genome.fa.s6932.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006932.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017792_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  664293

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5797--5822	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
9504--9623	29	4.1	29	96	0	222	15	31	35	17	1.92
9698--9773	25	3.2	25	65	24	74	17	11	47	23	1.80
9683--9774	45	2.0	46	97	2	177	18	10	46	23	1.80
10282--10325	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
10302--10364	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
10867--10911	21	2.2	21	84	4	56	35	0	8	55	1.31
11168--11226	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
14104--14740	26	25.7	25	76	14	449	43	2	9	44	1.50
14048--14667	123	5.0	124	93	5	998	43	2	10	43	1.51
14101--14592	149	3.3	144	83	12	452	44	2	10	42	1.52
14048--14667	247	2.5	247	91	6	996	43	2	10	43	1.51
14104--14727	12	46.1	14	69	18	203	43	2	9	44	1.50
14680--14753	38	1.9	38	83	5	96	45	4	5	44	1.45
14228--14741	150	3.5	149	87	5	541	43	2	9	44	1.50
14935--14967	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
14881--14960	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
17114--17144	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
17119--17165	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
17206--17287	34	2.5	34	83	13	93	48	13	0	37	1.42
17327--17460	44	3.1	44	79	15	138	49	11	0	38	1.40
17398--17485	41	2.2	39	78	10	88	46	10	1	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18001--18077	29	2.6	30	89	6	122	22	29	31	16	1.96
18096--18152	28	2.0	28	89	0	87	19	36	19	24	1.94
18155--18194	9	4.2	9	81	12	53	12	17	32	37	1.87
18155--18193	20	2.0	20	94	0	69	12	17	30	38	1.88
18181--18227	21	2.2	21	96	0	85	17	27	25	29	1.97
18228--18309	29	2.8	29	98	0	155	20	25	28	25	1.99
18598--18628	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18628--18665	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
21333--21814	241	2.0	241	98	0	939	34	11	9	44	1.73
22025--22097	23	3.2	23	92	0	110	38	23	4	34	1.74
21674--22711	434	2.4	428	95	2	1891	38	12	7	41	1.72
22469--22531	23	2.7	23	90	0	90	39	20	4	34	1.74
22947--23033	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
23304--23340	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
23727--23776	25	2.0	25	88	0	73	44	18	8	30	1.78
24060--24122	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
24464--24529	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
26999--27491	183	2.7	183	94	0	853	33	17	15	33	1.91
27882--27944	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
29578--30345	198	3.9	198	97	1	1412	30	17	15	36	1.91
30467--30515	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
32310--32370	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32404--32447	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
34651--34693	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
34656--34702	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
34623--35092	181	2.6	180	89	2	694	26	17	14	41	1.87
35162--35649	228	2.1	227	95	1	881	38	8	7	45	1.63
36049--36088	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
37032--37090	28	2.1	28	93	0	100	23	11	28	35	1.91
38952--39049	29	3.3	29	67	10	81	32	13	3	51	1.56
41795--41820	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
41971--42067	51	1.9	51	91	4	162	18	9	16	55	1.67
45158--45345	96	2.0	96	91	2	306	36	13	27	21	1.92
45289--45780	72	6.8	72	94	0	849	46	15	22	15	1.83
50957--51230	107	2.6	108	92	1	453	22	20	19	37	1.94
51109--51151	18	2.5	17	81	7	50	16	23	18	41	1.89
53321--53499	64	2.8	63	82	8	209	29	17	24	29	1.97
53341--53527	64	2.9	65	80	7	204	29	16	22	31	1.96
62125--62176	19	2.7	19	100	0	104	28	17	30	23	1.97
67315--67489	45	3.9	45	92	0	278	40	21	22	16	1.92
73584--73817	89	2.6	88	91	2	369	22	23	26	28	1.99
76353--76398	14	3.2	14	81	3	56	4	15	0	80	0.86
78414--78471	26	2.1	28	87	12	86	18	20	20	39	1.92
90427--90483	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90807--90835	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
94167--94231	22	3.0	22	93	0	103	30	20	23	26	1.98
100895--100996	22	4.6	22	91	0	150	27	22	23	26	2.00
101465--101509	23	2.0	23	82	8	56	40	0	13	46	1.43
104823--104940	49	2.4	50	82	4	159	14	36	27	21	1.92
105063--105103	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
105227--105448	111	2.0	111	95	0	399	36	8	10	45	1.69
107336--107370	3	11.7	3	87	0	52	34	25	34	5	1.80
107336--107398	6	10.5	6	84	0	63	31	20	34	12	1.90
107336--107394	15	3.9	15	81	0	64	32	20	35	11	1.89
130062--130210	67	2.2	67	97	0	280	24	19	14	42	1.88
140588--140671	23	3.7	23	96	0	150	20	27	27	25	1.99
140779--140804	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
140939--141012	33	2.1	37	82	9	93	48	1	17	32	1.56
141531--141622	46	2.1	46	89	6	145	39	7	1	52	1.37
142288--142361	25	3.0	24	72	16	62	68	13	4	13	1.34
144848--144917	12	5.8	12	76	6	70	52	18	14	14	1.74
144848--144917	24	2.9	24	86	0	104	52	18	14	14	1.74
144847--144954	24	4.5	24	76	4	85	48	16	15	19	1.82
145851--145886	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
147171--147216	24	2.1	20	84	15	56	26	26	34	13	1.92
147196--147220	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147214--147292	5	14.0	5	78	21	77	8	20	53	17	1.70
147214--147292	23	3.5	22	80	19	99	8	20	53	17	1.70
147232--147292	28	2.2	28	100	0	122	6	21	54	18	1.66
147201--147265	18	3.6	18	93	0	112	12	21	49	16	1.79
147232--147305	28	2.6	28	91	0	94	9	21	50	18	1.75
152371--152413	12	3.6	12	80	0	50	60	0	2	37	1.10
156439--156806	46	8.1	46	83	3	325	26	16	9	47	1.77
156439--156706	138	1.9	137	87	0	383	26	14	8	50	1.72
156685--156801	23	5.2	23	68	19	84	27	19	11	41	1.85
156623--156859	45	5.2	46	85	3	216	27	18	10	43	1.83
156686--156861	90	2.0	90	88	2	264	26	21	12	39	1.89
156920--156980	32	1.9	32	96	0	113	52	11	1	34	1.47
156922--156985	19	3.6	19	68	25	59	51	10	1	35	1.47
157339--157402	19	3.3	19	95	2	110	21	35	10	31	1.88
158300--158346	18	2.6	18	86	0	67	6	4	38	51	1.47
158487--158683	95	2.1	95	84	3	254	28	19	20	31	1.97
158976--159083	36	2.9	35	78	12	101	38	8	17	35	1.80
159107--159610	73	6.8	75	83	4	578	39	9	18	32	1.84
159099--159607	148	3.4	147	82	6	605	39	10	18	32	1.84
166576--166615	15	2.6	16	84	8	64	42	2	0	55	1.13
167030--167079	16	3.2	16	80	5	66	44	12	10	34	1.75
167033--167074	15	2.7	16	85	3	59	50	14	11	23	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167524--167580	21	2.7	21	97	0	105	26	26	28	19	1.99
167777--167831	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
167817--167915	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
167910--167951	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
170215--170267	23	2.2	24	86	3	72	30	20	18	30	1.97
171384--171463	20	4.1	20	87	3	110	30	21	13	35	1.92
172098--172214	42	2.9	40	83	3	137	26	12	24	35	1.92
172108--172175	20	3.3	20	75	15	66	29	13	23	33	1.93
175811--175972	59	2.7	58	78	5	155	45	4	17	32	1.70
176665--176701	15	2.6	14	87	8	56	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4