genome.fa.s692.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000692.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001349_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1095174

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207178--207289	20	5.6	20	80	4	109	39	20	19	20	1.93
207208--207251	21	2.1	21	91	0	70	47	13	18	20	1.82
207864--208056	19	11.1	19	65	22	93	12	22	20	44	1.85
207886--208007	14	7.6	14	66	24	55	11	22	22	44	1.84
207869--208031	33	4.9	33	90	0	236	11	22	21	44	1.84
207999--208056	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
210108--210174	21	3.2	21	66	6	55	25	35	20	17	1.95
210851--210906	20	2.8	20	89	2	87	33	23	26	16	1.95
210912--211034	19	7.3	18	70	25	99	12	17	22	47	1.81
210929--211018	14	5.7	14	72	23	72	11	16	22	50	1.77
210922--211034	33	3.4	33	100	0	226	12	18	21	47	1.81
211019--211073	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
211212--211280	18	3.8	18	100	0	138	40	5	20	33	1.76
211650--211697	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
213017--213075	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
213338--213380	22	2.0	22	95	0	77	18	16	41	23	1.89
213574--213632	20	3.0	20	87	0	91	30	11	28	28	1.92
213548--213685	41	3.4	41	75	7	138	23	15	24	35	1.94
213676--213722	20	2.3	20	85	3	58	21	21	17	40	1.91
213712--213764	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
226351--226382	16	1.9	17	93	6	57	25	15	0	59	1.36
226690--226738	18	2.7	17	84	12	62	12	16	6	65	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226764--226847	17	4.9	17	81	5	98	23	15	7	53	1.66
227071--227248	24	7.5	24	70	8	114	38	16	19	25	1.92
227071--227204	47	2.8	49	82	6	150	37	15	18	28	1.92
233246--233329	40	2.1	40	86	0	114	44	15	4	35	1.68
236604--236973	183	2.0	187	97	2	712	34	15	16	34	1.90
239006--239031	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
240908--240948	20	2.0	20	85	0	55	60	2	0	36	1.10
241501--241549	18	2.7	17	81	9	53	61	0	2	36	1.08
241527--241575	19	2.5	21	77	12	59	63	0	0	36	0.95
241530--241569	22	1.9	20	85	10	53	62	0	0	37	0.95
249356--249416	29	2.0	31	84	6	81	50	6	4	37	1.50
250174--250212	16	2.5	15	84	8	51	71	0	0	28	0.86
264757--264913	80	2.0	81	89	1	244	32	18	16	32	1.93
264769--264972	80	2.5	80	82	4	230	33	16	15	34	1.90
264857--265224	83	4.4	82	79	5	348	31	17	15	34	1.92
264906--265218	166	1.9	166	82	4	398	31	18	16	34	1.93
269687--269747	21	2.9	21	76	9	54	60	1	1	36	1.16
270108--270162	17	3.1	18	76	10	60	67	0	3	29	1.08
270110--270174	34	1.9	35	84	6	89	66	0	6	27	1.15
271624--271676	3	18.3	3	84	7	74	60	1	0	37	1.08
271999--272167	45	3.8	45	88	0	248	34	18	21	24	1.96
272145--272229	31	2.8	31	80	3	111	35	21	16	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272215--272363	45	3.3	45	92	0	235	32	18	21	27	1.96
272018--272389	197	1.9	197	91	1	611	34	18	20	26	1.96
272297--272439	76	1.9	74	86	2	205	33	21	20	23	1.97
272252--273431	121	9.9	121	77	10	979	33	20	20	26	1.97
272500--272603	45	2.3	45	89	0	154	32	20	19	27	1.96
272251--272859	240	2.5	247	86	6	835	33	20	20	26	1.97
272611--272904	45	6.5	45	86	0	399	32	20	21	26	1.97
272912--273070	45	3.5	45	84	3	176	33	18	20	27	1.96
272757--273177	166	2.5	166	92	0	700	33	19	21	26	1.96
273088--273177	45	2.0	45	86	0	126	31	18	22	27	1.97
273207--273310	45	2.3	45	91	0	163	32	18	21	27	1.96
273244--273386	76	1.9	74	86	2	205	33	21	19	25	1.97
273318--273476	45	3.5	45	87	1	219	31	21	21	25	1.98
273207--273583	166	2.3	166	92	0	628	32	20	21	25	1.97
273004--273792	240	3.3	241	81	5	705	32	20	20	25	1.97
273373--273866	121	4.1	121	91	1	789	33	20	20	25	1.97
273484--273587	45	2.3	47	83	6	140	28	21	22	27	1.99
272801--273964	406	2.9	403	89	2	1742	33	20	20	25	1.97
273603--273716	45	2.5	45	88	2	156	29	20	21	28	1.98
273650--273792	76	1.9	74	85	2	196	32	21	18	26	1.97
273734--273837	45	2.3	45	84	0	127	33	19	19	27	1.96
273365--273866	240	2.1	240	91	2	812	33	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273818--273897	29	2.7	29	94	3	133	41	21	17	20	1.91
274638--274704	22	3.0	23	78	8	84	38	13	13	34	1.84
275073--275176	55	1.9	55	87	0	154	28	19	13	38	1.89
277688--277943	124	2.1	123	92	2	424	32	18	15	33	1.93
280000--280050	27	1.9	26	84	11	68	66	9	5	17	1.40
280020--280075	20	2.8	20	75	2	58	62	10	10	16	1.54
282393--282459	8	8.8	8	73	15	52	74	1	1	22	0.98
283472--283526	18	3.1	18	76	10	60	65	0	3	30	1.10
283531--283564	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
284896--284941	3	15.3	3	86	0	65	58	2	2	36	1.22
284970--285031	30	2.1	30	100	0	124	35	24	12	27	1.92
285149--285190	22	1.9	22	85	0	57	38	26	9	26	1.87
285411--285472	26	2.4	26	100	0	124	37	12	11	38	1.80
287204--287229	7	3.7	7	100	0	52	15	53	15	15	1.73
287340--287383	15	3.1	14	87	9	63	54	0	6	38	1.27
288470--288628	84	1.9	83	90	2	257	33	15	3	47	1.63
288490--288626	44	3.2	44	71	8	138	35	16	3	45	1.65
289063--289127	20	3.3	20	81	8	73	27	16	6	49	1.70
290894--290931	20	2.0	20	89	5	60	39	28	2	28	1.70
295254--295328	20	3.8	20	77	7	73	33	16	5	45	1.69
297123--297188	20	3.3	20	93	2	107	37	25	0	36	1.57
299047--299074	14	2.0	14	100	0	56	28	7	0	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307640--307706	27	2.5	26	83	11	82	61	4	1	32	1.25
308781--308840	28	2.1	28	100	0	120	35	25	20	20	1.96
310499--310616	5	23.6	5	92	0	110	49	18	11	21	1.78
310509--310616	15	7.2	15	92	0	153	48	19	12	20	1.80
310503--310616	10	11.4	10	93	0	147	48	19	11	21	1.80
317185--317227	20	2.1	21	83	8	54	37	13	20	27	1.91
317946--318017	36	2.0	37	91	2	119	41	9	2	45	1.51
318364--318458	40	2.4	40	85	0	136	48	9	10	31	1.70
318500--318543	14	3.1	14	93	0	70	20	13	9	56	1.64
318685--318768	40	2.0	42	93	4	145	42	4	8	44	1.55
320356--320714	182	2.0	180	93	6	622	47	6	13	32	1.69
323731--323779	20	2.5	20	100	0	98	32	4	8	55	1.48
336196--336653	20	22.6	20	85	5	202	37	17	22	21	1.94
336341--336651	20	15.4	20	92	3	507	35	15	24	24	1.94
336761--336807	6	7.8	6	100	0	94	34	51	14	0	1.43
354326--354386	29	2.1	29	84	6	79	45	3	0	50	1.17
354480--354531	25	2.2	23	81	18	63	42	0	0	57	0.98
354474--354570	39	2.6	36	80	12	97	45	0	1	53	1.07
354510--354571	20	3.2	19	80	15	72	46	0	1	51	1.10
354508--354578	19	3.9	17	76	18	63	46	0	1	52	1.09
354510--354612	39	2.6	39	85	8	122	47	0	1	49	1.19
354659--354690	15	2.2	14	94	5	55	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354699--354745	21	2.2	21	84	0	58	44	2	2	51	1.25
355520--355716	104	1.9	105	92	3	335	36	9	4	49	1.55
357443--357477	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
363543--363595	18	2.9	18	94	0	97	26	33	18	20	1.96
364838--364871	15	2.4	14	90	9	52	52	0	8	38	1.33
364936--364997	32	1.9	33	93	3	108	29	0	9	61	1.28
365480--365541	24	2.6	24	94	0	106	9	12	25	51	1.70
365479--365534	14	4.3	14	78	17	75	8	14	26	50	1.72
365480--365554	24	3.1	24	90	0	87	12	12	22	53	1.70
366628--366686	16	3.7	16	88	0	91	13	13	16	55	1.68

Tables:   1   2   3   4   5