genome.fa.s6678.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006678.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016563_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1086949

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  4  of  5  ( 488 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805379--805410	13	2.5	13	100	0	64	15	53	15	15	1.74
805487--805534	2	24.5	2	78	4	53	47	0	0	52	1.00
805532--805586	24	2.3	24	90	0	83	25	47	14	12	1.80
805532--805586	12	4.6	12	81	0	65	25	47	14	12	1.80
806003--806093	34	2.6	36	92	5	159	40	0	0	59	0.97
806001--806068	9	7.6	9	72	22	54	39	0	0	60	0.97
808132--808167	17	2.1	17	100	0	72	50	0	16	33	1.46
819075--819106	14	2.3	14	100	0	64	12	15	21	50	1.77
819076--819128	24	2.2	25	80	10	65	15	11	20	52	1.72
819081--819123	14	3.0	15	86	6	54	11	9	23	55	1.64
819721--819789	27	2.6	27	92	0	111	23	27	27	21	1.99
819826--819890	16	4.1	16	91	0	112	7	10	23	58	1.57
819962--819992	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
820807--820854	23	2.1	23	88	0	69	41	8	16	33	1.78
820911--821433	200	2.6	197	83	4	622	32	14	13	39	1.86
825345--825786	182	2.4	180	82	5	521	28	14	14	42	1.85
826080--826239	65	2.5	62	84	8	196	30	24	18	26	1.98
827203--827243	21	2.0	21	90	0	64	48	19	12	19	1.80
826950--827309	182	2.0	181	80	4	411	29	16	13	40	1.87
842891--842926	17	2.1	17	90	10	56	63	0	0	36	0.94
842867--842927	22	2.9	21	82	4	70	59	0	0	40	0.98
844489--844538	26	1.9	26	84	8	66	32	2	8	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847722--847761	16	2.5	17	77	22	50	40	0	2	57	1.12
847838--847892	14	3.9	14	90	0	83	61	18	9	10	1.54
847826--847892	28	2.4	28	79	0	71	61	17	8	11	1.56
849735--849836	50	2.0	50	100	0	204	43	17	13	25	1.86
851501--851556	3	18.7	3	84	0	76	67	5	25	1	1.21
858121--858210	3	30.7	3	88	4	139	31	2	0	66	1.04
859516--859568	17	3.1	18	72	10	56	54	0	5	39	1.24
872468--872542	31	2.5	30	80	6	89	49	2	13	34	1.56
875119--875151	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
879310--879357	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
883480--883560	32	2.5	34	78	13	82	33	0	16	50	1.45
884875--884953	41	1.9	41	89	5	124	21	13	18	45	1.84
887607--887750	20	7.2	20	91	0	225	43	16	18	22	1.88
887607--887768	40	4.1	40	83	9	197	41	17	18	22	1.90
887960--888012	22	2.4	22	87	0	79	28	35	15	20	1.93
888371--888459	20	4.5	20	84	2	90	14	17	24	42	1.87
888388--888462	39	1.9	39	94	0	132	10	17	22	49	1.77
888388--888462	20	3.8	20	87	3	107	10	17	22	49	1.77
890324--890362	20	2.0	20	85	10	53	46	20	15	17	1.84
890347--890390	14	3.1	14	86	0	61	50	27	13	9	1.72
890375--890443	20	3.5	20	85	0	84	37	24	17	20	1.93
890486--890669	20	9.4	20	76	12	195	16	20	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890470--890637	56	3.0	55	79	10	187	17	20	22	39	1.92
890542--890669	59	2.2	60	88	4	188	17	18	23	39	1.92
891180--891260	42	1.9	42	82	5	101	23	38	17	20	1.93
892644--892679	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
892749--892917	33	4.8	33	81	11	194	14	23	17	44	1.85
892844--892897	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
892889--892982	20	4.7	20	94	2	145	17	20	25	37	1.93
895396--895449	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
896290--896336	20	2.3	20	92	0	76	25	19	25	29	1.98
896330--896415	20	4.3	20	92	0	145	19	18	18	43	1.89
896412--896457	21	2.2	21	88	7	67	41	17	23	17	1.90
897401--897473	36	2.0	36	100	0	146	53	2	8	35	1.45
897401--897453	20	2.9	19	74	20	51	54	1	7	35	1.40
897415--897475	16	3.5	17	73	22	56	54	3	8	34	1.47
899432--899470	21	1.9	20	89	5	60	10	0	23	66	1.22
908110--908135	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
913965--914014	21	2.4	21	100	0	100	42	16	24	18	1.89
922739--922823	43	2.0	43	100	0	170	22	25	11	40	1.88
925365--925403	14	2.6	14	88	8	51	10	51	2	35	1.50
926603--926719	57	2.1	57	100	0	234	37	15	18	28	1.91
926719--926941	120	1.9	119	99	0	437	20	13	33	32	1.92
933736--933764	15	1.9	15	100	0	58	24	13	13	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938207--938263	21	2.7	21	86	0	87	28	24	26	21	1.99
938459--938513	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
938499--938597	33	3.0	33	92	1	155	46	14	7	32	1.71
938592--938631	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
948267--948333	33	2.0	33	97	0	125	41	10	0	47	1.38
971599--971662	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
971898--971945	18	2.6	18	83	9	53	56	6	0	37	1.25
974632--974701	24	2.9	24	76	0	77	54	17	11	17	1.71
974630--974721	48	1.9	48	86	4	132	51	16	13	19	1.77
974630--974736	48	2.2	48	83	6	128	49	16	14	19	1.79
976955--977326	185	2.0	186	99	0	737	36	12	22	28	1.91
979477--979567	24	3.8	24	77	7	69	49	15	14	20	1.79
986455--986484	14	2.1	14	100	0	60	73	6	0	20	1.05
992147--992192	19	2.3	20	81	7	58	28	28	17	26	1.98
992227--992279	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
992311--992463	20	7.6	20	85	4	164	30	27	18	24	1.98
992306--992422	41	2.9	42	84	3	141	32	28	17	21	1.96
992617--992650	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
993205--993258	24	2.2	24	86	0	72	22	16	18	42	1.89
993433--993457	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
995720--995792	20	3.6	20	72	17	69	35	24	16	23	1.95
995786--995877	33	2.8	33	89	0	139	47	17	21	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995878--995953	19	4.3	19	79	16	74	11	18	25	44	1.83
995908--995987	19	4.5	19	80	15	107	11	21	21	46	1.82
995872--995987	52	2.2	52	86	3	162	12	19	22	44	1.85
996094--996130	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
998037--998062	12	2.2	12	100	0	52	73	19	7	0	1.07
998134--998435	94	3.2	93	96	0	532	47	19	12	20	1.81
998345--998497	78	1.9	79	92	5	254	43	18	13	24	1.86
1000184--1000263	20	4.1	19	84	6	106	45	18	21	15	1.86
1000593--1000644	27	2.0	26	88	7	79	21	11	34	32	1.89
1000867--1000960	20	4.7	20	85	2	134	20	21	19	39	1.93
1000867--1000960	41	2.3	40	88	1	134	20	21	19	39	1.93
1000841--1001094	41	6.2	41	70	12	123	28	18	19	33	1.95
1000957--1001012	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
1000869--1001001	61	2.2	61	79	5	144	26	21	19	33	1.97
1006250--1006459	113	1.9	112	93	1	366	28	13	18	40	1.88
1007988--1008033	23	2.1	21	84	8	56	36	13	13	36	1.83
1012907--1012948	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
1012943--1013036	33	2.9	33	95	1	163	31	6	15	45	1.72
1018829--1018867	20	1.9	20	84	5	51	46	0	5	48	1.24
1021209--1021246	20	1.9	20	84	10	51	63	13	0	23	1.30
1023111--1023428	158	2.0	157	83	4	399	27	17	5	49	1.69
1023403--1023448	20	2.3	20	96	0	83	19	21	6	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1029164--1029212	24	2.0	24	92	0	80	12	10	18	59	1.60
1029182--1029222	14	2.9	14	88	0	64	14	12	14	58	1.63
1029975--1030017	10	4.1	10	77	11	50	6	13	23	55	1.62
1029969--1030013	22	2.0	22	95	0	81	4	15	26	53	1.61
1029947--1029997	16	3.2	16	91	0	84	9	13	21	54	1.67
1030083--1030115	16	2.1	16	94	0	57	6	9	24	60	1.49
1036039--1036125	23	3.7	23	76	14	88	26	26	26	20	1.99
1041148--1041272	3	41.7	3	98	0	241	34	0	0	65	0.93
1043365--1043399	18	1.9	18	88	11	54	31	0	2	65	1.07
1053985--1054042	1	58.0	1	82	0	71	91	0	8	0	0.42

Tables:   1   2   3   4   5