genome.fa.s6565.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006565.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016066_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1014065

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
575483--575732	128	2.0	128	83	4	317	26	20	23	29	1.99
575508--575732	85	2.6	85	88	2	240	24	20	24	30	1.99
575873--575918	21	2.2	21	84	0	56	60	17	4	17	1.51
577899--577961	29	2.2	29	91	8	110	52	9	17	20	1.72
580302--580706	42	9.8	42	81	5	441	32	18	20	27	1.96
580302--580706	83	4.9	83	78	8	425	32	18	20	27	1.96
580302--580706	125	3.3	124	84	4	523	32	18	20	27	1.96
580993--581038	21	2.1	21	88	4	65	50	8	13	28	1.70
581065--581103	20	2.0	20	89	0	60	35	15	7	41	1.76
581631--581683	20	2.7	20	76	2	63	15	15	13	56	1.67
581594--582163	112	5.1	112	92	1	902	25	15	13	44	1.84
581594--582163	225	2.6	224	91	2	902	25	15	13	44	1.84
589586--589665	3	26.7	3	100	0	160	0	66	0	33	0.92
591060--591507	229	2.0	227	94	1	781	45	8	7	39	1.61
591573--591622	20	2.5	20	81	12	75	52	10	16	22	1.73
591740--591787	21	2.3	20	76	13	53	56	8	16	18	1.65
593850--593912	19	3.4	19	95	2	110	31	3	9	55	1.48
593989--595203	198	6.1	199	95	1	2144	37	14	15	32	1.88
596661--596722	18	3.4	18	88	0	88	38	6	33	20	1.79
596661--596722	6	10.3	6	83	0	61	38	6	33	20	1.79
596676--596726	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
596664--596726	12	5.2	12	90	0	81	36	6	33	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596909--596971	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
596909--596981	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
597339--597401	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
597339--597411	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
596803--597680	430	2.0	430	99	0	1740	39	8	12	38	1.74
598734--598774	20	2.0	21	85	4	57	26	19	21	31	1.97
599258--599291	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
601037--601098	26	2.4	26	78	10	65	46	1	8	43	1.42
601082--601148	17	4.1	17	81	7	77	44	0	1	53	1.09
601059--601195	20	6.8	20	67	18	79	46	0	2	50	1.16
601095--601148	25	2.0	28	89	10	87	46	0	0	53	1.00
601191--601224	18	1.9	17	88	5	50	50	2	0	47	1.16
603431--603478	24	2.0	24	95	0	87	33	18	20	27	1.96
603793--603833	14	2.9	14	85	0	64	51	0	0	48	1.00
604090--604114	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
604128--604351	113	2.0	113	96	0	412	44	8	5	41	1.58
604435--604532	14	7.1	14	75	14	87	44	21	0	33	1.52
604447--604545	7	14.4	7	71	17	66	45	18	1	35	1.56
604480--604545	13	4.9	13	78	10	71	45	18	1	34	1.59
605738--605773	19	1.9	18	88	5	54	36	0	22	41	1.54
606388--606432	20	2.3	20	88	3	74	35	13	20	31	1.91
608257--608288	16	1.9	17	93	6	57	0	15	3	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608256--608294	19	2.0	20	90	5	62	0	15	5	79	0.90
608257--608306	25	2.0	25	84	7	66	0	20	6	74	1.03
610135--610336	101	2.0	103	87	1	291	35	20	15	28	1.93
612043--612098	20	2.8	20	86	5	69	28	21	14	35	1.92
616410--616456	24	2.0	24	100	0	94	42	8	12	36	1.74
617749--617826	31	2.5	31	97	0	147	39	37	3	19	1.70
618202--618288	30	2.9	30	78	11	88	31	14	8	45	1.74
623948--623994	24	1.9	25	95	4	87	42	8	12	36	1.74
624787--624849	31	2.0	31	90	0	99	38	31	3	26	1.72
634553--634583	16	1.9	16	100	0	62	54	6	6	32	1.51
645649--645684	12	3.0	12	95	0	63	33	30	8	27	1.86
648700--648763	32	2.0	31	84	3	83	34	12	26	26	1.92
658372--658581	5	42.0	5	100	0	420	60	0	0	40	0.97
665674--665758	42	2.0	42	97	0	161	35	18	9	36	1.84
673396--673459	23	2.8	22	73	4	56	29	23	25	21	1.99
673475--673788	100	3.1	102	90	5	514	37	23	13	25	1.91
674264--674300	18	2.1	18	89	0	56	10	27	35	27	1.90
680371--680423	23	2.3	23	86	0	70	30	24	24	20	1.99
680382--680434	23	2.3	23	80	0	61	28	22	28	20	1.99
680450--680768	103	3.1	103	94	0	579	36	24	12	26	1.91
681247--681284	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
681312--681354	21	2.0	21	86	0	59	13	25	27	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691213--691241	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
700019--700196	89	2.0	89	100	0	356	38	11	16	33	1.85
702099--702126	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
703140--703180	18	2.3	18	100	0	82	36	34	9	19	1.85
717250--717324	38	2.0	37	82	10	91	49	2	1	46	1.24
719497--719533	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
719886--719942	21	2.7	21	94	0	96	87	10	1	0	0.61
719886--719933	1	48.0	1	82	0	60	91	8	0	0	0.41
719886--719933	11	4.5	11	94	5	89	91	8	0	0	0.41
724195--724231	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
725789--725830	18	2.3	18	87	0	57	45	0	2	52	1.13
727102--727158	23	2.4	23	82	8	62	33	0	8	57	1.29
730715--730746	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
730647--730736	28	3.1	27	70	17	67	52	2	5	40	1.37
742226--742314	45	2.0	45	86	4	126	26	13	12	47	1.78
742421--742493	35	2.1	35	89	0	110	35	6	12	45	1.69
742524--742592	36	1.9	36	82	11	88	39	8	8	43	1.66
746863--746890	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
751395--751477	24	3.5	24	81	3	87	36	16	18	28	1.93
751413--751488	24	3.2	23	77	7	73	39	15	15	28	1.89
755804--755894	24	3.8	24	80	2	103	38	18	17	25	1.92
755811--755878	23	2.9	23	84	2	82	38	20	16	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755801--755912	47	2.3	47	83	3	125	40	18	16	25	1.91
767029--767194	87	1.9	87	82	2	208	51	6	8	33	1.57
767550--767598	14	3.6	13	78	10	53	20	0	32	46	1.51
767547--767596	21	2.4	21	93	3	84	22	0	30	48	1.51
769025--769057	12	2.8	12	86	4	50	27	9	24	39	1.85
769034--769068	17	2.1	17	94	0	61	25	11	25	37	1.90
769028--769089	28	2.2	29	82	2	72	27	16	25	30	1.96
772559--772612	14	3.9	14	92	0	81	51	1	18	27	1.56
776513--776575	29	2.2	29	85	0	81	17	11	22	49	1.78
776538--776626	41	2.2	41	83	4	108	17	10	20	51	1.74
776615--776761	73	2.0	73	92	1	242	28	13	20	37	1.91
776786--776831	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
777020--777094	35	2.1	35	85	0	105	42	0	14	42	1.45
783421--783522	44	2.3	44	86	6	136	31	21	16	30	1.96
785695--785850	65	2.4	64	84	5	190	26	23	19	31	1.98
786799--787411	81	7.5	81	92	1	994	27	23	12	36	1.91
787391--787714	68	4.8	68	87	0	468	30	25	13	30	1.94
787927--788073	55	2.7	53	85	4	195	33	23	11	31	1.90
788414--788636	95	2.3	95	83	6	256	24	21	16	37	1.93
790366--790424	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
793060--793135	29	2.6	29	81	6	82	44	9	11	34	1.73
793888--793949	18	3.5	18	75	20	76	6	32	0	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793887--793962	35	2.2	35	97	0	143	6	31	0	61	1.21
793906--793962	17	3.3	16	73	22	53	7	31	0	61	1.23
796201--796316	49	2.4	49	86	2	153	27	18	12	40	1.88
796201--796329	49	2.6	49	85	2	134	27	17	11	42	1.84
798227--798397	89	1.9	89	97	0	324	26	22	11	39	1.87
803647--803692	1	46.0	1	91	0	74	95	0	4	0	0.26
816496--816539	22	2.0	22	95	0	79	45	15	18	20	1.85
817282--817316	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
817398--817441	23	1.9	23	90	0	70	27	25	29	18	1.98
819759--819804	21	2.2	21	92	0	74	36	30	8	23	1.85

Tables:   1   2   3   4