genome.fa.s7097.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018545_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  272671

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3627--3696	20	3.5	20	75	13	63	24	0	8	67	1.19
9276--9387	21	5.4	21	76	15	99	29	11	31	27	1.92
9869--10103	47	5.0	47	84	5	332	43	11	22	22	1.84
9882--9962	20	3.7	20	72	20	72	41	11	25	20	1.86
10070--10123	20	2.7	20	91	0	90	40	11	25	22	1.87
13853--13893	22	1.9	21	90	5	64	34	36	2	26	1.70
14202--14266	18	3.9	16	74	18	53	78	4	15	1	0.99
14207--14266	20	3.1	19	77	15	68	80	3	15	1	0.93
22481--22525	22	2.0	23	86	4	65	33	13	26	26	1.93
22403--22589	95	2.0	95	81	7	218	34	16	25	23	1.95
23032--23098	20	3.3	20	95	0	125	40	10	28	20	1.86
26472--26584	51	2.2	51	85	3	147	35	4	9	50	1.55
27382--27416	14	2.5	14	100	0	70	88	5	5	0	0.63
27382--27439	12	4.7	12	80	4	62	81	5	12	1	0.94
31188--31222	11	3.1	11	87	4	52	25	2	5	65	1.28
35429--35472	22	2.0	23	86	4	63	27	0	20	52	1.47
36879--36947	24	2.9	24	93	0	120	26	13	17	43	1.85
36874--36951	24	3.3	23	82	8	102	28	12	16	42	1.85
38545--38598	23	2.3	23	93	0	90	16	40	14	27	1.88
39190--39228	11	3.5	11	82	10	53	17	25	33	23	1.96
47758--47797	21	2.0	21	90	9	66	10	15	0	75	1.05
47850--47914	2	32.5	2	96	0	121	47	1	0	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49494--49528	17	2.0	18	88	5	54	8	0	11	80	0.92
52018--52183	20	7.4	20	68	24	91	43	10	22	23	1.83
52007--52245	46	5.2	46	88	6	344	44	10	21	24	1.82
52083--52123	12	3.2	13	75	25	50	41	14	21	21	1.89
60284--60892	79	7.7	79	88	0	862	28	22	11	38	1.88
60893--61030	68	2.0	68	90	0	213	29	26	13	30	1.94
61376--61758	59	6.5	59	86	2	513	31	19	14	33	1.93
62101--62326	95	2.4	95	82	5	253	24	22	15	37	1.93
63723--63762	20	2.0	20	90	0	62	40	17	2	40	1.63
65880--66003	45	2.7	45	80	7	142	24	17	9	48	1.77
65974--66588	79	7.8	79	91	0	953	28	23	11	36	1.89
67076--67330	59	4.3	59	89	2	354	32	20	14	32	1.93
67076--67501	118	3.7	117	84	11	551	32	19	14	33	1.92
67283--67375	45	2.1	45	95	0	168	34	18	17	30	1.94
67224--67434	104	2.0	104	96	0	386	32	18	16	32	1.93
67328--67501	59	2.9	59	89	1	269	33	18	13	34	1.90
67165--67493	163	2.0	163	93	0	559	32	19	15	32	1.93
70399--70426	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
75866--75916	21	2.4	22	87	6	70	50	21	5	21	1.69
81733--81957	41	5.4	41	77	4	173	36	15	20	28	1.93
82992--83020	11	2.6	11	100	0	58	10	31	13	44	1.78
84529--84613	4	21.2	4	87	0	125	28	0	20	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84611--84698	2	44.5	2	95	2	160	1	0	47	51	1.08
86541--86598	30	1.9	30	85	0	80	44	3	12	39	1.58
88953--89311	85	4.2	85	74	3	222	33	15	19	31	1.93
90680--90724	20	2.3	20	88	11	67	11	15	0	73	1.10
92122--92161	5	8.0	5	100	0	80	20	0	0	80	0.72
92127--92195	20	3.5	19	76	11	59	28	1	0	69	0.97
95227--95520	151	1.9	151	90	0	462	39	12	15	31	1.85
98370--98636	90	3.0	90	95	0	473	44	5	11	38	1.63
115621--115656	19	1.9	18	88	5	54	5	2	11	80	0.98
117665--117903	46	5.2	46	86	1	302	45	10	21	22	1.83
117696--117826	26	5.5	26	63	23	90	45	10	21	22	1.82
125848--126461	79	7.8	79	86	0	773	28	22	10	39	1.87
126462--126599	68	2.0	68	88	0	204	29	26	13	29	1.94
127006--127331	59	5.5	59	89	0	481	32	19	13	34	1.91
126949--127328	177	2.2	175	86	3	521	33	18	14	33	1.92
128998--129037	19	2.0	20	85	4	55	22	15	0	62	1.32
131393--131633	95	2.6	95	82	5	249	24	21	16	38	1.93
133003--133045	20	2.2	20	95	0	77	34	20	6	37	1.80
135202--135301	45	2.2	46	83	5	123	25	18	7	50	1.71
135283--135962	79	8.6	79	90	0	1038	28	23	11	36	1.90
136449--136888	59	7.5	59	91	0	650	31	19	14	34	1.92
138850--139070	94	2.3	95	83	4	268	23	23	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139705--139732	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
141111--141225	55	2.1	55	82	6	137	34	17	15	32	1.91
141657--141708	19	2.5	21	87	9	72	28	17	17	36	1.92
145210--145260	21	2.4	22	87	6	70	50	21	5	21	1.69
150906--151071	41	4.0	41	78	0	170	37	13	19	29	1.89
153894--155318	4	360.2	4	87	2	1849	20	1	28	49	1.56
153652--155318	8	210.5	8	91	2	2029	21	2	27	47	1.63
155321--155370	4	12.5	4	95	0	91	2	22	50	26	1.60
155368--155476	8	13.2	8	78	9	76	12	0	34	51	1.47
155369--155443	4	18.8	4	80	0	78	18	1	28	52	1.54
155369--155476	12	8.9	12	84	2	90	12	0	34	51	1.47
155429--155476	2	24.5	2	91	4	80	2	0	45	52	1.12
164394--164473	23	3.7	22	79	8	85	25	30	25	20	1.99
167963--168010	24	2.0	25	83	4	62	14	12	2	70	1.25
168059--168103	20	2.3	20	88	11	67	11	13	0	75	1.05
169502--169551	20	2.5	20	93	6	84	32	2	2	64	1.16
172713--173004	151	1.9	151	94	0	512	40	12	15	31	1.85
184045--184107	28	2.2	28	83	5	74	11	14	14	60	1.59
189510--189564	22	2.5	22	100	0	110	27	34	16	21	1.95
190366--190417	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
190406--190519	20	5.7	20	81	6	104	32	25	17	24	1.97
190403--190519	61	1.9	61	83	0	153	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191078--191119	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
191115--191318	19	11.1	19	76	13	185	12	21	21	44	1.85
191206--191293	33	2.6	33	89	5	124	11	25	25	38	1.89
191261--191318	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
194796--194831	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
195011--195141	19	7.7	19	66	23	94	14	22	19	42	1.88
195015--195141	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
195009--195140	66	2.0	66	96	0	246	15	22	19	41	1.90
197424--197448	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
198730--198789	20	3.0	20	90	4	95	40	23	20	16	1.91
198808--198894	19	4.8	19	86	9	121	16	21	16	45	1.84
198808--198923	33	3.4	33	80	11	133	15	22	18	43	1.88
199011--199047	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
200914--200980	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
201006--201101	19	5.6	19	69	25	79	14	19	19	45	1.85
201028--201085	14	3.9	14	72	16	53	13	17	20	48	1.81
201009--201101	32	2.8	33	88	3	152	15	19	19	46	1.84
201086--201140	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
201622--201661	18	2.2	18	90	0	62	15	12	45	27	1.82
202978--203020	20	2.2	20	91	0	68	55	18	16	9	1.67
203510--203624	20	5.7	20	76	5	79	24	17	22	35	1.95
203613--203705	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203552--203686	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
203613--203705	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
218106--218156	21	2.5	21	81	12	61	37	11	17	33	1.86
218875--218979	53	2.0	53	86	0	147	25	13	20	40	1.89
221135--221308	95	1.8	94	88	3	269	32	16	23	27	1.96
221237--221308	22	3.5	20	82	12	76	30	16	30	22	1.96
221642--222159	59	8.8	58	88	5	713	33	11	19	34	1.89
223636--224995	55	24.6	55	83	4	1490	30	20	26	23	1.98
223636--224977	168	8.1	166	84	4	1535	30	20	26	23	1.98
223636--224977	223	6.1	223	86	3	1683	30	20	26	23	1.98

Tables:   1   2