genome.fa.s7200.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007200.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018999_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  414581

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 280 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167428--167472	18	2.5	18	88	0	72	35	15	26	22	1.94
170319--170369	13	4.2	12	75	12	50	68	1	1	27	1.11
171978--172078	37	2.7	37	85	0	121	40	12	14	31	1.84
172745--172817	29	2.5	30	70	18	71	28	5	4	61	1.37
172795--172901	22	4.8	22	73	18	71	32	4	0	61	1.23
174195--174231	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
177500--177544	7	6.3	7	82	10	56	84	2	13	0	0.72
177500--177537	16	2.3	17	86	13	53	84	2	13	0	0.73
178169--178245	22	3.5	22	100	0	154	36	27	12	23	1.91
179208--180917	106	16.1	106	92	0	2735	34	25	17	22	1.96
181656--181760	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
182274--182321	24	2.0	23	84	4	60	35	4	0	60	1.16
182372--182439	2	34.5	2	97	2	129	48	0	0	51	1.00
182540--182630	25	3.6	25	71	14	60	31	4	0	63	1.14
183740--183785	22	2.1	22	100	0	92	8	28	19	43	1.80
185552--185705	39	4.0	39	77	4	141	31	22	25	20	1.98
186787--186825	16	2.4	16	91	0	60	23	5	0	71	1.05
188957--189043	35	2.4	36	88	3	122	24	22	17	35	1.95
189024--189068	21	2.1	21	91	0	72	13	28	20	37	1.90
189211--189333	43	2.9	43	87	0	174	52	21	4	21	1.63
192943--192967	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
192961--192990	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193237--193310	18	3.9	18	86	10	103	20	20	32	27	1.97
193232--193310	39	2.0	39	95	0	140	21	20	30	27	1.98
199500--199550	19	2.7	19	90	0	75	27	19	25	27	1.99
205653--205694	21	2.0	22	90	4	68	16	23	23	35	1.95
206013--206063	21	2.5	20	87	6	75	29	21	25	23	1.99
206262--206316	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
206302--206400	33	3.0	33	92	1	155	45	14	7	33	1.71
206395--206434	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
208718--208759	15	3.1	14	80	16	52	23	16	11	47	1.80
214377--214438	22	2.8	20	77	15	61	45	9	3	41	1.53
216750--216786	2	18.5	2	88	0	56	54	0	0	45	1.00
217141--217188	22	2.2	22	100	0	96	4	56	0	39	1.19
220468--220524	22	2.7	21	84	7	80	28	19	26	26	1.99
220770--220803	17	2.0	17	88	0	50	50	2	2	44	1.32
220919--220967	12	4.2	12	81	5	64	46	8	8	36	1.63
222536--222560	12	2.1	12	100	0	50	36	0	40	24	1.55
223282--223401	21	5.6	21	81	15	115	26	20	27	25	1.99
223302--223403	44	2.3	43	88	5	143	28	20	24	26	1.99
227221--227260	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
229170--229246	19	3.7	22	85	11	92	24	18	31	25	1.97
229170--229246	23	3.7	23	86	11	96	24	18	31	25	1.97
233681--233736	15	3.9	14	75	11	51	39	1	10	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233684--233743	28	2.1	29	93	3	104	41	3	8	46	1.50
233688--233754	28	2.4	28	87	7	91	44	2	7	44	1.47
234140--234198	22	2.7	22	74	10	57	49	0	3	47	1.18
237044--237233	29	6.6	29	82	3	224	39	20	4	36	1.72
237233--237274	17	2.4	17	92	4	66	11	23	47	16	1.80
242310--242350	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
243664--243715	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
243704--243797	20	4.7	20	80	7	100	34	24	18	23	1.96
244379--244563	19	10.1	19	75	14	156	11	21	22	44	1.84
244379--244468	39	2.3	38	96	1	162	11	18	22	47	1.80
244379--244479	39	2.6	39	89	4	116	9	19	24	45	1.81
244451--244538	33	2.6	33	90	1	131	11	23	25	39	1.88
244517--244563	20	2.3	20	79	13	60	12	25	14	46	1.80
246563--246685	42	2.9	42	79	2	113	22	35	17	23	1.95
246619--246685	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
248042--248077	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
248256--248373	19	6.7	19	63	19	58	16	22	20	40	1.91
248259--248353	33	2.9	31	83	9	127	16	22	20	41	1.91
250643--250667	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
250842--250895	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
251947--252004	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
252028--252081	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252010--252080	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
252023--252100	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
252184--252220	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
254063--254160	19	5.4	19	77	14	100	43	23	18	14	1.86
254117--254174	14	3.9	14	75	16	53	48	22	17	12	1.80
254101--254179	32	2.4	33	91	2	124	46	21	18	12	1.82
254208--254265	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
254191--254281	32	2.8	33	91	3	157	13	18	20	47	1.82
254266--254309	20	2.2	20	84	4	54	18	25	18	38	1.92
254802--254846	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
256164--256206	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
256485--256528	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
256715--256828	20	5.7	20	80	2	111	25	17	25	31	1.97
256695--256830	41	3.3	41	76	2	139	25	16	24	33	1.96
256818--256893	21	3.7	21	76	3	91	15	25	17	42	1.88
256837--256910	20	3.7	20	78	3	85	17	22	17	41	1.89
256818--256910	41	2.3	41	98	0	177	17	24	17	40	1.90
263446--263528	42	2.0	42	100	0	166	31	1	40	26	1.64
265446--265477	14	2.3	14	94	0	55	9	15	25	50	1.74
265447--265497	24	2.1	24	85	0	66	13	11	19	54	1.69
266534--266600	16	4.3	16	84	3	84	10	11	20	56	1.64
266532--266592	32	1.9	32	89	0	95	8	14	24	52	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266560--266691	71	1.9	71	95	0	237	29	11	16	42	1.83
266631--266661	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
273443--273549	3	35.7	3	90	0	169	61	0	3	34	1.14
273868--274745	113	7.8	113	94	1	1501	28	18	14	38	1.90
273868--274749	453	2.0	451	94	0	1568	29	18	14	38	1.90
275382--276285	82	11.0	82	95	1	1456	36	21	13	28	1.91
276233--276384	50	3.0	50	91	0	241	38	23	11	26	1.89
277157--277201	18	2.6	17	89	6	65	55	6	6	31	1.52
277539--277586	10	4.5	10	87	12	69	0	12	0	87	0.54
277539--277586	11	4.4	11	86	7	71	0	12	0	87	0.54
277532--277586	12	4.3	13	79	9	60	0	12	0	87	0.55
289865--289895	11	2.8	11	95	0	53	0	9	3	87	0.66
290420--290515	3	31.7	3	91	2	156	63	0	2	34	1.06
293610--293667	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
293610--293669	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
293781--293838	19	3.0	19	82	12	82	48	12	12	27	1.76
294927--294977	23	2.2	24	82	3	59	29	11	3	54	1.54
296165--296204	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
296284--296334	19	2.7	19	84	3	77	27	15	35	21	1.94
296475--296532	30	2.0	29	86	10	82	43	17	6	32	1.75
303681--303732	26	2.0	26	100	0	104	46	19	3	30	1.68
307327--307420	42	2.3	41	79	15	113	53	8	19	19	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310608--310650	20	2.1	21	91	4	70	39	0	0	60	0.97
323330--323382	18	2.9	18	77	5	61	41	15	7	35	1.75
323330--323388	19	3.2	19	78	2	66	42	13	6	37	1.71
330378--330432	22	2.5	22	75	0	56	34	7	20	38	1.80
333722--333759	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
339583--339627	22	2.0	23	83	12	58	75	2	4	17	1.07
340555--340601	14	3.0	16	77	22	55	53	2	0	44	1.12
340552--340602	21	2.4	21	81	9	59	54	1	0	43	1.11
344509--344543	18	1.9	18	100	0	70	14	22	45	17	1.84
344496--344539	23	2.0	22	95	4	79	11	22	47	18	1.80

Tables:   1   2   3