genome.fa.s6607.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006607.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016212_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1995858

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9055--9097	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
12533--12574	18	2.3	18	91	0	66	42	28	0	28	1.56
13686--13724	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
21061--21114	27	2.0	27	85	0	72	55	0	5	38	1.23
21449--21505	24	2.4	24	90	0	87	26	15	17	40	1.90
22199--22322	3	41.3	3	100	0	248	0	66	0	33	0.92
38571--39095	54	9.7	54	85	2	513	34	15	15	34	1.89
38952--39138	54	3.5	54	91	4	272	37	20	14	26	1.91
52038--52378	138	2.5	138	78	5	368	28	14	13	43	1.82
62276--62344	30	2.3	30	82	7	77	34	21	7	36	1.81
66938--66978	21	2.0	20	85	4	55	36	19	17	26	1.94
67544--67579	16	2.2	17	90	5	56	38	16	11	33	1.84
67549--67591	16	2.9	14	77	12	50	37	23	9	30	1.86
77019--77120	16	6.1	16	72	15	55	73	0	19	6	1.05
77067--77095	8	3.6	8	100	0	58	65	0	24	10	1.23
77092--77120	12	2.3	13	94	5	51	75	0	24	0	0.80
77083--77126	19	2.3	19	84	0	52	72	0	22	4	1.02
79265--79361	37	2.6	37	81	3	106	30	15	12	41	1.84
82467--82494	12	2.3	12	100	0	56	35	28	0	35	1.58
88393--88681	116	2.5	118	78	6	284	38	14	21	25	1.91
88823--88860	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
90014--90069	17	3.2	16	80	14	67	19	12	0	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89997--90069	35	2.1	35	92	2	119	20	15	0	64	1.29
94165--94234	20	3.7	20	63	18	58	24	12	24	38	1.90
97921--98026	40	2.6	42	83	5	128	32	14	24	29	1.94
97919--98163	42	5.9	42	77	4	210	32	17	22	27	1.96
97911--98186	126	2.2	126	78	7	303	31	17	22	28	1.97
98343--98385	21	2.0	21	81	0	50	20	41	18	18	1.90
104211--104235	12	2.1	12	100	0	50	28	24	16	32	1.96
114775--114837	21	3.0	21	85	0	81	50	9	34	4	1.56
115264--115348	44	2.0	44	88	2	127	30	22	12	34	1.92
115263--115372	44	2.5	44	80	1	123	30	19	12	37	1.89
115930--116037	52	2.0	53	89	7	166	44	13	22	19	1.86
120452--120559	52	2.0	53	85	3	146	41	14	23	20	1.89
124543--124581	21	1.9	21	89	5	62	66	2	0	30	1.05
126281--126486	92	2.2	93	87	5	283	27	17	17	36	1.93
126635--126740	20	5.3	20	88	4	133	36	21	21	19	1.95
126632--126740	40	2.7	40	89	0	164	35	21	21	22	1.96
131344--131379	18	2.0	18	94	0	63	58	0	13	27	1.36
135004--135028	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
135013--135057	2	25.0	2	79	20	55	48	0	0	51	1.00
135013--135057	5	8.3	6	81	18	55	48	0	0	51	1.00
145433--145466	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
146987--147037	26	2.0	26	96	0	93	21	17	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150713--150769	18	3.3	18	68	26	59	64	7	14	14	1.47
150712--150769	16	3.3	19	65	34	56	65	6	13	13	1.45
150697--150769	34	2.1	34	94	2	128	64	8	12	15	1.49
153807--153861	24	2.3	24	90	0	83	25	10	25	38	1.88
153808--153884	24	3.4	23	81	12	81	27	11	27	33	1.91
156511--156583	21	3.5	21	74	7	76	36	19	16	27	1.93
162888--163120	59	3.9	59	87	0	331	35	10	21	33	1.88
162889--163120	118	2.0	118	90	0	365	34	10	21	33	1.88
169210--169320	53	2.1	53	98	0	213	29	19	19	30	1.97
169737--170082	59	6.0	59	89	4	524	35	11	21	31	1.89
169737--170053	112	2.8	114	92	3	514	34	11	22	31	1.90
169737--170062	171	1.9	173	90	3	530	35	11	22	31	1.89
171266--171299	11	3.2	11	91	4	52	82	5	11	0	0.83
171266--171299	10	3.3	10	88	8	50	82	5	11	0	0.83
185132--185170	14	2.8	14	96	0	69	20	15	33	30	1.94
185332--185389	27	2.1	27	100	0	116	20	10	34	34	1.87
188130--188179	14	3.7	13	78	7	55	68	0	30	2	1.01
188149--188188	16	2.6	16	88	11	57	70	0	30	0	0.88
189673--189730	12	4.8	12	78	19	66	41	0	0	58	0.98
189675--189711	2	19.5	2	89	10	60	45	0	0	54	1.00
200941--201041	31	3.3	30	73	16	91	36	4	0	57	1.27
200939--201068	61	2.2	59	83	5	154	40	5	0	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201102--201176	24	2.7	27	72	19	66	41	5	1	52	1.33
201189--201229	17	2.4	17	83	0	55	56	4	0	39	1.21
205932--205975	19	2.2	20	80	8	54	2	9	15	72	1.19
209944--209982	21	1.9	20	94	5	69	38	17	12	30	1.88
218360--218403	18	2.4	18	85	7	54	65	0	34	0	0.93
218650--218694	18	2.4	19	85	3	65	46	0	4	48	1.22
219656--219702	17	2.9	16	84	9	51	55	4	0	40	1.19
219700--219744	14	3.1	15	84	9	58	40	0	0	60	0.97
222964--223001	18	2.2	17	86	9	51	65	0	0	34	0.93
224349--224458	3	36.3	3	77	8	107	64	0	3	31	1.11
228511--228591	21	3.8	22	79	9	78	16	24	34	24	1.95
228512--228593	20	3.9	21	78	10	69	15	25	32	25	1.96
232401--232440	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
235511--235557	18	2.6	19	76	10	53	6	27	0	65	1.16
235754--235843	39	2.3	39	80	1	99	25	12	34	27	1.92
237092--237144	15	3.5	15	77	12	54	24	9	5	60	1.49
237365--237756	140	2.8	141	76	4	395	28	13	14	43	1.83
243303--243366	27	2.4	27	86	0	92	39	35	14	10	1.81
248605--248669	32	2.0	32	93	0	112	47	18	16	16	1.83
250181--250209	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
251043--251082	20	2.0	21	90	5	64	22	10	10	57	1.61
254780--254821	22	1.9	22	90	0	66	26	11	0	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258779--258826	19	2.5	19	96	0	87	27	33	14	25	1.94
271847--271898	21	2.5	21	90	0	77	13	17	38	30	1.88
276529--276609	7	12.0	7	78	17	57	61	1	0	37	1.04
276541--276607	16	4.3	15	82	16	82	61	0	0	38	0.96
276538--276609	5	15.2	5	78	21	84	61	0	0	38	0.96
276613--276660	23	2.2	21	85	7	60	43	14	4	37	1.65
276646--276702	28	2.1	28	83	3	71	38	24	10	26	1.88
276703--276901	73	2.7	72	82	4	258	43	9	4	43	1.54
276710--276901	36	5.3	36	80	7	210	43	9	4	43	1.56
278672--278755	25	3.2	25	72	11	71	4	19	0	76	0.96
278684--278803	15	7.9	14	68	23	66	5	17	0	76	1.01
278682--278799	39	2.9	42	80	17	126	5	17	0	76	1.02
293932--293973	22	1.9	22	85	0	57	19	7	4	69	1.31
298440--298517	39	2.0	39	94	0	138	28	14	25	32	1.94
305691--306220	120	4.4	120	87	1	702	31	23	18	26	1.97
315066--315118	22	2.5	21	82	8	63	39	11	20	28	1.87
319821--319875	14	3.8	15	76	19	55	58	0	1	40	1.09
320006--320090	7	12.4	7	73	5	57	43	32	0	23	1.54
320009--320088	14	5.9	13	74	12	72	45	30	0	25	1.54
320011--320089	27	2.9	27	79	3	88	45	30	0	24	1.53
320065--320094	14	2.1	14	93	0	51	53	30	0	16	1.44
320215--320262	21	2.3	21	81	0	60	45	25	2	27	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321501--321602	12	8.8	11	80	7	78	29	22	20	27	1.99
321492--321638	23	6.4	22	76	9	123	31	20	19	27	1.97
321492--321673	35	5.2	34	82	5	186	29	20	20	29	1.98
321492--321640	46	3.2	46	86	2	192	32	20	19	27	1.97
321952--322057	49	2.2	49	80	0	122	33	9	23	33	1.87
323671--323867	48	4.1	48	87	0	295	23	8	19	48	1.76
323787--323865	24	3.3	24	62	19	56	20	7	18	53	1.69
323890--323992	53	1.9	53	88	0	152	28	15	19	36	1.92
324962--325013	22	2.3	23	93	6	97	42	11	21	25	1.86
325008--325166	24	6.6	24	80	1	165	35	20	18	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8