genome.fa.s6985.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017996_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  663392

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  2  of  5  ( 560 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176641--177213	286	2.0	286	84	2	756	40	21	10	27	1.86
183957--184028	36	2.0	36	91	0	117	29	6	36	27	1.83
188373--188696	160	2.0	160	98	0	621	23	15	31	30	1.95
190029--190106	31	2.5	31	93	0	129	15	33	23	28	1.95
190091--190206	38	3.2	38	67	24	106	24	27	22	25	2.00
190060--190322	69	3.8	69	82	5	334	21	28	22	27	1.99
190060--190322	138	1.9	138	86	1	375	21	28	22	27	1.99
190453--191311	76	11.3	76	85	1	1049	40	20	10	28	1.85
190453--191675	228	5.4	227	80	6	1270	40	20	11	28	1.86
191184--191445	134	2.0	134	83	6	334	40	19	10	29	1.85
191312--191675	76	4.8	76	84	2	453	39	19	12	28	1.88
191424--191472	25	1.9	26	87	4	73	38	24	8	28	1.84
191102--191510	210	1.9	210	84	2	536	40	20	10	28	1.85
198188--198228	21	2.0	21	85	0	55	34	9	2	53	1.47
199273--199611	76	4.5	76	82	0	372	40	20	12	27	1.88
200624--200661	3	12.7	3	94	0	67	36	0	0	63	0.95
204524--204579	24	2.3	24	78	3	58	26	10	17	44	1.82
237163--237245	28	2.9	29	68	20	75	34	18	14	32	1.91
237177--237257	28	2.9	29	68	18	71	37	16	12	34	1.86
237394--237471	29	2.8	27	74	14	86	32	14	16	37	1.89
237231--237434	94	2.2	94	89	3	304	31	20	17	31	1.95
237383--237765	94	4.2	94	73	15	368	28	20	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237488--237569	27	3.0	27	72	13	76	29	17	17	36	1.92
237427--237744	123	2.7	120	77	15	295	28	19	16	35	1.93
237166--237688	217	2.4	215	82	5	617	29	19	16	33	1.94
237470--237744	56	4.7	56	80	9	316	29	19	16	34	1.94
237611--237744	29	4.8	27	71	7	106	31	17	15	35	1.91
237863--238061	82	2.4	82	87	0	299	36	23	20	20	1.95
238224--238302	3	26.3	3	78	5	79	37	2	1	58	1.20
242493--242522	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
244276--244364	28	3.1	29	65	22	71	33	17	14	33	1.91
244481--244570	29	3.2	28	70	17	78	30	23	16	30	1.96
244340--244541	94	2.1	94	91	1	325	30	20	16	32	1.95
244470--244578	56	1.9	56	90	0	173	31	20	17	31	1.95
244483--244872	94	4.2	94	77	15	445	28	21	17	32	1.96
244539--244616	38	2.1	38	97	0	147	25	20	16	37	1.93
244595--244676	27	3.0	27	71	7	83	30	18	17	34	1.94
244273--244795	217	2.4	215	85	3	676	29	20	17	32	1.95
244577--244851	56	4.7	56	83	9	361	29	20	17	33	1.95
244577--244799	123	1.8	123	96	0	410	28	20	17	33	1.96
244718--244851	29	4.8	27	71	7	106	29	17	18	34	1.94
244976--245168	82	2.4	82	89	0	305	36	22	19	21	1.95
245331--245428	3	33.3	3	80	4	110	35	3	2	59	1.25
245331--245428	23	4.5	22	83	7	110	35	3	2	59	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247802--247834	15	2.3	15	90	10	52	57	0	0	42	0.98
250820--250856	20	1.9	18	89	10	56	75	0	21	2	0.92
253014--253067	19	2.8	19	94	0	90	38	11	40	9	1.73
257292--257343	25	2.1	25	85	0	68	36	9	19	34	1.84
257302--257357	25	2.2	25	93	0	94	41	8	14	35	1.77
258208--259146	134	7.1	133	86	5	1275	29	26	17	27	1.97
258875--259101	119	1.9	119	93	0	391	27	26	16	29	1.97
259292--259332	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
259862--259901	18	2.1	20	90	9	66	75	5	17	2	1.10
262941--262970	13	2.3	13	100	0	60	80	0	0	20	0.72
263182--263211	14	2.2	13	94	5	51	83	0	0	16	0.65
263182--263258	33	2.4	33	82	8	88	74	1	1	23	0.97
263224--263320	40	2.4	42	82	6	110	63	2	3	30	1.21
263384--263435	14	3.7	14	79	7	61	71	0	3	25	1.03
263355--263419	25	2.6	25	83	7	71	63	0	3	33	1.10
263388--263453	22	3.0	21	82	14	80	72	0	3	24	0.98
263380--263453	21	3.3	22	80	10	71	70	0	2	27	1.01
263388--263459	17	4.0	18	70	17	51	73	0	2	23	0.96
265673--265735	28	2.2	28	88	0	90	30	1	23	44	1.63
266194--266224	16	1.9	16	93	0	53	38	19	16	25	1.92
267061--267255	69	2.8	69	78	4	205	21	27	22	28	1.99
269015--269077	28	2.2	28	88	0	90	30	1	23	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270835--271090	69	3.7	69	81	3	282	21	28	21	28	1.98
271229--271633	76	5.3	75	83	2	454	40	19	11	28	1.86
271229--271633	152	2.6	153	84	3	503	40	19	11	28	1.86
274943--275005	28	2.2	28	88	0	90	30	1	23	44	1.63
275461--275491	16	1.9	16	93	0	53	38	19	16	25	1.92
276335--276539	69	3.0	69	77	5	191	21	25	21	31	1.98
276690--277105	76	5.5	76	84	3	532	41	20	9	28	1.83
276954--277003	25	2.0	25	84	3	66	46	22	4	28	1.70
276690--277105	228	1.8	228	88	2	638	41	20	9	28	1.83
278012--278117	26	4.2	26	64	26	73	37	19	14	28	1.91
278004--278416	76	5.4	76	86	1	522	41	20	9	28	1.84
278201--278315	25	4.6	24	65	13	70	43	23	6	26	1.79
279298--279589	76	3.8	76	85	3	372	40	19	10	29	1.85
279479--279715	126	1.9	126	86	1	341	44	21	7	26	1.79
279529--279639	50	2.2	50	95	0	195	45	24	5	25	1.74
279566--279661	25	3.8	24	71	15	79	43	25	5	26	1.75
279566--279754	76	2.5	76	83	0	245	43	23	5	26	1.76
279390--279754	202	1.8	202	86	2	536	43	21	7	27	1.79
280335--280523	69	2.7	69	78	6	204	20	28	20	30	1.98
280700--280991	76	3.8	76	83	3	363	40	19	11	29	1.86
280707--280991	152	1.9	152	86	2	412	40	19	10	29	1.85
280931--281041	50	2.2	50	95	0	195	45	24	5	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280968--281051	25	3.4	24	69	16	73	44	26	3	26	1.71
280968--281156	76	2.5	76	83	0	245	43	23	5	26	1.76
280752--281051	152	2.0	152	79	5	322	42	20	8	28	1.82
280792--281156	202	1.8	202	84	2	509	42	21	7	27	1.80
280881--281117	126	1.9	126	89	1	368	43	21	8	27	1.80
281738--281926	69	2.7	69	76	8	188	20	28	21	30	1.98
282103--282394	76	3.8	76	83	3	363	40	19	10	29	1.85
282334--282444	50	2.2	50	95	0	195	45	24	5	25	1.74
282284--282520	126	1.9	126	88	1	359	44	21	7	26	1.79
282371--282466	25	3.8	24	71	15	79	44	25	4	26	1.72
282195--282559	202	1.8	202	86	2	536	43	21	7	27	1.79
282371--282559	76	2.5	76	87	0	281	43	23	5	26	1.76
283145--283303	69	2.3	69	79	6	171	21	25	20	32	1.97
283462--283793	76	4.3	76	82	4	382	40	20	10	28	1.85
283733--283843	50	2.2	50	95	0	195	45	24	5	25	1.74
283770--283865	25	3.8	24	71	15	79	43	25	5	26	1.75
283770--283954	76	2.4	76	87	0	264	43	23	6	27	1.78
283683--283919	126	1.9	126	90	1	377	43	21	8	26	1.81
284865--285196	76	4.3	76	82	4	382	40	20	10	29	1.85
285136--285246	50	2.2	50	95	0	195	45	24	5	25	1.74
285173--285268	25	3.8	24	71	15	79	43	25	5	26	1.75
285173--285361	76	2.5	76	83	0	245	44	23	5	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284997--285361	202	1.8	202	86	2	527	43	21	7	27	1.80
285086--285322	126	1.9	126	87	1	350	44	21	8	26	1.79
285932--286108	69	2.6	69	79	7	180	22	29	18	29	1.98
286267--286690	76	5.6	76	82	6	479	40	21	10	27	1.86
286570--286703	25	5.3	25	75	12	96	41	24	6	27	1.80
286305--286681	147	2.5	148	82	6	474	40	21	10	27	1.86
286646--286706	25	2.4	25	97	0	113	37	29	4	27	1.78
287315--287509	69	2.8	70	77	10	206	22	25	22	29	1.99
287679--288084	76	5.3	76	82	1	463	41	19	9	28	1.84
288671--288804	69	1.9	69	80	5	155	23	22	23	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5