genome.fa.s6985.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  663392

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 560 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3577--3606	8	3.8	8	90	0	51	93	0	6	0	0.35
3575--3606	16	2.0	16	100	0	64	93	0	6	0	0.34
4333--5107	105	7.4	105	96	0	1433	33	24	17	24	1.96
6388--6499	30	3.6	29	67	17	73	25	22	14	38	1.91
6384--6509	63	2.0	63	96	0	234	24	21	16	37	1.94
7838--7899	31	2.0	32	90	3	99	22	16	14	46	1.83
12093--12292	74	2.7	74	84	3	246	41	9	16	33	1.81
27094--27330	69	3.4	69	82	2	271	22	27	19	29	1.98
27094--27367	69	4.0	69	79	7	270	23	27	19	29	1.98
27105--27367	138	1.9	138	81	4	316	24	27	19	28	1.98
27536--27732	71	2.7	75	88	3	276	37	16	14	31	1.89
27995--28024	15	2.0	15	100	0	60	26	33	20	20	1.97
32614--32701	38	2.3	38	98	0	167	40	27	15	15	1.88
33529--33601	28	2.6	28	86	0	101	32	1	21	43	1.61
34957--34997	19	2.2	19	90	0	64	58	34	2	4	1.32
36633--36997	132	2.8	132	86	2	493	32	10	17	38	1.85
38323--38407	38	2.2	38	89	0	125	28	24	23	23	2.00
38291--38484	107	1.8	107	84	4	266	24	26	21	27	1.99
38702--39143	76	5.8	76	84	2	523	40	18	11	29	1.85
38704--38812	25	4.3	26	68	22	70	37	16	15	30	1.90
38696--39507	228	3.6	227	79	8	759	40	18	11	29	1.86
39091--39201	58	1.9	58	92	3	188	38	18	11	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39144--39507	76	4.8	76	87	0	494	39	19	11	29	1.87
39016--39261	134	1.8	134	86	1	359	41	18	11	29	1.85
39183--39304	25	4.8	26	70	12	101	38	22	9	29	1.86
38934--39331	210	1.9	210	87	1	582	40	19	10	28	1.85
38858--39430	286	2.0	286	87	0	824	40	19	10	29	1.86
38782--39505	362	2.0	362	87	1	1038	40	19	10	29	1.85
45206--45309	37	2.7	40	82	13	135	25	8	12	52	1.67
51548--51609	32	2.0	32	83	3	81	51	9	19	19	1.74
53263--53337	37	2.0	37	100	0	150	22	16	13	48	1.80
53340--53391	6	8.5	6	75	12	52	17	1	1	78	0.93
56174--56278	39	2.6	42	73	11	103	24	13	11	50	1.74
56206--56290	39	2.1	41	82	4	102	20	10	11	57	1.63
56917--56967	19	2.7	19	87	0	75	54	7	3	33	1.47
64297--64359	28	2.2	28	91	0	99	31	1	22	44	1.62
66072--66124	21	2.4	21	81	15	63	58	16	7	16	1.60
67450--67503	14	3.6	14	77	22	56	79	3	1	14	0.95
67447--67506	24	2.4	25	80	5	68	78	5	1	15	1.00
68886--68928	18	2.4	18	84	3	52	9	2	44	44	1.49
69192--69687	136	3.7	136	89	3	741	26	21	17	34	1.95
77006--77039	17	2.0	17	88	0	50	41	0	14	44	1.45
81375--81406	8	3.9	8	92	8	55	78	9	0	12	0.97
81356--81413	29	2.0	29	86	0	80	75	10	0	13	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81378--81407	9	3.4	9	95	4	53	80	10	0	10	0.92
82834--82871	18	2.2	18	90	4	60	10	0	42	47	1.38
84000--84235	69	3.4	68	83	3	285	22	27	19	30	1.98
84000--84263	138	1.9	138	82	7	331	23	26	20	29	1.99
84394--84948	76	7.3	76	86	1	673	40	20	10	28	1.85
84897--85007	58	1.9	57	88	1	168	38	18	11	31	1.86
84821--85082	134	2.0	134	85	1	355	39	20	10	29	1.86
84949--85312	76	4.8	76	84	0	422	38	20	12	28	1.89
84739--85147	210	1.9	210	84	0	539	39	21	10	28	1.86
84663--85235	286	2.0	286	84	2	738	40	21	10	28	1.86
84593--85310	362	2.0	362	83	1	900	39	20	11	28	1.87
90989--91022	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
92820--92926	39	2.6	41	81	10	130	26	10	12	51	1.71
98809--98860	6	8.5	6	75	12	52	17	1	1	78	0.93
100608--100762	84	1.9	83	91	1	256	58	12	1	27	1.45
101681--101761	37	2.1	39	86	4	112	19	11	13	55	1.68
102380--102430	19	2.7	19	87	0	84	52	9	3	33	1.53
105596--105648	21	2.4	21	81	15	63	58	16	7	16	1.60
106979--107040	7	8.3	7	77	22	56	80	6	1	11	0.96
108429--108471	18	2.4	18	84	3	52	9	2	44	44	1.49
108683--109234	136	4.1	136	89	0	773	25	21	18	34	1.96
121743--121823	35	2.3	35	81	10	103	75	4	0	19	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121774--121828	19	3.1	18	73	17	51	78	5	0	16	0.93
123225--123262	18	2.2	18	90	4	60	10	0	42	47	1.38
124397--124506	54	2.0	54	84	3	141	31	23	16	28	1.96
124451--124605	69	2.2	69	86	0	211	24	26	18	30	1.98
124451--124633	69	2.7	69	81	3	172	25	26	19	28	1.99
124765--125319	76	7.3	76	84	2	666	40	20	10	28	1.85
124795--125680	228	4.0	228	78	7	791	39	20	11	28	1.87
125192--125453	134	2.0	134	84	1	346	39	20	11	29	1.86
125320--125680	76	4.8	76	81	2	388	39	20	12	27	1.89
125034--125606	286	2.0	286	83	2	722	40	21	10	28	1.86
130670--130724	8	6.5	8	78	12	56	78	7	1	12	1.04
130653--130720	35	1.9	36	85	8	95	76	8	1	13	1.08
133411--133445	18	1.9	18	94	0	61	48	0	25	25	1.51
136625--136715	37	2.4	38	81	7	123	25	25	21	27	2.00
136683--136824	69	2.1	69	81	2	160	22	23	22	30	1.99
136974--137510	76	7.1	76	82	3	593	40	20	10	28	1.85
137383--137644	134	2.0	134	82	1	328	39	21	11	27	1.88
137511--137874	76	4.8	76	83	0	404	39	21	12	27	1.89
137301--137680	210	1.8	210	84	1	528	39	21	11	27	1.87
137225--137758	286	1.9	286	84	2	732	40	21	10	27	1.86
137177--137872	362	1.9	361	82	2	869	40	21	11	27	1.87
143968--144069	24	4.3	24	83	2	116	39	18	16	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143975--144065	47	1.9	48	88	2	139	37	18	18	25	1.94
148958--149044	24	3.6	24	81	9	97	41	19	14	24	1.89
153767--153876	31	3.3	31	69	20	78	19	31	22	26	1.97
153766--154029	69	3.8	69	81	5	318	21	28	21	28	1.99
153798--153913	38	3.2	38	68	20	113	23	28	23	25	1.99
153766--154029	138	1.9	138	84	3	352	21	28	21	28	1.99
154160--154653	76	6.5	76	84	1	603	40	20	10	28	1.85
157200--157265	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
161833--161898	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
164499--164566	21	3.1	21	75	24	70	76	7	1	14	1.07
164503--164587	15	6.0	13	71	16	53	78	5	1	14	0.99
164498--164580	29	2.9	28	80	7	85	79	6	1	13	0.97
166987--167086	31	3.0	31	70	23	85	21	32	22	25	1.98
166976--167239	69	3.8	69	80	5	291	20	28	21	29	1.98
167008--167119	38	3.1	38	68	21	105	24	29	21	25	1.99
166986--167239	138	1.8	138	84	1	348	21	27	22	28	1.99
167370--167924	76	7.3	76	84	1	646	40	20	10	28	1.86
167400--168288	228	4.0	228	78	6	823	39	20	11	28	1.87
167797--168058	134	2.0	134	86	1	364	39	20	11	28	1.87
167925--168288	76	4.8	76	83	0	413	38	20	12	27	1.90
167715--168123	210	1.9	210	85	0	557	39	21	11	27	1.87
167639--168211	286	2.0	286	84	1	754	40	21	10	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173498--173577	18	4.5	18	71	24	55	73	7	1	17	1.12
173496--173564	20	3.6	18	71	19	50	72	8	1	17	1.17
175979--176088	31	3.3	31	71	20	87	19	32	21	26	1.97
176010--176121	38	3.1	38	68	21	105	24	29	21	25	1.99
175978--176229	69	3.7	69	83	1	308	20	28	21	28	1.98
175978--176226	138	1.8	138	84	3	349	20	28	21	29	1.98
176373--176926	76	7.2	76	85	1	669	40	20	10	28	1.85
176799--177060	134	2.0	134	86	1	364	39	20	11	28	1.87
176927--177290	76	4.8	76	84	0	422	38	21	12	27	1.89
176717--177125	210	1.9	210	85	0	557	39	21	10	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5