genome.fa.s6743.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006743.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016935_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  431342

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 251 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3865--3923	21	2.9	20	72	5	55	25	35	20	18	1.95
7913--7945	17	2.0	17	94	5	59	78	9	6	6	1.08
8453--8535	34	2.4	35	93	2	141	20	32	27	19	1.97
8699--8738	20	1.9	21	85	10	55	37	40	10	12	1.77
9883--9930	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
11319--11402	34	2.5	33	92	5	141	20	33	27	19	1.96
11345--11401	15	3.5	15	72	25	53	19	35	24	21	1.96
11516--11557	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
11586--11625	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
11838--11909	34	2.2	32	85	7	90	34	15	27	22	1.94
16063--16378	103	3.1	103	97	0	578	26	13	23	36	1.93
16402--16462	23	2.7	23	92	0	95	19	27	26	26	1.99
16792--16844	16	3.2	16	72	5	52	30	1	26	41	1.66
37664--37729	31	2.2	30	83	8	80	42	7	16	33	1.77
43036--43065	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
47200--47557	90	4.0	90	89	4	555	12	13	23	50	1.75
48096--48120	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
50509--50580	36	2.0	36	100	0	144	33	27	5	33	1.80
59190--59256	31	2.2	31	91	0	107	41	1	0	56	1.08
59592--59630	20	2.0	20	85	5	53	28	0	0	71	0.86
59973--60043	25	3.0	23	75	22	76	43	2	0	53	1.15
59989--60069	25	3.0	28	77	18	91	40	2	0	56	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61390--61435	23	2.0	23	86	0	65	30	26	21	21	1.99
61413--61717	149	2.0	149	96	0	565	36	19	15	28	1.92
66313--66364	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
67855--67899	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
68592--68713	31	3.9	31	78	13	117	31	20	18	29	1.97
68703--68774	30	2.4	30	90	0	108	23	19	25	31	1.98
72998--73042	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
73735--73859	31	4.0	30	80	13	137	29	20	20	30	1.97
73846--73917	30	2.4	30	90	0	108	23	19	25	31	1.98
78137--78181	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
78872--78996	31	4.0	30	80	13	137	29	20	20	30	1.97
78983--79054	30	2.4	30	90	0	108	23	19	25	31	1.98
83914--84004	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
83913--84060	53	2.8	52	95	3	271	33	5	13	47	1.65
84019--84058	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
88623--88713	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
88622--88769	53	2.8	52	94	3	262	33	5	12	48	1.64
88728--88767	20	2.0	20	90	9	64	37	5	10	47	1.59
94891--94925	17	2.1	17	88	0	52	54	2	0	42	1.15
95023--95081	29	2.0	29	87	6	84	54	20	16	8	1.68
100451--100819	20	18.5	20	84	5	442	34	25	18	20	1.96
101502--101548	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101723--101747	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
104027--104337	19	17.4	19	84	13	421	46	18	20	14	1.83
104366--104467	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
104574--104610	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
106567--106623	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
106548--106640	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
106511--106645	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
106641--106769	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
106641--106732	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
106813--107281	92	5.1	93	96	2	885	46	18	12	22	1.83
108987--109076	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
108979--109093	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
108986--109098	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
109094--109164	33	2.2	33	92	0	115	9	22	23	43	1.83
109105--109182	33	2.3	33	86	2	102	10	26	20	42	1.84
109117--109205	20	4.8	20	72	19	75	13	24	17	43	1.85
109285--109355	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
109537--109591	22	2.5	22	78	0	65	21	14	40	23	1.90
109737--109929	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
109737--109929	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
109985--110036	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
110409--110448	20	2.0	21	90	5	64	40	0	12	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113580--113644	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
113666--113735	35	2.0	35	97	0	131	57	12	15	14	1.66
113773--113828	29	1.9	29	92	7	96	44	8	7	39	1.63
119629--119703	35	2.1	37	87	5	109	29	16	14	40	1.88
120245--121544	210	6.2	203	84	8	1397	21	20	25	32	1.97
120944--121544	105	5.7	104	90	2	808	20	19	26	33	1.97
122106--122171	33	2.0	33	82	5	80	36	12	21	30	1.90
122217--122597	36	10.9	36	74	14	298	39	12	20	27	1.89
122229--122313	37	2.3	36	89	2	125	41	17	18	22	1.91
122217--122469	136	1.8	137	85	3	357	39	13	19	27	1.89
123548--123591	22	2.0	22	91	8	72	27	11	22	38	1.88
124180--124232	23	2.3	24	83	6	65	1	15	7	75	1.11
124191--124243	24	2.2	24	83	6	72	1	11	5	81	0.94
127235--127334	35	2.8	37	84	9	118	31	15	15	39	1.87
127978--128007	14	2.1	15	93	6	53	43	33	0	23	1.54
128325--128380	19	2.7	22	75	16	64	35	3	23	37	1.72
128901--128937	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
130726--130770	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
132167--132257	23	4.0	23	85	5	130	17	26	26	29	1.98
135586--135625	17	2.4	17	87	4	55	32	0	22	45	1.53
136518--136562	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
137982--138049	23	3.0	23	86	0	100	17	26	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138280--138319	22	1.9	21	85	10	55	32	0	17	50	1.47
148559--148585	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
153926--153970	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
154640--154674	18	1.9	18	88	11	54	48	5	22	22	1.72
155528--155590	13	5.5	13	72	27	70	22	26	26	23	2.00
155516--155603	22	4.0	22	98	0	167	21	27	27	23	1.99
158738--158782	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
159455--159489	18	1.9	18	88	11	54	48	5	22	22	1.72
160332--160375	22	2.0	22	95	0	79	20	27	27	25	1.99
160336--160383	22	2.2	22	88	0	69	20	25	27	27	1.99
162105--162271	54	3.1	53	80	6	192	38	10	13	37	1.80
162126--162285	54	3.0	54	86	5	234	36	11	15	36	1.84
162749--162781	6	5.5	6	100	0	66	81	0	0	18	0.68
164070--164124	21	2.7	20	81	10	67	21	21	20	36	1.95
164089--164211	21	6.0	21	79	9	128	21	21	22	34	1.97
164070--164162	40	2.3	41	85	5	118	22	20	21	35	1.96
164088--164212	40	3.0	41	79	9	121	23	20	22	33	1.97
164922--165030	19	5.4	21	68	22	81	36	22	20	20	1.95
164918--165052	40	3.3	40	95	2	234	35	24	20	20	1.96
164943--165117	61	2.9	61	87	3	192	34	25	20	20	1.96
165126--165178	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
165619--165809	60	3.2	60	82	5	206	32	22	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168173--168205	16	2.1	16	100	0	66	33	6	36	24	1.80
177015--177191	36	5.0	36	81	5	209	31	23	26	18	1.97
181745--181787	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
184894--184932	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
186771--186826	22	2.5	22	86	11	87	37	25	10	26	1.88
187769--188031	36	7.4	36	78	9	263	26	19	13	40	1.88
187703--188094	138	2.8	138	84	2	466	29	19	12	39	1.87
187811--187995	102	1.8	101	89	4	291	28	17	13	41	1.87
187989--188146	65	2.4	67	86	3	203	33	21	8	36	1.83
188792--189308	105	5.0	104	89	3	727	33	26	17	22	1.96

Tables:   1   2   3