1	22	81	7	53	38	2	2	57	1.22
226662--226753	6	14.5	6	71	18	62	79	0	16	4	0.89
226658--226731	15	5.0	14	75	23	55	79	0	20	0	0.73
226660--226729	26	2.6	27	82	13	83	80	0	20	0	0.72
226667--226751	20	4.3	19	78	11	73	78	0	16	4	0.91
226663--226731	29	2.4	29	85	7	88	81	0	18	0	0.70
227895--228030	45	2.8	49	89	10	226	25	13	22	39	1.90
228591--229357	114	6.6	113	94	2	1176	36	14	20	28	1.92
229493--229598	3	35.7	3	88	1	160	33	0	0	66	0.99
230062--230094	6	5.5	6	100	0	66	51	15	33	0	1.43
233818--233882	32	2.0	32	100	0	130	18	27	12	41	1.86
250028--250098	12	5.8	12	75	9	63	49	18	14	18	1.80
250024--250097	26	3.0	24	83	9	96	50	17	12	20	1.78
250059--250094	11	3.2	11	84	7	54	50	19	16	13	1.79
251220--251254	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
252571--252641	13	5.5	13	87	0	106	18	21	43	16	1.88
254783--254854	24	3.0	24	85	2	101	50	18	12	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254787--254855	12	5.8	12	75	10	61	49	18	14	17	1.80
254792--254878	24	3.7	23	82	3	84	47	18	13	20	1.83
255975--256010	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
274875--274932	24	2.5	23	81	15	66	74	3	8	13	1.19
277748--278778	199	5.2	199	88	2	1393	37	15	16	30	1.90
279556--279611	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
281758--281794	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
282030--282798	199	3.8	200	86	3	1041	39	13	15	31	1.86
286013--286064	26	2.0	26	96	0	95	23	26	13	36	1.92
286851--287374	200	2.6	197	81	5	608	39	13	15	31	1.86

Tables:   1   2   3   4