genome.fa.s692.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000692.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001349_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1095174

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696519--696607	42	2.1	43	89	2	135	37	8	11	42	1.72
698299--698341	16	2.7	15	79	10	50	74	0	9	16	1.06
698292--698355	21	3.1	20	82	6	67	71	0	9	18	1.12
698371--698402	12	2.7	12	95	0	55	81	0	0	18	0.70
698370--698476	47	2.3	46	80	15	114	73	0	4	20	1.06
698447--698521	37	2.1	35	85	9	98	66	1	2	29	1.13
698511--698621	2	58.0	2	84	8	124	54	0	1	42	1.17
699176--699247	37	1.9	37	94	0	126	34	9	13	41	1.78
702095--702232	69	2.0	69	91	2	224	38	21	14	25	1.91
703031--703211	64	2.8	63	82	3	209	27	17	26	28	1.98
703159--703197	19	2.1	19	90	0	60	25	17	38	17	1.92
703052--703211	65	2.5	65	85	3	207	27	16	26	29	1.97
703428--703467	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
710216--710324	56	1.9	57	87	5	159	29	15	23	31	1.95
710306--710356	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
710575--710614	20	2.0	21	85	14	57	47	7	2	42	1.45
711544--711592	23	2.2	22	82	10	55	24	4	12	59	1.50
720786--720892	32	3.3	32	79	6	119	28	12	23	35	1.91
723130--723161	15	2.1	15	100	0	64	18	21	18	40	1.91
723145--723251	36	2.9	37	87	2	171	26	20	14	39	1.90
723266--723381	36	3.2	36	85	7	162	25	18	14	42	1.88
723444--723699	83	3.1	84	83	3	277	33	23	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724169--724311	37	3.9	37	88	3	128	40	13	15	30	1.86
724832--724918	40	2.2	40	86	11	119	33	2	2	62	1.21
724863--724959	48	2.0	47	84	9	126	35	3	2	59	1.24
724940--725011	26	2.8	27	73	22	75	27	1	0	70	0.95
724916--724982	32	2.1	33	83	10	86	28	4	1	65	1.21
724926--725068	47	2.9	50	78	13	145	23	4	0	72	1.07
724944--725031	19	4.6	19	78	14	67	23	4	0	71	1.04
724979--725037	19	3.2	18	79	9	66	20	5	0	74	1.00
732674--732714	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
733398--733440	22	1.9	23	90	4	70	44	2	2	51	1.27
733668--733724	5	11.2	5	81	10	53	64	0	0	35	0.93
735633--736095	231	2.0	232	99	0	919	39	12	13	34	1.82
741616--741663	14	3.7	14	75	13	50	41	8	0	50	1.33
746321--746385	33	2.0	33	96	0	121	43	20	16	20	1.89
747694--747778	23	3.7	23	91	0	134	31	25	28	14	1.94
749899--749940	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
750046--750093	19	2.5	19	86	0	60	35	14	10	39	1.80
750158--750217	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
750505--750564	24	2.5	24	91	2	95	18	25	21	35	1.96
752260--752324	18	3.7	18	95	2	114	27	32	7	32	1.85
753480--753564	45	1.9	44	90	7	136	43	12	7	36	1.70
754462--754489	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756003--756062	29	2.1	28	81	12	68	16	11	18	53	1.72
757273--757321	25	2.1	23	88	11	73	28	18	28	24	1.98
760225--760268	12	3.6	12	81	3	52	27	20	2	50	1.60
760288--760376	19	4.7	20	81	5	69	33	16	5	43	1.72
762455--762491	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
766808--766867	3	20.3	3	81	10	70	36	3	0	60	1.14
766808--766850	16	2.9	14	87	12	68	34	2	0	62	1.08
767114--767144	9	3.4	9	95	0	53	48	0	51	0	1.00
767918--767953	19	1.9	19	88	5	56	33	0	2	63	1.08
771844--772800	106	9.0	105	91	1	1430	33	24	17	24	1.97
771818--772800	318	3.1	318	92	1	1578	33	24	17	24	1.96
772835--773181	84	4.1	84	84	2	419	29	25	20	24	1.99
772835--773192	168	2.1	169	86	3	497	29	25	20	24	1.99
773421--773492	3	24.3	3	81	8	85	37	2	0	59	1.12
773421--773484	20	3.1	21	86	8	87	37	3	0	59	1.13
784413--784461	24	2.1	24	85	11	66	40	10	0	48	1.37
785254--785391	60	2.3	61	79	9	149	34	24	5	36	1.78
785528--785683	60	2.6	60	79	6	163	44	8	17	28	1.78
785567--785692	60	2.1	61	85	2	166	46	6	16	30	1.72
786158--786203	12	3.8	12	82	0	56	45	2	0	52	1.13
789512--789537	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
790443--790498	22	2.5	22	76	2	58	33	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793357--793394	15	2.5	15	91	0	58	23	13	15	47	1.81
808386--808461	36	2.1	36	87	4	109	34	17	28	19	1.94
812817--812870	21	2.5	22	90	3	83	38	20	12	27	1.89
813912--813955	23	1.9	23	81	9	54	38	2	15	43	1.60
834051--834112	32	1.9	32	81	12	74	38	3	6	51	1.44
837064--837138	38	2.0	38	94	5	134	56	18	8	17	1.65
839504--839545	18	2.3	18	95	0	75	54	4	14	26	1.59
839795--839855	32	1.9	32	86	0	86	29	14	13	42	1.84
849462--849502	16	2.6	16	85	11	57	78	9	12	0	0.98
849465--849539	29	2.5	30	77	16	75	77	9	12	1	1.06
850140--850194	22	2.5	22	96	0	101	38	27	10	23	1.88
851143--851183	16	2.6	16	84	3	57	29	14	12	43	1.82
851318--851389	37	1.9	37	83	5	92	26	19	12	41	1.87
851991--852419	106	4.0	106	92	0	662	34	25	18	21	1.96
858074--858432	114	3.2	113	85	4	430	29	28	22	18	1.98
858257--858468	105	2.0	105	80	0	235	30	26	24	19	1.98
865265--865332	37	1.9	33	88	11	100	23	0	7	69	1.14
865301--865374	27	2.6	29	80	6	89	25	2	5	66	1.27
866975--867010	16	2.1	18	90	10	58	50	0	2	47	1.15
871583--871622	19	2.2	19	86	4	55	15	32	32	20	1.93
875484--875523	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
878058--878098	21	2.0	21	95	4	75	29	17	9	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881134--881220	20	4.3	20	82	8	79	33	21	20	24	1.97
881130--881260	40	3.3	40	85	6	115	30	23	21	24	1.99
881154--881287	20	6.7	20	89	0	169	27	25	22	24	2.00
881849--881896	19	2.5	19	93	0	78	45	18	20	14	1.85
881920--881989	20	3.5	20	84	0	77	15	17	22	44	1.86
881956--881996	20	2.0	20	95	0	73	9	12	19	58	1.61
881960--882003	20	2.2	20	87	0	61	11	11	20	56	1.64
883731--883780	18	2.8	18	100	0	100	32	20	6	42	1.76
884000--884053	20	2.7	20	91	0	81	22	18	22	37	1.95
884554--884652	21	4.7	21	74	3	83	23	35	19	22	1.96
886057--886095	14	2.8	14	84	0	51	38	2	15	43	1.60
886217--886270	20	2.7	20	85	0	72	44	25	18	11	1.83
886313--886551	20	12.9	20	68	18	113	25	17	21	35	1.95
886305--886415	54	2.1	54	89	0	168	25	19	19	35	1.96
886335--886469	34	3.8	34	70	16	103	23	17	22	37	1.94
886387--886539	54	2.8	54	88	0	225	23	16	24	35	1.94
886313--886489	74	2.4	74	84	5	225	24	18	22	34	1.96
886522--886791	140	1.9	140	98	0	522	42	15	13	28	1.85
889150--889203	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
890025--890091	20	3.3	20	87	4	82	26	19	25	28	1.99
890082--890151	20	3.5	20	96	0	131	24	18	17	40	1.91
890060--890155	40	2.4	42	84	10	146	25	19	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893544--893649	45	2.3	46	93	4	178	30	10	20	38	1.86
903298--903397	8	12.6	8	69	16	57	77	0	19	4	0.93
903298--903360	24	2.6	23	78	9	72	76	0	20	3	0.93
903292--903399	41	2.7	40	82	5	128	76	0	18	4	0.95
903362--903417	15	3.9	14	77	13	60	78	0	14	7	0.95
903365--903414	12	3.9	13	82	12	59	82	0	12	6	0.85
904644--905080	55	8.1	55	82	6	493	29	17	24	29	1.97
904629--905051	106	4.0	106	86	2	526	29	17	24	29	1.97
904644--905002	161	2.2	158	86	3	486	28	17	25	28	1.98
906212--906251	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5