genome.fa.s6678.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006678.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016563_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1086949

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1671--1717	23	2.0	23	100	0	94	38	4	21	36	1.73
6189--6242	24	2.2	24	100	0	108	35	22	18	24	1.96
7397--7468	36	2.0	37	81	8	85	31	0	5	62	1.18
18244--18276	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
19665--19706	20	2.1	20	100	0	84	33	30	14	21	1.93
19659--19730	25	3.1	24	78	19	89	34	29	11	25	1.90
21602--21795	96	2.0	96	84	0	253	23	13	37	26	1.91
35211--35498	2	142.0	2	64	22	68	39	7	1	51	1.41
35210--35335	21	6.1	20	70	20	73	38	6	0	54	1.26
35235--35335	43	2.4	43	86	8	145	36	6	0	56	1.26
35266--35505	7	34.6	7	69	20	73	37	8	2	52	1.44
35210--35422	43	5.0	40	73	17	139	38	7	0	52	1.37
35359--35494	67	2.1	65	85	10	179	38	8	2	50	1.49
39971--40047	2	38.5	2	97	0	145	49	1	0	49	1.09
43300--43425	37	3.4	37	82	3	137	46	3	3	45	1.40
46322--46389	31	2.2	31	81	0	82	52	11	11	23	1.70
46561--46662	29	3.4	29	80	7	105	41	9	12	36	1.77
46747--46819	28	2.5	28	84	4	92	41	9	10	38	1.73
52374--52411	18	2.1	18	100	0	76	28	10	5	55	1.56
55368--55413	20	2.3	21	77	11	51	4	41	6	47	1.49
57600--57928	20	16.5	20	85	5	387	35	25	18	20	1.95
58611--58657	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60973--61042	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
61479--61562	34	2.5	34	88	3	134	20	26	34	19	1.96
68149--68176	11	2.5	11	100	0	56	57	0	25	17	1.41
69244--69313	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
69750--69833	34	2.5	34	82	5	116	22	25	32	20	1.98
69799--69836	19	2.0	19	90	10	60	23	31	26	18	1.97
74023--74058	15	2.4	15	100	0	72	33	13	5	47	1.67
77847--77922	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
78319--78566	130	1.9	130	93	0	424	36	15	12	35	1.86
78333--78597	130	2.0	129	82	4	318	39	13	12	33	1.83
79058--79133	35	2.2	35	85	0	107	39	21	1	38	1.62
79528--79775	130	1.9	130	91	0	406	36	15	12	35	1.86
79542--79806	130	2.0	129	80	4	291	39	13	12	33	1.83
80243--80275	17	1.9	17	88	11	50	63	6	3	27	1.32
80801--80863	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
80943--80976	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
81649--81682	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
80038--82147	706	3.0	705	97	0	3993	41	8	10	40	1.69
88736--88828	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
88736--88828	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
88755--88889	41	3.3	41	82	6	132	37	21	21	19	1.94
88817--88931	20	5.7	20	82	6	115	31	26	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88814--88951	41	3.4	41	79	6	154	34	24	17	23	1.96
89119--89162	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
89417--89475	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
90794--90838	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
91314--91380	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
91369--91426	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
91353--91443	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
91314--91448	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
91460--91517	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
91455--91533	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
91518--91569	20	2.7	19	88	5	77	15	26	23	34	1.94
93441--93476	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
93593--93660	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
93679--93736	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
94792--94845	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
95020--95044	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
97333--97430	19	5.7	19	69	22	90	43	19	23	13	1.86
97333--97426	33	2.8	33	96	3	172	43	19	23	13	1.86
97430--97495	19	3.8	19	69	20	63	12	19	21	46	1.82
97602--97638	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
98994--99060	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
98994--99116	42	2.9	41	79	7	104	23	17	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101120--101178	20	3.0	19	78	9	64	44	18	23	13	1.86
101169--101205	14	2.6	14	95	0	65	40	24	24	10	1.87
101229--101279	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
101182--101256	33	2.3	33	83	0	105	41	26	21	10	1.86
101275--101319	19	2.4	19	88	0	72	6	15	24	53	1.66
101911--101964	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
102035--102075	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
103258--103302	12	3.7	12	84	3	63	24	46	15	13	1.82
103313--103438	2	67.5	2	69	13	81	53	0	0	46	1.00
103357--103386	5	5.8	5	92	7	51	60	0	0	40	0.97
114254--114313	30	2.0	30	100	0	120	36	13	13	36	1.84
114925--115018	32	2.9	31	71	12	82	45	1	8	44	1.41
117188--117247	31	2.0	31	87	9	88	36	3	25	35	1.72
117432--117500	23	3.0	23	80	0	84	21	23	24	30	1.99
130303--130341	19	2.1	19	90	0	60	69	0	2	28	1.02
139295--139347	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
139337--139388	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
139422--139470	20	2.5	20	86	0	62	30	28	16	24	1.96
139998--140058	20	3.0	20	90	0	95	40	22	19	16	1.90
141147--141205	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
141462--141510	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
141469--141512	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141705--141763	20	3.0	20	92	0	100	27	13	32	27	1.94
141679--141816	41	3.4	41	74	9	129	24	15	23	35	1.94
141699--141812	20	5.7	20	72	13	72	25	16	25	32	1.96
141746--141834	41	2.2	41	79	4	99	25	19	20	34	1.96
141823--141875	21	2.5	20	73	8	61	35	18	24	20	1.95
152003--152036	14	2.4	14	95	0	59	14	23	20	41	1.89
153609--153717	21	5.3	21	76	5	107	43	17	22	17	1.88
153609--153719	41	2.7	41	94	4	188	42	18	22	17	1.89
153712--153764	20	2.7	20	93	0	88	30	28	16	24	1.97
153952--153995	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
154239--154302	20	3.2	20	93	0	101	12	17	21	48	1.80
155620--155664	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
156158--156215	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
156153--156231	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
156153--156231	14	4.8	17	71	22	62	10	18	24	46	1.80
156216--156259	20	2.2	20	84	4	54	20	25	18	36	1.95
158138--158173	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
158271--158338	19	3.8	19	85	14	101	47	16	23	13	1.81
158366--158414	20	2.5	20	96	0	89	18	22	24	34	1.96
159469--159527	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
162017--162142	33	3.8	33	88	4	200	42	19	22	15	1.88
162018--162142	66	1.9	66	98	0	241	42	20	22	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162306--162342	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
163703--163769	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
163703--163825	42	2.9	41	79	7	104	23	17	35	22	1.95
165848--165945	33	2.9	33	89	1	142	39	25	23	11	1.88
165823--165988	20	9.1	19	73	16	127	43	21	21	12	1.85
165984--166051	20	3.5	19	82	6	82	11	16	25	47	1.80
166566--166618	20	2.7	20	90	0	79	28	20	26	24	1.99
166627--166680	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
166571--166701	61	2.1	61	80	2	147	22	19	24	32	1.97
166778--166830	21	2.5	21	93	0	88	37	16	22	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5